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- EMDB-51571: Human adult muscle nAChR in desensitised state in nanodisc with 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51571
タイトルHuman adult muscle nAChR in desensitised state in nanodisc with 1 mM acetylcholine
マップデータCryoSPARC map used for final model refinement, sharpend with a b-factor of -20
試料
  • 複合体: Human adult muscle nAChR in desensitised state in nanodisc with 1 mM acetylcholine
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit epsilon,Green fluorescent protein
    • タンパク質・ペプチド: Fab35 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab35 heavy chain
  • リガンド: ACETYLCHOLINE
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードLigand-gated ion channel / nicotinic receptor / pLGIC / cys-loop receptor / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


postsynaptic membrane organization / skeletal muscle tissue growth / musculoskeletal movement / Highly sodium permeable postsynaptic acetylcholine nicotinic receptors / Highly calcium permeable nicotinic acetylcholine receptors / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated channel complex / neuromuscular synaptic transmission / behavioral response to nicotine ...postsynaptic membrane organization / skeletal muscle tissue growth / musculoskeletal movement / Highly sodium permeable postsynaptic acetylcholine nicotinic receptors / Highly calcium permeable nicotinic acetylcholine receptors / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated channel complex / neuromuscular synaptic transmission / behavioral response to nicotine / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / muscle cell development / acetylcholine binding / nervous system process / synaptic transmission, cholinergic / monoatomic cation transmembrane transporter activity / acetylcholine receptor signaling pathway / postsynaptic specialization membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity / neuromuscular process / neuromuscular junction development / muscle cell cellular homeostasis / monoatomic cation transport / membrane depolarization / skeletal muscle contraction / neuronal action potential / muscle contraction / bioluminescence / regulation of membrane potential / generation of precursor metabolites and energy / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / response to nicotine / neuromuscular junction / neuron cellular homeostasis / transmembrane signaling receptor activity / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / neuron projection / synapse / cell surface / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nicotinic acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Green fluorescent protein, GFP / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain ...Nicotinic acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Green fluorescent protein, GFP / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Acetylcholine receptor subunit alpha / Acetylcholine receptor subunit beta / Green fluorescent protein / Acetylcholine receptor subunit epsilon / Acetylcholine receptor subunit delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Li A / Pike ACW / Chi G / Webster R / Maxwell S / Liu W / Beeson D / Sauer DB / Dong YY
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust102161/Z/13/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/Y012623/1 英国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2024年9月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月14日-
マップ公開2025年5月14日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51571.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51571.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoSPARC map used for final model refinement, sharpend with a b-factor of -20
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.17 Å/pix.
x 360 pix.
= 421.2 Å		1.17 Å/pix.
x 360 pix.
= 421.2 Å		1.17 Å/pix.
x 360 pix.
= 421.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.17 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.18
最小 - 最大-1.2047819 - 2.3987017
平均 (標準偏差)-0.00013018081 (±0.032380406)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 421.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_51571_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
マスク #2

ファイルemd_51571_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: unsharpened map from cryoSPARC non-uniform refinement

ファイルemd_51571_additional_1.map
注釈unsharpened map from cryoSPARC non-uniform refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B from cryoSPARC non-uniform refinement

ファイルemd_51571_half_map_1.map
注釈half map B from cryoSPARC non-uniform refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A from cryoSPARC non-uniform refinement

ファイルemd_51571_half_map_2.map
注釈half map A from cryoSPARC non-uniform refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human adult muscle nAChR in desensitised state in nanodisc with 1...

全体名称: Human adult muscle nAChR in desensitised state in nanodisc with 1 mM acetylcholine
要素
  • 複合体: Human adult muscle nAChR in desensitised state in nanodisc with 1 mM acetylcholine
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor subunit epsilon,Green fluorescent protein
    • タンパク質・ペプチド: Fab35 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab35 heavy chain
  • リガンド: ACETYLCHOLINE
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Human adult muscle nAChR in desensitised state in nanodisc with 1...

超分子名称: Human adult muscle nAChR in desensitised state in nanodisc with 1 mM acetylcholine
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
詳細: nAChR in complex with acetylcholine and Fab35 in MSP2N2-soy polar lipids nanodiscs
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 386 KDa

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分子 #1: Acetylcholine receptor subunit alpha

分子名称: Acetylcholine receptor subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 49.747645 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SEHETRLVAK LFKDYSSVVR PVEDHRQVVE VTVGLQLIQL INVDEVNQIV TTNVRLKQQW VDYNLKWNPD DYGGVKKIHI PSEKIWRPD LVLYNNADGD FAIVKFTKVL LQYTGHITWT PPAIFKSYCE IIVTHFPFDE QNCSMKLGTW TYDGSVVAIN P ESDQPDLS ...文字列:
SEHETRLVAK LFKDYSSVVR PVEDHRQVVE VTVGLQLIQL INVDEVNQIV TTNVRLKQQW VDYNLKWNPD DYGGVKKIHI PSEKIWRPD LVLYNNADGD FAIVKFTKVL LQYTGHITWT PPAIFKSYCE IIVTHFPFDE QNCSMKLGTW TYDGSVVAIN P ESDQPDLS NFMESGEWVI KESRGWKHSV TYSCCPDTPY LDITYHFVMQ RLPLYFIVNV IIPCLLFSFL TGLVFYLPTD SG EKMTLSI SVLLSLTVFL LVIVELIPST SSAVPLIGKY MLFTMVFVIA SIIITVIVIN THHRSPSTHV MPNWVRKVFI DTI PNIMFF STMKRPSREK QDKKIFTEDI DISDISGKPG PPPMGFHSPL IKHPEVKSAI EGIKYIAETM KSDQESNNAA AEWK YVAMV MDHILLGVFM LVCIIGTLAV FAGRLIELNQ QG

UniProtKB: Acetylcholine receptor subunit alpha

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分子 #2: Acetylcholine receptor subunit beta

分子名称: Acetylcholine receptor subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 54.596477 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SEAEGRLREK LFSGYDSSVR PAREVGDRVR VSVGLILAQL ISLNEKDEEM STKVYLDLEW TDYRLSWDPA EHDGIDSLRI TAESVWLPD VVLLNNNDGN FDVALDISVV VSSDGSVRWQ PPGIYRSSCS IQVTYFPFDW QNCTMVFSSY SYDSSEVSLQ T GLGPDGQG ...文字列:
SEAEGRLREK LFSGYDSSVR PAREVGDRVR VSVGLILAQL ISLNEKDEEM STKVYLDLEW TDYRLSWDPA EHDGIDSLRI TAESVWLPD VVLLNNNDGN FDVALDISVV VSSDGSVRWQ PPGIYRSSCS IQVTYFPFDW QNCTMVFSSY SYDSSEVSLQ T GLGPDGQG HQEIHIHEGT FIENGQWEII HKPSRLIQPP GDPRGGREGQ RQEVIFYLII RRKPLFYLVN VIAPCILITL LA IFVFYLP PDAGEKMGLS IFALLTLTVF LLLLADKVPE TSLSVPIIIK YLMFTMVLVT FSVILSVVVL NLHHRSPHTH QMP LWVRQI FIHKLPLYLR LKRPKPERDL MPEPPHCSSP GSGWGRGTDE YFIRKPPSDF LFPKPNRFQP ELSAPDLRRF IDGP NRAVA LLPELREVVS SISYIARQLQ EQEDHDALKE DWQFVAMVVD RLFLWTFIIF TSVGTLVIFL DATYHLPPPD PFP

UniProtKB: Acetylcholine receptor subunit beta

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分子 #3: Acetylcholine receptor subunit delta

分子名称: Acetylcholine receptor subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 56.915359 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: LNEEERLIRH LFQEKGYNKE LRPVAHKEES VDVALALTLS NLISLKEVEE TLTTNVWIEH GWTDNRLKWN AEEFGNISVL RLPPDMVWL PEIVLENNND GSFQISYSCN VLVYHYGFVY WLPPAIFRSS CPISVTYFPF DWQNCSLKFS SLKYTAKEIT L SLKQDAKE ...文字列:
LNEEERLIRH LFQEKGYNKE LRPVAHKEES VDVALALTLS NLISLKEVEE TLTTNVWIEH GWTDNRLKWN AEEFGNISVL RLPPDMVWL PEIVLENNND GSFQISYSCN VLVYHYGFVY WLPPAIFRSS CPISVTYFPF DWQNCSLKFS SLKYTAKEIT L SLKQDAKE NRTYPVEWII IDPEGFTENG EWEIVHRPAR VNVDPRAPLD SPSRQDITFY LIIRRKPLFY IINILVPCVL IS FMVNLVF YLPADSGEKT SVAISVLLAQ SVFLLLISKR LPATSMAIPL IGKFLLFGMV LVTMVVVICV IVLNIHFRTP STH VLSEGV KKLFLETLPE LLHMSRPAED GPSPGALVRR SSSLGYISKA EEYFLLKSRS DLMFEKQSER HGLARRLTTA RRPP ASSEQ AQQELFNELK PAVDGANFIV NHMRDQNNYN EEKDSWNRVA RTVDRLCLFV VTPVMVVGTA WIFLQGVYNQ PPPQP FPGD PYSYNVQDKR FI

UniProtKB: Acetylcholine receptor subunit delta

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分子 #4: Acetylcholine receptor subunit epsilon,Green fluorescent protein

分子名称: Acetylcholine receptor subunit epsilon,Green fluorescent protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 80.60375 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: KNEELRLYHH LFNNYDPGSR PVREPEDTVT ISLKVTLTNL ISLNEKEETL TTSVWIGIDW QDYRLNYSKD DFGGIETLRV PSELVWLPE IVLENNIDGQ FGVAYDANVL VYEGGSVTWL PPAIYRSVCA VEVTYFPFDW QNCSLIFRSQ TYNAEEVEFT F AVDNDGKT ...文字列:
KNEELRLYHH LFNNYDPGSR PVREPEDTVT ISLKVTLTNL ISLNEKEETL TTSVWIGIDW QDYRLNYSKD DFGGIETLRV PSELVWLPE IVLENNIDGQ FGVAYDANVL VYEGGSVTWL PPAIYRSVCA VEVTYFPFDW QNCSLIFRSQ TYNAEEVEFT F AVDNDGKT INKIDIDTEA YTENGEWAID FCPGVIRRHH GGATDGPGET DVIYSLIIRR KPLFYVINII VPCVLISGLV LL AYFLPAQ AGGQKCTVSI NVLLAQTVFL FLIAQKIPET SLSVPLLGRF LIFVMVVATL IVMNCVIVLN VSQRTPTTHA MSP RLRHVL LELLPRLLGS PPPPEAPRAP PVATMVSKGE ELFTGVVPIL VELDGDVNGH KFSVSGEGEG DATYGKLTLK FICT TGKLP VPWPTLVTTL TYGVQCFSRY PDHMKQHDFF KSAMPEGYVQ ERTIFFKDDG NYKTRAEVKF EGDTLVNRIE LKGID FKED GNILGHKLEY NYNSHNVYIM ADKQKNGIKV NFKIRHNIED GSVQLADHYQ QNTPIGDGPV LLPDNHYLST QSALSK DPN EKRDHMVLLE FVTAAGITLG MDELYKAPRA ASPPRRASSV GLLLRAEELI LKKPRSELVF EGQRHRQGTW TAAFCQS LG AAAPEVRCCV DAVNFVAEST RDQEATGEEV SDWVRMGNAL DNICFWAALV LFSVGSSLIF LGAYFNRVPD LPYAPCIQ P

UniProtKB: Acetylcholine receptor subunit epsilon, Green fluorescent protein, Acetylcholine receptor subunit epsilon

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分子 #5: Fab35 light chain

分子名称: Fab35 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 23.392982 KDa
組換発現生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
配列文字列: DIVITQSPSL LSASVGDRVT LTCKGSQNID NYLAWYQQKL GEAPKLLIYK TNSLQTGIPS RFSGSGSGTD YTLTISSLHS EDLATYYCY QYINGYTFGT GTKLELKRAD AAPTVSIFPP STEQLATGGA SVVCLMNNFY PRDISVKWKI DGTERRDGVL D SVTDQDSK ...文字列:
DIVITQSPSL LSASVGDRVT LTCKGSQNID NYLAWYQQKL GEAPKLLIYK TNSLQTGIPS RFSGSGSGTD YTLTISSLHS EDLATYYCY QYINGYTFGT GTKLELKRAD AAPTVSIFPP STEQLATGGA SVVCLMNNFY PRDISVKWKI DGTERRDGVL D SVTDQDSK DSTYSMSSTL SLTKADYESH NLYTCEVVHK TSSSPVVKSF NRNEC

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分子 #6: Fab35 heavy chain

分子名称: Fab35 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 23.879758 KDa
組換発現生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
配列文字列: EVQLQESGPG LVQPSETLSL TCTVSGFSLT SYSVSWLRQP SGKGPEWMGR MWDDGGTVYN SGLKSRLSIS RDTSKNQVFL KMNSLQTDD TGTYYCTRDE RIRAINWFAY WGQGTLVTVS SAETTAPSVY PLAPGTALKS NSMVTLGCLV KGYFPEPVTV T WNSGALSS ...文字列:
EVQLQESGPG LVQPSETLSL TCTVSGFSLT SYSVSWLRQP SGKGPEWMGR MWDDGGTVYN SGLKSRLSIS RDTSKNQVFL KMNSLQTDD TGTYYCTRDE RIRAINWFAY WGQGTLVTVS SAETTAPSVY PLAPGTALKS NSMVTLGCLV KGYFPEPVTV T WNSGALSS GVHTFPAVLQ SGLYTLTSSV TVPSSTWPSQ TVTCNVAHPG QQHQRWTRKL C

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分子 #11: ACETYLCHOLINE

分子名称: ACETYLCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: ACH
分子量理論値: 146.207 Da
Chemical component information

ChemComp-ACH:
ACETYLCHOLINE / アセチルコリン / 神経伝達物質*YM

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分子 #12: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClsodium chloride

詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.35 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 2.5 ul sample, blot time=4 s, blot force=-10.
詳細This sample was monodisperse

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4092 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 5760 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 19925 / 平均露光時間: 1.7 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 5168840 / 詳細: extracted by topaz picking
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab-initio model from cryoSPARC
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / 詳細: non-uniform refinenement / 使用した粒子像数: 434976
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
最終 3次元分類クラス数: 10 / 平均メンバー数/クラス: 65560 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0.0)
詳細: Class3D without alignment (10 classes, t=20) with a mask covering the extracellular domain of nAChR
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

2708

source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

1230

source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

7001

source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

4844

source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
ソフトウェア名称: UCSF ChimeraX (ver. 1.6.1)
詳細Initial fitting of alphafold models using chimeraX followed by manual rebuilding in COOT and final refinement in ISOLDE and PHENIX
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9gu3:
Human adult muscle nAChR in desensitised state in nanodisc with 1 mM acetylcholine

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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