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Structure paper

タイトルStructural insights into C3 convertase activity of the classical pathway of complement.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 17, Issue 1, Page 993, Year 2025
掲載日2025年12月18日
著者Karla I De la O Becerra / T Harma C Brondijk / Itziar Serna Martin / Piet Gros /
PubMed 要旨Immune protection by the complement system depends on C3 cleavage by C3 convertases that is critical to all three activation pathways. Structural data on convertase formation in the classical pathway ...Immune protection by the complement system depends on C3 cleavage by C3 convertases that is critical to all three activation pathways. Structural data on convertase formation in the classical pathway and on C3-substrate binding to convertases is lacking. We present the cryo-EM structures of the proconvertase (C4b2), convertase (C4b2b), and convertase-substrate complex (C4b2b-C3) of the classical pathway. The data show that C2 and C4b form proconvertases and convertases like factor B and C3b of the alternative pathway. Substrate C3 binds C4b of the convertase through two interfaces: one also found in the SCIN-inhibited C3bBb dimer, and another facilitated by conformational changes in C3. Bending of C3 and swinging of the C2 protease bring the C3-scissile loop into the active site. The second, charged, C4b-interaction site favors C3- substrate binding, but upon cleavage repels product C3b. Thus, a charge switch-over mechanism effects the catalytic turnover of the convertases producing opsonin C3b.
リンクNat Commun / PubMed:41413058 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.5 - 4.3 Å
構造データ

53198

9qj4

EMDB-53198, PDB-9qj4:
Structure of the Complement classical and lectin pathway proconvertase, C4b2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

53199

9qj5

EMDB-53199, PDB-9qj5:
Structure of the Complement classical and lectin pathway proconvertase, C4b2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

53217

9qk2

EMDB-53217, PDB-9qk2:
Structure of the Complement classical and lectin pathway C3 convertase in complex with substrate C3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

53288

9qpy

EMDB-53288, PDB-9qpy:
Structure of the Complement classical and lectin pathway C3 convertase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

ChemComp-MG:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • lama glama (ラマ)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Proconvertase / Complement / classical pathway / C4b2 / C3 convertase / Complement classical pathway / convertase-substrate complex / C3 substrate / convertase complex / Enzyme

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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