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- EMDB-49241: AMC008 v4.2 SOSIP Env trimer in complex with two 3BC315 Fabs -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49241
タイトルAMC008 v4.2 SOSIP Env trimer in complex with two 3BC315 Fabs
マップデータAMC008 v4.2 SOSIP Env trimer in complex with two 3BC315 Fabs
試料
  • 複合体: AMC008 v4.2 SOSIP Env trimer in complex with two 3BC315 Fabs
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
    • タンパク質・ペプチド: 3BC315 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 3BC315 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHIV-1 Envelope glycoprotein / broadly neutralizing antibodies / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.52 Å
データ登録者Cui J / Du J / Lin Z / Pallesen J
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Other privateW.W.Smith Charitable Trust #A2404 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI166916-01A1 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Conformational landscape of HIV-1 Env from closed to fully open.
著者: Jiayan Cui / Zi Jie Lin / Sukanya Ghosh / Jianqiu Du / Roopak Sadeesh / David B Weiner / Jesper Pallesen /
要旨: The molecular mechanism of HIV-1 entry into host cells is governed by dynamic conformational changes to its envelope glycoprotein (Env), which are triggered by the engagement of the host receptor CD4 ...The molecular mechanism of HIV-1 entry into host cells is governed by dynamic conformational changes to its envelope glycoprotein (Env), which are triggered by the engagement of the host receptor CD4 and coreceptors. Structural insights into these transitions have been advanced by cryo-electron tomography (cryo-ET), resolving Env structures in closed and multifarious open states within native membranes, and by cryo-electron microscopy (cryo-EM), which has provided atomic details of these states. In this study, we determine cryo-EM structures of soluble native-like Env in complex with antibody 3BC315, antibody b12, CD4, or a combination of 3BC315 and b12, capturing previously uncharacterized conformational states. Observing enhanced 3BC315 binding occupancy in the presence of b12, we investigate the cooperativity of these antibodies using mass photometry and neutralization assays. Integrating these states with the literature, we establish a classification framework for symmetric and asymmetric Env states, categorizing by their degree of openness and stepwise structural rearrangements. Our findings refine the mechanistic understanding of HIV-1 Env dynamics and provide a structural roadmap for targeting dynamic Env states to develop more potent vaccines and immunotherapies.
履歴
登録2025年2月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月21日-
マップ公開2026年1月21日-
更新2026年3月11日-
現状2026年3月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49241.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49241.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈AMC008 v4.2 SOSIP Env trimer in complex with two 3BC315 Fabs
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 421.6 Å		1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 421.6 Å		1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 421.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.054 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-1.0538274 - 2.0585282
平均 (標準偏差)-0.0009828268 (±0.033925824)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 421.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_49241_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_49241_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : AMC008 v4.2 SOSIP Env trimer in complex with two 3BC315 Fabs

全体名称: AMC008 v4.2 SOSIP Env trimer in complex with two 3BC315 Fabs
要素
  • 複合体: AMC008 v4.2 SOSIP Env trimer in complex with two 3BC315 Fabs
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
    • タンパク質・ペプチド: 3BC315 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 3BC315 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: AMC008 v4.2 SOSIP Env trimer in complex with two 3BC315 Fabs

超分子名称: AMC008 v4.2 SOSIP Env trimer in complex with two 3BC315 Fabs
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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分子 #1: Envelope glycoprotein gp120

分子名称: Envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 55.212527 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDWTWILFLV AAATRVHSTE KLWVTVYYGV PVWKEATTTL FCASDAKAYD TEVRNVWATH ACVPTDPSPQ EVILENVTEN FNMWTNNMV EQMHEDIISL WDQSLKPCVK LTPLCVTLNC TNELKNTTKT NNSSWGGEMK NCSFNVTTSI RDKVQKEYAL F YKLDIVPI ...文字列:
MDWTWILFLV AAATRVHSTE KLWVTVYYGV PVWKEATTTL FCASDAKAYD TEVRNVWATH ACVPTDPSPQ EVILENVTEN FNMWTNNMV EQMHEDIISL WDQSLKPCVK LTPLCVTLNC TNELKNTTKT NNSSWGGEMK NCSFNVTTSI RDKVQKEYAL F YKLDIVPI DDDNNTSNYR LINCNTSVIT QACPKITFEP IPIQFCTPAG FAILKCNNKK FNGKGPCTNV STVQCTHGIR PV VSTQLLL NGSLAEEEVI IRSDNFTDNA KTIIVQLNES VVINCTRPNN NTRKSINIGP GRWFYTTGEI IGDIRQAHCN LSR TQWNNT LKQIAIKLRE QFENKTIVFN QSSGGDPEIV MHSFNCGGEF FYCNTTKLFN STWNDTDIRG NNTEGNDTIT IPCR IKQIV NMWQEVGKAM YAPPIRGQIR CSSNITGLLL TRDGGSESNT TEIFRPGGGD MRDNWRSELY KYKVVRIEPL GVAPT KCKR RVVQ

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分子 #2: Envelope glycoprotein gp41

分子名称: Envelope glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.428814 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGTIGAMFL GFLGAAGSTM GAASMTLTVQ ARNLLSGIVQ QQNNLLRAPE AQQHLLQLTV WGIKQLQARV LAVERYLRDQ QLLGIWGCS GKLICCTSVP WNTSWSNKSL DKIWNNMTWM EWEREIDNYT SLIYTLLEES QNQQEKNEQE LLELD

UniProtKB: Env polyprotein

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分子 #3: 3BC315 Fab heavy chain

分子名称: 3BC315 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.99924 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGAE MKDPGASVKV SCRASGYKFT DYYMHWVRQA PGQGLEWVGW VNTNGGFTKY GAKFQGRVTV TRDTSTNTVF LELSRLTFG DTAMYFCARP MRPVSHGIDY SGLFVFQFWG RGTMVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS ...文字列:
QVQLVQSGAE MKDPGASVKV SCRASGYKFT DYYMHWVRQA PGQGLEWVGW VNTNGGFTKY GAKFQGRVTV TRDTSTNTVF LELSRLTFG DTAMYFCARP MRPVSHGIDY SGLFVFQFWG RGTMVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS WNSGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKKVEP KSCD

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分子 #4: 3BC315 Fab light chain

分子名称: 3BC315 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.009605 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSALTQPASV SASPGQSITI SCSGTRSDVG GYDFVSWYQQ HPGKVPKLII YEVTKRPSGI PQRFSGSKSG NTASLTISGL QADDEADYY CCSYANYDKL ILGGGTKLTV LGQPKANPTV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADGSPV K AGVETTKP ...文字列:
QSALTQPASV SASPGQSITI SCSGTRSDVG GYDFVSWYQQ HPGKVPKLII YEVTKRPSGI PQRFSGSKSG NTASLTISGL QADDEADYY CCSYANYDKL ILGGGTKLTV LGQPKANPTV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADGSPV K AGVETTKP SKQSNNKYAA SSYLSLTPEQ WKSHRSYSCQ VTHEGSTVEK TVAPTECS

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分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 32 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 70158
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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