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- EMDB-54133: Bacteriophage 812 prohead II with the complete set of minor capsi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-54133
タイトルBacteriophage 812 prohead II with the complete set of minor capsid proteins
マップデータThe I4 reconstruction of the phage phi812 expanded procapsid was computed using RELION 5. This file is the masked output of the post-processing.
試料
  • ウイルス: Staphylococcus phage 812K1/420 (ファージ)
    • 複合体: The asymmetric unit of bacteriophage 812 prohead II with the complete set of minor capsid proteins
      • タンパク質・ペプチド: Putative Ig-like protein
      • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
      • タンパク質・ペプチド: Virion component
キーワードBacterophage / phage cycle / capsid assembly / single particle analysis / the HK97 fold / Herelleviridae / VIRUS
機能・相同性: / : / Major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus phage 812K1/420 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Zlatohurska M / Prochazkova M / Cienikova Z / Fuzik T / Plevka P
資金援助European Union, チェコ, 4件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)101043452European Union
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLX22NPO5103 チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicCZ.02.01.01/00/22_008/0004607 チェコ
European Research Council (ERC)1233487European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-ET of S. aureus infection by Herelleviridae phage 812
著者: Zlatohurska M / Prochazkova M / Cienikova Z / Fuzik T / Bardy P / Pantucek R / Plevka P
履歴
登録2025年6月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年6月24日-
マップ公開2026年6月24日-
更新2026年6月24日-
現状2026年6月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_54133.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_54133.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The I4 reconstruction of the phage phi812 expanded procapsid was computed using RELION 5. This file is the masked output of the post-processing.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.28 Å/pix.
x 1000 pix.
= 1283.52 Å		1.28 Å/pix.
x 1000 pix.
= 1283.52 Å		1.28 Å/pix.
x 1000 pix.
= 1283.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.28352 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.008
最小 - 最大-0.042300083 - 0.07453652
平均 (標準偏差)0.00011953936 (±0.002649553)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100010001000
Spacing100010001000
セルA=B=C: 1283.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_54133_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map was calculated in RELION with the...

ファイルemd_54133_half_map_1.map
注釈Half map was calculated in RELION with the Ewald sphere curvature correction.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map was calculated in RELION with the...

ファイルemd_54133_half_map_2.map
注釈Half map was calculated in RELION with the Ewald sphere curvature correction.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Staphylococcus phage 812K1/420

全体名称: Staphylococcus phage 812K1/420 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Staphylococcus phage 812K1/420 (ファージ)
    • 複合体: The asymmetric unit of bacteriophage 812 prohead II with the complete set of minor capsid proteins
      • タンパク質・ペプチド: Putative Ig-like protein
      • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
      • タンパク質・ペプチド: Virion component

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超分子 #1: Staphylococcus phage 812K1/420

超分子名称: Staphylococcus phage 812K1/420 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Single particle analysis of capsid-like structures from the infected S. aureus cells
NCBI-ID: 3434241 / 生物種: Staphylococcus phage 812K1/420 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / 株: 1137
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 1040.0 Å / T番号(三角分割数): 16

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超分子 #2: The asymmetric unit of bacteriophage 812 prohead II with the comp...

超分子名称: The asymmetric unit of bacteriophage 812 prohead II with the complete set of minor capsid proteins
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812K1/420 (ファージ)

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分子 #1: Putative Ig-like protein

分子名称: Putative Ig-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812K1/420 (ファージ)
分子量理論値: 19.624799 KDa
配列文字列:
AKKNVNDVLQ QESVTVADKY LQVKVNRDGY TRTHEGQYAY KVVSEGEELF LYPVQTDGKG TLNVMKKSPI AYTDGDNIHF VVNTVVDPY NHSFIRTEDI KGLDKGKQLI QAFLAFVEDR FKFGVYNVFV ANNKEDVLSI VDPTDNDADE VKDSLEHAHE D VIADFPAS PARKDV

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A0U1UYD0

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分子 #2: Major capsid protein

分子名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812K1/420 (ファージ)
分子量理論値: 48.446559 KDa
配列文字列: SFQTGYGITP DTQIDAGALR REILDDQITM LTWTNEDLIF YRDISRRPAQ STVVKYDQYL RHGNVGHSRF VKEIGVAPVS DPNIRQKTV SMKYVSDTKN MSIASGLVNN IADPSQILTE DAIAVVAKTI EWASFYGDAS LTSEVEGEGL EFDGLAKLID K NNVINAKG ...文字列:
SFQTGYGITP DTQIDAGALR REILDDQITM LTWTNEDLIF YRDISRRPAQ STVVKYDQYL RHGNVGHSRF VKEIGVAPVS DPNIRQKTV SMKYVSDTKN MSIASGLVNN IADPSQILTE DAIAVVAKTI EWASFYGDAS LTSEVEGEGL EFDGLAKLID K NNVINAKG NQLTEKHLNE AAVRIGKGFG TATDAYMPIG VHADFVNSIL GRQMQLMQDN SGNVNTGYSV NGFYSSRGFI KL HGSTVME NELILDESLQ PLPNAPQPAK VTATVETKQK GAFENEEDRA GLSYKVVVNS DDAQSAPSEE VTATVSNVDD GVK LSINVN AMYQQQPQFV SIYRQGKETG MYFLIKRVPV KDAQEDGTIV FVDKNETLPE TADVFVGEMS PQVVHLFELL PMMK LPLAQ INASITFAVL WYGALALRAP KKWARIKNVR YIAV

UniProtKB: Major capsid protein

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分子 #3: Virion component

分子名称: Virion component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812K1/420 (ファージ)
分子量理論値: 7.896915 KDa
配列文字列:
SKHIEITMSS GAKYFLVSTD EKSYNRQDID YMLRGMDETS IKVYTESAIT SPQVYINPNR IESFKIVF

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A0U1WYT8

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMNaClsodium chloride
10.0 mMCaCl2calcium chloride
50.0 mMTris-HClTris(hydroxymethyl)aminomethane hydrochloride

詳細: Phage buffer, adjusted by Tris-HCl (pH 8) to a final pH of approx. 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 110 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 4.7000000000000004e-05 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: One-side blotting.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 21755 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 68779
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

8304

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0beta) / 使用した粒子像数: 20569
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0beta)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0beta)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0beta)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5lii


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9rox:
Asymmetric unit of bacteriophage 812 prohead II with the complete set of minor capsid proteins

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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