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- EMDB-51439: NONO/SFPQ filament: local refinement central units (strand 2) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51439
タイトルNONO/SFPQ filament: local refinement central units (strand 2)
マップデータlocal refinement, sharpened with Phenix-autospharpen B= 50
試料
  • 複合体: NONO/SFPQ filament
    • タンパク質・ペプチド: Splicing factor proline/glutamine rich (polypyrimidine tract binding protein associated)
    • タンパク質・ペプチド: Non-POU domain containing octamer binding
キーワードfilament / RNA binding / DNA binding / gene regulation / NUCLEAR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


dendritic transport of messenger ribonucleoprotein complex / positive regulation of sister chromatid cohesion / negative regulation of circadian rhythm / alternative mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / paraspeckles / chromosome organization / activation of innate immune response / double-strand break repair via homologous recombination ...dendritic transport of messenger ribonucleoprotein complex / positive regulation of sister chromatid cohesion / negative regulation of circadian rhythm / alternative mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / paraspeckles / chromosome organization / activation of innate immune response / double-strand break repair via homologous recombination / regulation of circadian rhythm / RNA polymerase II transcription regulator complex / histone deacetylase binding / nuclear matrix / fibrillar center / transcription cis-regulatory region binding / nuclear speck / chromatin remodeling / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / dendrite / chromatin binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
p54nrb, RNA recognition motif 1 / PSF, RNA recognition motif 1 / PSF, NOPS domain / NOPS / NOPS (NUC059) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-POU domain-containing octamer-binding protein / Splicing factor proline/glutamine rich (polypyrimidine tract binding protein associated)
類似検索 - 構成要素
生物種Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Rasmussen T / Bottcher B
資金援助 ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)359471283 ドイツ
German Research Foundation (DFG)456578072 ドイツ
German Research Foundation (DFG)525040890 ドイツ
引用ジャーナル: to be published
タイトル: A filamentous scaffold for gene regulation
著者: Rasmussen T / Kuspert J / Schonemann L / Geiger D / Bottcher B
履歴
登録2024年8月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月10日-
マップ公開2025年9月10日-
更新2025年9月10日-
現状2025年9月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51439.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51439.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈local refinement, sharpened with Phenix-autospharpen B= 50
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.95 Å/pix.
x 512 pix.
= 484.352 Å		0.95 Å/pix.
x 512 pix.
= 484.352 Å		0.95 Å/pix.
x 512 pix.
= 484.352 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.946 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 6.0
最小 - 最大-71.491776000000002 - 114.8476
平均 (標準偏差)0.000000000000333 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 484.352 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_51439_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map A

ファイルemd_51439_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map B

ファイルemd_51439_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : NONO/SFPQ filament

全体名称: NONO/SFPQ filament
要素
  • 複合体: NONO/SFPQ filament
    • タンパク質・ペプチド: Splicing factor proline/glutamine rich (polypyrimidine tract binding protein associated)
    • タンパク質・ペプチド: Non-POU domain containing octamer binding

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超分子 #1: NONO/SFPQ filament

超分子名称: NONO/SFPQ filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: filaments formed by concentrating to 1 mg/ml
由来(天然)生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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分子 #1: Splicing factor proline/glutamine rich (polypyrimidine tract bind...

分子名称: Splicing factor proline/glutamine rich (polypyrimidine tract binding protein associated)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
分子量理論値: 75.880156 KDa
配列文字列: MSRDRFRSRG GGGGGFHRRG GGGGRGGLHD FRSPPPGMGL NQNRGPMGPG PGGPKPPIPP PPPHQQQPQQ PPPQQPPPQQ PPPHQQPPP HQPPHQQPPP PPQDSSKPVV PQGPGSAPGV SPAPPPAGSA PPANPPTTGA PPGPGPTPTP PPAVTSATPG P PPPSTPSS ...文字列:
MSRDRFRSRG GGGGGFHRRG GGGGRGGLHD FRSPPPGMGL NQNRGPMGPG PGGPKPPIPP PPPHQQQPQQ PPPQQPPPQQ PPPHQQPPP HQPPHQQPPP PPQDSSKPVV PQGPGSAPGV SPAPPPAGSA PPANPPTTGA PPGPGPTPTP PPAVTSATPG P PPPSTPSS GVSTTPPQSG GPPPPPAGGA GPGPKQGPGP GPGGPKGGKM PGGPKPGGGP GMGAPGGHPK PPHRGGGEPR GG RQHHPPY HQQHHQGPPP GGPAARTEEK ISDSEGFKAN LSLLRRPGEK TYTQRCRLFV GNLPADITED EFKRLFAKYG EPG EVFINK GKGFGFIKLE SRALAEIAKA ELDDTPMRGR QLRVRFATHA AALSVRNLSP YVSNELLEEA FSQFGPIERA VVIV DDRGR STGKGIVEFA SKPAARKAFE RCSEGVFLLT TTPRPVIVEP LEQLDDEDGL PEKLAQKNPM YQKERETPPR FAQHG TFEY EYSQRWKSLD EMEKQQREQV EKNMKDAKDK LESEMEDAYH EHQANLLRQD LMRRQEELRR MEELHSQEMQ KRKEMQ LRQ EEERRRREEE MMIRQREMEE QMRRQREESY SRMGYMDPRE RDMRMGGGGT MNMGDPYGSG GQKFPPLGGG GGIGYEA NP GVPPATMSGS MMGSDMRTER FGQGGAGPVG GQGPRGMGPG TPAGYGRGRE EYEGPNKKPR F

UniProtKB: Splicing factor proline/glutamine rich (polypyrimidine tract binding protein associated)

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分子 #2: Non-POU domain containing octamer binding

分子名称: Non-POU domain containing octamer binding / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
分子量理論値: 54.519828 KDa
配列文字列: MQSNKTFNLE KQNHTPRKHH QHHHQQHHQQ QQQQQQQPPP PIPANGQQAS SQNEGLTIDL KNFRKPGEKT FTQRSRLFVG NLPPDITEE EMRKLFEKYG KAGEVFIHKD KGFGFIRLET RTLAEIAKVE LDNMPLRGKQ LRVRFACHSA SLTVRNLPQY V SNELLEEA ...文字列:
MQSNKTFNLE KQNHTPRKHH QHHHQQHHQQ QQQQQQQPPP PIPANGQQAS SQNEGLTIDL KNFRKPGEKT FTQRSRLFVG NLPPDITEE EMRKLFEKYG KAGEVFIHKD KGFGFIRLET RTLAEIAKVE LDNMPLRGKQ LRVRFACHSA SLTVRNLPQY V SNELLEEA FSVFGQVERA VVIVDDRGRP SGKGIVEFSG KPAARKALDR CSEGSFLLTT FPRPVTVEPM DQLDDEEGLP EK LVIKNQQ FHKEREQPPR FAQPGSFEYE YAMRWKALIE MEKQQQDQVD RNIKEAREKL EMEMEAARHE HQVMLMRQDL MRR QEELRR MEELHNQEVQ KRKQLELRQE EERRRREEEM RRQQEEMMRR QQEGFKGTFP DAREQEIRMG QMAMGGAMGI NNRG AMPPA PVPTGTPAPP GPATMMPDGT LGLTPPTTER FGQAATMEGI GAIGGTPPAF NRPAPGADFA PNKRRRY

UniProtKB: Non-POU domain-containing octamer-binding protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClsodium chloride
5.0 mMC10H16N2O8EDTA
0.03 %C24H46O11DDM
10.0 mMMgCl2magnesium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 150 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.04 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot time 5 sec, blot force +20.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 5 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 17059 / 平均露光時間: 6.2 sec. / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4144650 / 詳細: blob picker
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: initial helical refinement
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 2974535
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain詳細

6wmz

chain_id: A, residue_range: 367-589, source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelSFPQ

6wmz

chain_id: B, residue_range: 148-307, source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelNONO
詳細first rigid fitting with Chimera, then further refinemnt with Coot, C-terminal some de-novo residues
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9gld:
NONO/SFPQ filament: local refinement central units (strand 2)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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