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- EMDB-5424: Structure of adeno-associated virus-2 in complex with neutralizin... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5424
タイトルStructure of adeno-associated virus-2 in complex with neutralizing monoclonal antibody A20
マップデータReconstruction of adeno-associated virus-2 in complex with neutralizing monoclonal antibody A20
試料
  • 試料: Adeno-associated virus-2 in complex with neutralizing monoclonal antibody A20
  • ウイルス: Adeno-associated virus - 2 (アデノ随伴ウイルス)
キーワードAdeno-associated virus / Antibody / A20 / Epitope / Fab / Gene therapy / Monoclonal
機能・相同性
機能・相同性情報


permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / host cell nucleolus / T=1 icosahedral viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Adeno-associated virus - 2 (アデノ随伴ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.5 Å
データ登録者McCraw DM / O'Donnell JK / Taylor KA / Stagg SM / Chapman MS
引用ジャーナル: Virology
タイトル: Structure of adeno-associated virus-2 in complex with neutralizing monoclonal antibody A20.
著者: Dustin M McCraw / Jason K O'Donnell / Kenneth A Taylor / Scott M Stagg / Michael S Chapman /
要旨: The use of adeno-associated virus (AAV) as a gene therapy vector is limited by the host neutralizing immune response. The cryo-electron microscopy (EM) structure at 8.5Å resolution is determined for ...The use of adeno-associated virus (AAV) as a gene therapy vector is limited by the host neutralizing immune response. The cryo-electron microscopy (EM) structure at 8.5Å resolution is determined for a complex of AAV-2 with the Fab' fragment of monoclonal antibody (MAb) A20, the most extensively characterized AAV MAb. The binding footprint is determined through fitting the cryo-EM reconstruction with a homology model following sequencing of the variable domain, and provides a structural basis for integrating diverse prior epitope mappings. The footprint extends from the previously implicated plateau to the side of the spike, and into the conserved canyon, covering a larger area than anticipated. Comparison with structures of binding and non-binding serotypes indicates that recognition depends on a combination of subtle serotype-specific features. Separation of the neutralizing epitope from the heparan sulfate cell attachment site encourages attempts to develop immune-resistant vectors that can still bind to target cells.
履歴
登録2012年5月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年5月29日-
マップ公開2012年5月29日-
更新2012年6月12日-
現状2012年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-3j1s
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3j1s
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5424_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5424.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 51.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of adeno-associated virus-2 in complex with neutralizing monoclonal antibody A20
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.45 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.34 / ムービー #1: 1.5
最小 - 最大-8.442361829999999 - 9.859992979999999
平均 (標準偏差)0.01103545 (±0.99768275)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-120-120-120
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 588.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.452.452.45
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z588.000588.000588.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-150-1500
NX/NY/NZ301301151
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-120-120-120
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-8.4429.8600.011

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Adeno-associated virus-2 in complex with neutralizing monoclonal ...

全体名称: Adeno-associated virus-2 in complex with neutralizing monoclonal antibody A20
要素
  • 試料: Adeno-associated virus-2 in complex with neutralizing monoclonal antibody A20
  • ウイルス: Adeno-associated virus - 2 (アデノ随伴ウイルス)

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超分子 #1000: Adeno-associated virus-2 in complex with neutralizing monoclonal ...

超分子名称: Adeno-associated virus-2 in complex with neutralizing monoclonal antibody A20
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: 60 A20 Fab's bind to one adeno-associated virus (one adeno-associated virus consists of 60 viral proteins)
Number unique components: 2
分子量理論値: 6.9 MDa

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超分子 #1: Adeno-associated virus - 2

超分子名称: Adeno-associated virus - 2 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: AAV-2 / NCBI-ID: 10804 / 生物種: Adeno-associated virus - 2 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: AAV-2
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
分子量理論値: 3.9 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 280 Å / T番号(三角分割数): 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.14 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
詳細: 100 mM HEPES, 50 mM magnesium chloride, and 5% glycerol
グリッド詳細: 400 mesh carbon grid with holey carbon support
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 2.0 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度平均: 93 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 120,000 times magnification
Legacy - Electron beam tilt params: 0
日付2011年2月23日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k)
実像数: 1503 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 39775 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.5 µm / 倍率（公称値）: 37000
試料ステージ試料ホルダー: Nitrogen cooled
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Whole image
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Appion, ACE, EMAN / 使用した粒子像数: 11898
最終 2次元分類クラス数: 304

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1lp3


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: RSRef
詳細Protocol: Fixed. Anti-bumping restraints from CNS included 1LP3, Constrained icosahedral symmetry
精密化空間: REAL / 温度因子: 0
当てはまり具合の基準: Least-squares difference between experimental & model coulombic potential
得られたモデル

PDB-3j1s:
Structure of adeno-associated virus-2 in complex with neutralizing monoclonal antibody A20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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