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基本情報
| 登録情報 | ![]() | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Motor domain alone with Apo AAA1 and ADP AAA3 from yeast full-length dynein-1 and Pac1 in 0.1 mM ATP condition | |||||||||
マップデータ | Sharpened map of motor domain from yeast full-length dynein-1 with Pac1 in 0.1 mM ATP condition, class-1, Apo AAA1, ADP AAA3 | |||||||||
試料 |
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キーワード | dynein / MOTOR PROTEIN | |||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報karyogamy / nuclear migration along microtubule / astral microtubule / establishment of mitotic spindle localization / spindle pole body / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / cytoplasmic dynein complex / nuclear migration / establishment of mitotic spindle orientation ...karyogamy / nuclear migration along microtubule / astral microtubule / establishment of mitotic spindle localization / spindle pole body / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / cytoplasmic dynein complex / nuclear migration / establishment of mitotic spindle orientation / dynein intermediate chain binding / mitotic sister chromatid segregation / cytoplasmic microtubule / cytoplasmic microtubule organization / Neutrophil degranulation / mitotic spindle organization / cell cortex / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
| 生物種 | ![]() | |||||||||
| 手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Geohring IC / Chai P / Iyer BR | |||||||||
| 資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025 タイトル: A nucleotide code governs Lis1's ability to relieve dynein autoinhibition. 著者: Indigo C Geohring / Pengxin Chai / Bharat R Iyer / William D Ton / Jun Yang / Amy H Ide / Sydney C George / Jaiveer S Bagri / Samuel V Baird / Kai Zhang / Steven M Markus 要旨: Dynein-1 is a microtubule motor responsible for the transport of cytoplasmic cargoes. Activation of motility requires it first overcome an autoinhibited state prior to its assembly with dynactin and ...Dynein-1 is a microtubule motor responsible for the transport of cytoplasmic cargoes. Activation of motility requires it first overcome an autoinhibited state prior to its assembly with dynactin and a cargo adaptor. Studies suggest that Lis1 may relieve dynein's autoinhibited state. However, evidence for this mechanism is lacking. We first set out to determine the rules governing dynein-Lis1 binding, which reveals that their binding affinity is regulated by the nucleotide-bound states of each of three nucleotide-binding pockets within the dynein motor domain. We also find that distinct nucleotide 'codes' coordinate dynein-Lis1 binding stoichiometry by impacting binding affinity at two different sites within the dynein motor domain. Electron microscopy reveals that a 1 Lis1:1 dynein complex directly promotes an open, uninhibited conformational state of dynein, whereas a 2:1 complex resembles the autoinhibited state. Cryo-EM analysis reveals the structural basis for Lis1 opening dynein relies on interactions with the linker domain. | |||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
| マップデータ | emd_48241.map.gz | 204 MB | EMDBマップデータ形式 | |
|---|---|---|---|---|
| ヘッダ (付随情報) | emd-48241-v30.xml emd-48241.xml | 31 KB 31 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
| FSC (解像度算出) | emd_48241_fsc.xml | 12.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
| 画像 | emd_48241.png | 88.2 KB | ||
| マスクデータ | emd_48241_msk_1.map | 216 MB | マスクマップ | |
| Filedesc metadata | emd-48241.cif.gz | 9.3 KB | ||
| その他 | emd_48241_additional_1.map.gz emd_48241_half_map_1.map.gz emd_48241_half_map_2.map.gz | 108.8 MB 200.6 MB 200.6 MB | ||
| アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-48241 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-48241 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
| EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
|---|---|
| 「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
| ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_48241.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 注釈 | Sharpened map of motor domain from yeast full-length dynein-1 with Pac1 in 0.1 mM ATP condition, class-1, Apo AAA1, ADP AAA3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1573 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 密度 |
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| 対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
| ファイル | emd_48241_msk_1.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
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| 密度ヒストグラム |
-追加マップ: raw map of motor domain from yeast full-length...
| ファイル | emd_48241_additional_1.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 注釈 | raw map of motor domain from yeast full-length dynein-1 with Pac1 in 0.1 mM ATP condition, class-1, Apo AAA1, ADP AAA3 | ||||||||||||
| 投影像・断面図 |
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| 密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half
| ファイル | emd_48241_half_map_1.map | ||||||||||||
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| 注釈 | half | ||||||||||||
| 投影像・断面図 |
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| 密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half
| ファイル | emd_48241_half_map_2.map | ||||||||||||
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| 注釈 | half | ||||||||||||
| 投影像・断面図 |
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| 密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : motor domain alone from yeast full-length dynein-1 complex with P...
| 全体 | 名称: motor domain alone from yeast full-length dynein-1 complex with Pac1 in 0.1 mM ATP condition |
|---|---|
| 要素 |
|
-超分子 #1: motor domain alone from yeast full-length dynein-1 complex with P...
| 超分子 | 名称: motor domain alone from yeast full-length dynein-1 complex with Pac1 in 0.1 mM ATP condition タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: class1, Apo AAA1, ADP AAA3, no Pac1 bound |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: ![]() |
| 分子量 | 理論値: 1.2 MDa |
-分子 #1: Dynein heavy chain, cytoplasmic
| 分子 | 名称: Dynein heavy chain, cytoplasmic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: ![]() |
| 分子量 | 理論値: 471.91875 KDa |
| 組換発現 | 生物種: ![]() |
| 配列 | 文字列: MCKNEARLAN ELIEFVAATV TGIKNSPKEN EQAFIDYLHC QYLERFQFFL GLLDGREFDT LFVFLFEELD RTIVTIDIGE EAIYDANLA NKKYSTLLII KSRSVIVDAE PIATQISAIY LPGPVNAGNL ASIITHGVSS VFGQLIKSDT KTYSVETIDK T RRKLDDIS ...文字列: MCKNEARLAN ELIEFVAATV TGIKNSPKEN EQAFIDYLHC QYLERFQFFL GLLDGREFDT LFVFLFEELD RTIVTIDIGE EAIYDANLA NKKYSTLLII KSRSVIVDAE PIATQISAIY LPGPVNAGNL ASIITHGVSS VFGQLIKSDT KTYSVETIDK T RRKLDDIS KQFQQLHTSI ETPDLLAMVP SIIKLAVSKG ATSHDYANYL PSNDLESMRF LNILQSIANK WFLVLKQTLA ID RDIKNGS FLDEVEFWSN FYEVLKSLIE QTQSQEFQVC LSVLTNAKRF HNLTNLLNEG SLSDKFKLAD KYNQFLSSIP IDE VRQASN LEDLQELFPV LASSLKKFRY SGYPVQRFVV LMDKISQEVM DAILSNLSDL FQLEYGSFLG LYEKSAGMIE EWDD IVQDV NLLIREDLRK RAPQELLIQK LTFTSASVKA TLDEILSTRK RFFSLAETIK SISPSTYHEE IQRLYHPFEQ IHDIS VNFR LKLEQAESEF SKNMLDLEKK LQNTLASFMD SDHCPTEKLS YLVKFKPLME LCPRIKVKVL ENQQILLLEI KKDIRQ LET GLELLPKILH VEALNNIPPI SARISYFLNV QSRIDNIVQY LEALFGSNWN DTLEGRSIST SIVQLRKETN PHDVFLH WL GNFPEKATAN LLTTPILKLI RNNEDDYELK VNFDFALAAA YSELRSLTYM AFQVPSHIVR IARTYMYLYP RAINLVEL I QTFFSLSKSL SYTFYTNIFL KRNVQTVWLL LQQILITPWE SLQEESSEMS CSVHSLARLE KSIDGILSDY QILKNSEPQ FAKEFSGLKS FDGTADDLHE VEEIISNIQA IFENLFTKGL TNVSDHISTF NNLIISIILE KVRLNLKKMH FPKHVLKLSF NEGRITSSP SLAAMKRSLL KDIEALLNKV VLINFLHDPD HPLSTTLTFN SLVIKLKDDI QNCIEQVQNL HCKINSYVKE W QKMEFLWQ ITEEAFLEVV DNSTQRCFGI LKGLLDSQSK FDLIISRNNF SKNLVLHTED AQRHIRSKMD SWILYVSKHL LT IYERDAR KLHEDMNRDR EAVEDMDINF TSLKNITVII EAVNVNKRHL TERDIQIKLL GSVMRALTKL KVRFPSHFVY IDQ LDNDFS SLRQSLSYVE QELQKHRVVI AKSLEEGVEN INNLSQSLNE SWSVRKPISP TLTPPEALKI LEFFNESITK LKKK MHSVA AAAKMLLIPV VLNDQLTHVV EEVKTYDLVW RSIKNLWEDV QRTFETPWCR VDVLLLQSDL ANFLRRADEL PRAVK QFEM YKSLFSQVNM LTSVNKILVE LKDGALKPRH WNMIFRDIGK RQIQKNLLDK LEFSLKDVMV LNLTLNEILL TKIIER AQK EFVIEKSLNR IKKFWKEAQY EVIEHSSGLK LVREWDVLEQ ACKEDLEELV SMKASNYYKI FEQDCLDLES KLTKLSE IQ VNWVEVQFYW LDLYGILGEN LDIQNFLPLE TSKFKSLTSE YKMITTRAFQ LDTTIEVIHI PNFDTTLKLT IDSLKMIK S SLSTFLERQR RQFPRFYFLG NDDLLKIIGS GKHHDQVSKF MKKMFGSIES IIFLEDFITG VRSVEGEVLN LNEKIELKD SIQAQEWLNI LDTEIKLSVF TQFRDCLGQL KDGTDIEVVV SKYIFQAILL SAQVMWTELV EKCLQTNQFS KYWKEVDMKI KGLLDKLNK SSDNVKKKIE ALLVEYLHFN NVIGQLKNCS TKEEARLLWA KVQKFYQKND TLDDLNSVFI SQSGYLLQYK F EYIGIPER LIYTPLLLIG FATLTDSLHQ KYGGCFFGPA GTGKTETVKA FGQNLGRVVV VFNCDDSFDY QVLSRLLVGI TQ IGAWGCF DEFNRLDEKV LSAVSANIQQ IQNGLQVGKS HITLLEEETP LSPHTAVFIT LNPGYNGRSE LPENLKKSFR EFS MKSPQS GTIAEMILQI MGFEDSKSLA SKIVHFLELL SSKCSSMNHY HFGLRTLKGV LRNCSPLISE FGEGEKTVVE SLKR VILPS LGDTDELVFK DELSKIFDSA GTPLNSKAIV QCLKDAGQRS GFSMSEEFLK KCMQFYYMQK TQQALILVGK AGCGK TATW KTVIDAMAIF DGHANVVYVI DTKVLTKESL YGSMLKATLE WRDGLFTSIL RRVNDDITGT FKNSRIWVVF DSDLDP EYV EAMNSVLDDN KILTLPNGER LPIPPNFRIL FETDNLDHTT PATITRCGLL WFSTDVCSIS SKIDHLLNKS YEALDNK LS MFELDKLKDL ISDSFDMASL TNIFTCSNDL VHILGVRTFN KLETAVQLAV HLISSYRQWF QNLDDKSLKD VITLLIKR S LLYALAGDST GESQRAFIQT INTYFGHDSQ ELSDYSTIVI ANDKLSFSSF CSEIPSVSLE AHEVMRPDIV IPTIDTIKH EKIFYDLLNS KRGIILCGPP GSGKTMIMNN ALRNSSLYDV VGINFSKDTT TEHILSALHR HTNYVTTSKG LTLLPKSDIK NLVLFCDEI NLPKLDKYGS QNVVLFLRQL MEKQGFWKTP ENKWVTIERI HIVGACNPPT DPGRIPMSER FTRHAAILYL G YPSGKSLS QIYEIYYKAI FKLVPEFRSY TEPFARASVH LYNECKARYS TGLQSHYLFS PRELTRLVRG VYTAINTGPR QT LRSLIRL WAYEAWRIFA DRLVGVKEKN SFEQLLYETV DKYLPNQDLG NISSTSLLFS GLLSLDFKEV NKTDLVNFIE ERF KTFCDE ELEVPMVIHE SMVDHILRID RALKQVQGHM MLIGASRTGK TILTRFVAWL NGLKIVQPKI HRHSNLSDFD MILK KAISD CSLKESRTCL IIDESNILET AFLERMNTLL ANADIPDLFQ GEEYDKLLNN LRNKTRSLGL LLDTEQELYD WFVGE IAKN LHVVFTICDP TNNKSSAMIS SPALFNRCII NWMGDWDTKT MSQVANNMVD VIPMEFTDFI VPEVNKELVF TEPIQT IRD AVVNILIHFD RNFYQKMKVG VNPRSPGYFI DGLRALVKLV TAKYQDLQEN QRFVNVGLEK LNESVLKVNE LNKTLSK KS TELTEKEKEA RSTLDKMLME QNESERKQEA TEEIKKILKV QEEDIRKRKE VVMKSIQDIE PTILEAQRGV KNIKKQQL T EIRSMVNPPS GVKIVMEAVC AILGYQFSNW RDIQQFIRKD DFIHNIVHYD TTLHMKPQIR KYMEEEFLSD PNFTYETIN RASKACGPLY QWVNAQINFS KVLENVDPLR QEMKRIEFES LKTKANLLAA EEMTQDLEAS IEVSKRKYSL LIRDVEAIKT EMSNVQANL DRSISLVKSL TFEKERWLNT TKQFSKTSQE LIGNCIISSI YETYFGHLNE RERADMLVIL KRLLGKFAVK Y DVNYRFID YLVTLDEKMK WLECGLDKND YFLENMSIVM NSQDAVPFLL DPSSHMITVI SNYYGNKTVL LSFLEEGFVK RL ENAIRFG SVVIIQDGEF FDPIISRLIS REFNHAGNRV TVEIGDHEVD VSGDFKLFIH SCDPSGDIPI FLRSRVRLVH FVT NKESIE TRIFDITLTE ENAEMQRKRE DLIKLNTEYK LKLKNLEKRL LEELNNSQGN MLENDELMVT LNNLKKEAMN IEKK LSESE EFFPQFDNLV EEYSIIGKHS VKIFSMLEKF GQFHWFYGIS IGQFLSCFKR VFIKKSRETR AARTRVDEIL WLLYQ EVYC QFSTALDKKF KMIMAMTMFC LYKFDIESEQ YKEAVLTMIG VLSESSDGVP KLTVDTNNDL RYLWDYVTTK SYISAL NWF KNEFFVDEWN IADVVANSEN NYFTMASERD VDGTFKLIEL AKASKESLKI IPLGSIENLN YAQEEISKSK IEGGWIL LQ NIQMSLSWVK TYLHKHVEET KAAEEHEKFK MFMTCHLTGD KLPAPLLQRT DRFVYEDIPG ILDTVKDLWG SQFFTGKI S GVWSVYCTFL LSWFHALITA RTRLVPHGFS KKYYFNDCDF QFASVYLENV LATNSTNNIP WAQVRDHIAT IVYGGKIDE EKDLEVVAKL CAHVFCGSDN LQIVPGVRIP QPLLQQSEEE ERARLTAILS NTIEPADSLS SWLQLPRESI LNYERLQAKE VASSTEQLL QEM UniProtKB: Dynein heavy chain, cytoplasmic |
-分子 #2: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
| 分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ATP |
|---|---|
| 分子量 | 理論値: 507.181 Da |
| Chemical component information | ![]() ChemComp-ATP: |
-分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
| 分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ADP |
|---|---|
| 分子量 | 理論値: 427.201 Da |
| Chemical component information | ![]() ChemComp-ADP: |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
| 分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: MG |
|---|---|
| 分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
| 手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
|---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
| 試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
| 濃度 | 2 mg/mL |
|---|---|
| 緩衝液 | pH: 7.4 |
| 凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
| 顕微鏡 | TFS GLACIOS |
|---|---|
| 撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
| 電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
| 電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.2 µm / 倍率(補正後): 45000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 45000 |
| 試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
ムービー
コントローラー
万見について




キーワード
データ登録者
米国, 2件
引用

















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Y (Row.)
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解析
FIELD EMISSION GUN
