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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-50185 | |||||||||
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タイトル | KS + AT di-domain of polyketide synthase 13 in Mycobacterium tuberculosis | |||||||||
マップデータ | Final map for Pks13 from M. tuberculosis | |||||||||
試料 |
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キーワード | Mycolic acid synthesis / Claisen condensation / cell wall synthesis / BIOSYNTHETIC PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Johnston HE / Futterer K | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: CryoEM structure of the di-domain core of Mycobacterium tuberculosis polyketide synthase 13, essential for mycobacterial mycolic acid synthesis 著者: Johnston HE / Batt SM / Brown AK / Savva CG / Besra GS / Futterer K | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_50185.map.gz | 10.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-50185-v30.xml emd-50185.xml | 16.6 KB 16.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_50185.png | 71.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-50185.cif.gz | 6.7 KB | ||
その他 | emd_50185_half_map_1.map.gz emd_50185_half_map_2.map.gz | 141.7 MB 141.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50185 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50185 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_50185_validation.pdf.gz | 858.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_50185_full_validation.pdf.gz | 858 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_50185_validation.xml.gz | 14.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_50185_validation.cif.gz | 17.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-50185 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-50185 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9f48MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_50185.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Final map for Pks13 from M. tuberculosis | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_50185_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_50185_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Subunit of Pks13
全体 | 名称: Subunit of Pks13 |
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要素 |
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-超分子 #1: Subunit of Pks13
超分子 | 名称: Subunit of Pks13 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 株: H37Rv |
分子量 | 理論値: 187 KDa |
-分子 #1: Polyketide synthase Pks13
分子 | 名称: Polyketide synthase Pks13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO EC番号: 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) |
分子量 | 理論値: 186.642188 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MADVAESQEN APAERAELTV PEMRQWLRNW VGKAVGKAPD SIDESVPMVE LGLSSRDAVA MAADIEDLTG VTLSVAVAFA HPTIESLAT RIIEGEPETD LAGDDAEDWS RTGPAERVDI AIVGLSTRFP GEMNTPEQTW QALLEGRDGI TDLPDGRWSE F LEEPRLAA ...文字列: MADVAESQEN APAERAELTV PEMRQWLRNW VGKAVGKAPD SIDESVPMVE LGLSSRDAVA MAADIEDLTG VTLSVAVAFA HPTIESLAT RIIEGEPETD LAGDDAEDWS RTGPAERVDI AIVGLSTRFP GEMNTPEQTW QALLEGRDGI TDLPDGRWSE F LEEPRLAA RVAGARTRGG YLKDIKGFDS EFFAVAKTEA DNIDPQQRMA LELTWEALEH ARIPASSLRG QAVGVYIGSS TN DYSFLAV SDPTVAHPYA ITGTSSSIIA NRVSYFYDFH GPSVTIDTAC SSSLVAIHQG VQALRNGEAD VVVAGGVNAL ITP MVTLGF DEIGAVLAPD GRIKSFSADA DGYTRSEGGG MLVLKRVDDA RRDGDAILAV IAGSAVNHDG RSNGLIAPNQ DAQA DVLRR AYKDAGIDPR TVDYIEAHGT GTILGDPIEA EALGRVVGRG RPADRPALLG AVKTNVGHLE SAAGAASMAK VVLAL QHDK LPPSINFAGP SPYIDFDAMR LKMITTPTDW PRYGGYALAG VSSFGFGGAN AHVVVREVLP RDVVEKEPEP EPEPKA AAE PAEAPTLAGH ALRFDEFGNI ITDSAVAEEP EPELPGVTEE ALRLKEAALE ELAAQEVTAP LVPLAVSAFL TSRKKAA AA ELADWMQSPE GQASSLESIG RSLSRRNHGR SRAVVLAHDH DEAIKGLRAV AAGKQAPNVF SVDGPVTTGP VWVLAGFG A QHRKMGKSLY LRNEVFAAWI EKVDALVQDE LGYSVLELIL DDAQDYGIET TQVTIFAIQI ALGELLRHHG AKPAAVIGQ SLGEAASAYF AGGLSLRDAT RAICSRSHLM GEGEAMLFGE YIRLMALVEY SADEIREVFS DFPDLEVCVY AAPTQTVIGG PPEQVDAIL ARAEAEGKFA RKFATKGASH TSQMDPLLGE LTAELQGIKP TSPTCGIFST VHEGRYIKPG GEPIHDVEYW K KGLRHSVY FTHGIRNAVD SGHTTFLELA PNPVALMQVA LTTADAGLHD AQLIPTLARK QDEVSSMVST MAQLYVYGHD LD IRTLFSR ASGPQDYANI PPTRFKRKEH WLPAHFSGDG STYMPGTHVA LPDGRHVWEY APRDGNVDLA ALVRAAAAHV LPD AQLTAA EQRAVPGDGA RLVTTMTRHP GGASVQVHAR IDESFTLVYD ALVSRAGSES VLPTAVGAAT AIAVADGAPV APET PAEDA DAETLSDSLT TRYMPSGMTR WSPDSGETIA ERLGLIVGSA MGYEPEDLPW EVPLIELGLD SLMAVRIKNR VEYDF DLPP IQLTAVRDAN LYNVEKLIEY AVEHRDEVQQ LHEHQKTQTA EEIARAQAEL LHGKVGKTEP VDSEAGVALP SPQNGE QPN PTGPALNVDV PPRDAAERVT FATWAIVTGK SPGGIFNELP RLDDEAAAKI AQRLSERAEG PITAEDVLTS SNIEALA DK VRTYLEAGQI DGFVRTLRAR PEAGGKVPVF VFHPAGGSTV VYEPLLGRLP ADTPMYGFER VEGSIEERAQ QYVPKLIE M QGDGPYVLVG WSLGGVLAYA CAIGLRRLGK DVRFVGLIDA VRAGEEIPQT KEEIRKRWDR YAAFAEKTFN VTIPAIPYE QLEELDDEGQ VRFVLDAVSQ SGVQIPAGII EHQRTSYLDN RAIDTAQIQP YDGHVTLYMA DRYHDDAIMF EPRYAVRQPD GGWGEYVSD LEVVPIGGEH IQAIDEPIIA KVGEHMSRAL GQIEADRTSE VGKQ UniProtKB: Polyketide synthase Pks13 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.9 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.9 / 構成要素 - 濃度: 20.0 mM / 構成要素 - 式: C4H11NO3 / 構成要素 - 名称: Tris 詳細: 20 mM Tris-HCl pH 7.9, 50 mM NaCl, 2.5 mM beta-mercaptoethanol |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1412 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 16.5 e/Å2 / 詳細: movie mode |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |