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- EMDB-51068: Group II intron assembly intermediate Domain 1 and 2 "Fully open"... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51068
タイトルGroup II intron assembly intermediate Domain 1 and 2 "Fully open" state
マップデータGroup IIC intron assembly intermediate domains 1 and 2
試料
  • 複合体: GROUP IIC INTRON
    • RNA: GROUP IIC INTRON
キーワードRNA folding / protein-free RNA cryo-EM / Ribozyme / Metalloenzymes / Splicing / RNA
生物種Oceanobacillus iheyensis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.69 Å
データ登録者Jadhav SS / Marcia M
資金援助 フランス, 9件
OrganizationGrant number国
Region Auvergne Rhone Alpesproject R21105CC; allocation RPH21004CCA フランス
Fondation ARCPJA-20191209284 フランス
Institut National du Cancer (inCA)18CN047-00 フランス
Other governmentCanceropole CLARA - Oncostarter
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-10-INBS-0005-02 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-EURE-0003 フランス
Other governmentWellcome Collaborative Award in Science (209250/Z/17/Z)
Other governmentBWFGB Hamburg
Other governmentLeibniz ScienceCampus InterACt
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Dynamic assembly of a large multidomain ribozyme visualized by cryo-electron microscopy.
著者: Shekhar Jadhav / Mauro Maiorca / Jacopo Manigrasso / Spandan Saha / Auriane Rakitch / Stefano Muscat / Thomas Mulvaney / Marco De Vivo / Maya Topf / Marco Marcia /
要旨: Many RNAs rely on their 3D structures for function. While acquiring functional 3D structures, certain RNAs form misfolded, non-functional states ('kinetic traps'). Instead, other RNAs sequentially ...Many RNAs rely on their 3D structures for function. While acquiring functional 3D structures, certain RNAs form misfolded, non-functional states ('kinetic traps'). Instead, other RNAs sequentially assemble into their functional conformations over pre-folded scaffolds. Elucidating the principles of RNA sequential assembly is thus important to understand how RNAs avoid the formation of misfolded, non-functional states. Integrating single-particle electron cryomicroscopy (cryo-EM), image processing, in solution small-angle X-ray scattering (SAXS), EM-driven molecular dynamics (MD) simulations, structure-based mutagenesis, and enzymatic assays, we have visualized the sequential multidomain assembly of a self-splicing ribozyme of biomedical and bioengineering significance. Our work reveals a distinct dynamic interplay of helical subdomains in the ribozyme's 5'-terminal scaffold, which acts as a gate to control the docking of 3'-terminal domains. We identify specific conserved and functionally important secondary structure motifs as the key players for orchestrating the energetically inexpensive conformational changes that lead to the productive formation of the catalytic pocket. Our work provides a near-atomic resolution molecular movie of a large multidomain RNA assembling into its functionally active conformation and establishes a basis for understanding how RNA avoids the formation of non-functional 'kinetic traps'.
履歴
登録2024年7月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月5日-
マップ公開2025年11月5日-
更新2025年12月10日-
現状2025年12月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51068.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51068.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Group IIC intron assembly intermediate domains 1 and 2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 300 pix.
= 251.7 Å		0.84 Å/pix.
x 300 pix.
= 251.7 Å		0.84 Å/pix.
x 300 pix.
= 251.7 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.839 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.09
最小 - 最大-0.06398243 - 0.28826192
平均 (標準偏差)0.0005408985 (±0.010103784)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 251.7 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_51068_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Group IIC intron assembly intermediate domains 1 and 2

ファイルemd_51068_additional_1.map
注釈Group IIC intron assembly intermediate domains 1 and 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Group IIC intron assembly intermediate domains 1 and 2

ファイルemd_51068_half_map_1.map
注釈Group IIC intron assembly intermediate domains 1 and 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Group IIC intron assembly intermediate domains 1 and 2

ファイルemd_51068_half_map_2.map
注釈Group IIC intron assembly intermediate domains 1 and 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GROUP IIC INTRON

全体名称: GROUP IIC INTRON
要素
  • 複合体: GROUP IIC INTRON
    • RNA: GROUP IIC INTRON

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超分子 #1: GROUP IIC INTRON

超分子名称: GROUP IIC INTRON / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Oceanobacillus iheyensis (バクテリア)
分子量理論値: 101 KDa

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分子 #1: GROUP IIC INTRON

分子名称: GROUP IIC INTRON / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Oceanobacillus iheyensis (バクテリア)
分子量理論値: 96.130016 KDa
配列文字列: GGGUUAUGUG UGCCCGGCAU GGGUGCAGUC UAUAGGGUGA GAGUCCCGAA CUGUGAAGGC AGAAGUAACA GUUAGCCUAA CGCAAGGGU GUCCGUGGCG ACAUGGAAUC UGAAGGAAGC GGACGGCAAA CCUUCGGUCU GAGGAACACG AACUUCAUAU G AGGCUAGG ...文字列:
GGGUUAUGUG UGCCCGGCAU GGGUGCAGUC UAUAGGGUGA GAGUCCCGAA CUGUGAAGGC AGAAGUAACA GUUAGCCUAA CGCAAGGGU GUCCGUGGCG ACAUGGAAUC UGAAGGAAGC GGACGGCAAA CCUUCGGUCU GAGGAACACG AACUUCAUAU G AGGCUAGG UAUCAAUGGA UGAGUUUGCA UAACAAAACA AAGUCCUUUC UGCCAAAGUU GGUACAGAGU AAAUGAAGCA GA UUGAUGA AGGGAAAGAC UGCAUUCUUA CCCGGGGAGG UCUGGAAACA GAAGUCAGC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5 / 構成要素 - 濃度: 0.5 uM / 構成要素 - 式: Na-MES
構成要素 - 名称: Sodium Chloride and 4-(2-sulfonatoethyl)morpholin-4-ium
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.00045000000000000004 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 38.07 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 306972
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4faq

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 39075
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 30000
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4faq


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: -4-289 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-9g4v:
Group II intron assembly intermediate Domain 1 and 2 "Fully open" state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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