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- EMDB-48816: Cryo-EM structure of rabbit TRPM3 in complex with primidone in re... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48816
タイトルCryo-EM structure of rabbit TRPM3 in complex with primidone in resting state at 18 degrees Celsius
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: tetramer of TRPM3
    • タンパク質・ペプチド: TRPM3
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: primidone
キーワードTRPM3 / ion channel / membrane protein
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Kumar S / Lu W / Du J
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL153219 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS112363 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Structural basis for agonist and heat activation of nociceptor TRPM3.
著者: Sushant Kumar / Fei Jin / Sung Jin Park / Wooyoung Choi / Sarah I Keuning / Richard P Massimino / Simon Vu / Wei Lü / Juan Du /
要旨: Detecting noxious heat is vital for survival, triggering protective pain responses. The TRPM3 channel is a key nociceptor and a promising therapeutic target for pain and neurological disorders. Here ...Detecting noxious heat is vital for survival, triggering protective pain responses. The TRPM3 channel is a key nociceptor and a promising therapeutic target for pain and neurological disorders. Here we show that the rabbit TRPM3 is intrinsically dynamic, with its intracellular domain (ICD) sampling both resting and activated states, but favoring the resting state in the absence of stimulation. We reveal that heat and the synthetic agonist CIM0216 shift the equilibrium toward activation by inducing a similar ICD rearrangement. Mutations that facilitate ICD movement enhance sensitivity to both thermal and chemical stimuli, underscoring the central role of the ICD in channel gating. We also show that the antagonist primidone binds the same site as CIM0216 in the S1-S4 domain but inhibits channel activation. This study provides a structural framework for a mechanistic understanding of thermal and chemical gating of TRPM3 and for guiding the rational design of TRPM3-targeted analgesics and neurotherapeutics.
履歴
登録2025年1月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月17日-
マップ公開2025年12月17日-
更新2025年12月17日-
現状2025年12月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48816.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48816.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 317.184 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 317.184 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 317.184 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.826 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.004
最小 - 最大-0.0037333982 - 0.014689458
平均 (標準偏差)0.000077413875 (±0.00067482784)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 317.184 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_48816_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_48816_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : tetramer of TRPM3

全体名称: tetramer of TRPM3
要素
  • 細胞器官・細胞要素: tetramer of TRPM3
    • タンパク質・ペプチド: TRPM3
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: primidone

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超分子 #1: tetramer of TRPM3

超分子名称: tetramer of TRPM3 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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分子 #1: TRPM3

分子名称: TRPM3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 150.840328 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MCWKGVIPGE LVDPVAGREG TQRRFRAQKS WIERAFYKRE CVHIIPSTKD PHRCCCGRLI GQHVGLTPSI SVLQNEKNES RLSRNDIQS EKWSISKHTQ LSPTDAFGTI EFQGGGHSNK AMYVRVSFDT KPDLLLHLMT KEWQLELPKL LISVHGGLQN F ELQPKLKQ ...文字列:
MCWKGVIPGE LVDPVAGREG TQRRFRAQKS WIERAFYKRE CVHIIPSTKD PHRCCCGRLI GQHVGLTPSI SVLQNEKNES RLSRNDIQS EKWSISKHTQ LSPTDAFGTI EFQGGGHSNK AMYVRVSFDT KPDLLLHLMT KEWQLELPKL LISVHGGLQN F ELQPKLKQ VFGKGLIKAA MTTGAWIFTG GVNTGVIRHV GDALKDHASK SRGKICTIGI APWGIVENQE DLIGRDVVRP YQ TMSNPMS KLTVLNSMHS HFILADNGTT GKYGAEVKLR RQLEKHISLQ KINTRIGQGV PVVALIVEGG PNVISIVLEY LRD TPPVPV VVCDGSGRAS DILAFGHKYS EEGGLINESL RDQLLVTIQK TFTYTRTQAQ HLFIILMECM KKKELITVFR MGSE GHQDI DLAILTALLK GANASAPDQL SLALAWNRVD IARSQIFIYG QQWPVGSLEQ AMLDALVLDR VDFVKLLIEN GVSMH RFLT ISRLEELYNT RHGPSNTLYH LVRDVKKREY PGFGWIYFKG NLPPDYRISL IDIGLVIEYL MGGAYRCNYT RKRFRT LYH NLFGPKRPKA LKLLGMEDDI PLRRGRKTTK KREEEVDIDL DDPEINHFPF PFHELMVWAV LMKRQKMALF FWQHGEE AM AKALVACKLC KAMAHEASEN DMVDDISQEL NHNSRDFGQL AVELLDQSYK QDEQLAMKLL TYELKNWSNA TCLQLAVA A KHRDFIAHTC SQMLLTDMWM GRLRMRKNSG LKVILGILLP PSILSLEFKN KDDMPYMTQA QEIHLQEKEP EEPEKPTKE KDEEDMELTA MLGRNNGESS RKKDEEEVQS RHRLIPLGRK IYEFYNAPIV KFWFYTLAYI GYLMLFNYIV LVKMERWPST QEWIVISYI FTLGIEKMRE ILMSEPGKLL QKVKVWLQEY WNVTDLIAIL LFSVGMILRL QDQPFRSDGR VIYCVNIIYW Y IRLLDIFG VNKYLGPYVM MIGKMMIDMM YFVIIMLVVL MSFGVARQAI LFPNEEPSWK LAKNIFYMPY WMIYGEVFAD QI DPPCGQN ETREDGKIIQ LPPCKTGAWI VPAIMACYLL VANILLVNLL IAVFNNTFFE VKSISNQVWK FQRYQLIMTF HER PVLPPP LIIFSHMTMI FQHLCCRWRK HESDPDERDY GLKLFITDDE LKKVHDFEEQ CIEEYFREKD DRFNSSNDER IRVT SERVE NMSMRLEEVN EREHSMKASL QTVDIRLAQL EDLIGRMATA LERLTGVERA ESNKIRSRTS SDCTDAAYIV RQSSF NSQE GNTFKLQESI DPAEHPFYSV FE

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分子 #2: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 24 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

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分子 #3: primidone

分子名称: primidone / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: A1AIA
分子量理論値: 218.252 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度8 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.001 % LMNG/CHS, 10 mM beta-mercaptoethanol, 5 mM EDTA
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 419231
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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