[日本語] English
万見
- EMDB-48800: P. falciparum P-type ATPase, PfATP4 re-centered in the P-domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48800
タイトルP. falciparum P-type ATPase, PfATP4 re-centered in the P-domain
マップデータRe-centered map used for modeling P- and N- domains
試料
  • 複合体: PfATP4-PfABP
    • タンパク質・ペプチド: P-type sodium-transporting ATPase4
    • タンパク質・ペプチド: PfATP4 binding protein (PfABP)
キーワードP-type ATPase / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性membrane / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Haile MT / Zhen J / Ho C
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Office of the DirectorDP5OD029613 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Endogenous structure of antimalarial target PfATP4 reveals an apicomplexan-specific P-type ATPase modulator
著者: Haile MT / Shukla A / Zhen J / Vaidya AB / Ho C
履歴
登録2025年1月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月15日-
マップ公開2025年10月15日-
更新2025年10月15日-
現状2025年10月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_48800.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48800.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 187 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Re-centered map used for modeling P- and N- domains
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 366 pix.
= 301.218 Å		0.82 Å/pix.
x 366 pix.
= 301.218 Å		0.82 Å/pix.
x 366 pix.
= 301.218 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.823 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.043
最小 - 最大-0.308885 - 0.46120447
平均 (標準偏差)0.00022752974 (±0.0058829216)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ366366366
Spacing366366366
セルA=B=C: 301.21802 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_48800_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half-map 1

ファイルemd_48800_half_map_1.map
注釈Half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half-map 2

ファイルemd_48800_half_map_2.map
注釈Half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : PfATP4-PfABP

全体名称: PfATP4-PfABP
要素
  • 複合体: PfATP4-PfABP
    • タンパク質・ペプチド: P-type sodium-transporting ATPase4
    • タンパク質・ペプチド: PfATP4 binding protein (PfABP)

-
超分子 #1: PfATP4-PfABP

超分子名称: PfATP4-PfABP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: PfATP4 co-purified with PfABP
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)

-
分子 #1: P-type sodium-transporting ATPase4

分子名称: P-type sodium-transporting ATPase4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: P-type Na+ transporter
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
配列文字列: MSSQNNNKQG GQDINNKKDS DDIKPSVSKE DLINSLKNDE LNKNTTMDQN DMKKNENMNI KKNEVLNNSN NVEDGDNENS KFMNKSKEGL NNINGEKNDD NNSIVKVEES PKSIGYNYYA SESIENLCKE FGLESINTGL NSEQVKINRD KYGENFIEKD EVVPVWLIFL ...文字列:
MSSQNNNKQG GQDINNKKDS DDIKPSVSKE DLINSLKNDE LNKNTTMDQN DMKKNENMNI KKNEVLNNSN NVEDGDNENS KFMNKSKEGL NNINGEKNDD NNSIVKVEES PKSIGYNYYA SESIENLCKE FGLESINTGL NSEQVKINRD KYGENFIEKD EVVPVWLIFL SQYCSPVVLL LLVAAVASLA LNEVVEGVAI ISIVTLNACL ATYMEKSSGD AIGKLAEMAS PQCTVLRNGQ KVVIPSREVV VGDVVLINTG DSISADLRLF DVIELKTNES LLTGESEDIK KTIVADNLST PFATNLCFAT TSVTSGSGKG IVISTGLDTQ VGKIASQLKK SSKGSKLTPL QVALNKLGGL IGLIAIIVLV VIISLAVIIK YRDPAHADKD PTFVIIIIGV GFAVSSIPEG LPMVVTITLS AGAKDMVKKN ANVRKLPAVE TLGCCSVICS DKTGTLTEGK MTAINAVTIC KNSSLSDENN KLTKTFDFYP TKGFEPCGGL FDSNELTSEK KKEIVIAKNQ NTSYDKVLYN YGNPSNKSVI VDKTRSLMFA AYLNSYDTTL SRDPKTLKWG IHGNMSEGPI VVAAAKVGYS FINNPNHKSY LDNFQRLDDL EVTFNSSRKM KITFYKLKTV NVFENVYLDK PGKVYTHVAL IKGAPDRLLD RSTHLLEETS MKKVQVSWNS TITQEERNVL IKKNLELSQK ALRVLSICIK PLTDQNIEEL KKLEDADERL KYVNYDENGG FIPMGYVASF DPPRPGVKEA IQTCREAQVK VIMITGDQKP TAVAIGKLIG LIEEKSEQVE DINSLAIECS ELHINKNPNE PILPNDQLDE FTDKILIYSR AQPEDKITIV QSLKRKGYLV AMTGDGVNDA PALKAADIGV AMGINGTEVA KGASEMILID DNFCTVVSAI DVGRTIFSNI QKFVCFLLGT NIGEIIYLSV AIVAQMPFPL EALQILFLNL MTDGCPAVAL SREPPNDDNM KTPPRPKKQP IMTKRWWFYG ILPHTIFEAL CVLLSLAFSL YICTGFYNLN GIHNLCKTVN LVDVNDANVY HEYKYFCSSY EYRISTDYVG WVTNVSFWDP QNNEAVNFWG AAKGKVENIN PLSDIVHPEL RLRMQDGCSG DLTLDENGWC RPKDNKTSDG YNDELEGILK KGFEDVTAKG SKRGRTMAFI SAVWCEMLRA YTVRSWEPFY KVFNRNMWMH LACSISATLT FLSTCIPGIT SILNTTCLLW WQYLLAIFWA LLNLFLDEIV PKVIYRRKYM TIKN

-
分子 #2: PfATP4 binding protein (PfABP)

分子名称: PfATP4 binding protein (PfABP) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
配列文字列:
MGSFTEDKKE IINLEDAYKL YNFNRDNTLS ISQENDDCMP HSIILDNKSL NIFNMDSAKY QKIEYKRIFN LNSRKFTDEP NFASAISYED VLSDSEETKK NEEENDITQP RIHTILSFFF PFIGCLSYLI NLKYPEPSLR RQYAKKALCV GSALSVIYSF ILCSLLGQYI YQYDNKEIYG YTY

UniProtKB: Uncharacterized protein

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: 25 mM HEPES buffer with 10mM MgCL2, 50 mM KCL, 100 mM NaCl and 0.02% digitonin
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 447603
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る