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万見
- EMDB-50336: Cryo-EM structure of the ternary DARPin NY_1/HLA-A0201/NY-ESO1 co... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50336
タイトルCryo-EM structure of the ternary DARPin NY_1/HLA-A0201/NY-ESO1 complex.
マップデータPhenix auto-sharpened, with model
試料
  • 複合体: Ternary complex formed between the DARPin NY_1 and HLA-A0201/hb2m/NY-ESO1_157-165(9V)
    • タンパク質・ペプチド: MHC class I antigen
    • タンパク質・ペプチド: Beta-2-microglobulin
    • タンパク質・ペプチド: Cancer/testis antigen 1
    • タンパク質・ペプチド: DARPin NY_1
キーワードDARPin targeting MHC molecules in complex with tumor-associated peptide antigens / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA threonylcarbamoyladenosine metabolic process / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway ...tRNA threonylcarbamoyladenosine metabolic process / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of protein binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / iron ion transport / negative regulation of neuron projection development / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / Golgi membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CTAG/Pcc1 family / Transcription factor Pcc1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : ...CTAG/Pcc1 family / Transcription factor Pcc1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / Cancer/testis antigen 1 / MHC class I antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Schulte T / Wallden K / Carroni M / Sandalova T / Walser M / Mueller S / Venetz N / Achour A
資金援助 スウェーデン, 3件
OrganizationGrant number国
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
Cancerfonden スウェーデン
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Development of highly specific and potent HLA/peptide-targeting DARPin T cell engagers
著者: Venetz N / Schulte T / Mueller S / Wallden K / Fischer S / Kadri N / Paladino M / Pina N / Radom F / Villemagne D / Bruckmaier S / Cornelius A / Hospodarsch T / Sun R / Chambers BJ / Carroni ...著者: Venetz N / Schulte T / Mueller S / Wallden K / Fischer S / Kadri N / Paladino M / Pina N / Radom F / Villemagne D / Bruckmaier S / Cornelius A / Hospodarsch T / Sun R / Chambers BJ / Carroni M / Levitsky V / Sandalova T / Walser M / Achour A
履歴
登録2024年5月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月28日-
マップ公開2025年5月28日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50336.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50336.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Phenix auto-sharpened, with model
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.98 Å/pix.
x 256 pix.
= 249.6 Å		0.98 Å/pix.
x 256 pix.
= 249.6 Å		0.98 Å/pix.
x 256 pix.
= 249.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.975 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 12.0
最小 - 最大-26.410246000000001 - 59.019302000000003
平均 (標準偏差)-0.000000000000989 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 249.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50336_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Phenix density-modified, using model

ファイルemd_50336_additional_1.map
注釈Phenix density-modified, using model
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Phenix auto-sharpened, without model

ファイルemd_50336_additional_2.map
注釈Phenix auto-sharpened, without model
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map A

ファイルemd_50336_half_map_1.map
注釈half-map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_50336_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex formed between the DARPin NY_1 and HLA-A0201/hb2m...

全体名称: Ternary complex formed between the DARPin NY_1 and HLA-A0201/hb2m/NY-ESO1_157-165(9V)
要素
  • 複合体: Ternary complex formed between the DARPin NY_1 and HLA-A0201/hb2m/NY-ESO1_157-165(9V)
    • タンパク質・ペプチド: MHC class I antigen
    • タンパク質・ペプチド: Beta-2-microglobulin
    • タンパク質・ペプチド: Cancer/testis antigen 1
    • タンパク質・ペプチド: DARPin NY_1

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超分子 #1: Ternary complex formed between the DARPin NY_1 and HLA-A0201/hb2m...

超分子名称: Ternary complex formed between the DARPin NY_1 and HLA-A0201/hb2m/NY-ESO1_157-165(9V)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Size-exclusion chromatography (SEC) was used to purify refolded complexes of HLA-A0201 with human beta-2-microglobulin (hb2m) and the peptide NY-ESO1157-165(9V). Strep-Tactin Superflow high ...詳細: Size-exclusion chromatography (SEC) was used to purify refolded complexes of HLA-A0201 with human beta-2-microglobulin (hb2m) and the peptide NY-ESO1157-165(9V). Strep-Tactin Superflow high capacity columns (1 mL, IBA lifescience) run in 20 mM HEPES, 300 mM NaCl pH 7.5 were used for further purification. After a column wash, the protein was eluted using the same buffer supplemented with 2.5 mM desthiobiotin. TEV-cleaved DARPin NY_1 was reverse-purified via IMAC and the monomer was isolated from Superdex 200 equilibrated in 20 mM HEPES, 150 mM NaCl pH 7.5. For cross-linking, HLA-A0201/NY-ESO1157-165(9V) was mixed in a 1:2 molar ratio with NY_1, concentrated to an absorbance at 280 nm (Abs280) of 2.3, and incubated for 45 min in 25 mM HEPES, 150 mM NaCl, supplemented with 1.4 mM BS(PEG)5 (BS5) (ThermoScientific). The cross-linker was quenched by addition of 25 mM Tris. Samples for grid screening were isolated from Superdex 200 GL 10/300 SEC in 25 mM HEPES, 150 mM NaCl, pH 7.4, and concentrated to Abs280 values of 2.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60 KDa

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分子 #1: MHC class I antigen

分子名称: MHC class I antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.541047 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSHSMRYFF TSVSRPGRGE PRFIAVGYVD DTQFVRFDSD AASQRMEPRA PWIEQEGPEY WDGETRKVKA HSQTHRVDLG TLRGYYNQS EAGSHTVQRM YGCDVGSDWR FLRGYHQYAY DGKDYIALKE DLRSWTAADM AAQTTKHKWE AAHVAEQLRA Y LEGTCVEW ...文字列:
MGSHSMRYFF TSVSRPGRGE PRFIAVGYVD DTQFVRFDSD AASQRMEPRA PWIEQEGPEY WDGETRKVKA HSQTHRVDLG TLRGYYNQS EAGSHTVQRM YGCDVGSDWR FLRGYHQYAY DGKDYIALKE DLRSWTAADM AAQTTKHKWE AAHVAEQLRA Y LEGTCVEW LRRYLENGKE TLQRTDAPKT HMTHHAVSDH EATLRCWALS FYPAEITLTW QRDGEDQTQD TELVETRPAG DG TFQKWAA VVVPSGQEQR YTCHVQHEGL PKPLTLRWEP GSGGSAWSHP QFEK

UniProtKB: MHC class I antigen

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分子 #2: Beta-2-microglobulin

分子名称: Beta-2-microglobulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.879356 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MIQRTPKIQV YSRHPAENGK SNFLNCYVSG FHPSDIEVDL LKNGERIEKV EHSDLSFSKD WSFYLLYYTE FTPTEKDEYA CRVNHVTLS QPKIVKWDRD M

UniProtKB: Beta-2-microglobulin

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分子 #3: Cancer/testis antigen 1

分子名称: Cancer/testis antigen 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.090335 KDa
配列文字列:
SLLMWITQV

UniProtKB: Cancer/testis antigen 1

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分子 #4: DARPin NY_1

分子名称: DARPin NY_1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 18.596217 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MRGSHHHHHH ENLYFQGSDL GKKLLQAARA GQLDEVRELL KAGADVNAKD LIGVTPLHLA AFSGHLEIVE VLLKASADVN AKDVSGRTP LHVAAKHGHL EIVEVLLKAG ADVNAKDLIG FTPLHLAAQF GHLEIVEVLL KAGADVNAQD KSGKTPADLA A RAGHQDIA EVLQKAA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 25 mM HEPES, 150 mM NaCl, pH 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10855 / 平均露光時間: 2.3 sec. / 平均電子線量: 57.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 7726585
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 204743
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 3次元分類クラス数: 1 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain詳細

1s9w

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
source_name: Other, initial_model_type: experimental modelNY_1 crystal structure, PDB code given in publication
詳細The crystal structures of NY_1 and HLA-A0201/NY-ESO1 (PDB 1S9W) were placed into the initial map in ChimeraX. The model was iteratively refined by model building in Coot and ChimeraX-Isolde, as well as Phenix real space refinement with integrated amber force field with Ramachandran, secondary structure and reference structure restraints
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-9fe1:
Cryo-EM structure of the ternary DARPin NY_1/HLA-A0201/NY-ESO1 complex.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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