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- EMDB-50522: Progesterone-bound DB3 Fab in complex with computationally design... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50522
タイトルProgesterone-bound DB3 Fab in complex with computationally designed DBPro1156_2 protein binder
マップデータ
試料
  • 複合体: Progesterone-bound DB3 Fab in complex with computationally designed DBPro1156_2 protein binder
    • タンパク質・ペプチド: De novo designed DBPro1156_2 binder
    • タンパク質・ペプチド: DB3 Fab Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: DB3 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Anti-kappa Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Anti-kappa Fab Heavy Chain
  • リガンド: PROGESTERONE
キーワードprogesterone / binder / de novo / Fab / anti-kappa / DE NOVO PROTEIN
生物種synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Pacesa M / Marchand A / Correia BE
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation310030_197724 スイス
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Targeting protein-ligand neosurfaces with a generalizable deep learning tool.
著者: Anthony Marchand / Stephen Buckley / Arne Schneuing / Martin Pacesa / Maddalena Elia / Pablo Gainza / Evgenia Elizarova / Rebecca M Neeser / Pao-Wan Lee / Luc Reymond / Yangyang Miao / Leo ...著者: Anthony Marchand / Stephen Buckley / Arne Schneuing / Martin Pacesa / Maddalena Elia / Pablo Gainza / Evgenia Elizarova / Rebecca M Neeser / Pao-Wan Lee / Luc Reymond / Yangyang Miao / Leo Scheller / Sandrine Georgeon / Joseph Schmidt / Philippe Schwaller / Sebastian J Maerkl / Michael Bronstein / Bruno E Correia /
要旨: Molecular recognition events between proteins drive biological processes in living systems. However, higher levels of mechanistic regulation have emerged, in which protein-protein interactions are ...Molecular recognition events between proteins drive biological processes in living systems. However, higher levels of mechanistic regulation have emerged, in which protein-protein interactions are conditioned to small molecules. Despite recent advances, computational tools for the design of new chemically induced protein interactions have remained a challenging task for the field. Here we present a computational strategy for the design of proteins that target neosurfaces, that is, surfaces arising from protein-ligand complexes. To develop this strategy, we leveraged a geometric deep learning approach based on learned molecular surface representations and experimentally validated binders against three drug-bound protein complexes: Bcl2-venetoclax, DB3-progesterone and PDF1-actinonin. All binders demonstrated high affinities and accurate specificities, as assessed by mutational and structural characterization. Remarkably, surface fingerprints previously trained only on proteins could be applied to neosurfaces induced by interactions with small molecules, providing a powerful demonstration of generalizability that is uncommon in other deep learning approaches. We anticipate that such designed chemically induced protein interactions will have the potential to expand the sensing repertoire and the assembly of new synthetic pathways in engineered cells for innovative drug-controlled cell-based therapies.
履歴
登録2024年6月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月30日-
マップ公開2024年10月30日-
更新2025年3月26日-
現状2025年3月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50522.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50522.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.66 Å/pix.
x 360 pix.
= 236.88 Å		0.66 Å/pix.
x 360 pix.
= 236.88 Å		0.66 Å/pix.
x 360 pix.
= 236.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.658 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.061374247 - 0.113680385
平均 (標準偏差)0.000015626187 (±0.0024258366)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 236.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50522_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_50522_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_50522_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Progesterone-bound DB3 Fab in complex with computationally design...

全体名称: Progesterone-bound DB3 Fab in complex with computationally designed DBPro1156_2 protein binder
要素
  • 複合体: Progesterone-bound DB3 Fab in complex with computationally designed DBPro1156_2 protein binder
    • タンパク質・ペプチド: De novo designed DBPro1156_2 binder
    • タンパク質・ペプチド: DB3 Fab Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: DB3 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Anti-kappa Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Anti-kappa Fab Heavy Chain
  • リガンド: PROGESTERONE

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超分子 #1: Progesterone-bound DB3 Fab in complex with computationally design...

超分子名称: Progesterone-bound DB3 Fab in complex with computationally designed DBPro1156_2 protein binder
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 107.61566 KDa

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分子 #1: De novo designed DBPro1156_2 binder

分子名称: De novo designed DBPro1156_2 binder / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 8.087193 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
DEKAKTAETL IWQLFGKAMQ QSDPNEAEKL LKKAEELAKK ANDPRLEQVV RQHQVVVRFL VGGSHHHHHH

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分子 #2: DB3 Fab Heavy chain

分子名称: DB3 Fab Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 25.93093 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ETGQIQLVQS GPELKKPGET VKISCKASGY AFTNYGVNWV KEAPGKELKW MGWINIYTGE PTYVDDFKGR FAFSLETSAS TAYLEINNL KNEDTATYFC TRGDYVNWYF DVWGAGTTVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL ...文字列:
ETGQIQLVQS GPELKKPGET VKISCKASGY AFTNYGVNWV KEAPGKELKW MGWINIYTGE PTYVDDFKGR FAFSLETSAS TAYLEINNL KNEDTATYFC TRGDYVNWYF DVWGAGTTVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK KVEPKSCDKT HTGTKHHHHH H

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分子 #3: DB3 Fab Light Chain

分子名称: DB3 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 24.332191 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ETGDVVMTQI PLSLPVSLGE QASISCRSSQ SLIHSNGNTY LHWYLQKPGQ SPKLLMYKVS NRFYGVPDRF SGSGSGTDFT LKISRVEAE DLGIYFCSQS SHVPPTFGGG TKLEIKRTVA APSVFIFPPS DEQLKSGTAS VVCLLNNFYP REAKVQWKVD N ALQSGNSQ ...文字列:
ETGDVVMTQI PLSLPVSLGE QASISCRSSQ SLIHSNGNTY LHWYLQKPGQ SPKLLMYKVS NRFYGVPDRF SGSGSGTDFT LKISRVEAE DLGIYFCSQS SHVPPTFGGG TKLEIKRTVA APSVFIFPPS DEQLKSGTAS VVCLLNNFYP REAKVQWKVD N ALQSGNSQ ESVTEQDSKD STYSLSSTLT LSKADYEKHK VYACEVTHQG LSSPVTKSFN RGEC

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分子 #4: Anti-kappa Fab Light Chain

分子名称: Anti-kappa Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 24.11568 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ETGSIVMTQT PKFLFVSAGD RVTITCKASQ SVSNDVEWYQ QKPGQSPKLM IYFASKRYNG VPDRFTGSGF GTEFTFTIST VQAEDLAVY FCQQDYSSPW TFGGGTKLEI KRADAAPTVS IFPPSSEQLT SGGASVVCFL NNFYPKDINV KWKIDGSERQ N GVLNSWTD ...文字列:
ETGSIVMTQT PKFLFVSAGD RVTITCKASQ SVSNDVEWYQ QKPGQSPKLM IYFASKRYNG VPDRFTGSGF GTEFTFTIST VQAEDLAVY FCQQDYSSPW TFGGGTKLEI KRADAAPTVS IFPPSSEQLT SGGASVVCFL NNFYPKDINV KWKIDGSERQ N GVLNSWTD QDSKDSTYSM SSTLTLTKDE YERHNSYTCE ATHKTSTSPI VKSFNRGEC

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分子 #5: Anti-kappa Fab Heavy Chain

分子名称: Anti-kappa Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 25.346602 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ETGEVKLLES GGGLVQPGRS LRLSCIASGF DFSGYWMTWV RQAPGKGLEW IGDINPDSST INSTPSLKDK VIISRDNAKN TLFLQMSKV RSEDTALYYC AQRGNYVPFP YWGQGTLVTV SAAKTTPPSV YPLAPGSAAQ TNSMVTLGCL VKGYFPEPVT V TWNSGSLS ...文字列:
ETGEVKLLES GGGLVQPGRS LRLSCIASGF DFSGYWMTWV RQAPGKGLEW IGDINPDSST INSTPSLKDK VIISRDNAKN TLFLQMSKV RSEDTALYYC AQRGNYVPFP YWGQGTLVTV SAAKTTPPSV YPLAPGSAAQ TNSMVTLGCL VKGYFPEPVT V TWNSGSLS SGVHTFPAVL QSDLYTLSSS VTVPSSTWPS ETVTCNVAHP ASSTKVDKKI VPRDCGCKGT KHHHHHH

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分子 #6: PROGESTERONE

分子名称: PROGESTERONE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: STR
分子量理論値: 314.462 Da
Chemical component information

ChemComp-STR:
PROGESTERONE / プロゲステロン / ホルモン*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.9 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細DB3 Fab and anti-Kappa Fab were pre-purified on SEC, while DBPro1156_2 de novo binder was added in 3-fold excess before grid freezing

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
温度最低: 186.0 K / 最高: 192.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4048193
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / 使用した粒子像数: 192055
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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