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- EMDB-49414: BG505-CH505 Env glycoprotein in complex with NHP pAb Base-4 isola... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49414
タイトルBG505-CH505 Env glycoprotein in complex with NHP pAb Base-4 isolated from animal RUu18 at week 14
マップデータEM Map Base4 from RUu18 week 14
試料
  • 複合体: BG505-CH505 Env glycoprotein in complex with NHP pAb Base-4 isolated from animal RUu18 at week 14
    • 複合体: BG505-CH505 Env glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: BG505-CH505 Envelope glycoprotein gp120
      • タンパク質・ペプチド: BG505-CH505 Transmembrane protein gp41
    • 複合体: pAb Base-4
      • タンパク質・ペプチド: RUu-Base-4 pAb heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: RUu-Base-4 pAb light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHIV-1 / polyclonal / cryoEMPEM / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Macaca mulatta (アカゲザル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Pratap PP / Ozorowski G / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI145629 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / : 2024
タイトル: Immunofocusing on the conserved fusion peptide of HIV envelope glycoprotein in rhesus macaques.
著者: Payal P Pratap / Christopher A Cottrell / James Quinn / Diane G Carnathan / Daniel L V Bader / Andy S Tran / Chiamaka A Enemuo / Julia T Ngo / Sara T Richey / Hongmei Gao / Xiaoying Shen / ...著者: Payal P Pratap / Christopher A Cottrell / James Quinn / Diane G Carnathan / Daniel L V Bader / Andy S Tran / Chiamaka A Enemuo / Julia T Ngo / Sara T Richey / Hongmei Gao / Xiaoying Shen / Kelli M Greene / Jonathan Hurtado / Katarzyna Kaczmarek Michaels / Elana Ben-Akiva / Joel D Allen / Gabriel Ozorowski / Max Crispin / Bryan Briney / David Montefiori / Guido Silvestri / Darrell J Irvine / Shane Crotty / Andrew B Ward
要旨: During infection, the fusion peptide (FP) of HIV envelope glycoprotein (Env) serves a central role in viral fusion with the host cell. As such, the FP is highly conserved and therefore an attractive ...During infection, the fusion peptide (FP) of HIV envelope glycoprotein (Env) serves a central role in viral fusion with the host cell. As such, the FP is highly conserved and therefore an attractive epitope for vaccine design. Here, we describe a vaccination study in non-human primates (NHPs) where glycan deletions were made on soluble HIV Env to increase FP epitope exposure. When delivered via implantable osmotic pumps, this immunogen primed immune responses against the FP, which were then boosted with heterologous trimers resulting in a focused immune response targeting the conserved FP epitope. Although autologous immunizations did not elicit high affinity FP-targeting antibodies, the conserved FP epitope on a heterologous trimer further matured the lower affinity, FP-targeting B cells. This study suggests using epitope conservation strategies on distinct Env trimer immunogens can focus humoral responses on desired neutralizing epitopes and suppress immune-distracting antibody responses against non-neutralizing epitopes.
履歴
登録2025年2月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月25日-
マップ公開2025年6月25日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49414.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EM Map Base4 from RUu18 week 14
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 416 pix.
= 478.4 Å
1.15 Å/pix.
x 416 pix.
= 478.4 Å
1.15 Å/pix.
x 416 pix.
= 478.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.33
最小 - 最大-0.7835017 - 1.4957379
平均 (標準偏差)-0.00064693263 (±0.025190778)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ416416416
Spacing416416416
セルA=B=C: 478.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_49414_msk_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_49414_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: half map b

ファイルemd_49414_half_map_2.map
注釈half map b
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : BG505-CH505 Env glycoprotein in complex with NHP pAb Base-4 isola...

全体名称: BG505-CH505 Env glycoprotein in complex with NHP pAb Base-4 isolated from animal RUu18 at week 14
要素
  • 複合体: BG505-CH505 Env glycoprotein in complex with NHP pAb Base-4 isolated from animal RUu18 at week 14
    • 複合体: BG505-CH505 Env glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: BG505-CH505 Envelope glycoprotein gp120
      • タンパク質・ペプチド: BG505-CH505 Transmembrane protein gp41
    • 複合体: pAb Base-4
      • タンパク質・ペプチド: RUu-Base-4 pAb heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: RUu-Base-4 pAb light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: BG505-CH505 Env glycoprotein in complex with NHP pAb Base-4 isola...

超分子名称: BG505-CH505 Env glycoprotein in complex with NHP pAb Base-4 isolated from animal RUu18 at week 14
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4

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超分子 #2: BG505-CH505 Env glycoprotein

超分子名称: BG505-CH505 Env glycoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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超分子 #3: pAb Base-4

超分子名称: pAb Base-4 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)

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分子 #1: RUu-Base-4 pAb heavy chain

分子名称: RUu-Base-4 pAb heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 10.298679 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)C(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)W(UNK)(UNK) ...文字列:
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分子 #2: RUu-Base-4 pAb light chain

分子名称: RUu-Base-4 pAb light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 9.202309 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)W(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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分子 #3: BG505-CH505 Envelope glycoprotein gp120

分子名称: BG505-CH505 Envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 56.228031 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARAENLW VTVYYGVPVW KDAETTLFCA SDAKAYETEK HNVWATHCCV PTDPNPQEI VLENVTENFN MWKNNMVEQM HEDIISLWDQ SLKPCVKLTP LCVTLNCTNA TASNSSIIEG MKNCSFNITT E LRDKREKK ...文字列:
MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARAENLW VTVYYGVPVW KDAETTLFCA SDAKAYETEK HNVWATHCCV PTDPNPQEI VLENVTENFN MWKNNMVEQM HEDIISLWDQ SLKPCVKLTP LCVTLNCTNA TASNSSIIEG MKNCSFNITT E LRDKREKK NALFYKLDIV QLDGNSSQYR LINCNTSAIT QACPKVSFEP IPIHYCAPAG FAILKCNNKT FTGTGPCNNV ST VQCTHGI KPVVSTQLLL NGSLAEGEII IRSENITDNG KTILVHLNES VKIECTRPNN KTRTSIRIGP GQAFYATGQV IGD IREAYC NISESTWNET LGKVVKQLRK HFPHKNITFQ PSSGGDLEVT THSFNCGGEF FYCNTSGLFN STWISNTSVQ GSNS TGSND SITLPCRIKQ IINMWQEVGR AMYAPPIQGN ITCVSNITGL ILTRDGGKNN TETFRPGGGD MRDNWRSELY KYKVV KIEP LGVAPTACKR RVVGRRRRRR

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分子 #4: BG505-CH505 Transmembrane protein gp41

分子名称: BG505-CH505 Transmembrane protein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.16535 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEC QQHLLKDTHW GIKQLQARVL AVEHYLRDQQ LLGIWGCSG KLICTTNVPW NSTWSNKTLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNETDN LTCD

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 55 / : NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称
50.0 mMTris
50.0 mMSodium Chloride
0.005 mMLauryl Maltose Neopentyl Glycol
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 7167 / 平均電子線量: 49.92 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 36000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 49950
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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