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- EMDB-51903: Late-stage 48S Initiation Complex (LS48S IC) guided by the trans-RNA -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51903
タイトルLate-stage 48S Initiation Complex (LS48S IC) guided by the trans-RNA
マップデータmain map of the mammalian late-stage 48S initiation complex
試料
  • 複合体: Late-stage 48S Initiation Complex (LS48S IC) guided by the trans-RNA of 15 nt length, purification method of biotinylated DNA-oligo pull-down
    • RNA: x 3種
    • タンパク質・ペプチド: x 39種
  • リガンド: x 1種
キーワード48S late-stage initiation complex / Programmable mRNA translation initiation / trans-RNA / activation of mRNA translation / TRANSLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of macromolecule metabolic process / Translation initiation complex formation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / eukaryotic initiation factor eIF2 binding / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Formation of a pool of free 40S subunits ...regulation of macromolecule metabolic process / Translation initiation complex formation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / eukaryotic initiation factor eIF2 binding / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / cellular response to chemical stress / GDP-dissociation inhibitor activity / laminin receptor activity / 90S preribosome / ubiquitin ligase inhibitor activity / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / phagocytic cup / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rough endoplasmic reticulum / ribosomal small subunit export from nucleus / laminin binding / translation initiation factor activity / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / cytosolic ribosome / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / response to endoplasmic reticulum stress / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / GTPase activator activity / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / spindle / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / regulation of translation / rhythmic process / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / ribosomal small subunit assembly / virus receptor activity / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / perikaryon / cell differentiation / cytoplasmic translation / tRNA binding / mitochondrial inner membrane / postsynaptic density / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / cell division / DNA repair / mRNA binding / apoptotic process / centrosome / synapse / dendrite / GTP binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RLI, domain 1 / RLI1 / RNase L inhibitor RLI-like, possible metal-binding domain / Possible Fer4-like domain in RNase L inhibitor, RLI / Translation initiation factor IF2/IF5 domain / Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal / Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding / Translation initiation factor IF2/IF5 / Domain found in IF2B/IF5 / domain present in translation initiation factor eIF2B and eIF5 ...RLI, domain 1 / RLI1 / RNase L inhibitor RLI-like, possible metal-binding domain / Possible Fer4-like domain in RNase L inhibitor, RLI / Translation initiation factor IF2/IF5 domain / Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal / Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding / Translation initiation factor IF2/IF5 / Domain found in IF2B/IF5 / domain present in translation initiation factor eIF2B and eIF5 / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. / Translation initiation factor 1A (eIF-1A), conserved site / Eukaryotic initiation factor 1A signature. / eukaryotic translation initiation factor 1A / Translation initiation factor 1A (eIF-1A) / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / IF2a, S1-like domain / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / RNA-binding domain, S1, IF1 type / Translation initiation factor 1A / IF-1 / S1 domain IF1 type profile. / 4Fe-4S binding domain / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ubiquitin-like protein FUBI / S1 domain profile. / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S12e / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / 40S Ribosomal protein S10 / S27a-like superfamily / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S27e signature. / S1 RNA binding domain / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / : / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein eS32 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein eS12 / ATP-binding cassette sub-family E member 1 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS15 ...Small ribosomal subunit protein eS32 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein eS12 / ATP-binding cassette sub-family E member 1 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Eukaryotic translation initiation factor 4C / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Eukaryotic translation initiation factor 5 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS17 / 40S ribosomal protein S24 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein eS21
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Nguyen TT / Hashem Y / Rocha REO / Boissier F / Qian SB / Jia L / Uematsu S / Gu Y / Shi S
資金援助 米国, European Union, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)DP1GM142101 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)55108556 米国
European Research Council (ERC)101088541European Union
引用ジャーナル: Nat Biotechnol / 年: 2025
タイトル: Programmable initiation of mRNA translation by trans-RNA.
著者: Longfei Jia / Tan-Trung Nguyen / Saori Uematsu / Yifei Gu / Shengcho Shi / Yaser Hashem / Shu-Bing Qian /
要旨: Several approaches exist to silence genes, but few tools are available to activate individual mRNAs for translation inside cells. Guiding ribosomes to specific start codons without altering the ...Several approaches exist to silence genes, but few tools are available to activate individual mRNAs for translation inside cells. Guiding ribosomes to specific start codons without altering the original sequence remains a formidable task. Here we design capped trans-RNAs capable of directing ribosomes to specific initiation sites on individual mRNAs when the trans-cap is positioned near the target start codon. Structural and biochemical data suggest that the capped trans-RNA facilitates ribosome loading and scanning on the target mRNA through a synergistic mechanism involving alternative cap recognition. The trans-RNA also acts independently of the cap on the target mRNA, enabling translation of circular RNAs lacking internal ribosome entry sites. We apply trans-RNAs in vivo to achieve programmable alternative translation of endogenous genes in mouse liver. Finally, we provide the evidence for the existence of natural transcripts that, similarly to exogenous trans-RNAs, activate translation of endogenous mRNAs.
履歴
登録2024年10月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月10日-
マップ公開2025年12月10日-
更新2025年12月10日-
現状2025年12月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51903.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51903.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map of the mammalian late-stage 48S initiation complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 500 pix.
= 465. Å		0.93 Å/pix.
x 500 pix.
= 465. Å		0.93 Å/pix.
x 500 pix.
= 465. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.246
最小 - 最大-1.1440256 - 2.1109765
平均 (標準偏差)-0.0006061282 (±0.052475207)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 465.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: EMhanced map of the mammalian late-stage 48S initiation complex

ファイルemd_51903_additional_1.map
注釈EMhanced map of the mammalian late-stage 48S initiation complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B of the mammalian late-stage 48S initiation complex

ファイルemd_51903_half_map_1.map
注釈half map B of the mammalian late-stage 48S initiation complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A of the mammalian late-stage 48S initiation complex

ファイルemd_51903_half_map_2.map
注釈half map A of the mammalian late-stage 48S initiation complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Late-stage 48S Initiation Complex (LS48S IC) guided by the trans-...

全体名称: Late-stage 48S Initiation Complex (LS48S IC) guided by the trans-RNA of 15 nt length, purification method of biotinylated DNA-oligo pull-down
要素
  • 複合体: Late-stage 48S Initiation Complex (LS48S IC) guided by the trans-RNA of 15 nt length, purification method of biotinylated DNA-oligo pull-down
    • RNA: Initiator methionylated tRNA
    • RNA: 18S ribosomal RNA
    • RNA: Linear mRNA
    • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS2
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS1
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS5
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS3
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS4
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS7
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS6
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS7
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS8
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS4
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS10
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS17
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS12
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS15
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS11
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS19
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS9
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS17
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS13
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS19
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS10
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS21
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS8
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS12
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S24
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS26
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS27
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS28
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS14
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein RACK1
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein
    • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 4C
    • タンパク質・ペプチド: ATP binding cassette subfamily E member 1
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS32
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS25
    • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 5
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER

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超分子 #1: Late-stage 48S Initiation Complex (LS48S IC) guided by the trans-...

超分子名称: Late-stage 48S Initiation Complex (LS48S IC) guided by the trans-RNA of 15 nt length, purification method of biotinylated DNA-oligo pull-down
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#42
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 1.3 MDa

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分子 #1: Initiator methionylated tRNA

分子名称: Initiator methionylated tRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 24.721828 KDa
配列文字列:
GAGCAGAGUG GCGCAGCGGA AGCGUGCUGG GCCCAU(T6A)ACC CAGAGGUCGA UGGAUCGAAA CCAUCCUCUG CUACCA

+
分子 #2: 18S ribosomal RNA

分子名称: 18S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 601.015688 KDa
配列文字列: UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGCAUAUGC UUGUCUCAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUCUA AGUACGCACG GCCGGUACAG UGAAACUGC GAAUGGCUCA UUAAAUCAGU UAUGGUUCCU UUGGUCGCUC GCUCCUCUCC UACUUGGAUA ACUGUGGUAA U UCUAGAGC ...文字列:
UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGCAUAUGC UUGUCUCAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUCUA AGUACGCACG GCCGGUACAG UGAAACUGC GAAUGGCUCA UUAAAUCAGU UAUGGUUCCU UUGGUCGCUC GCUCCUCUCC UACUUGGAUA ACUGUGGUAA U UCUAGAGC UAAUACAUGC CGACGGCGCU GACUCCCUUU GUGUGGGAUG CGUGCAUUUA UCAGAUCAAA ACCAACCCGG UC AGCCUCC CCGCCGGCCG GGGGGGUGGG GCGGCGGCUU UGGUGACUCU AGAUAACCUC GGGCCGAUCG CAGCCCUCCG UGG CGGCGA CGACCCAUUC GAACGUCUGC CCUAUCAACU UUCGAUGGUA GUCGCCGUGC CUACCAUGGU GACCACGGGU GACG GGGAA UCAGGGUUCG AUUCCGGAGA GGGAGCCUGA GAAACGGCUA CCACAUCCAA GGAAGGCAGC AGGCGCGCAA AUUAC CCAC UCCCGACCCG GGGAGGUAGU GACGAAAAAU AACAAUACAG GACUCUUUCG AGGCCCUGUA AUUGGAAUGA GUCCAC UUU AAAUCCUUUA ACGAGGAUCC AUUGGAGGGC AAGUCUGGUC GCAGCAGCCG CGGUAAUUCC AGCUCCAAUA GCGUAUA UU AAAGUUGCUG CAGUUAAAAA GCUCGUAGUU GGAUCUUGUG GAGGGUGCGU AGCGGGCGGU CCGCCGCGAG GCGAGCCA C CGCCCGUCCC CGCCCCUUGC CUCUCGGCGC CCCCUCGAUG CUCUUAGCUG AGUGUCCCGC GGGGCCCGAA GCGUUUACU UUGAAAAAAU UAGAGUGUUC AAAGCAGGCC CGAGCCGCCU GGAUACCGCA GCUAGGAAUA AUGGAAUAGG ACCGCGGUUC UAUUUUGUU GGUUUUCGGA ACUGAGGCCA UGAUUAAGAG GGACGGCCGG GGGCAUUCGU AUUGCGCCGC UAGAGGUGAA A UUCUUGGA CCGGCGCAAG ACGGACCAGA GCGAAAGCAU UUGCCAAGAA UGUUUUCAUU AAUCAAGAAC GAAAGUCGGA GG UUCGAAG ACGAUCAGAU ACCGUCGUAG UUCCGACCAU AAACGAUGCC GACUGGCGAU GCGGCGGCGU UAUUCCCAUG ACC CGCCGG GCAGCUUCCG GGAAACCAAA GUCUUUGGGU UCCGGGGGGA GUAUGGUUGC AAAGCUGAAA CUUAAAGGAA UUGA CGGAA GGGCACCACC AGGAGUGGAG CCUGCGGCUU AAUUUGAC(I2T)C AACACGGGAA ACCUCACCCG GCCCGGACAC G GACAGGAU UGACAGAUUG AUAGCUCUUU CUCGAUUCUG UGGGUGGUGG UGCAUGGCCG UUCUUAGUUG GUGGAGCGAU UU GUCUGGU UAAUUCCGAU AACGAACGAG ACUCUGGCAU GCUAACUAGU UACGCGACCC CCGAGCGGUC GGCGUCCCCC AAC UUCUUA GAGGGACAAG UGGCGUUCAG CCACCCGAGA UUGAGCAAUA ACAGGUCUGU GAUGCCCUUA GAUGUCGGGG CUGC ACGCG CGCUACACUG ACUGGCUCAG CGUGUGCCUA CCCUACGCCG GCAGGCGCGG GUAACCCGUU GAACCCCAUU CGUGA UGGG GAUCGGGGAU UGCAAUUAUU CCCCAUGAAC GAGGAAUUCC CAGUAAGUGC GGGUCAUAAG CUUGCGUUGA UUAAGU CCC UGCCCUUUGU ACACACCGCC CGUCGCUACU ACCGAUUGGA UGGUUUAGUG AGGCCCUCGG AUCGGCCCGC CGGGGUC GG CCCACGGCCC UGGCGGAGCG CUGAGAAGAC GGUCGAACUU GACUAUCUAG AGGAAGUAAA AGUCGUAACA AGGUUUCC G UAGGUGAACC UGCGGAAGGA UCAUUA

+
分子 #3: Linear mRNA

分子名称: Linear mRNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 51.665809 KDa
配列文字列:
GGGACAUUUG CUUCUGACAC AACAUGGAAU CGAUCAUCAA CUUCGAAAAG CUAUAGUAAU GUGUUCACUA GCAACCUCAA ACAGACACC GCCACCAUGG UGAGCGGCUG GCGGCUGUUC AAGAAGAUUA GCCCGCUCGA GAUGGUGAGC AAGGGCGAGG A

+
分子 #4: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 32.792867 KDa
配列文字列: MPGLSCRFYQ HKFPEVEDVV MVNVRSIAEM GAYVSLLEYN NIEGMILLSE LSRRRIRSIN KLIRIGRNEC VVVIRVDKEK GYIDLSKRR VSPEEAIKCE DKFTKSKTVY SILRHVAEVL EYTKDEQLES LFQRTAWVFD DKYKRPGYGA YDAFKHAVSD P SILDSLDL ...文字列:
MPGLSCRFYQ HKFPEVEDVV MVNVRSIAEM GAYVSLLEYN NIEGMILLSE LSRRRIRSIN KLIRIGRNEC VVVIRVDKEK GYIDLSKRR VSPEEAIKCE DKFTKSKTVY SILRHVAEVL EYTKDEQLES LFQRTAWVFD DKYKRPGYGA YDAFKHAVSD P SILDSLDL NEDEREVLIN NINRRLTPQA VKIRADIEVA CYGYEGIDAV KEALRAGLNC STETMPIKIN LIAPPRYVMT TT TLERTEG LSVLNQAMAV IKEKIEEKRG VFNVQMEQVW KTPRRKT

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1

+
分子 #5: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 詳細: Uniprot ID: A0A5F9C3W2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 52.499992 KDa
配列文字列: MRLPGQLPSS PGKMAGGEAG VTLGQPHLSR QDLATLDVTK LTPLSHEVIS RQATINIGTI GHVAHGKSTV VKAISGVHTV RFKNELERN ITIKLGYANA KIYKLDDPSC PRPECYRSCG SSTPDEFPTD IPGTKGNFKL VRHVSFVDCP GHDILMATML N GAAVMDAA ...文字列:
MRLPGQLPSS PGKMAGGEAG VTLGQPHLSR QDLATLDVTK LTPLSHEVIS RQATINIGTI GHVAHGKSTV VKAISGVHTV RFKNELERN ITIKLGYANA KIYKLDDPSC PRPECYRSCG SSTPDEFPTD IPGTKGNFKL VRHVSFVDCP GHDILMATML N GAAVMDAA LLLIAGNESC PQPQTSEHLA AIEIMKLKHI LILQNKIDLV KESQAKEQYE QILAFVQGTV AEGAPIIPIS AQ LKYNIEV VCEYIVKKIP VPPRDFTSEP RLIVIRSFDV NKPGCEVDDL KGGVAGGSIL KGVLKVGQEI EVRPGIVSKD SEG KLMCKP IFSKIVSLFA EHNDLQYAAP GGLIGVGTKI DPTLCRADRM VGQVLGAVGA LPEIFTELEI SYFLLRRLLG VRTE GDKKA AKVQKLSKNE VLMVNIGSLS TGGRVSAVKA DLGKIVLTNP VCTEVGEKIA LSRRVEKHWR LIGWGQIRRG VTIKP TVDD D

+
分子 #6: Small ribosomal subunit protein uS2

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 詳細: G1TLT8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 32.927988 KDa
配列文字列: MSGALDVLQM KEEDVLKFLA AGTHLGGTNL DFQMEQYIYK RKSDGIYIIN LKRTWEKLLL AARAIVAIEN PADVSVISSR NTGQRAVLK FAAATGATPI AGRFTPGTFT NQIQAAFREP RLLVVTDPRA DHQPLTEASY VNLPTIALCN TDSPLRYVDI A IPCNNKGA ...文字列:
MSGALDVLQM KEEDVLKFLA AGTHLGGTNL DFQMEQYIYK RKSDGIYIIN LKRTWEKLLL AARAIVAIEN PADVSVISSR NTGQRAVLK FAAATGATPI AGRFTPGTFT NQIQAAFREP RLLVVTDPRA DHQPLTEASY VNLPTIALCN TDSPLRYVDI A IPCNNKGA HSVGLMWWML AREVLRMRGT ISREHPWEVM PDLYFYRDPE EIEKEEQAAA EKAVTKEEFQ GEWTAPAPEF TA TQPEVAD WSEGVQVPSV PIQQFPTEDW SAQPATEDWS AAPTAQATEW VGTTTEWS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #7: Small ribosomal subunit protein eS1

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 詳細: G1TN72 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 29.928967 KDa
配列文字列: MAVGKNKRLT KGGKKGAKKK VVDPFSKKDW YDVKAPAMFN IRNIGKTLVT RTQGTKIASD GLKGRVFEVS LADLQNDEVA FRKFKLITE DVQGKNCLTN FHGMDLTRDK MCSMVKKWQT MIEAHVDVKT TDGYLLHLFC VGFTKKCNNQ IRKTSYAQHQ Q VRQIRKKM ...文字列:
MAVGKNKRLT KGGKKGAKKK VVDPFSKKDW YDVKAPAMFN IRNIGKTLVT RTQGTKIASD GLKGRVFEVS LADLQNDEVA FRKFKLITE DVQGKNCLTN FHGMDLTRDK MCSMVKKWQT MIEAHVDVKT TDGYLLHLFC VGFTKKCNNQ IRKTSYAQHQ Q VRQIRKKM MEIMTREVQT NDLKEVVNKL IPDSIGKDIE KACQSIYPLH DVFVRKVKML KKPKFELGKL MELHGEGSSS GK ATGDETG AKVERADGYE PPVQESV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS1

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分子 #8: Small ribosomal subunit protein uS5

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 詳細: A0AAA9WW19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
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LGFGGAEGGG GGRLLGLGSG RGRGRGARGG KAEDKEWLPV TKLGRLVKDV KIKSLEEIYL FSLPIKESEI IDFFLGAALK DEVLKIMPV QKQTRAAQRT RFKAFVAIGD YNGHVGLGVK CSKEVATAIR GAIILAKLSI VPVRRGYWGN KIGKPHTVPC K VTGRCGSV LVHLIPAPRG TGIVSAPVPK KLLLMAGIDD CYTSAWSCTA TLGNFAKATF DAISKTYSYL TPDLWKETVF TK SPYQEFT DHLVKTHTRV SVQRTQAPAV ATT

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

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分子 #9: Small ribosomal subunit protein uS3

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 詳細: G1TNM3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 26.715344 KDa
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MAVQISKKRK FVADGIFKAE LNEFLTRELA EDGYSGVEVR VTPTRTEIII LATRTQNVLG EKGRRIRELT AVVQKRFGFP EGSVELYAE KVATRGLCAI AQAESLRYKL LGGLAVRRAC YGVLRFIMES GAKGCEVVVS GKLRGQRAKS MKFVDGLMIH S GDPVNYYV DTAVRHVLLR QGVLGIKVKI MLPWDPSGKI GPKKPLPDHV SIVEPKDEIL PTTPISEQKG GKPEPPAMPQ PV PTA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

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分子 #10: Small ribosomal subunit protein eS4

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 詳細: G1TK17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
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MARGPKKHLK RVAAPKHWML DKLTSVFAPR PSTGPHKLRE CLPLIIFLRN KLKYALTGDE VKKICMQRFI KIDGKVRADI TYPAGFMDV ISIDKTGENF RLIYDTKGRF AVHRITPEEA KYKLCKVRKI FVGTKGIPHL VTHDARTIRY PDPLIKMNDT I QIDLETGK ITDFIKFDTG NLCMVTGGAN LGRIGVITNR ERHPGSFDVV HVKDANGNSF ATRLSNIFVI GKGNKPWISL PR GKGIRLT IAEERDKRLA AKQSSG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS4

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分子 #11: Small ribosomal subunit protein uS7

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 詳細: G1TFM5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
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UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

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分子 #12: Small ribosomal subunit protein eS6

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 詳細: G1TM55 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
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MKLNISFPAT GCQKLIEVDD ERKLRTFYEK RMATEVAADA LGEEWKGYVV RISGGNDKQG FPMKQGVLTH GRVRLLLSKG HSCYRPRRT GERKRKSVRG CIVDANLSVL NLVIVKKGEK DIPGLTDTTV TRRLGPKRAS RIRKLFNLSK EDDVRQYVVR K PLNKEGKK PRTKAPKIQR LVTPRVLQHK RRRIALKKQR TKKNKEEAAE YAKLLAKRMK EAKEKRQEQI AKRRRLSSLR AS TSKSESS QK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS6

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分子 #13: Small ribosomal subunit protein eS7

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / 詳細: G1SVB0 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
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UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS7

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分子 #14: Small ribosomal subunit protein eS8

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / 詳細: G1TJW1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 24.163244 KDa
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MGISRDNWHK RRKTGGKRKP YHKKRKYELG RPAANTKIGP RRIHTVGVRG GNKKYRALRL DVGNFSWGSE CCTRKTRIID VVYNASNNE LVRTKTLVKN CIVLIDSTPY RQWYESHYAL PLGRKKGAKL TPEEEEILNK KRSKKIQKKY DERKKNAKIS S LLEEQFQQ GKLLACIASR PGQCGRADGY VLEGKELEFY LRKIKARKGK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS8

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分子 #15: Small ribosomal subunit protein uS4

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / 詳細: B7NZS8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 22.641564 KDa
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MPVARSWVCR KTYVTPRRPF EKSRLDQELK LIGEYGLRNK REVWRVKFTL AKIRKAAREL LTLDEKDPRR LFEGNALLRR LVRIGVLDE GKMKLDYILG LKIEDFLERR LQTQVFKLGL AKSIHHARVL IRQRHIRVRK QVVNIPSFIV RLDSQKHIDF S LRSPYGGG RPGRVKRKNA KKGQGGAGAG DDEEED

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

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分子 #16: Small ribosomal subunit protein eS10

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / 詳細: G1U0Y5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 17.156865 KDa
配列文字列:
MLMPKKNRIA IYELLFKEGV MVAKKDVHMP KHPELADKNV PNLHVMKAMQ SLKSRGYVKE QFAWRHFYWY LTNEGIQYLR DYLHLPPEI VPATLRRSRP ETGRPRPKGL EGERPARLTR GEADRDTYRR SAVPPGADKK AEAGAGSATE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS10

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分子 #17: Small ribosomal subunit protein uS17

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / 詳細: G1TRM4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 18.468826 KDa
配列文字列:
MADIQTERAY QKQPTIFQNK KRVLLGETGK EKLPRYYKNI GLGFKTPKEA IEGTYIDKKC PFTGNVSIRG RILSGVVTKM KMQRTIVIR RDYLHYIRKY NRFEKRHKNM SVHLSPCFRD VQIGDIVTVG ECRPLSKTVR FNVLKVTKAA GTKKQFQKF

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

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分子 #18: Small ribosomal subunit protein eS12

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / 詳細: G1SFR8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 14.538987 KDa
配列文字列:
MAEEGIAAGG VMDVNTALQE VLKTALIHDG LARGIREAAK ALDKRQAHLC VLASNCDEPM YVKLVEALCA EHQINLIKVD DNKKLGEWV GLCKIDREGK PRKVVGCSCV VVKDYGKESQ AKDVIEEYFK CKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS12

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分子 #19: Small ribosomal subunit protein uS15

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / 詳細: G1SP51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 17.259389 KDa
配列文字列:
MGRMHAPGKG LSQSALPYRR SVPTWLKLTS DDVKEQIYKL AKKGLTPSQI GVILRDSHGV AQVRFVTGNK ILRILKSKGL APDLPEDLY HLIKKAVAVR KHLERNRKDK DAKFRLILIE SRIHRLARYY KTKRVLPPNW KYESSTASAL VA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #20: Small ribosomal subunit protein uS11

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / 詳細: G1T1F0 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 16.302772 KDa
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MAPRKGKEKK EEQVISLGPQ VAEGENVFGV CHIFASFNDT FVHVTDLSGK ETICRVTGGM KVKADRDESS PYAAMLAAQD VAQRCKELG ITALHIKLRA TGGNRTKTPG PGAQSALRAL ARSGMKIGRI EDVTPIPSDS TRRKGGRRGR RL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #21: Small ribosomal subunit protein uS19

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / 詳細: G1U0Q2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 17.049182 KDa
配列文字列:
MAEVEQKKKR TFRKFTYRGV DLDQLLDMSY EQLMQLYSAR QRRRLSRGLR RKQHSLLKRL RKAKKEAPPM EKPEVVKTHL RDMIILPEM VGSMVGVYNG KTFNQVEIKP EMIGHYLGEF SITYKPVKHG RPGIGATHSS RFIPLK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #22: Small ribosomal subunit protein uS9

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / 詳細: G1SGX4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 16.477377 KDa
配列文字列:
MPSKGPLQSV QVFGRKKTAT AVAHCKRGNG LIKVNGRPLE MIEPRTLQYK LLEPVLLLGK ERFAGVDIRV RVKGGGHVAQ IYAIRQSIS KALVAYYQKY VDEASKKEIK DILIQYDRTL LVADPRRCES KKFGGPGARA RYQKSYR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

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分子 #23: Small ribosomal subunit protein eS17

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / 詳細: G1TU13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 15.552119 KDa
配列文字列:
MGRVRTKTVK KAARVIIEKY YTRLGNDFHT NKRVCEEIAI IPSKKLRNKI AGYVTHLMKR IQRGPVRGIS IKLQEEERER RDNYVPEVS ALDQEIIEVD PDTKEMLKLL DFGSLSNLQV TQPTVGMNFK TPRGAV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS17

+
分子 #24: Small ribosomal subunit protein uS13

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / 詳細: G1TPG3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 17.759777 KDa
配列文字列:
MSLVIPEKFQ HILRVLNTNI DGRRKIAFAI TAIKGVGRRY AHVVLRKADI DLTKRAGELT EDEVERVITI MQNPRQYKIP DWFLNRQKD VKDGKYSQVL ANGLDNKLRE DLERLKKIRA HRGLRHFWGL RVRGQHTKTT GRRGRTVGVS KKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

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分子 #25: Small ribosomal subunit protein eS19

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / 詳細: G1TN62 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 16.235796 KDa
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MPGVTVKDVN QQEFVRALAA FLKKSGKLKV PEWVDTVKLA KHKELAPYDE NWFYTRAAST ARHLYLRGGA GVGSMTKIYG GRQRNGVMP SHFSRGSKSV ARRVLQALEG LKMVEKDQDW GRKLTPQGQR DLDRIAGQVA AAKKKH

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS19

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分子 #26: Small ribosomal subunit protein uS10

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / 詳細: G1SIZ2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 13.398763 KDa
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MAFKDTGKTP VEPEVAIHRI RITLTSRNVK SLEKVCADLI RGAKEKNLKV KGPVRMPTKT LRITTRKTPC GEGSKTWDRF QMRIHKRLI DLHSPSEIVK QITSISIEPG VEVEVTIADA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

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分子 #27: Small ribosomal subunit protein eS21

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / 詳細: G1TM82 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 9.124389 KDa
配列文字列:
MQNDAGEFVD LYVPRKCSAS NRIIGAKDHA SIQMNVAEVD KVTGRFNGQF KTYAICGAIR RMGESDDSIL RLAKADGIVS KNF

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS21

+
分子 #28: Small ribosomal subunit protein uS8

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / 詳細: G1TG89 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 14.865555 KDa
配列文字列:
MVRMNVLADA LKSINNAEKR GKRQVLIRPC SKVIVRFLTV MMKHGYIGEF EIIDDHRAGK IVVNLTGRLN KCGVISPRFD VQLKDLEKW QNNLLPSRQF GFIVLTTSAG IMDHEEARRK HTGGKILGFF F

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #29: Small ribosomal subunit protein uS12

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / 詳細: G1SZ47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 15.844666 KDa
配列文字列:
MGKCRGLRTA RKLRSHRRDQ KWHDKQYKKA HLGTALKANP FGGASHAKGI VLEKVGVEAK QPNSAIRKCV RVQLIKNGKK ITAFVPNDG CLNFIEENDE VLVAGFGRKG HAVGDIPGVR FKVVKVANVS LLALYKGKKE RPRS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #30: 40S ribosomal protein S24

分子名称: 40S ribosomal protein S24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / 詳細: G1TS40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 15.434267 KDa
配列文字列:
MNDTVTIRTR KFMTNRLLQR KQMVIDVLHP GKATVPKTEI QEKLAKMYKT TPDVIFVFGF RTHFGGGKTT GFGMIYDSLD YAKKNEPKH RLARHGLYEK KKTSRKQRKE RKNRMKKVRG TAKANVGAGK KPKE

UniProtKB: 40S ribosomal protein S24

+
分子 #31: Small ribosomal subunit protein eS26

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / 詳細: G1TFE8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 12.961455 KDa
配列文字列:
MTKKRRNNGR AKKGRGHVQP IRCTNCACCV PKDKAIKKFV IRNIVEAAAV RDISEVSVFD AYVLPKLYVK LHYCVSCAIH SKVVRNRSR EARKDRTPPP RFRPAGAAPP PPPKPM

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS26

+
分子 #32: Small ribosomal subunit protein eS27

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / 詳細: G1TZ76 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 9.480186 KDa
配列文字列:
MPLAKDLLHP SPEEEKRKHK KKRLVQSPNS YFMDVKCPGC YKITTVFSHA QTVVLCVGCS TVLCQPTGGK ARLTEGCSFR RKQH

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS27

+
分子 #33: Small ribosomal subunit protein eS28

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / 詳細: G1TIB4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 7.855052 KDa
配列文字列:
MDTSRVQPIK LARVTKVLGR TGSQGQCTQV RVEFMDDTSR SIIRNVKGPV REGDVLTLLE SEREARRLR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS28

+
分子 #34: Small ribosomal subunit protein uS14

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / 詳細: G1U7M4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 6.690821 KDa
配列文字列:
MGHQQLYWSH PRKFGQGSRS CRVCSNRHGL IRKYGLNMCR QCFRQYAKDI GFIKLD

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #35: Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein

分子名称: Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / 詳細: G1SK22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 18.004041 KDa
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLEVEPS DTIENVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHLV LRLRGGAKKR KKKSYTTPK KNKHKRKKVK LAVLKYYKVD ENGKISRLRR ECPSDECGAG VFMASHFDRH YCGKCCLTYC FNKPEDK

UniProtKB: Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein

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分子 #36: Small ribosomal subunit protein RACK1

分子名称: Small ribosomal subunit protein RACK1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / 詳細: G1SJB4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 35.115652 KDa
配列文字列: MTEQMTLRGT LKGHNGWVTQ IATTPQFPDM ILSASRDKTI IMWKLTRDET NYGIPQRALR GHSHFVSDVV ISSDGQFALS GSWDGTLRL WDLTTGTTTR RFVGHTKDVL SVAFSSDNRQ IVSGSRDKTI KLWNTLGVCK YTVQDESHSE WVSCVRFSPN S SNPIIVSC ...文字列:
MTEQMTLRGT LKGHNGWVTQ IATTPQFPDM ILSASRDKTI IMWKLTRDET NYGIPQRALR GHSHFVSDVV ISSDGQFALS GSWDGTLRL WDLTTGTTTR RFVGHTKDVL SVAFSSDNRQ IVSGSRDKTI KLWNTLGVCK YTVQDESHSE WVSCVRFSPN S SNPIIVSC GWDKLVKVWN LANCKLKTNH IGHTGYLNTV TVSPDGSLCA SGGKDGQAML WDLNEGKHLY TLDGGDIINA LC FSPNRYW LCAATGPSIK IWDLEGKIIV DELKQEVIST SSKAEPPQCT SLAWSADGQT LFAGYTDNLV RVWQVTIGTR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein RACK1

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分子 #37: Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein

分子名称: Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / 詳細: G1T8A2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 14.498884 KDa
配列文字列:
MQLFVRAQEL HTLEVTGRET VAQIKAHVAS LEGIAPEDQV VLLAGTPLED EATLGQCGVE ALSTLEVAGR MLGGKVHGSL ARVGKVRGQ TLKVAKQEKK KKRTGRAKRR MQYNRRFVNV VPTFGKKKGP NANS

UniProtKB: Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein

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分子 #38: Eukaryotic translation initiation factor 4C

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 4C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38
詳細: Uniprot: G1SYS4, Eukaryotic translation initiation factor 4C. Many last papers called this protein as Eukaryotic translation initiation factor 1A
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 16.476395 KDa
配列文字列:
MPKNKGKGGK NRRRGKNENE SEKRELVFKE DGQEYAQVIK MLGNGRLEAM CFDGVKRLCH IRGKLRKKVW INTSDIILVG LRDYQDNKA DVILKYNADE ARSLKAYGEL PEHAKINETD TFGPGDDDEI QFDDIGDDDE DTDDI

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 4C

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分子 #39: ATP binding cassette subfamily E member 1

分子名称: ATP binding cassette subfamily E member 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / 詳細: G1SG72 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 67.419258 KDa
配列文字列: MADKLTRIAI VNHDKCKPKK CRQECKKSCP VVRMGKLCIE VTPQSKIAWI SETLCIGCGI CIKKCPFGAL SIVNLPSNLE KETTHRYCA NAFKLHRLPI PRPGEVLGLV GTNGIGKSTA LKILAGKQKP NLGKYDDPPD WQEILTYFRG SELQNYFTKI L EDDLKAII ...文字列:
MADKLTRIAI VNHDKCKPKK CRQECKKSCP VVRMGKLCIE VTPQSKIAWI SETLCIGCGI CIKKCPFGAL SIVNLPSNLE KETTHRYCA NAFKLHRLPI PRPGEVLGLV GTNGIGKSTA LKILAGKQKP NLGKYDDPPD WQEILTYFRG SELQNYFTKI L EDDLKAII KPQYVDQIPK AAKGTVGSIL DRKDETKTQA IVCQQLDLTH LKERNVEDLS GGELQRFACA VVCIQKADIF MF DEPSSYL DVKQRLKAAI TIRSLINPDR YIIVVEHDLS VLDYLSDFIC CLYGVPSAYG VVTMPFSVRE GINIFLDGYV PTE NLRFRD ASLVFKVAET ANEEEVKKMC MYKYPGMKKK MGEFELAIVA GEFTDSEIMV MLGENGTGKT TFIRMLAGRL KPDE GGEVP VLNVSYKPQK ISPKSTGSVR QLLHEKIRDA YTHPQFVTDV MKPLQIENII DQEVQTLSGG ELQRVALALC LGKPA DVYL IDEPSAYLDS EQRLMAARVV KRFILHAKKT AFVVEHDFIM ATYLADRVIV FDGIPSKNTV ANSPQTLLAG MNKFLS QLE ITFRRDPNNY RPRINKLNSI KDVEQKKSGN YFFLDD

UniProtKB: ATP-binding cassette sub-family E member 1

+
分子 #40: Small ribosomal subunit protein eS32

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / 詳細: A0A087WNH4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 3.473451 KDa
配列文字列:
MRAKWRKKRM RRLKRKRRKM RQRSK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS32

+
分子 #41: Small ribosomal subunit protein eS25

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / 詳細: G1TDB3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 13.645028 KDa
配列文字列:
PPKDDKKKKD AGKSAKKDKD PVNKSGGKAK KKKWSKGKVR DKLNNLVLFD KATYDKLCKE VPNYKLITPA VVSERLKIRG SLARAALQE LLSKGLIKLV SKHRAQVIYT RNTKGGDAPA AGEDA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS25

+
分子 #42: Eukaryotic translation initiation factor 5

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42
詳細: G1TGW1 (2019-12-11 v2) (430 aa) and A0A5F9C5D3 (2019-12-11 v1) (398 aa). Different the C-ter of two protein isoform from the position 354
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 49.13152 KDa
配列文字列: MSVNVNRSVS DQFYRYKMPR LIAKVEGKGN GIKTVIVNMV DVAKALNRPP TYPTKYFGCE LGAQTQFDVK NDRYIVNGSH EANKLQDML DGFIKKFVLC PECENPETDL HVNPKKQTIG NSCKACGYRG MLDTHHKLCT FILKNPPENS DSATGKKEKE K KNRKGKDK ...文字列:
MSVNVNRSVS DQFYRYKMPR LIAKVEGKGN GIKTVIVNMV DVAKALNRPP TYPTKYFGCE LGAQTQFDVK NDRYIVNGSH EANKLQDML DGFIKKFVLC PECENPETDL HVNPKKQTIG NSCKACGYRG MLDTHHKLCT FILKNPPENS DSATGKKEKE K KNRKGKDK ENGSVSSSET PPPPPPNEIS PPPHAVEEEE DDDWGEDTTE EAQRRRMDEI SDHAKVLTLS DDLERTVEER VN ILFDFVK KKKEEGVIDS SDKEIVAEAE RLDVKAMGPL VLTEVLFNEK IREQIKKYRR HFLRFCHNNK KAQRYLLHGL ECV VAMHQA QLISKIPHIL KEMYDADLLE EEVIISWSEK ASKKYVSKEL AKEIRVKAEP FIKWLKEAEE ESSGGEEDDE DENI EVVYS KTASVPKVET VKSDNKDDDI DIDAI

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 5

+
分子 #43: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 43 / コピー数: 2 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMHEPES-KOHHEPES Buffer
5.0 mMMg(OAc)2Magnesium Acetate
50.0 mMKOAcPotassium Acetate
10.0 mMNH4ClAmmonium Chloride
2.0 mMDTTDithiothreitol

詳細: 10 mM HEPES-KOH pH 7.4, 5 mM Mg(OAc)2, 50 mM KOAc, 10 mM NH4Cl, 2 mM DTT and Roche cOmplete protease inhibitor cocktail
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 詳細: glow-discharged at 2.5 mA for 20 s
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: The sample was incubated on the grid for 30 s and then blotted with filter paper from both sides for 1.5 s with the blot force 5.
詳細late-stage 48S initiation translation complex was dissolved in 20 microlitre buffer containing 10 mM HEPES-KOH pH 7.4, 5 mM Mg(OAc)2, 50 mM KOAc, 10 mM NH4Cl, 2 mM DTT and Roche cOmplete protease inhibitor cocktail

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
温度最低: 90.0 K / 最高: 95.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9524 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 30.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.1) / 使用した粒子像数: 1000
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain詳細

8p09

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6yam

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6fyx

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

tgw1

chain_id: o, residue_range: 1-147, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico modelEukaryotic translation initiation factor 5 (N-terminal domain)
詳細The atomic model of LS48S IC complex (PDB: 8P09) was initially rigid body fitted in density using ChimeraX and further model building was done for mRNA, eIF5 N-terminal domain, eIF2gamma, eIF3d and eIF3 octamer in ChimeraX. Densities for eIF5 N-terminal domain, eIF2gamma, eIF3d and eIF3 octamer were observed in the map and therefore were included in the model. The 3D structure of the eIF5-N terminal domain was generated by Alphafold2 (PDB: G1TGW1). It was then accommodated into the model by aligning structurally to its counterparts in the yeast atomic model of the py48S-eIF5N pre-initiation complex (PDB: 6FYX). IF3d and eIF3 octamer were taken from the atomic model of LS48S IC complex with eIF3 proteins (PDB: 6YAM) and placed into density by rigid-body fitting. The atomic models with and without eIF3 proteins were inspected visually and performed stereochemical, torsional, angle refinement and optimization by using ISOLDE v1.6. Figures featuring cryo-EM densities and atomic models were visualized by using ChimeraX.
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9h6y:
Late-stage 48S Initiation Complex (LS48S IC) guided by the trans-RNA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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