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- EMDB-50892: Influenza A/H7N9 polymerase pre-cleavage cap-snatching complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50892
タイトルInfluenza A/H7N9 polymerase pre-cleavage cap-snatching complex
マップデータH7N9 cap-snatching pre-cleavage complex consensus
試料
  • 複合体: Influenza A/H7N9 polymerase pre-cleavage cap-snatching complex
    • 複合体: Transcription elongation factors SPT4 and SPT5
      • タンパク質・ペプチド: x 3種
    • 複合体: RNA
      • RNA: x 3種
    • 複合体: Influenza virus RNA-dependent RNA polymerase
      • タンパク質・ペプチド: x 3種
    • 複合体: DNA
      • DNA: x 2種
    • 複合体: Human RNA polymerase II
      • タンパク質・ペプチド: x 12種
  • リガンド: x 4種
キーワードInfluenza virus / influenza A / cap-snatching / transcription / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / DSIF complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes ...negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / DSIF complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA Splicing - Major Pathway / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / cap snatching / viral transcription / RNA polymerase II complex binding / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / positive regulation of macroautophagy / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion / transcription by RNA polymerase III / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / transcription-coupled nucleotide-excision repair / core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / translation initiation factor binding / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / DNA-directed RNA polymerase complex / : / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / DNA-templated transcription initiation / transcription elongation by RNA polymerase II / euchromatin / DNA-directed RNA polymerase activity / ribonucleoside binding / virion component / fibrillar center / DNA-directed RNA polymerase / endonuclease activity / nucleic acid binding / transcription by RNA polymerase II / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / protein dimerization activity / nuclear speck / symbiont-mediated suppression of host gene expression / protein heterodimerization activity / viral translational frameshifting / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding / mRNA binding / DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / host cell nucleus / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Spt5, KOW domain repeat 6 / Transcription elongation factor SPT5, seventh KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, sixth KOW domain / Transcription initiation Spt4 / Spt4 superfamily / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Transcription elongation factor SPT5, second KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, fifth KOW domain ...Spt5, KOW domain repeat 6 / Transcription elongation factor SPT5, seventh KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, sixth KOW domain / Transcription initiation Spt4 / Spt4 superfamily / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Transcription elongation factor SPT5, second KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, fifth KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, KOWx domain / Transcription elongation factor SPT5, KOW1 domain / Transcription elongation factor SPT5, fourth KOW domain / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal / Spt5, KOW domain repeat 2 / Spt5, KOW domain repeat 3 / Spt5, KOW domain repeat 5 / Spt5 transcription elongation factor, acidic N-terminal / NGN domain, eukaryotic / Spt5, KOW domain repeat 1 / Spt5, KOW domain repeat 4 / Spt5 C-terminal domain / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Polymerase acidic protein / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase II subunit D / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase subunit ...DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase II subunit D / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / Polymerase acidic protein / RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Transcription elongation factor SPT5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / Transcription elongation factor SPT4 / Polymerase basic protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス) / Influenza A virus (A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス) / synthetic construct (人工物) / Sus scrofa domesticus (ブタ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Rotsch AH / Li D / Dienemann C / Cusack S / Cramer P
資金援助 ドイツ, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)SFB860 ドイツ
European Research Council (ERC)882357European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mechanism of Co-Transcriptional Cap-Snatching by Influenza Polymerase
著者: Rotsch AH / Li D / Dupont M / Krischuns T / Oberthuer C / Stelfox A / Lukarska M / Fianu I / Lidschreiber M / Naffakh N / Dienemann C / Cusack S / Cramer P
履歴
登録2024年7月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月16日-
マップ公開2025年7月16日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50892.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50892.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈H7N9 cap-snatching pre-cleavage complex consensus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 448 pix.
= 470.4 Å		1.05 Å/pix.
x 448 pix.
= 470.4 Å		1.05 Å/pix.
x 448 pix.
= 470.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.007
最小 - 最大-0.0067321057 - 0.028166644
平均 (標準偏差)0.000031959775 (±0.0010094168)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 470.39996 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50892_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_50892_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #3

ファイルemd_50892_msk_3.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: H7N9 cap-snatching pre-cleavage complex Pol II focussed refinement

ファイルemd_50892_additional_1.map
注釈H7N9 cap-snatching pre-cleavage complex Pol II focussed refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: H7N9 cap-snatching pre-cleavage complex consensus, post processed

ファイルemd_50892_additional_2.map
注釈H7N9 cap-snatching pre-cleavage complex consensus, post processed
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: H7N9 cap-snatching pre-cleavage complex Pol II focussed refinement,...

ファイルemd_50892_additional_3.map
注釈H7N9 cap-snatching pre-cleavage complex Pol II focussed refinement, post processed
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: H7N9 cap-snatching pre-cleavage complex Pol II focussed refinement,...

ファイルemd_50892_additional_4.map
注釈H7N9 cap-snatching pre-cleavage complex Pol II focussed refinement, Halfmap 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: H7N9 cap-snatching pre-cleavage complex Pol II focussed refinement,...

ファイルemd_50892_additional_5.map
注釈H7N9 cap-snatching pre-cleavage complex Pol II focussed refinement, Halfmap 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: H7N9 cap-snatching pre-cleavage complex FluPol focussed refinement, post...

ファイルemd_50892_additional_6.map
注釈H7N9 cap-snatching pre-cleavage complex FluPol focussed refinement, post processed
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: H7N9 cap-snatching pre-cleavage complex FluPol focussed refinement

ファイルemd_50892_additional_7.map
注釈H7N9 cap-snatching pre-cleavage complex FluPol focussed refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: H7N9 cap-snatching pre-cleavage complex FluPol focussed refinement, Halfmap...

ファイルemd_50892_additional_8.map
注釈H7N9 cap-snatching pre-cleavage complex FluPol focussed refinement, Halfmap 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: H7N9 cap-snatching pre-cleavage complex FluPol focussed refinement, Halfmap...

ファイルemd_50892_additional_9.map
注釈H7N9 cap-snatching pre-cleavage complex FluPol focussed refinement, Halfmap 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: H7N9 cap-snatching pre-cleavage complex consensus, half map 1

ファイルemd_50892_half_map_1.map
注釈H7N9 cap-snatching pre-cleavage complex consensus, half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: H7N9 cap-snatching pre-cleavage complex consensus, half map 2

ファイルemd_50892_half_map_2.map
注釈H7N9 cap-snatching pre-cleavage complex consensus, half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Influenza A/H7N9 polymerase pre-cleavage cap-snatching complex

全体名称: Influenza A/H7N9 polymerase pre-cleavage cap-snatching complex
要素
  • 複合体: Influenza A/H7N9 polymerase pre-cleavage cap-snatching complex
    • 複合体: Transcription elongation factors SPT4 and SPT5
      • タンパク質・ペプチド: Transcription elongation factor SPT4
      • タンパク質・ペプチド: Transcription elongation factor SPT5
      • タンパク質・ペプチド: Likely SPT5 KOWx4-KOW5 linker, register unclear
    • 複合体: RNA
      • RNA: cap(1)-RNA (35-MER)
      • RNA: 3' vRNA
      • RNA: 5'-vRNA
    • 複合体: Influenza virus RNA-dependent RNA polymerase
      • タンパク質・ペプチド: Polymerase acidic protein
      • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
      • タンパク質・ペプチド: Polymerase basic protein 2
    • 複合体: DNA
      • DNA: non-template DNA (43-mer)
      • DNA: Template DNA (43-MER)
    • 複合体: Human RNA polymerase II
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II subunit D
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit E
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II, I and III subunit K
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-(2'-O-METHYL)-GUANOSINE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHATE ION

+
超分子 #1: Influenza A/H7N9 polymerase pre-cleavage cap-snatching complex

超分子名称: Influenza A/H7N9 polymerase pre-cleavage cap-snatching complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#23

+
超分子 #2: Transcription elongation factors SPT4 and SPT5

超分子名称: Transcription elongation factors SPT4 and SPT5 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #13-#14, #23
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: RNA

超分子名称: RNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #11, #21-#22
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)

+
超分子 #4: Influenza virus RNA-dependent RNA polymerase

超分子名称: Influenza virus RNA-dependent RNA polymerase / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #18-#20
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス)

+
超分子 #5: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #10, #12
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

+
超分子 #6: Human RNA polymerase II

超分子名称: Human RNA polymerase II / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#9, #15-#17
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)

+
分子 #1: RNA polymerase II subunit D

分子名称: RNA polymerase II subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)
分子量理論値: 20.962621 KDa
配列文字列:
MWGPAQPYSD SALSPKPRPF RAVFRGSALP FPAVRVEVRG RSMAAGGSDP RAGDVEEDAS QLIFPKEFET AETLLNSEVH MLLEHRKQQ NESAEDEQEL SEVFMKTLNY TARFSRFKNR ETIASVRSLL LQKKLHKFEL ACLANLCPET AEESKALIPS L EGRFEDEE LQQILDDIQT KRSFQY

UniProtKB: RNA polymerase II subunit D

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase II subunit E

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)
分子量理論値: 24.644318 KDa
配列文字列: MDDEEETYRL WKIRKTIMQL CHDRGYLVTQ DELDQTLEEF KAQFGDKPSE GRPRRTDLTV LVAHNDDPTD QMFVFFPEEP KVGIKTIKV YCQRMQEENI TRALIVVQQG MTPSAKQSLV DMAPKYILEQ FLQQELLINI TEHELVPEHV VMTKEEVTEL L ARYKLREN ...文字列:
MDDEEETYRL WKIRKTIMQL CHDRGYLVTQ DELDQTLEEF KAQFGDKPSE GRPRRTDLTV LVAHNDDPTD QMFVFFPEEP KVGIKTIKV YCQRMQEENI TRALIVVQQG MTPSAKQSLV DMAPKYILEQ FLQQELLINI TEHELVPEHV VMTKEEVTEL L ARYKLREN QLPRIQAGDP VARYFGIKRG QVVKIIRPSE TAGRYITYRL VQ

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)
分子量理論値: 14.477001 KDa
配列文字列:
MSDNEDNFDG DDFDDVEEDE GLDDLENAEE EGQENVEILP SGERPQANQK RITTPYMTKY ERARVLGTRA LQIAMCAPVM VELEGETDP LLIAMKELKA RKIPIIIRRY LPDGSYEDWG VDELIISD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)
分子量理論値: 19.227205 KDa
配列文字列:
MFYHISLEHE ILLHPRYFGP NLLNTVKQKL FTEVEGTCTG KYGFVIAVTT IDNIGAGVIQ PGRGFVLYPV KYKAIVFRPF KGEVVDAVV TQVNKVGLFT EIGPMSCFIS RHSIPSEMEF DPNSNPPCYK TMDEDIVIQQ DDEIRLKIVG TRVDKNDIFA I GSLMDDYL GLV

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)
分子量理論値: 17.162273 KDa
配列文字列:
MAGILFEDIF DVKDIDPEGK KFDRVSRLHC ESESFKMDLI LDVNIQIYPV DLGDKFRLVI ASTLYEDGTL DDGEYNPTDD RPSRADQFE YVMYGKVYRI EGDETSTEAA TRLSAYVSYG GLLMRLQGDA NNLHGFEVDS RVYLLMKKLA F

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)
分子量理論値: 14.541221 KDa
配列文字列:
MEPDGTYEPG FVGIRFCQEC NNMLYPKEDK ENRILLYACR NCDYQQEADN SCIYVNKITH EVDELTQIIA DVSQDPTLPR TEDHPCQKC GHKEAVFFQS HSARAEDAMR LYYVCTAPHC GHRWTE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

+
分子 #7: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)
分子量理論値: 7.655123 KDa
配列文字列:
MIIPVRCFTC GKIVGNKWEA YLGLLQAEYT EGDALDALGL KRYCCRRMLL AHVDLIEKLL NYAPLEK

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)
分子量理論値: 13.310284 KDa
配列文字列:
MNAPPAFESF LLFEGEKKIT INKDTKVPNA CLFTINKEDH TLGNIIKSQL LKDPQVLFAG YKVPHPLEHK IIIRVQTTPD YSPQEAFTN AITDLISELS LLEERFRVAI KDKQEGIE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a

+
分子 #9: RNA polymerase II, I and III subunit K

分子名称: RNA polymerase II, I and III subunit K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)
分子量理論値: 7.018244 KDa
配列文字列:
MDTQKDVQPP KQQPMIYICG ECHTENEIKS RDPIRCRECG YRIMYKKRTK RLVVFDAR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

+
分子 #13: Transcription elongation factor SPT4

分子名称: Transcription elongation factor SPT4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.210201 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MALETVPKDL RHLRACLLCS LVKTIDQFEY DGCDNCDAYL QMKGNREMVY DCTSSSFDGI IAMMSPEDSW VSKWQRVSNF KPGVYAVSV TGRLPQGIVR ELKSRGVAYK SRDTAIKT

UniProtKB: Transcription elongation factor SPT4

+
分子 #14: Transcription elongation factor SPT5

分子名称: Transcription elongation factor SPT5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 121.145477 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSDSEDSNFS EEEDSERSSD GEEAEVDEER RSAAGSEKEE EPEDEEEEEE EEEYDEEEEE EDDDRPPKKP RHGGFILDEA DVDDEYEDE DQWEDGAEDI LEKEEIEASN IDNVVLDEDR SGARRLQNLW RDQREEELGE YYMKKYAKSS VGETVYGGSD E LSDDITQQ ...文字列:
MSDSEDSNFS EEEDSERSSD GEEAEVDEER RSAAGSEKEE EPEDEEEEEE EEEYDEEEEE EDDDRPPKKP RHGGFILDEA DVDDEYEDE DQWEDGAEDI LEKEEIEASN IDNVVLDEDR SGARRLQNLW RDQREEELGE YYMKKYAKSS VGETVYGGSD E LSDDITQQ QLLPGVKDPN LWTVKCKIGE ERATAISLMR KFIAYQFTDT PLQIKSVVAP EHVKGYIYVE AYKQTHVKQA IE GVGNLRL GYWNQQMVPI KEMTDVLKVV KEVANLKPKS WVRLKRGIYK DDIAQVDYVE PSQNTISLKM IPRIDYDRIK ARM SLKDWF AKRKKFKRPP QRLFDAEKIR SLGGDVASDG DFLIFEGNRY SRKGFLFKSF AMSAVITEGV KPTLSELEKF EDQP EGIDL EVVTESTGKE REHNFQPGDN VEVCEGELIN LQGKILSVDG NKITIMPKHE DLKDMLEFPA QELRKYFKMG DHVKV IAGR FEGDTGLIVR VEENFVILFS DLTMHELKVL PRDLQLCSET ASGVDVGGQH EWGELVQLDP QTVGVIVRLE RETFQV LNM YGKVVTVRHQ AVTRKKDNRF AVALDSEQNN IHVKDIVKVI DGPHSGREGE IRHLFRSFAF LHCKKLVENG GMFVCKT RH LVLAGGSKPR DVTNFTVGGF APMSPRISSP MHPSAGGQRG GFGSPGGGSG GMSRGRGRRD NELIGQTVRI SQGPYKGY I GVVKDATEST ARVELHSTCQ TISVDRQRLT TVGSRRPGGM TSTYGRTPMY GSQTPMYGSG SRTPMYGSQT PLQDGSRTP HYGSQTPLHD GSRTPAQSGA WDPNNPNTPS RAEEEYEYAF DDEPTPSPQA YGGTPNPQTP GYPDPSSPQV NPQYNPQTPG TPAMYNTDQ FSPYAAPSPQ GSYQPSPSPQ SYHQVAPSPA GYQNTHSPAS YHPTPSPMAY QASPSPSPVG YSPMTPGAPS P GGYNPHTP GSGIEQNSSD WVTTDIQVKV RDTYLDTQVV GQTGVIRSVT GGMCSVYLKD SEKVVSISSE HLEPITPTKN NK VKVILGE DREATGVLLS IDGEDGIVRM DLDEQLKILN LRFLGKLLEA

UniProtKB: Transcription elongation factor SPT5

+
分子 #15: DNA-directed RNA polymerase subunit

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)
分子量理論値: 183.24425 KDa
配列文字列: SACPLRTIKR VQFGVLSPDE LKRMSVTEGG IKYPETTEGG RPKLGGLMDP RQGVIERTGR CQTCAGNMTE CPGHFGHIEL AKPVFHVGF LVKTMKVLRC VCFFCSKLLV DSNNPKIKDI LAKSKGQPKK RLTHVYDLCK GKNICEGGEE MDNKFGVEQP E GDEDLTKE ...文字列:
SACPLRTIKR VQFGVLSPDE LKRMSVTEGG IKYPETTEGG RPKLGGLMDP RQGVIERTGR CQTCAGNMTE CPGHFGHIEL AKPVFHVGF LVKTMKVLRC VCFFCSKLLV DSNNPKIKDI LAKSKGQPKK RLTHVYDLCK GKNICEGGEE MDNKFGVEQP E GDEDLTKE KGHGGCGRYQ PRIRRSGLEL YAEWKHVNED SQEKKILLSP ERVHEIFKRI SDEECFVLGM EPRYARPEWM IV TVLPVPP LSVRPAVVMQ GSARNQDDLT HKLADIVKIN NQLRRNEQNG AAAHVIAEDV KLLQFHVATM VDNELPGLPR AMQ KSGRPL KSLKQRLKGK EGRVRGNLMG KRVDFSARTV ITPDPNLSID QVGVPRSIAA NMTFAEIVTP FNIDRLQELV RRGN SQYPG AKYIIRDNGD RIDLRFHPKP SDLHLQTGYK VERHMCDGDI VIFNRQPTLH KMSMMGHRVR ILPWSTFRLN LSVTT PYNA DFDGDEMNLH LPQSLETRAE IQELAMVPRM IVTPQSNRPV MGIVQDTLTA VRKFTKRDVF LERGEVMNLL MFLSTW DGK VPQPAILKPR PLWTGKQIFS LIIPGHINCI RTHSTHPDDE DSGPYKHISP GDTKVVVENG ELIMGILCKK SLGTSAG SL VHISYLEMGH DITRLFYSNI QTVINNWLLI EGHTIGIGDS IADSKTYQDI QNTIKKAKQD VIEVIEKAHN NELEPTPG N TLRQTFENQV NRILNDARDK TGSSAQKSLS EYNNFKSMVV SGAKGSKINI SQVIAVVGQQ NVEGKRIPFG FKHRTLPHF IKDDYGPESR GFVENSYLAG LTPTEFFFHA MGGREGLIDT AVKTAETGYI QRRLIKSMES VMVKYDATVR NSINQVVQLR YGEDGLAGE SVEFQNLATL KPSNKAFEKK FRFDYTNERA LRRTLQEDLV KDVLSNAHIQ NELEREFERM REDREVLRVI F PTGDSKVV LPCNLLRMIW NAQKIFHINP RLPSDLHPIK VVEGVKELSK KLVIVNGDDP LSRQAQENAT LLFNIHLRST LC SRRMAEE FRLSGEAFDW LLGEIESKFN QAIAHPGEMV GALAAQSLGE PATQMTLNTF HYAGVSAKNV TLGVPRLKEL INI SKKPKT PSLTVFLLGQ SARDAERAKD ILCRLEHTTL RKVTANTAIY YDPNPQSTVV AEDQEWVNVY YEMPDFDVAR ISPW LLRVE LDRKHMTDRK LTMEQIAEKI NAGFGDDLNC IFNDDNAEKL VLRIRIMNSD ENKMQEEEEV VDKMDDDVFL RCIES NMLT DMTLQGIEQI SKVYMHLPQT DNKKKIIITE DGEFKALQEW ILETDGVSLM RVLSEKDVDP VRTTSNDIVE IFTVLG IEA VRKALERELY HVISFDGSYV NYRHLALLCD TMTCRGHLMA ITRHGVNRQD TGPLMKCSFE ETVDVLMEAA AHGESDP MK GVSENIMLGQ LAPAGTGCFD LLLDAEKCKY GMEIPTNIPG LGAAGPTGMF FGSAPSPMGG ISPAMTPWNQ GATPAYGA W SPSVGSGMTP GAAGFSPSAA SDASGFSPGY SPAWSPTPGS PGSPGPSSPY IPSPGGAMSP SYSPTSPAYE PRSPGGYTP QSPSYSPTSP SYSPT(SEP)PSYS PTSPNYSPTS PSYSPT(SEP)PSY S

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit

+
分子 #16: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)
分子量理論値: 132.30475 KDa
配列文字列: DEITPDLWQE ACWIVISSYF DEKGLVRQQL DSFDEFIQMS VQRIVEDAPP IDLQAEAQHA SGEVEEPPRY LLKFEQIYLS KPTHWERDG APSPMMPNEA RLRNLTYSAP LYVDITKTVI KEGEEQLQTQ HQKTFIGKIP IMLRSTYCLL NGLTDRDLCE L NECPLDPG ...文字列:
DEITPDLWQE ACWIVISSYF DEKGLVRQQL DSFDEFIQMS VQRIVEDAPP IDLQAEAQHA SGEVEEPPRY LLKFEQIYLS KPTHWERDG APSPMMPNEA RLRNLTYSAP LYVDITKTVI KEGEEQLQTQ HQKTFIGKIP IMLRSTYCLL NGLTDRDLCE L NECPLDPG GYFIINGSEK VLIAQEKMAT NTVYVFAKKD SKYAYTGECR SCLENSSRPT STIWVSMLAR GGQGAKKSAI GQ RIVATLP YIKQEVPIII VFRALGFVSD RDILEHIIYD FEDPEMMEMV KPSLDEAFVI QEQNVALNFI GSRGAKPGVT KEK RIKYAK EVLQKEMLPH VGVSDFCETK KAYFLGYMVH RLLLAALGRR ELDDRDHYGN KRLDLAGPLL AFLFRGMFKN LLKE VRIYA QKFIDRGKDF NLELAIKTRI ISDGLKYSLA TGNWGDQKKA HQARAGVSQV LNRLTFASTL SHLRRLNSPI GRDGK LAKP RQLHNTLWGM VCPAETPEGH AVGLVKNLAL MAYISVGSQP SPILEFLEEW SMENLEEISP AAIADATKIF VNGCWV GIH KDPEQLMNTL RKLRRQMDII VSEVSMIRDI REREIRIYTD AGRICRPLLI VEKQKLLLKK RHIDQLKERE YNNYSWQ DL VASGVVEYID TLEEETVMLA MTPDDLQEKE VAYCSTYTHC EIHPSMILGV CASIIPFPDH NQSPRNTYQS AMGKQAMG V YITNFHVRMD TLAHVLYYPQ KPLVTTRSME YLRFRELPAG INSIVAIASY TGYNQEDSVI MNRSAVDRGF FRSVFYRSY KEQESKKGFD QEEVFEKPTR ETCQGMRHAI YDKLDDDGLI APGVRVSGDD VIIGKTVTLP ENEDELEGTN RRYTKRDCST FLRTSETGI VDQVMVTLNQ EGYKFCKIRV RSVRIPQIGD KFASRHGQKG TCGIQYRQED MPFTCEGITP DIIINPHAIP S RMTIGHLI ECLQGKVSAN KGEIGDATPF NDAVNVQKIS NLLSDYGYHL RGNEVLYNGF TGRKITSQIF IGPTYYQRLK HM VDDKIHS RARGPIQILN RQPMEGRSRD GGLRFGEMER DCQIAHGAAQ FLRERLFEAS DPYQVHVCNL CGIMAIANTR THT YECRGC RNKTQISLVR MPYACKLLFQ ELMSMSIAPR MMSV

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #17: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)
分子量理論値: 31.439074 KDa
配列文字列: MPYANQPTVR ITELTDENVK FIIENTDLAV ANSIRRVFIA EVPIIAIDWV QIDANSSVLH DEFIAHRLGL IPLTSDDIVD KLQYSRDCT CEEFCPECSV EFTLDVRCNE DQTRHVTSRD LISNSPRVIP VTSRNRDNDP SDYVEQDDIL IVKLRKGQEL R LRAYAKKG ...文字列:
MPYANQPTVR ITELTDENVK FIIENTDLAV ANSIRRVFIA EVPIIAIDWV QIDANSSVLH DEFIAHRLGL IPLTSDDIVD KLQYSRDCT CEEFCPECSV EFTLDVRCNE DQTRHVTSRD LISNSPRVIP VTSRNRDNDP SDYVEQDDIL IVKLRKGQEL R LRAYAKKG FGKEHAKWNP TAGVAFEYDP DNALRHTVYP KPEEWPKSEY SELDEDESQA PYDPNGKPER FYYNVESCGS LR PETIVLS ALSGLKKKLS DLQTQLSHEI QSDVLTIN

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

+
分子 #18: Polymerase acidic protein

分子名称: Polymerase acidic protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 82.91657 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GMEDFVRQCF NPMIVELAEK AMKEYGEDPK IETNKFASIC THLEVCFMYS DFHFIDERGE STIIESGDPN VLLKHRFEII EGRDRTMAW TVVNSICNTT GVEKPKFLPD LYDYKENRFI DIGVTRREVH IYYLEKANKI KSEKTHIHIF SFTGEEMATK A DYTLDEES ...文字列:
GMEDFVRQCF NPMIVELAEK AMKEYGEDPK IETNKFASIC THLEVCFMYS DFHFIDERGE STIIESGDPN VLLKHRFEII EGRDRTMAW TVVNSICNTT GVEKPKFLPD LYDYKENRFI DIGVTRREVH IYYLEKANKI KSEKTHIHIF SFTGEEMATK A DYTLDEES RARIKTRLFT IRQEMASRGL WDSFRQSERG EETIEERFEI TGTMRRLADQ SLPPNFSSLE NFRAYVDGFE PN GCIEGKL SQMSKEVNAR IEPFLRTTPR PLRLPDGPPC SQRSKFLLMD ALKLSIEDPS HEGEGIPLYD AIKCMKTFFG WKE PNIIKP HEKGINPNYL LTWKQVLAEL QDIENEEKIP RTKNMKKTSQ LKWALGENMA PEKVDFEDCK DVNDLKQYDS DEPE PRSLA CWIQSEFNKA CELTDSSWVE LDEIGEDVAP IEHIASMRRN YFTAEVSHCR ATEYIMKGVY INTALLNASC AAMDD FQLI PMISKCRTKE GRRKTNLYGF IIKGRSHLRN DTDVVNFVSM EFSLTDPRLE PHKWEKYCVL EIGDMLLRTA VGQVSR PMF LYVRTNGTSK IKMKWGMEMR RCLLQSLQQI ESMIEAESSV KEKDLTKEFF ENKSETWPIG ESPKGVEEGS IGKVCRT LL AKSVFNSLYA SPQLEGFSAE SRKLLLIVQA LRDNLEPGTF DLEGLYEAIE ECLINDPWVL LNASWFNSFL THALR

UniProtKB: Polymerase acidic protein

+
分子 #19: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

分子名称: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 86.496156 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDVNPTLLFL KVPVQNAIST TFPYTGDPPY SHGTGTGYTM DTVNRTHKYS EKGKWTTNTE TGAPQLNPID GPLPEDNEPS GYAQTDCVL EAMAFLEESH PGIFENSCLE TMEIVQQTRV DKLTQGRQTY DWTLNRNQPA ATALANTIEV FRSNGLTANE S GRLIDFLK ...文字列:
MDVNPTLLFL KVPVQNAIST TFPYTGDPPY SHGTGTGYTM DTVNRTHKYS EKGKWTTNTE TGAPQLNPID GPLPEDNEPS GYAQTDCVL EAMAFLEESH PGIFENSCLE TMEIVQQTRV DKLTQGRQTY DWTLNRNQPA ATALANTIEV FRSNGLTANE S GRLIDFLK DVMDSMDKEE MEITTHFQRK RRVRDNMTKK MVTQRTIGKK KQRLNKRSYL IRALTLNTMT KDAERGKLKR RA IATPGMQ IRGFVYFVEA LARSICEKLE QSGLPVGGNE KKAKLANVVR KMMTNSQDTE LSFTITGDNT KWNENQNPRM FLA MITYIT RNQPEWFRNV LSIAPIMFSN KMARLGKGYM FESKSMKLRT QVPAEMLANI DLKYFNKSTR EKIEKIRPLL IDGT ASLSP GMMMGMFNML STVLGVSILN LGQKKYTKTT YWWDGLQSSD DFALIVNAPN HEGIQAGVDR FYRTCKLVGI NMSKK KSYI NRTGTFEFTS FFYRYGFVAN FSMELPSFGV SGINESADMS VGVTVIKNNM INNDLGPATA QMALQLFIKD YRYTYR CHR GDTQIQTRRA FELKKLWEQT RSKAGLLVSD GGPNLYNIRN LHIPEVCLKW ELMDEDYQGR LCNPMNPFVS HKEIDSV NN AVVMPAHGPA KSMEYDAVAT THSWIPKRNR SILNTSQRGI LEDEQMYQKC CNLFEKFFPS SSYRRPVGIS SMVEAMVS R ARIDARIDFE SGRIKKEEFA EIMKICSTIE ELRRQK

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

+
分子 #20: Polymerase basic protein 2

分子名称: Polymerase basic protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 86.00732 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MERIKELRDL MSQSRTREIL TKTTVDHMAI IKKYTSGRQE KNPALRMKWM MAMKYPITAD KRIMEMIPER NEQGQTLWSK TNDAGSDRV MVSPLAVTWW NRNGPTTSTV HYPKVYKTYF EKVERLKHGT FGPVHFRNQV KIRRRVDINP GHADLSAKEA Q DVIMEVVF ...文字列:
MERIKELRDL MSQSRTREIL TKTTVDHMAI IKKYTSGRQE KNPALRMKWM MAMKYPITAD KRIMEMIPER NEQGQTLWSK TNDAGSDRV MVSPLAVTWW NRNGPTTSTV HYPKVYKTYF EKVERLKHGT FGPVHFRNQV KIRRRVDINP GHADLSAKEA Q DVIMEVVF PNEVGARILT SESQLTITKE KKKELQDCKI APLMVAYMLE RELVRKTRFL PVAGGTSSVY IEVLHLTQGT CW EQMYTPG GEVRNDDVDQ SLIIAARNIV RRATVSADPL ASLLEMCHST QIGGVRMVDI LRQNPTEEQA VDICKAAMGL RIS SSFSFG GFTFKRTSGS SVKREEEVLT GNLQTLKIRV HEGYEEFTMV GRRATAILRK ATRRLIQLIV SGKDEQSIAE AIIV AMVFS QEDCMIKAVR GDLNFVNRAN QRLNPMHQLL RHFQKDAKVL FQNWGIEPID NVMGMIGILP DMTPSTEMSL RGVRV SKMG VDEYSSTERV VVSIDRFLRV RDQRGNVLLS PEEVSETQGT EKLTITYSSS MMWEINGPES VLVNTYQWII RNWENV KIQ WSQDPTMLYN KMEFEPFQSL VPKAARGQYS GFVRVLFQQM RDVLGTFDTV QIIKLLPFAA APPEQSRMQF SSLTVNV RG SGMRIVVRGN SPVFNYNKAT KRLTVLGKDA GALMEDPDEG TAGVESAVLR GFLILGKENK RYGPALSINE LSNLAKGE K ANVLIGQGDV VLVMKRKRDS SILTDSQTAT KRIRMAIN

UniProtKB: Polymerase basic protein 2

+
分子 #23: Likely SPT5 KOWx4-KOW5 linker, register unclear

分子名称: Likely SPT5 KOWx4-KOW5 linker, register unclear / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.288408 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
AAAAAFAAAG AAAAAAA

+
分子 #10: non-template DNA (43-mer)

分子名称: non-template DNA (43-mer) / タイプ: dna / ID: 10 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 13.303563 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA) (DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT) (DA)(DC)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT) (DG) (DA)(DT)(DC)

+
分子 #12: Template DNA (43-MER)

分子名称: Template DNA (43-MER) / タイプ: dna / ID: 12 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 13.178483 KDa
配列文字列:
(DG)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC) (DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA) (DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DT) (DA)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC) (DT) (DG)(DC)(DC)

+
分子 #11: cap(1)-RNA (35-MER)

分子名称: cap(1)-RNA (35-MER) / タイプ: rna / ID: 11 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 11.461053 KDa
配列文字列:
GAAGCGAGAA GAACACAGAC AGCAGAAGAC CAGGC

+
分子 #21: 3' vRNA

分子名称: 3' vRNA / タイプ: rna / ID: 21 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 4.008358 KDa
配列文字列:
CUCUGCUUCU GCU

+
分子 #22: 5'-vRNA

分子名称: 5'-vRNA / タイプ: rna / ID: 22 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 4.55782 KDa
配列文字列:
AGUAGUAACA AGAG

+
分子 #24: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 9 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #25: 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-(2'-O-METHYL)-GUANOSINE

分子名称: 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-(2'-O-METHYL)-GUANOSINE
タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 1 / 式: G1G
分子量理論値: 817.467 Da
Chemical component information

ChemComp-G1G:
7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-(2'-O-METHYL)-GUANOSINE / 2-アミノ-6-オキソ-7-メチル-9-[5-O-[[[(2′-O-メチル-5′-グアニリルオキシ)ホスホニル]オキシ(以下略)

+
分子 #26: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #27: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 2 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
詳細: 20 mM BICINE pH 8.0 150 mM NaCl 0.1 mM MgCl2 4% glycerol
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 1.95 sec. / 平均電子線量: 39.94 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 369858
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る