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- EMDB-49572: Structure of the HERV-K (HML-2) spike complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49572
タイトルStructure of the HERV-K (HML-2) spike complex
マップデータMain map - unfiltered
試料
  • 複合体: The HERV-K spike complex
    • タンパク質・ペプチド: Endogenous retrovirus group K member 7 Pol protein
    • タンパク質・ペプチド: Surface protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: water
キーワードHERV-K Endogenous retrovirus K Spike protein Viral glycoprotein / VIRAL PROTEIN / HML-2
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease H / DNA synthesis involved in DNA repair / RNA-directed DNA polymerase activity / DNA integration / RNA-directed DNA polymerase / DNA-templated DNA replication / RNA stem-loop binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA recombination / structural molecule activity ...ribonuclease H / DNA synthesis involved in DNA repair / RNA-directed DNA polymerase activity / DNA integration / RNA-directed DNA polymerase / DNA-templated DNA replication / RNA stem-loop binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA recombination / structural molecule activity / DNA binding / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Retro-transcribing virus envelope glycoprotein / : / Retro-transcribing viruses envelope glycoprotein / Rec (regulator of expression encoded by corf) of HERV-K-113 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...Retro-transcribing virus envelope glycoprotein / : / Retro-transcribing viruses envelope glycoprotein / Rec (regulator of expression encoded by corf) of HERV-K-113 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Endogenous retrovirus group K member 25 Env polyprotein / Endogenous retrovirus group K member 7 Pol protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Shaked R / Katz M / Diskin R
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2025年3月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月2日-
マップ公開2025年7月2日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49572.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49572.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map - unfiltered
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 210.944 Å		0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 210.944 Å		0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 210.944 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.824 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.075
最小 - 最大-0.18736663 - 0.5458597
平均 (標準偏差)0.0012395079 (±0.023156375)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 210.944 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Local resolution-filtered map

ファイルemd_49572_additional_1.map
注釈Local resolution-filtered map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_49572_half_map_1.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_49572_half_map_2.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The HERV-K spike complex

全体名称: The HERV-K spike complex
要素
  • 複合体: The HERV-K spike complex
    • タンパク質・ペプチド: Endogenous retrovirus group K member 7 Pol protein
    • タンパク質・ペプチド: Surface protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: water

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超分子 #1: The HERV-K spike complex

超分子名称: The HERV-K spike complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Endogenous retrovirus group K member 7 Pol protein

分子名称: Endogenous retrovirus group K member 7 Pol protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.730771 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: FIFTLIAVIM GLIAVTATAA VAGVALHSSV QSVNFVNDWQ KNSTRLWNSQ SSIDQKLANQ INDLRQTVIW MGDRLMSLEH RFQLQCDWN TSDFCITPQI YNESEHHWDM VRRHLQGRED NLTLDISKLK EQIFEASKAH LNLVPGTEAI AGVADGLANL N PVTWVKTI ...文字列:
FIFTLIAVIM GLIAVTATAA VAGVALHSSV QSVNFVNDWQ KNSTRLWNSQ SSIDQKLANQ INDLRQTVIW MGDRLMSLEH RFQLQCDWN TSDFCITPQI YNESEHHWDM VRRHLQGRED NLTLDISKLK EQIFEASKAH LNLVPGTEAI AGVADGLANL N PVTWVKTI GSTTIINLIL ILVCLFCLLL VCRCTQQLRR DSDHRERAMM TMAVLSKRKG GNVGKSKRDQ IVTVSVGSGG GG DYKDDDD K

UniProtKB: Endogenous retrovirus group K member 7 Pol protein

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分子 #2: Surface protein

分子名称: Surface protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.729082 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: LPMPAGAAAA NYTYWAYVPF PPLIRAVTWM DNPIEVYVND SVWVPGPIDD RCPAKPEEEG MMINISIGYR YPPICLGRAP GCLMPAVQN WLVEVPTVSP ISRFTYHMVS GMSLRPRVNY LQDFSYQRSL KFRPKGKPCP KEIPKESKNT EVLVWEECVA N SAVILQNN ...文字列:
LPMPAGAAAA NYTYWAYVPF PPLIRAVTWM DNPIEVYVND SVWVPGPIDD RCPAKPEEEG MMINISIGYR YPPICLGRAP GCLMPAVQN WLVEVPTVSP ISRFTYHMVS GMSLRPRVNY LQDFSYQRSL KFRPKGKPCP KEIPKESKNT EVLVWEECVA N SAVILQNN EFGTIIDWAP RGQFYHNCSG QTQSCPSAQV SPAVDSDLTE SLDKHKHKKL QSFYPWEWGE KGISTPRPKI IS PVSGPEH PELWRLTVAS HHIRIWSGNQ TLETRDRKPF YTVDLNSSLT VPLQSCVKPP YMLVVGNIVI KPDSQTITCE NCR LLTCID STFNWQHRIL LVRAREGVWI PVSMDRPWEA SPSIHILTEV LKGVLNRSKR

UniProtKB: Endogenous retrovirus group K member 25 Env polyprotein

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1626 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 38.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 501255
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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