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- EMDB-53199: Structure of the Complement classical and lectin pathway proconve... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53199
タイトルStructure of the Complement classical and lectin pathway proconvertase, C4b2
マップデータSharpened map of Complement C4b in complex with C2
試料
  • 複合体: Classical and lectin pathway C3 proconvertase
    • タンパク質・ペプチド: Complement C4-A
    • タンパク質・ペプチド: Complement C2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードProconvertase / Complement / classical pathway / C4b2 / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


classical-complement-pathway C3/C5 convertase / complement component C1q complex binding / response to thyroid hormone / positive regulation of apoptotic cell clearance / Activation of C3 and C5 / complement activation, GZMK pathway / symbiont cell surface / complement activation / Initial triggering of complement / endopeptidase inhibitor activity ...classical-complement-pathway C3/C5 convertase / complement component C1q complex binding / response to thyroid hormone / positive regulation of apoptotic cell clearance / Activation of C3 and C5 / complement activation, GZMK pathway / symbiont cell surface / complement activation / Initial triggering of complement / endopeptidase inhibitor activity / complement activation, classical pathway / response to nutrient / Regulation of Complement cascade / Post-translational protein phosphorylation / response to bacterium / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood microparticle / response to lipopolysaccharide / endoplasmic reticulum lumen / inflammatory response / serine-type endopeptidase activity / axon / neuronal cell body / synapse / dendrite / cell surface / proteolysis / : / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Complement C4, MG1 domain / Complement C4A/B CUB C-terminal domain / Complement B/C2 / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Anaphylatoxin, complement system domain / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region ...: / : / Complement C4, MG1 domain / Complement C4A/B CUB C-terminal domain / Complement B/C2 / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Anaphylatoxin, complement system domain / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG3 / : / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / von Willebrand factor type A domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Immunoglobulin-like fold / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement C2 / Complement C4-A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者De la O Becerra KI / Brondijk THC / Gros P
資金援助 メキシコ, オランダ, European Union, 3件
OrganizationGrant number国
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)CVU 604718 メキシコ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)01.80.104.00 オランダ
European Research Council (ERC)787241European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural insights into C3 convertase activity of the classical pathway of complement.
著者: Karla I De la O Becerra / T Harma C Brondijk / Itziar Serna Martin / Piet Gros /
要旨: Immune protection by the complement system depends on C3 cleavage by C3 convertases that is critical to all three activation pathways. Structural data on convertase formation in the classical pathway ...Immune protection by the complement system depends on C3 cleavage by C3 convertases that is critical to all three activation pathways. Structural data on convertase formation in the classical pathway and on C3-substrate binding to convertases is lacking. We present the cryo-EM structures of the proconvertase (C4b2), convertase (C4b2b), and convertase-substrate complex (C4b2b-C3) of the classical pathway. The data show that C2 and C4b form proconvertases and convertases like factor B and C3b of the alternative pathway. Substrate C3 binds C4b of the convertase through two interfaces: one also found in the SCIN-inhibited C3bBb dimer, and another facilitated by conformational changes in C3. Bending of C3 and swinging of the C2 protease bring the C3-scissile loop into the active site. The second, charged, C4b-interaction site favors C3- substrate binding, but upon cleavage repels product C3b. Thus, a charge switch-over mechanism effects the catalytic turnover of the convertases producing opsonin C3b.
履歴
登録2025年3月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月24日-
マップ公開2025年12月24日-
更新2026年3月4日-
現状2026年3月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53199.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53199.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map of Complement C4b in complex with C2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 480 pix.
= 401.28 Å		0.84 Å/pix.
x 480 pix.
= 401.28 Å		0.84 Å/pix.
x 480 pix.
= 401.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.836 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.8327031 - 1.2203819
平均 (標準偏差)-0.00018197171 (±0.016503796)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 401.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_53199_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_53199_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map of Complement C4b in complex with C2

ファイルemd_53199_additional_1.map
注釈Unsharpened map of Complement C4b in complex with C2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Local resolution map of Complement C4b in complex with C2

ファイルemd_53199_additional_2.map
注釈Local resolution map of Complement C4b in complex with C2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B of Complement C4b in complex with C2

ファイルemd_53199_half_map_1.map
注釈Half map B of Complement C4b in complex with C2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A of Complement C4b in complex with C2

ファイルemd_53199_half_map_2.map
注釈Half map A of Complement C4b in complex with C2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Classical and lectin pathway C3 proconvertase

全体名称: Classical and lectin pathway C3 proconvertase
要素
  • 複合体: Classical and lectin pathway C3 proconvertase
    • タンパク質・ペプチド: Complement C4-A
    • タンパク質・ペプチド: Complement C2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Classical and lectin pathway C3 proconvertase

超分子名称: Classical and lectin pathway C3 proconvertase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組織: blood plasma
分子量理論値: 288 KDa

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分子 #1: Complement C4-A

分子名称: Complement C4-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: blood plasma
分子量理論値: 193.007234 KDa
配列文字列: MRLLWGLIWA SSFFTLSLQK PRLLLFSPSV VHLGVPLSVG VQLQDVPRGQ VVKGSVFLRN PSRNNVPCSP KVDFTLSSER DFALLSLQV PLKDAKSCGL HQLLRGPEVQ LVAHSPWLKD SLSRTTNIQG INLLFSSRRG HLFLQTDQPI YNPGQRVRYR V FALDQKMR ...文字列:
MRLLWGLIWA SSFFTLSLQK PRLLLFSPSV VHLGVPLSVG VQLQDVPRGQ VVKGSVFLRN PSRNNVPCSP KVDFTLSSER DFALLSLQV PLKDAKSCGL HQLLRGPEVQ LVAHSPWLKD SLSRTTNIQG INLLFSSRRG HLFLQTDQPI YNPGQRVRYR V FALDQKMR PSTDTITVMV ENSHGLRVRK KEVYMPSSIF QDDFVIPDIS EPGTWKISAR FSDGLESNSS TQFEVKKYVL PN FEVKITP GKPYILTVPG HLDEMQLDIQ ARYIYGKPVQ GVAYVRFGLL DEDGKKTFFR GLESQTKLVN GQSHISLSKA EFQ DALEKL NMGITDLQGL RLYVAAAIIE SPGGEMEEAE LTSWYFVSSP FSLDLSKTKR HLVPGAPFLL QALVREMSGS PASG IPVKV SATVSSPGSV PEVQDIQQNT DGSGQVSIPI IIPQTISELQ LSVSAGSPHP AIARLTVAAP PSGGPGFLSI ERPDS RPPR VGDTLNLNLR AVGSGATFSH YYYMILSRGQ IVFMNREPKR TLTSVSVFVD HHLAPSFYFV AFYYHGDHPV ANSLRV DVQ AGACEGKLEL SVDGAKQYRN GESVKLHLET DSLALVALGA LDTALYAAGS KSHKPLNMGK VFEAMNSYDL GCGPGGG DS ALQVFQAAGL AFSDGDQWTL SRKRLSCPKE KTTRKKRNVN FQKAINEKLG QYASPTAKRC CQDGVTRLPM MRSCEQRA A RVQQPDCREP FLSCCQFAES LRKKSRDKGQ AGLQRALEIL QEEDLIDEDD IPVRSFFPEN WLWRVETVDR FQILTLWLP DSLTTWEIHG LSLSKTKGLC VATPVQLRVF REFHLHLRLP MSVRRFEQLE LRPVLYNYLD KNLTVSVHVS PVEGLCLAGG GGLAQQVLV PAGSARPVAF SVVPTAAAAV SLKVVARGSF EFPVGDAVSK VLQIEKEGAI HREELVYELN PLDHRGRTLE I PGNSDPNM IPDGDFNSYV RVTASDPLDT LGSEGALSPG GVASLLRLPR GCGEQTMIYL APTLAASRYL DKTEQWSTLP PE TKDHAVD LIQKGYMRIQ QFRKADGSYA AWLSRDSSTW LTAFVLKVLS LAQEQVGGSP EKLQETSNWL LSQQQADGSF QDP CPVLDR SMQGGLVGND ETVALTAFVT IALHHGLAVF QDEGAEPLKQ RVEASISKAN SFLGEKASAG LLGAHAAAIT AYAL TLTKA PVDLLGVAHN NLMAMAQETG DNLYWGSVTG SQSNAVSPTP APRNPSDPMP QAPALWIETT AYALLHLLLH EGKAE MADQ ASAWLTRQGS FQGGFRSTQD TVIALDALSA YWIASHTTEE RGLNVTLSST GRNGFKSHAL QLNNRQIRGL EEELQF SLG SKINVKVGGN SKGTLKVLRT YNVLDMKNTT CQDLQIEVTV KGHVEYTMEA NEDYEDYEYD ELPAKDDPDA PLQPVTP LQ LFEGRRNRRR REAPKVVEEQ ESRVHYTVCI WRNGKVGLSG MAIADVTLLS GFHALRADLE KLTSLSDRYV SHFETEGP H VLLYFDSVPT SRECVGFEAV QEVPVGLVQP ASATLYDYYN PERRCSVFYG APSKSRLLAT LCSAEVCQCA EGKCPRQRR ALERGLQDED GYRMKFACYY PRVEYGFQVK VLREDSRAAF RLFETKITQV LHFTKDVKAA ANQMRNFLVR ASCRLRLEPG KEYLIMGLD GATYDLEGHP QYLLDSNSWI EEMPSERLCR STRQRAACAQ LNDFLQEYGT QGCQV

UniProtKB: Complement C4-A

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分子 #2: Complement C2

分子名称: Complement C2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: classical-complement-pathway C3/C5 convertase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: blood plasma
分子量理論値: 83.363766 KDa
配列文字列: MGPLMVLFCL LFLYPGLADS APSCPQNVNI SGGTFTLSHG WAPGSLLTYS CPQGLYPSPA SRLCKSSGQW QTPGATRSLS KAVCKPVRC PAPVSFENGI YTPRLGSYPV GGNVSFECED GFILRGSPVR QCRPNGMWDG ETAVCDNGAG HCPNPGISLG A VRTGFRFG ...文字列:
MGPLMVLFCL LFLYPGLADS APSCPQNVNI SGGTFTLSHG WAPGSLLTYS CPQGLYPSPA SRLCKSSGQW QTPGATRSLS KAVCKPVRC PAPVSFENGI YTPRLGSYPV GGNVSFECED GFILRGSPVR QCRPNGMWDG ETAVCDNGAG HCPNPGISLG A VRTGFRFG HGDKVRYRCS SNLVLTGSSE RECQGNGVWS GTEPICRQPY SYDFPEDVAP ALGTSFSHML GATNPTQKTK ES LGRKIQI QRSGHLNLYL LLDCSQSVSE NDFLIFKESA SLMVDRIFSF EINVSVAIIT FASEPKVLMS VLNDNSRDMT EVI SSLENA NYKDHENGTG TNTYAALNSV YLMMNNQMRL LGMETMAWQE IRHAIILLTD GKSNMGGSPK TAVDHIREIL NINQ KRNDY LDIYAIGVGK LDVDWRELNE LGSKKDGERH AFILQDTKAL HQVFEHMLDV SKLTDTICGV GNMSANASDQ ERTPW HVTI KPKSQETCRG ALISDQWVLT AAHCFRDGND HSLWRVNVGD PKSQWGKEFL IEKAVISPGF DVFAKKNQGI LEFYGD DIA LLKLAQKVKM STHARPICLP CTMEANLALR RPQGSTCRDH ENELLNKQSV PAHFVALNGS KLNINLKMGV EWTSCAE VV SQEKTMFPNL TDVREVVTDQ FLCSGTQEDE SPCKGESGGA VFLERRFRFF QVGLVSWGLY NPCLGSADKN SRKRAPRS K VPPPRDFHIN LFRMQPWLRQ HLGDVLNFLP L

UniProtKB: Complement C2

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMHEPES
2.0 mMMgCl2Magnesium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Complex was crosslinked with glutaraldehyde 0.2%

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4662 / 平均露光時間: 2.24 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2647189
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.2/3) / タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.2/3) / 使用した粒子像数: 112621
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.2/3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.2/3)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.2/3)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5jtw

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5jtw

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5jtw

chain_id: C, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3erb

chain_id: D, residue_range: 1-235, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

2i6q

chain_id: D, residue_range: 240-752, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9qj5:
Structure of the Complement classical and lectin pathway proconvertase, C4b2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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