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- EMDB-52864: CryoEM structure of a synthetic antibody, COP-2, in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52864
タイトルCryoEM structure of a synthetic antibody, COP-2, in complex with the C-terminal domain of Clostridium perfringens Enterotoxin
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of synthetic antibody COP-2 and the C-terminal domain of Clostridium perfringens Enterotoxin
    • タンパク質・ペプチド: Heat-labile enterotoxin B chain
    • タンパク質・ペプチド: COP-2 antibody heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: COP-2 antibody light chain
キーワードclostridium / COP-2 / toxin
機能・相同性Clostridium enterotoxin / Clostridium enterotoxin / toxin activity / extracellular region / Heat-labile enterotoxin B chain
機能・相同性情報
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Pacesa M / Goldbach N / Vecchio AJ / Correia BE
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Protein Sci / 年: 2025
タイトル: Structures of a synthetic antibody selected against and bound to the C-terminal domain of Clostridium perfringens enterotoxin.
著者: Chinemerem P Ogbu / Nicolas Manuel Goldbach / Martin Pacesa / Srajan Kapoor / Bruno E Correia / Alex J Vecchio /
要旨: Clostridium perfringens enterotoxin (CpE) causes cytotoxic gastrointestinal disease in mammalian epithelium by binding membrane protein receptors called claudins. Claudins direct the formation of ...Clostridium perfringens enterotoxin (CpE) causes cytotoxic gastrointestinal disease in mammalian epithelium by binding membrane protein receptors called claudins. Claudins direct the formation of cell/cell tight junctions through oligomerization and govern the transport of molecules between individual cells. CpE binds claudins through its C-terminal domain (cCpE) and induces cytotoxicity through its N-terminal domain. The non-toxic cCpE is a useful tool to study claudins, tight junctions, and for translational applications, such as increasing the permeability of restrictive tissues like the blood-brain barrier or selective targeting of claudin overexpressing cancers. Conversely, there are no specialized molecular tools to study CpE or cCpE, or to modulate or inhibit their functions. We previously reported the development of synthetic antigen-binding fragments (sFabs) that bind cCpE, and low-resolution structures of them bound to claudin/cCpE complexes. Here, we determine high-resolution structures of sFab COP-2 bound to cCpE using X-ray crystallography and cryogenic electron microscopy. The structures and biophysical findings provide the mechanism of COP-2 binding to cCpE and the molecular determinants driving their interactions. These insights can advance the design of new antibody-based tools from our COP-2 scaffold to study or alter cCpE function and give rise to a "Trojan horse" strategy that exploits cCpE's tight junction barrier disrupting function to selectively deliver conjugated therapeutics through normally impermeable tissues.
履歴
登録2025年2月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月12日-
マップ公開2025年3月12日-
更新2025年9月24日-
現状2025年9月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52864.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52864.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.57 Å/pix.
x 420 pix.
= 239.4 Å		0.57 Å/pix.
x 420 pix.
= 239.4 Å		0.57 Å/pix.
x 420 pix.
= 239.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.57 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0506
最小 - 最大-0.11950238 - 0.266405
平均 (標準偏差)0.000050643863 (±0.0051255617)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 239.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_52864_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_52864_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_52864_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of synthetic antibody COP-2 and the C-terminal domain of ...

全体名称: Complex of synthetic antibody COP-2 and the C-terminal domain of Clostridium perfringens Enterotoxin
要素
  • 複合体: Complex of synthetic antibody COP-2 and the C-terminal domain of Clostridium perfringens Enterotoxin
    • タンパク質・ペプチド: Heat-labile enterotoxin B chain
    • タンパク質・ペプチド: COP-2 antibody heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: COP-2 antibody light chain

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超分子 #1: Complex of synthetic antibody COP-2 and the C-terminal domain of ...

超分子名称: Complex of synthetic antibody COP-2 and the C-terminal domain of Clostridium perfringens Enterotoxin
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)

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分子 #1: Heat-labile enterotoxin B chain

分子名称: Heat-labile enterotoxin B chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
分子量理論値: 15.114945 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSTDIEKEIL DLAAATERLN LTDALNSNPA GNLYDWRSSN SYPWTQKLNL HLTITATGQK YRILASKIVD FNIYSNNFNN LVKLEQSLG DGVKDHYVDI SLDAGQYVLV MKANSSYSGN YPYSILFQKF GLVPR

UniProtKB: Heat-labile enterotoxin B chain

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分子 #2: COP-2 antibody heavy chain

分子名称: COP-2 antibody heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 27.79908 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYAEISEVQL VESGGGLVQP GGSLRLSCAA SGFNFSSSSI HWVRQAPGKG LEWVASISSY SGYTSYADS VKGRFTISAD TSKNTAYLQM NSLRAEDTAV YYCARYWSWY NSSHYIYSAL DYWGQGTLVT VSSASTKGPS V FPLAPSSK ...文字列:
MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYAEISEVQL VESGGGLVQP GGSLRLSCAA SGFNFSSSSI HWVRQAPGKG LEWVASISSY SGYTSYADS VKGRFTISAD TSKNTAYLQM NSLRAEDTAV YYCARYWSWY NSSHYIYSAL DYWGQGTLVT VSSASTKGPS V FPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HK PSNTKVD KKVEPKSCDK THT

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分子 #3: COP-2 antibody light chain

分子名称: COP-2 antibody light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 26.053135 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYASDIQMTQ SPSSLSASVG DRVTITCRAS QSVSSAVAWY QQKPGKAPKL LIYSASSLYS GVPSRFSGS RSGTDFTLTI SSLQPEDFAT YYCQQSYEWA PVTFGQGTKV EIKRTVAAPS VFIFPPSDSQ LKSGTASVVC L LNNFYPRE ...文字列:
MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYASDIQMTQ SPSSLSASVG DRVTITCRAS QSVSSAVAWY QQKPGKAPKL LIYSASSLYS GVPSRFSGS RSGTDFTLTI SSLQPEDFAT YYCQQSYEWA PVTFGQGTKV EIKRTVAAPS VFIFPPSDSQ LKSGTASVVC L LNNFYPRE AKVQWKVDNA LQSGNSQESV TEQDSKDSTY SLSSTLTLSK ADYEKHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE C

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 87280
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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