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- EMDB-49043: Hemagglutinin CA09 homotrimer bound to AEL31302/AEL31311 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49043
タイトルHemagglutinin CA09 homotrimer bound to AEL31302/AEL31311 Fab
マップデータ
試料
  • 複合体: Hemaggluinin CA09 homotrimer bound to AEL31302/AEL31311 mAb
    • タンパク質・ペプチド: Fab light chain antibody AEL31302
    • タンパク質・ペプチド: Fab heavy antibody AEL31311
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードantibody-antigen complex / hemagglutinin / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (A/California/01/2009(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Fernandez-Quintero ML / Turner HL
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Mach Intell / 年: 2025
タイトル: Predicting the conformational flexibility of antibody and T cell receptor complementarity-determining regions.
著者: Fabian C Spoendlin / Monica L Fernández-Quintero / Sai S R Raghavan / Hannah L Turner / Anant Gharpure / Johannes R Loeffler / Wing K Wong / Alexander Bujotzek / Guy Georges / Andrew B Ward ...著者: Fabian C Spoendlin / Monica L Fernández-Quintero / Sai S R Raghavan / Hannah L Turner / Anant Gharpure / Johannes R Loeffler / Wing K Wong / Alexander Bujotzek / Guy Georges / Andrew B Ward / Charlotte M Deane /
要旨: Many proteins are highly flexible and their ability to adapt their shape can be fundamental to their functional properties. For example, the flexibility of antibody complementarity-determining region ...Many proteins are highly flexible and their ability to adapt their shape can be fundamental to their functional properties. For example, the flexibility of antibody complementarity-determining region (CDR) loops influences binding affinity and specificity, making it a key factor in understanding and designing antigen interactions. With methods such as AlphaFold, it is possible to computationally predict a single, static protein structure with high accuracy. However, the reliable prediction of structural flexibility has not yet been achieved. A major factor limiting such predictions is the scarcity of suitable training data. Here we focus on predicting the structural flexibility of functionally important antibody and T cell receptor CDR3 loops. To this end, we constructed ALL-conformations by extracting CDR3s and CDR3-like loop motifs from all structures deposited in the Protein Data Bank. This dataset comprises 1.2 million loop structures representing more than 100,000 unique sequences and captures all experimentally observed conformations of these motifs. Using this dataset, we develop ITsFlexible, a deep learning tool with graph neural network architecture. We trained the model to binary classify CDR loops as 'rigid' or 'flexible' from inputs of antibody structures. ITsFlexible outperforms all alternative approaches on our crystal structure datasets and successfully generalizes to molecular dynamics simulations. We also used ITsFlexible to predict the flexibility of three CDRH3 loops with no solved structures and experimentally determined their conformations using cryogenic electron microscopy.
履歴
登録2025年2月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月12日-
マップ公開2025年11月12日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49043.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49043.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.72 Å/pix.
x 480 pix.
= 344.64 Å		0.72 Å/pix.
x 480 pix.
= 344.64 Å		0.72 Å/pix.
x 480 pix.
= 344.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.718 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.2198283 - 0.38801646
平均 (標準偏差)-0.000030373174 (±0.010462199)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 344.63998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_49043_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_49043_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Hemaggluinin CA09 homotrimer bound to AEL31302/AEL31311 mAb

全体名称: Hemaggluinin CA09 homotrimer bound to AEL31302/AEL31311 mAb
要素
  • 複合体: Hemaggluinin CA09 homotrimer bound to AEL31302/AEL31311 mAb
    • タンパク質・ペプチド: Fab light chain antibody AEL31302
    • タンパク質・ペプチド: Fab heavy antibody AEL31311
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Hemaggluinin CA09 homotrimer bound to AEL31302/AEL31311 mAb

超分子名称: Hemaggluinin CA09 homotrimer bound to AEL31302/AEL31311 mAb
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 330 KDa

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分子 #1: Fab light chain antibody AEL31302

分子名称: Fab light chain antibody AEL31302 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.910879 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSD IVMTQSPDSL AVSLGERATI NCRSSQSVSS NNKNFLAWYQ EKPGQPPKVL IYWASARESG VPDRFSGSG SGTDFTLTIS GLQAEDVAVY YCQQHYRTPP TFGQGTKVEI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL N NFYPREAK ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSD IVMTQSPDSL AVSLGERATI NCRSSQSVSS NNKNFLAWYQ EKPGQPPKVL IYWASARESG VPDRFSGSG SGTDFTLTIS GLQAEDVAVY YCQQHYRTPP TFGQGTKVEI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL N NFYPREAK VQWKVDNALQ SGNSQESVTE QDSKDSTYSL SSTLTLSKAD YEKHKVYACE VTHQGLSSPV TKSFNRGEC

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分子 #2: Fab heavy antibody AEL31311

分子名称: Fab heavy antibody AEL31311 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.024441 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSQ VQLVQSGGGV VPPGRSLRLS CAASGFTFST YGMHWVRQAP GKGLEWVAVI SYDGNYKYYA DSVRGRFTI SRDNSKNTLN LDMNSLRTED TALYYCAKDS QLRSLLYFDW LSQGYFDHWG QGTLVTVSSA STKGPSVFPL A PSSKSTSG ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSQ VQLVQSGGGV VPPGRSLRLS CAASGFTFST YGMHWVRQAP GKGLEWVAVI SYDGNYKYYA DSVRGRFTI SRDNSKNTLN LDMNSLRTED TALYYCAKDS QLRSLLYFDW LSQGYFDHWG QGTLVTVSSA STKGPSVFPL A PSSKSTSG GTAALGCLVK DYFPEPVTVS WNSGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NT KVDKKVE PKSC

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分子 #3: Hemagglutinin

分子名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/California/01/2009(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 62.401727 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GDTLCIGYHA NNSTDTVDTV LEKNVTVTHS VNLLEDKHNG KLCKLRGVAP LHLGKCNIAG WILGNPECES LSTASSWSYI VETPSSDNG TCYPGDFIDY EELREQLSSV SSFERFEIFP KTSSWPNHDS NKGVTAACPH AGAKSFYKNL IWLVKKGNSY P KLSKSYIN ...文字列:
GDTLCIGYHA NNSTDTVDTV LEKNVTVTHS VNLLEDKHNG KLCKLRGVAP LHLGKCNIAG WILGNPECES LSTASSWSYI VETPSSDNG TCYPGDFIDY EELREQLSSV SSFERFEIFP KTSSWPNHDS NKGVTAACPH AGAKSFYKNL IWLVKKGNSY P KLSKSYIN DKGKEVLVLW GIHHPSTSAD QQSLYQNADT YVFVGSSRYS KKFKPEIAIR PKVRDQEGRM NYYWTLVEPG DK ITFEATG NLVVPRYAFA MERNAGSGII ISDTPVHDCN TTCQTPKGAI NTSLPFQNIH PITIGKCPKY VKSTKLRLAT GLR NIPSIQ SRGLFGAIAG FIEGGWTGMV DGWYGYHHQN EQGSGYAADL KSTQNAIDKI TNKVNSVIEK MNTQFTAVGK EFNH LEKRI ENLNKKVDDG FLDIWTYNAE LLVLLENERT LDYHDSNVKN LYEKVRSQLK NNAKEIGNGC FEFYHKCDNT CMESV KNGT YDYPKYSEEA KLNREEIDSG YIPEAPRDGQ AYVRKDGEWV LLSTFLGSGL NDIFEAQKIE WHEGHHHHHH

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 15 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.14 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: TBS
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 190000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab-initio reconstruction
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 85692
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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