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- EMDB-53991: Cryo-EM structure of tomato NRC3-AVRcap1b complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53991
タイトルCryo-EM structure of tomato NRC3-AVRcap1b complex
マップデータunsharpened composite map
試料
  • 複合体: SlNRC3-AVRcap1b complex
    • 複合体: SlNRC3
      • タンパク質・ペプチド: SlNRC3
    • 複合体: AVRcap1b
      • タンパク質・ペプチド: RxLR effector protein PITG_16705
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードEffector / NLR / Plant Immunity / Resistosome / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to other organism / ADP binding / host cell cytoplasm / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Effector PexRD54, WY-domain / Virus X resistance protein-like, coiled-coil domain / Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein Winged helix domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain ...: / Effector PexRD54, WY-domain / Virus X resistance protein-like, coiled-coil domain / Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein Winged helix domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / : / Leucine-rich repeat region / Leucine-rich repeat domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / RxLR effector protein PITG_16705
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum lycopersicum (トマト) / Phytophthora infestans (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Seager BA / Kamoun S / Madhuprakash J
資金援助 英国, European Union, 3件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/V002937/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/Y002997/1 英国
European Research Council (ERC)EP/Y032187/1European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of tomato NRC3-AVRcap1b complex
著者: Seager BA / Kamoun S / Madhuprakash J
履歴
登録2025年6月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月23日-
マップ公開2025年7月23日-
更新2025年7月23日-
現状2025年7月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53991.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53991.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈unsharpened composite map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 331.2 Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 331.2 Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 331.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.828 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035
最小 - 最大-0.083432965 - 0.20189397
平均 (標準偏差)0.00032234783 (±0.0046197535)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 331.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: sharpened composite map

ファイルemd_53991_additional_1.map
注釈sharpened composite map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SlNRC3-AVRcap1b complex

全体名称: SlNRC3-AVRcap1b complex
要素
  • 複合体: SlNRC3-AVRcap1b complex
    • 複合体: SlNRC3
      • タンパク質・ペプチド: SlNRC3
    • 複合体: AVRcap1b
      • タンパク質・ペプチド: RxLR effector protein PITG_16705
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: SlNRC3-AVRcap1b complex

超分子名称: SlNRC3-AVRcap1b complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)

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超分子 #2: SlNRC3

超分子名称: SlNRC3 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)

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超分子 #3: AVRcap1b

超分子名称: AVRcap1b / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Phytophthora infestans (真核生物)

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分子 #1: SlNRC3

分子名称: SlNRC3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 104.763977 KDa
組換発現生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
配列文字列: MADVAVKFEL ENETQLEIDN ADLILGIQGE VENLLTDLNY FNAFLKEAAK SRRENEVLKE LVKKIRKVVN DAEDSIDKFV VEAKRHDDK NKFAQWFHIT HVARAKGVAD EIKSIRERVK EIRDNDAYGL QAITLDDNFN RGDEERKAPV VEEDDVVGFD D EAKTVIDR ...文字列:
MADVAVKFEL ENETQLEIDN ADLILGIQGE VENLLTDLNY FNAFLKEAAK SRRENEVLKE LVKKIRKVVN DAEDSIDKFV VEAKRHDDK NKFAQWFHIT HVARAKGVAD EIKSIRERVK EIRDNDAYGL QAITLDDNFN RGDEERKAPV VEEDDVVGFD D EAKTVIDR LIGGSDYVEV VPVVGMPGLG KTTLAYKIYK DPKVEYEFFT RVWVYVSQTF KRREIFLNII SKFTRNTKQY DD TPEDDLA NEVKELLGKG GKYLIVLDDV WTMEAWDRIK IAFPNNGKRN RVLMTTRQSN VAKRCNDKPH DLKFLTKDES WEL LEKKVF HKEKCPPELE LPGISIAEKC MGLPLAIVVI AGALIGKGKT TREWELVAAS VGEHLINRDP ENCKKLVQMS YDRL PYDLK ACFLYCGAFP GGSQIPAKKL IRLWIAEGFI QYQGPLALED VAEDHLNDLV NRNLVMVTQR SCSGQIKTCR VHDML HEFC RHEAMMEENL FQEIKQGQER SFPGKQELAT YRRLCIQSLI PEFLSMKPSG EHVRSFLCVG SKKIDMPPNE IPSIPK AFP LLRVLDAESI KFSRFSREFF KLFHLRYIAL STDKIKTIPA DFGNLWNIQT LIVETQQATL DIKADIWNMT RLRHVCT NA SATLPSTKRP KSSKDNLVNR CLQTLSTIAP ECCTAEVFTR TPNLKKLGVR GKIDALLESS KDGSGSGLFS NIGKLGCL E YLKLVNDTRL SSKPLHLPPA YIFPQKLKKL SLVDTWFEWK DMSILGLLPE LEVLKLKENA FKGQSWEQED GGFPRLQVL WIERTDLTSW KASSGNFPRL KHLALISCDK LEELPAELAD VKNLQLIELQ SSSESAARSA RAILKRNQEK EQDGDKGTGF KLSIFPHDL GLSDYKDHDG DYKDHDLDAA AADYKDDDDK

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #2: RxLR effector protein PITG_16705

分子名称: RxLR effector protein PITG_16705 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Phytophthora infestans (真核生物)
分子量理論値: 78.138352 KDa
組換発現生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
配列文字列: MAPSIVENIK ALVKSSAVTP AKLQQWLDER LEAGLVFKNM NLDEPNIFSL LHEPNFAKWV QYADDLSAKS SHKESSVIST LTSLHGDKV VYDTIQAAKL YPQLSELALK LEKDQIRFWI ATRKDPSVVF EALNLNWAGI SIFPKPEFSA WLKYVDDVNA R HPKEAPLS ...文字列:
MAPSIVENIK ALVKSSAVTP AKLQQWLDER LEAGLVFKNM NLDEPNIFSL LHEPNFAKWV QYADDLSAKS SHKESSVIST LTSLHGDKV VYDTIQAAKL YPQLSELALK LEKDQIRFWI ATRKDPSVVF EALNLNWAGI SIFPKPEFSA WLKYVDDVNA R HPKEAPLS IIPTLKQRFS RGDEAGTDVL LKLIANGKAT TEAKTVANKV ESALFDFWLN SRETPDKVMD AFKYGTTTQA FL GSPRWKE WERYLSAYNA RYPEKKATAI ETLTRKYGDA QLLDTLIGAS SKGETKTLAA KLQAQQFDRW MNLKESPLDV YNR LRSSYG DTAFFNEPQL NVWVSYMNVF VDKNPSKVDK MFLELGDTFG DMRLFRVLGE AKKFPNLEST ATKLQMEKAS TLFA SGKSP EGIFKVLALD NVGDDILSNT LFHKWLAYLQ KFNKEHPNNQ ESWFDMLRIS YQPFGVERII ETGRKNPLTR LMAEK VENA YHNYWLDIKM EPKTAFRSLH LDESGEKLLA DPKFNTWVQY LKTFNDRYPN EKTTVIDGLR DNSHDIALLR MFSAAK NDP STEKLATDLQ SALILKWQDA KKTPEELKRV FVGVPAADEM LDRYIKLLAV ASSTPYSYPY DVPDYAGYPY DVPDYAG LY PYDVPDYATR AAYPYDVPDY AGYPYDVPDY AGLYPYDVPD YA

UniProtKB: RxLR effector protein PITG_16705

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分子 #3: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMTris
150.0 mMSaltNaCl
5.0 mMSaltMgCl2
5.0 %Glycerol
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7555 / 平均電子線量: 50.13 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3531889
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2) / 詳細: composite map / 使用した粒子像数: 267047
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-9ria:
Cryo-EM structure of tomato NRC3-AVRcap1b complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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