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- EMDB-51635: P116 from Mycoplasma pneumoniae in complex with mild growth suppr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51635
タイトルP116 from Mycoplasma pneumoniae in complex with mild growth suppressor monoclonal antibody
マップデータCryo-EM map of P116 protein from Mycoplasma pneumoniae in complex with a monoclonal antibody
試料
  • 複合体: Binary complex of mild growth suppressor monoclonal antibody with P116 protein from Mycoplasma pneumoniae.
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain monoclonal antibody
    • タンパク質・ペプチド: Light chain monoclonal antibody
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized protein MG075 homolog
キーワードimmunodominant / cholesterol / essential lipids / transporter / lipid binder / monoclonal antibody / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性: / : / P116-like protein / membrane / Uncharacterized protein MG075 homolog
機能・相同性情報
生物種Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.06 Å
データ登録者Vizarraga D / Marcos Silva M / Martin Romero J / Guerra P / Fita I / Pinyol J
資金援助 スペイン, 4件
OrganizationGrant number国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBeca Margarita Salas スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBIO2017-84166-R スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2021-125632OB-C22 スペイン
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2021-125632OB-C21 スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Sources of essential lipids for Mycoplasma pneumoniae via P116 to target liver and atherosclerotic lesions.
著者: David Vizarraga / Marina Marcos / Noemi Rotllan / Jesús Martín / David Santos / Mercedes Camacho / Begoña Soto / Lorena Velasco-Reniu / Pablo Guerra / Félix Pareja / María Collantes / ...著者: David Vizarraga / Marina Marcos / Noemi Rotllan / Jesús Martín / David Santos / Mercedes Camacho / Begoña Soto / Lorena Velasco-Reniu / Pablo Guerra / Félix Pareja / María Collantes / Wanlu Wu / Irene Rodríguez-Arce / Luis Serrano / Jaume Piñol / Ignacio Fita / Joan Carles Escolà-Gil /
要旨: Mycoplasma pneumoniae (MPN) is a bacterial pathogen that primarily causes atypical pneumonia. It cannot synthesize certain essential lipids and therefore relies on the host for their acquisition to ...Mycoplasma pneumoniae (MPN) is a bacterial pathogen that primarily causes atypical pneumonia. It cannot synthesize certain essential lipids and therefore relies on the host for their acquisition to survive. MPN has been detected in increased amounts within ruptured atherosclerotic plaques. In this work, we show that the protein P116 facilitates cholesterol acquisition from LDL, HDL and various cell types. Targeting P116's C-terminal domain with a monoclonal antibody inhibits cholesterol acquisition and bacterial growth in vitro. Phase contrast epifluorescence microscopy of human arteries reveals that this antibody blocks MPN binding to atherosclerotic lesions ex vivo. Additionally, an MPN chassis injected into hyperlipidemic female mice localizes to the liver and atherosclerotic plaques. Here, we report that P116 plays a role in extracting essential lipids from lipoproteins and host cells and regulates MPN localization to atheromatous plaques. The study highlights MPN's potential as a tool for targeting atherosclerotic lesions and fatty liver.
履歴
登録2024年9月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月24日-
マップ公開2025年12月24日-
更新2025年12月24日-
現状2025年12月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51635.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51635.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 506 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of P116 protein from Mycoplasma pneumoniae in complex with a monoclonal antibody
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.48 Å/pix.
x 510 pix.
= 244.8 Å		0.48 Å/pix.
x 510 pix.
= 244.8 Å		0.48 Å/pix.
x 510 pix.
= 244.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.48 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.0018194956 - 2.2119758
平均 (標準偏差)0.0021950628 (±0.035010755)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ510510510
Spacing510510510
セルA=B=C: 244.79999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_51635_half_map_1.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_51635_half_map_2.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Binary complex of mild growth suppressor monoclonal antibody with...

全体名称: Binary complex of mild growth suppressor monoclonal antibody with P116 protein from Mycoplasma pneumoniae.
要素
  • 複合体: Binary complex of mild growth suppressor monoclonal antibody with P116 protein from Mycoplasma pneumoniae.
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain monoclonal antibody
    • タンパク質・ペプチド: Light chain monoclonal antibody
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized protein MG075 homolog

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超分子 #1: Binary complex of mild growth suppressor monoclonal antibody with...

超分子名称: Binary complex of mild growth suppressor monoclonal antibody with P116 protein from Mycoplasma pneumoniae.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)

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分子 #1: Heavy chain monoclonal antibody

分子名称: Heavy chain monoclonal antibody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 22.809572 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: QVQLQQPGAE LVKPGASVKL SCKASGYSFI TYWMRWVRQR PGQGLEWIGQ INPSNGHTNY DEKFKDRATL TVDKSSTTAY LQLSSLTSD DSAVYFCARS WEAMDYWGQG TSVTVSSAKT TAPSVYPLAP VCGVTLGCLV KGYFPEPVTL TWNSGSLSSG V HTFPAVLQ ...文字列:
QVQLQQPGAE LVKPGASVKL SCKASGYSFI TYWMRWVRQR PGQGLEWIGQ INPSNGHTNY DEKFKDRATL TVDKSSTTAY LQLSSLTSD DSAVYFCARS WEAMDYWGQG TSVTVSSAKT TAPSVYPLAP VCGVTLGCLV KGYFPEPVTL TWNSGSLSSG V HTFPAVLQ SDLYTLSSSV TVTSSTWPSQ SITCNVAHPA SSTKVDKKIE PR

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分子 #2: Light chain monoclonal antibody

分子名称: Light chain monoclonal antibody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.367701 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: DIVLTQSPAT LSVTPGDSVS LSCRASQGIS NNLHWYQQKS HESPRLLIKY ASQSFSGIPS RFSGSGSGTV FTLTINSVET EDFGVYFCQ QSYSWPIFTF GSGTNLQIKR ADAAPTVSIF PPSSEQLTSG GASVVCFLNN FYPKDINVKW KIDGSERQNG V LNSWTDQD ...文字列:
DIVLTQSPAT LSVTPGDSVS LSCRASQGIS NNLHWYQQKS HESPRLLIKY ASQSFSGIPS RFSGSGSGTV FTLTINSVET EDFGVYFCQ QSYSWPIFTF GSGTNLQIKR ADAAPTVSIF PPSSEQLTSG GASVVCFLNN FYPKDINVKW KIDGSERQNG V LNSWTDQD SKDSTYSMSS TLTLTKDEYE RHNSYTCEAT HKTSTSPIVK SFNR

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分子 #3: Uncharacterized protein MG075 homolog

分子名称: Uncharacterized protein MG075 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
分子量理論値: 91.165898 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: QPAAATRITV ENGTDKLVNY KSSPQQLFLA KNALKDKLQG EFDKFLSDAK AFPALTADLQ EWVDQQLFNP NQSFFDLSAP RSNFTLSSD KKASLDFIFR FTNFTESVQL LKLPEGVSVV VDSKQSFDYY VNASAQKLLV LPLSLPDYTL GLNYMFDHIT L NGKVVNKF ...文字列:
QPAAATRITV ENGTDKLVNY KSSPQQLFLA KNALKDKLQG EFDKFLSDAK AFPALTADLQ EWVDQQLFNP NQSFFDLSAP RSNFTLSSD KKASLDFIFR FTNFTESVQL LKLPEGVSVV VDSKQSFDYY VNASAQKLLV LPLSLPDYTL GLNYMFDHIT L NGKVVNKF SFNPFKTNLN LAFSNVYNGV DVFEAQKNLV GKGKYLNTHV KAEDVKKDVN ANIKNQFDIA KIIAELMGKA LK EFGNQQE GQPLSFLKVM DKVKEDFEKL FNLVRPGLGK FVKDLIQSSS QAENKITVYK LIFDNKKTIL NLLKELSIPE LNS SLGLVD VLFDGITDSD GLYERLQSFK DLIVPAVKTN EKTAALSPLI EELLTQKDTY VFDLIQKHKG ILTNLLKNFL ADFQ KSTPF MADQVAIFTE LFDNEGAFDL FGEADFVDKI AELFLTKRTV KNGEKIETKD SLLVTSLKSL LGEKVAALGD LLDSY IFKN ELLNRSVEVA KAEAKDTKGA TDYKKEQAKA LKKLFKHIGE NTLSKTNLDK ITLKEVKNTE NVELEETETT LKVKKL DVE YKVELGNFEI KNGLIKAMLE FLPDTKDLET TLDKLLFKGE SYKAMKDKYI KEGFPGYGWA KGVVPGAFES IENTFKS AI DKTKSIRDLF GDMLFGNDLS SVKETDSFIT LGGSFDIKYG GENLNVLPAY YSLINSEIGY QIIGVDTTID ATKVKVEL K NKEYKGKSPA INGQVKLSQS FFNVWTNMFD SITKQIFQKK YEFKDNIQVF ARNEDNTSRL ELDISDPEQR VIPFAFVDG FGIQLKAVD

UniProtKB: Uncharacterized protein MG075 homolog

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClSODIUM CHLORIDE
20.0 mMC4H12ClNO3TRIS-HCL
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 7.24 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8a9a

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PHENIX / 使用した粒子像数: 412947
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8a9a


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9gvg:
P116 from Mycoplasma pneumoniae in complex with mild growth suppressor monoclonal antibody

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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