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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4904 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of St1Cas9-sgRNA-AcrIIA6-tDNA59-ntPAM complex. | |||||||||
マップデータ | Postprocessed 3D reconstruction of St1Cas9%u2022sgRNA%u2022AcrIIA6%u2022tDNA59-ntPAM complex. | |||||||||
試料 |
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キーワード | CRISPR-Cas9 / anti-CRISPR protein / bacteriophages / Streptococcus thermophilus Cas9 / St1Cas9 / hydrolase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host CRISPR-cas system / maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Streptococcus phage D1811 (ファージ) / Streptococcus thermophilus DGCC 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス) / Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス) / Streptococcus virus 2972 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Swuec P | |||||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019 タイトル: Cas9 Allosteric Inhibition by the Anti-CRISPR Protein AcrIIA6. 著者: Olivier Fuchsbauer / Paolo Swuec / Claire Zimberger / Béatrice Amigues / Sébastien Levesque / Daniel Agudelo / Alexis Duringer / Antonio Chaves-Sanjuan / Silvia Spinelli / Geneviève M ...著者: Olivier Fuchsbauer / Paolo Swuec / Claire Zimberger / Béatrice Amigues / Sébastien Levesque / Daniel Agudelo / Alexis Duringer / Antonio Chaves-Sanjuan / Silvia Spinelli / Geneviève M Rousseau / Minja Velimirovic / Martino Bolognesi / Alain Roussel / Christian Cambillau / Sylvain Moineau / Yannick Doyon / Adeline Goulet / 要旨: In the arms race against bacteria, bacteriophages have evolved diverse anti-CRISPR proteins (Acrs) that block CRISPR-Cas immunity. Acrs play key roles in the molecular coevolution of bacteria with ...In the arms race against bacteria, bacteriophages have evolved diverse anti-CRISPR proteins (Acrs) that block CRISPR-Cas immunity. Acrs play key roles in the molecular coevolution of bacteria with their predators, use a variety of mechanisms of action, and provide tools to regulate Cas-based genome manipulation. Here, we present structural and functional analyses of AcrIIA6, an Acr from virulent phages, exploring its unique anti-CRISPR action. Our cryo-EM structures and functional data of AcrIIA6 binding to Streptococcus thermophilus Cas9 (St1Cas9) show that AcrIIA6 acts as an allosteric inhibitor and induces St1Cas9 dimerization. AcrIIA6 reduces St1Cas9 binding affinity for DNA and prevents DNA binding within cells. The PAM and AcrIIA6 recognition sites are structurally close and allosterically linked. Mechanistically, AcrIIA6 affects the St1Cas9 conformational dynamics associated with PAM binding. Finally, we identify a natural St1Cas9 variant resistant to AcrIIA6 illustrating Acr-driven mutational escape and molecular diversification of Cas9 proteins. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4904.map.gz | 92.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4904-v30.xml emd-4904.xml | 20.9 KB 20.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4904_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4904.png | 121.7 KB | ||
マスクデータ | emd_4904_msk_1.map | 98.9 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-4904.cif.gz | 7.3 KB | ||
その他 | emd_4904_additional.map.gz | 77.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4904 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4904 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4904_validation.pdf.gz | 609.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4904_full_validation.pdf.gz | 609.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4904_validation.xml.gz | 11.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_4904_validation.cif.gz | 15.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4904 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4904 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4904.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 98.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Postprocessed 3D reconstruction of St1Cas9%u2022sgRNA%u2022AcrIIA6%u2022tDNA59-ntPAM complex. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.889 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_4904_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened 3D reconstruction of St1Cas9%u2022sgRNA%u2022AcrIIA6%u2022tDNA59-ntPAM complex....
ファイル | emd_4904_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened 3D reconstruction of St1Cas9%u2022sgRNA%u2022AcrIIA6%u2022tDNA59-ntPAM complex. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Cryo-EM structure of St1Cas9-sgRNA-AcrIIA6-tDNA59-ntPAM complex.
+超分子 #1: Cryo-EM structure of St1Cas9-sgRNA-AcrIIA6-tDNA59-ntPAM complex.
+超分子 #2: AcrIIA6
+超分子 #3: Cas 9
+超分子 #4: sgRNA
+超分子 #5: tDNA59
+超分子 #6: ntPAM
+分子 #1: AcrIIA6
+分子 #2: Cas 9
+分子 #3: sgRNA
+分子 #4: tDNA59
+分子 #5: ntPAM
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.75 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
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得られたモデル | PDB-6rjg: |