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万見
- EMDB-51034: Cryo-EM reconstruction of the full-length E. coli transmembrane f... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51034
タイトルCryo-EM reconstruction of the full-length E. coli transmembrane formate transporter FocA
マップデータC5 reconstruction of the E. coli transmembrane formate transporter FocA
試料
  • 複合体: C5-symmetric complex of the inner membrane formate transporter FocA
    • タンパク質・ペプチド: Formate channel FocA
  • リガンド: water
キーワードFNT-transporter / FocA / formate / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


formate transport / mixed acid fermentation / formate transmembrane transporter activity / response to acidic pH / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Formate transporter FocA, putative / Formate and nitrite transporters signature 1. / Formate and nitrite transporters signature 2. / Formate/nitrite transporter / Formate/nitrite transporter, conserved site / Formate/nitrite transporter / Aquaporin-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Formate channel FocA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Tueting C / Janson K / Kyrilis FL / Hamdi F / Kastritis PL
資金援助 ドイツ, European Union, 6件
OrganizationGrant number国
German Federal Ministry for Education and Research03Z22HN23 ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research03Z22HI2 ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research03COV04 ドイツ
German Research Foundation (DFG)391498659 ドイツ
European Regional Development FundEFRE: ZS/2016/04/78115European Union
European Research Council (ERC)101086665European Union
引用ジャーナル: Nat Commun
タイトル: Conserved hydrophilic checkpoints tune FocA-mediated formate:H+ symport
著者: Tueting C / Janson K / Kammel M / Ihling C / Kyrilis FL / Hamdi F / Erdmann C / Sinz A / Sawers RG / Kastritis PL
履歴
登録2024年7月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月22日-
マップ公開2025年10月22日-
更新2025年10月22日-
現状2025年10月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51034.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51034.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈C5 reconstruction of the E. coli transmembrane formate transporter FocA
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.59 Å/pix.
x 256 pix.
= 151.501 Å		0.59 Å/pix.
x 256 pix.
= 151.501 Å		0.59 Å/pix.
x 256 pix.
= 151.501 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.5918 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-0.57139856 - 0.9708302
平均 (標準偏差)0.0010007003 (±0.051175676)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 151.5008 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_51034_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Asymmetric reconstruction of the E. coli transmembrane formate...

ファイルemd_51034_additional_1.map
注釈Asymmetric reconstruction of the E. coli transmembrane formate transporter FocA
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: C5 reconstruction of the E. coli transmembrane formate...

ファイルemd_51034_half_map_1.map
注釈C5 reconstruction of the E. coli transmembrane formate transporter FocA - Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: C5 reconstruction of the E. coli transmembrane formate...

ファイルemd_51034_half_map_2.map
注釈C5 reconstruction of the E. coli transmembrane formate transporter FocA - Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : C5-symmetric complex of the inner membrane formate transporter FocA

全体名称: C5-symmetric complex of the inner membrane formate transporter FocA
要素
  • 複合体: C5-symmetric complex of the inner membrane formate transporter FocA
    • タンパク質・ペプチド: Formate channel FocA
  • リガンド: water

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超分子 #1: C5-symmetric complex of the inner membrane formate transporter FocA

超分子名称: C5-symmetric complex of the inner membrane formate transporter FocA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

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分子 #1: Formate channel FocA

分子名称: Formate channel FocA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 31.012605 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: MKADNPFDLL LPAAMAKVAE EAGVYKATKH PLKTFYLAIT AGVFISIAFV FYITATTGTG TMPFGMAKLV GGICFSLGLI LCVVCGADL FTSTVLIVVA KASGRITWGQ LAKNWLNVYF GNLVGALLFV LLMWLSGEYM TANGQWGLNV LQTADHKVHH T FIEAVCLG ...文字列:
MKADNPFDLL LPAAMAKVAE EAGVYKATKH PLKTFYLAIT AGVFISIAFV FYITATTGTG TMPFGMAKLV GGICFSLGLI LCVVCGADL FTSTVLIVVA KASGRITWGQ LAKNWLNVYF GNLVGALLFV LLMWLSGEYM TANGQWGLNV LQTADHKVHH T FIEAVCLG ILANLMVCLA VWMSYSGRSL MDKAFIMVLP VAMFVASGFE HSIANMFMIP MGIVIRDFAS PEFWTAVGSA PE NFSHLTV MNFITDNLIP VTIGNIIGGG LLVGLTYWVI YLRENDHH

UniProtKB: Formate channel FocA

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分子 #2: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.04 kPa
詳細: Plasma Treated, 25 s Sample Negative, 0.4 mbar pressure, 15 mA current
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 3665 / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

詳細All acquired movies were motion corrected
粒子像選択選択した数: 2260127
詳細: Particles were picked using Template Picker with a particle diameter of 140 A
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4) / タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4) / 使用した粒子像数: 302937
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 1 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3kcv


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細The inital model was rigid-fitted using ChimeraX, and refined iteratively using Coot and Phenix
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9g49:
Cryo-EM reconstruction of the full-length E. coli transmembrane formate transporter FocA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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