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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5271 | |||||||||
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タイトル | High resolution helical reconstruction of the bacterial p-type ATPase copper transporter CopA. | |||||||||
マップデータ | This is a cubic section encompassing the unit cell of a Fourier-Bessel reconstructed map of tubular vesicles - crystals of deltaC-CopA from Archaeoglobus fulgidus. | |||||||||
試料 |
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キーワード | p-type ATPase / copper transporter / CopA / Adenosine Triphosphatases / Archaeal Proteins (古細菌) / Archaeoglobus fulgidus / Cation Transport Proteins (運搬体タンパク質) / Cryoelectron Microscopy (低温電子顕微鏡法) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 P-type divalent copper transporter activity / P-type monovalent copper transporter activity / P-type Cu+ transporter / copper ion export / copper ion import / copper ion transport / intracellular copper ion homeostasis / copper ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding ...P-type divalent copper transporter activity / P-type monovalent copper transporter activity / P-type Cu+ transporter / copper ion export / copper ion import / copper ion transport / intracellular copper ion homeostasis / copper ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Wu C / Allen GS / Cardozo T / Stokes DL | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2011 タイトル: The architecture of CopA from Archeaoglobus fulgidus studied by cryo-electron microscopy and computational docking. 著者: Gregory S Allen / Chen-Chou Wu / Tim Cardozo / David L Stokes / 要旨: CopA uses ATP to pump Cu(+) across cell membranes. X-ray crystallography has defined atomic structures of several related P-type ATPases. We have determined a structure of CopA at 10 Å resolution ...CopA uses ATP to pump Cu(+) across cell membranes. X-ray crystallography has defined atomic structures of several related P-type ATPases. We have determined a structure of CopA at 10 Å resolution by cryo-electron microscopy of a new crystal form and used computational molecular docking to study the interactions between the N-terminal metal-binding domain (NMBD) and other elements of the molecule. We found that the shorter-chain lipids used to produce these crystals are associated with movements of the cytoplasmic domains, with a novel dimer interface and with disordering of the NMBD, thus offering evidence for the transience of its interaction with the other cytoplasmic domains. Docking identified a binding site that matched the location of the NMBD in our previous structure by cryo-electron microscopy, allowing a more detailed view of its binding configuration and further support for its role in autoinhibition. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5271.map.gz | 677.1 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5271-v30.xml emd-5271.xml | 10.2 KB 10.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5271_1.png | 220.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5271 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5271 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5271.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 789.1 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is a cubic section encompassing the unit cell of a Fourier-Bessel reconstructed map of tubular vesicles - crystals of deltaC-CopA from Archaeoglobus fulgidus. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : deltaC-CopA in DMPC-DOPE lipids
全体 | 名称: deltaC-CopA in DMPC-DOPE lipids |
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要素 |
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-超分子 #1000: deltaC-CopA in DMPC-DOPE lipids
超分子 | 名称: deltaC-CopA in DMPC-DOPE lipids / タイプ: sample / ID: 1000 詳細: deltaC-CopA tubular crystals were grown with a 4-to-1 mixture of DMPC-DOPE at a protein concentration of 1 mg per mL and at a lipid-to-protein weight ratio of 0.4. Dialysis was carried out ...詳細: deltaC-CopA tubular crystals were grown with a 4-to-1 mixture of DMPC-DOPE at a protein concentration of 1 mg per mL and at a lipid-to-protein weight ratio of 0.4. Dialysis was carried out for 5 days in 50 ul dialysis buttons at 30 degrees C against 500 mL of 50 mM MES, pH 6.1, 25 mM Na2SO4, 25 mM K2SO4, 200 uM BCDS, 10 mM MgSO4, and 2 mM beta-mercaptoethanol. Stock solutions of lipid were made in dodecyl octaethylene glycol ether (C12E8) at 1 mg lipid per 2 mg detergent. Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 77 KDa |
-分子 #1: membrane protein
分子 | 名称: membrane protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: membrane protein / コピー数: 2 / 集合状態: dimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属) 細胞: E. coli / 細胞中の位置: plasma membrane |
分子量 | 理論値: 77 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli strain LMG 1940 (大腸菌) / 組換プラスミド: pBAD |
配列 | GO: copper ion transport / InterPro: INTERPRO: IPR006403 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6.1 詳細: 50 mM MES, pH 6.1, 25 mM Na2SO4, 25 mM K2SO4, 200 uM BCDS, 10 mM MgSO4, and 2 mM beta-mercaptoethanol. |
グリッド | 詳細: holey carbon grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 77 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: plunger / 手法: blot for 5 seconds before plunging |
詳細 | dialysis buttons |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200FEG |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: CT3500 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
温度 | 平均: 100 K |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 12 |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: each tube-crystal |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMIP |