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万見
- EMDB-48801: P. falciparum P-type ATPase, PfATP4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48801
タイトルP. falciparum P-type ATPase, PfATP4
マップデータMain map used for modeling.
試料
  • 複合体: PfATP4-PfABP
    • タンパク質・ペプチド: Non-SERCA-type Ca2+ -transporting P-ATPase
    • タンパク質・ペプチド: PfATP4 Binding Protein (PfABP)
キーワードP-type ATPase / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


P-type Na+ transporter / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium ion export across plasma membrane / intracellular sodium ion homeostasis / potassium ion import across plasma membrane / intracellular potassium ion homeostasis / proton transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / P-type ATPase actuator domain / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site ...: / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / P-type ATPase actuator domain / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / P-type sodium-transporting ATPase4
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Haile MT / Zhen J / Ho C
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Office of the DirectorDP5OD029613 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Endogenous structure of antimalarial target PfATP4 reveals an apicomplexan-specific P-type ATPase modulator
著者: Haile MT / Shukla A / Zhen J / Vaidya AB / Ho C
履歴
登録2025年1月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月15日-
マップ公開2025年10月15日-
更新2025年10月15日-
現状2025年10月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48801.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48801.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map used for modeling.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 320 pix.
= 263.36 Å		0.82 Å/pix.
x 320 pix.
= 263.36 Å		0.82 Å/pix.
x 320 pix.
= 263.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.823 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.8
最小 - 最大-51.566943999999999 - 95.252449999999996
平均 (標準偏差)0.04148491 (±1.1688069)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 263.36002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_48801_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half-map 1 for main map.

ファイルemd_48801_half_map_1.map
注釈Half-map 1 for main map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 for main map.

ファイルemd_48801_half_map_2.map
注釈Half map 2 for main map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PfATP4-PfABP

全体名称: PfATP4-PfABP
要素
  • 複合体: PfATP4-PfABP
    • タンパク質・ペプチド: Non-SERCA-type Ca2+ -transporting P-ATPase
    • タンパク質・ペプチド: PfATP4 Binding Protein (PfABP)

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超分子 #1: PfATP4-PfABP

超分子名称: PfATP4-PfABP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: PfATP4 co-purified with PfABP
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)

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分子 #1: Non-SERCA-type Ca2+ -transporting P-ATPase

分子名称: Non-SERCA-type Ca2+ -transporting P-ATPase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 140.410547 KDa
配列文字列: MSSQNNNKQG GQDINNKKDS DDIKPSVSKE DLINSLKNDE LNKNTTMDQN DMKKNENMNI KKNEVLNNSN NVEDGDNENS KFMNKSKEG LNNINGEKND DNNSIVKVEE SPKSIGYNYY ASESIENLCK EFGLESINTG LNSEQVKINR DKYGENFIEK D EVVPVWLI ...文字列:
MSSQNNNKQG GQDINNKKDS DDIKPSVSKE DLINSLKNDE LNKNTTMDQN DMKKNENMNI KKNEVLNNSN NVEDGDNENS KFMNKSKEG LNNINGEKND DNNSIVKVEE SPKSIGYNYY ASESIENLCK EFGLESINTG LNSEQVKINR DKYGENFIEK D EVVPVWLI FLSQYCSPVV LLLLVAAVAS LALNEVVEGV AIISIVTLNA CLATYMEKSS GDAIGKLAEM ASPQCTVLRN GQ KVVIPSR EVVVGDVVLI NTGDSISADL RLFDVIELKT NESLLTGESE DIKKTIVADN LSTPFATNLC FATTSVTSGS GKG IVISTG LDTQVGKIAS QLKKSSKGSK LTPLQVALNK LGGLIGLIAI IVLVVIISLA VIIKYRDPAH ADKDPTFVII IIGV GFAVS SIPEGLPMVV TITLSAGAKD MVKKNANVRK LPAVETLGCC SVICSDKTGT LTEGKMTAIN AVTICKNSSL SDENN KLTK TFDFYPTKGF EPCGGLFDSN ELTSEKKKEI VIAKNQNTSY DKVLYNYGNP SNKSVIVDKT RSLMFAAYLN SYDTTL SRD PKTLKWGIHG NMSEGPIVVA AAKVGYSFIN NPNHKSYLDN FQRLDDLEVT FNSSRKMKIT FYKLKTVNVF ENVYLDK PG KVYTHVALIK GAPDRLLDRS THLLEETSMK KVQVSWNSTI TQEERNVLIK KNLELSQKAL RVLSICIKPL TDQNIEEL K KLEDADERLK YVNYDENGGF IPMGYVASFD PPRPGVKEAI QTCREAQVKV IMITGDQKPT AVAIGKLIGL IEEKSEQVE DINSLAIECS ELHINKNPNE PILPNDQLDE FTDKILIYSR AQPEDKITIV QSLKRKGYLV AMTGDGVNDA PALKAADIGV AMGINGTEV AKGASEMILI DDNFCTVVSA IDVGRTIFSN IQKFVCFLLG TNIGEIIYLS VAIVAQMPFP LEALQILFLN L MTDGCPAV ALSREPPNDD NMKTPPRPKK QPIMTKRWWF YGILPHTIFE ALCVLLSLAF SLYICTGFYN LNGIHNLCKT VN LVDVNDA NVYHEYKYFC SSYEYRISTD YVGWVTNVSF WDPQNNEAVN FWGAAKGKVE NINPLSDIVH PELRLRMQDG CSG DLTLDE NGWCRPKDNK TSDGYNDELE GILKKGFEDV TAKGSKRGRT MAFISAVWCE MLRAYTVRSW EPFYKVFNRN MWMH LACSI SATLTFLSTC IPGITSILNT TCLLWWQYLL AIFWALLNLF LDEIVPKVIY RRKYMTIKN

UniProtKB: P-type sodium-transporting ATPase4

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分子 #2: PfATP4 Binding Protein (PfABP)

分子名称: PfATP4 Binding Protein (PfABP) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 21.486189 KDa
配列文字列:
MGSFTEDKKE IINLEDAYKL YNFNRDNTLS ISQENDDCMP HSIILDNKSL NIFNMDSAKY QKIEYKRIFN LNSRKFTDEP NFASAISYE DVLSDSEETK KNEEENDITQ PRIHTILSFF FPFIGCLSYL INLKYPEPSL RRQYAKKALC VGSALSVIYS F ILCSLLGQ YIYQYDNKEI YGYTY

UniProtKB: Uncharacterized protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: 25 mM HEPES buffer with 10mM MgCL2, 50 mM KCL, 100 mM NaCl and 0.02% digitonin
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 447603
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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