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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5161 | |||||||||
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タイトル | PsV-F | |||||||||
マップデータ | PsV-F | |||||||||
試料 |
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キーワード | de nova modeling / dsRNA virus | |||||||||
機能・相同性 | : / PsV, capsid protein / Capsid protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Penicillium stoloniferum virus F (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Tang J / Pan J / Havens WM / Ochoa WF / Li H / Sinkovits RS / Guu TSY / Ghabrial SA / Nibert ML / Tao YJ / Baker TS | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biophys J / 年: 2010 タイトル: Backbone trace of partitivirus capsid protein from electron cryomicroscopy and homology modeling. 著者: Jinghua Tang / Junhua Pan / Wendy M Havens / Wendy F Ochoa / Tom S Y Guu / Said A Ghabrial / Max L Nibert / Yizhi Jane Tao / Timothy S Baker / 要旨: Most dsRNA viruses have a genome-enclosing capsid that comprises 120 copies of a single coat protein (CP). These 120 CP subunits are arranged as asymmetrical dimers that surround the icosahedral ...Most dsRNA viruses have a genome-enclosing capsid that comprises 120 copies of a single coat protein (CP). These 120 CP subunits are arranged as asymmetrical dimers that surround the icosahedral fivefold axes, forming pentamers of dimers that are thought to be assembly intermediates. This scheme is violated, however, in recent structures of two dsRNA viruses, a fungal virus from family Partitiviridae and a rabbit virus from family Picobirnaviridae, both of which have 120 CP subunits organized as dimers of quasisymmetrical dimers. In this study, we report the CP backbone trace of a second fungal partitivirus, determined in this case by electron cryomicroscopy and homology modeling. This virus also exhibits quasisymmetrical CP dimers that are connected by prominent surface arches and stabilized by domain swapping between the two CP subunits. The CP fold is dominated by alpha-helices, although beta-strands mediate several important contacts. A dimer-of-dimers assembly intermediate is again implicated. The disordered N-terminal tail of each CP subunit protrudes into the particle interior and likely interacts with the genome during packaging and/or transcription. These results broaden our understanding of conserved and variable aspects of partitivirus structure and reflect the growing use of electron cryomicroscopy for atomic modeling of protein folds. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5161.map.gz | 48.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5161-v30.xml emd-5161.xml | 7.7 KB 7.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5161_1.jpg | 37.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5161 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5161 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5161_validation.pdf.gz | 379.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5161_full_validation.pdf.gz | 378.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5161_validation.xml.gz | 6.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5161 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5161 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5161.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 116.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | PsV-F | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.42 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : PsV-F
全体 | 名称: PsV-F |
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要素 |
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-超分子 #1000: PsV-F
超分子 | 名称: PsV-F / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Penicillium stoloniferum virus F
超分子 | 名称: Penicillium stoloniferum virus F / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: PsV-F / NCBI-ID: 296210 / 生物種: Penicillium stoloniferum virus F / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: PsV-F |
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宿主 | 生物種: Fungi (真核生物) / 別称: FUNGI |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 380 Å / T番号(三角分割数): 1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: vitrobot / 手法: freezing with vitrobot for 4 second |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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詳細 | Low dose microscopy with LEGINON at 105K magnification |
日付 | 2006年10月2日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k) 実像数: 193 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |