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- EMDB-48100: Cryo-EM Structure of CXCL1-KSHV ORF74-Gi-scFv16 Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48100
タイトルCryo-EM Structure of CXCL1-KSHV ORF74-Gi-scFv16 Complex
マップデータCryo-EM Structure of CXCL1-KSHV ORF74-Gi-scFv16 Complex
試料
  • 複合体: Cryo-EM Structure of CXCL1-KSHV ORF74-Gi-scFv16 Complex
    • 複合体: Gi protein
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • 複合体: KSHV ORF74
      • タンパク質・ペプチド: viral G-protein coupled receptor
    • 複合体: CXCL1
      • タンパク質・ペプチド: Growth-regulated alpha protein
    • 複合体: scFv16
      • タンパク質・ペプチド: scFv Recombinant Mouse Monoclonal Antibody (scFv16)
キーワードKSHV vGPCR / Viral GPCR / KSHV ORF74 / ORF74-CXCL1 / ORF74 Active / CXCL1 bound ORF74 / KSHV ORF74-CXCL1-Gi-scFv16 / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-SIGNALING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / Interleukin-10 signaling / adenylate cyclase inhibitor activity / positive regulation of protein localization to cell cortex / T cell migration / positive regulation of relaxation of smooth muscle / Adenylate cyclase inhibitory pathway ...C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / Interleukin-10 signaling / adenylate cyclase inhibitor activity / positive regulation of protein localization to cell cortex / T cell migration / positive regulation of relaxation of smooth muscle / Adenylate cyclase inhibitory pathway / D2 dopamine receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor binding / cellular response to forskolin / regulation of mitotic spindle organization / chemokine-mediated signaling pathway / growth factor activity / cell chemotaxis / Regulation of insulin secretion / neuropeptide signaling pathway / calcium-mediated signaling / response to prostaglandin E / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / negative regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / response to peptide hormone / specific granule lumen / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / enzyme activator activity / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / centriolar satellite / chemotaxis / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G-protein activation / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / photoreceptor disc membrane / tertiary granule lumen / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / GDP binding / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / nervous system development / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G-protein beta-subunit binding / extracellular vesicle / sensory perception of taste / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / sperm principal piece / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / signaling receptor complex adaptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / retina development in camera-type eye / actin cytoskeleton organization / GTPase binding / G protein activity / fibroblast proliferation / Ca2+ pathway / midbody / cell cortex / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Ras protein signal transduction / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / intracellular signal transduction / immune response / ciliary basal body / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / negative regulation of cell population proliferation
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / : ...CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / : / G-protein alpha subunit, group I / G protein alpha subunit, helical insertion / G protein alpha subunit / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Growth-regulated alpha protein / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / viral G-protein coupled receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Sahoo B / Seo HD / Dai X / Jung J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA251275 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis for ligand promiscuity and high signaling activity of Kaposi's Sarcoma-associated Herpesvirus-encoded GPCR.
著者: Jun Bae Park / Bibekananda Sahoo / Amita Rani Sahoo / Dokyun Kim / Hogyu David Seo / James Bowman / Mi-Jeong Kwak / Sophia Suh / Matthias Buck / Xinghong Dai / Jae U Jung /
要旨: Kaposi's Sarcoma-associated Herpesvirus encodes ORF74, a viral G protein-coupled receptor homologous to CXCR2, which plays a crucial role in Kaposi's Sarcoma development through its high basal ...Kaposi's Sarcoma-associated Herpesvirus encodes ORF74, a viral G protein-coupled receptor homologous to CXCR2, which plays a crucial role in Kaposi's Sarcoma development through its high basal signaling activity. Our cryoEM analysis of ORF74 in ligand-free, BRIL-fused ligand-free, and CXCL1/Gi-bound forms elucidates its ligand-independent signaling activity. A widely open, static extracellular cavity facilitates ligand promiscuity by enabling dynamic access and diverse binding modes. Structural alterations in CWxP, E/DRY, and NPxxY micro-switches stabilize the active conformation, leading to constitutive signaling. Metadynamics simulations reveal a dynamic ensemble between local switch structures corresponding to the inactive and active states, supporting spontaneous activation. CXCR2-ORF74 chimeras highlight intracellular loops 2 and 3 as key modulators of basal and agonist-induced activity. This study defines the structural basis of ORF74's ligand promiscuity, spontaneous activation, and high basal signaling, providing insights into its role in viral oncogenesis.
履歴
登録2024年11月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月3日-
マップ公開2025年9月3日-
更新2025年10月8日-
現状2025年10月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48100.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48100.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 181 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM Structure of CXCL1-KSHV ORF74-Gi-scFv16 Complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.66 Å/pix.
x 362 pix.
= 238.92 Å		0.66 Å/pix.
x 362 pix.
= 238.92 Å		0.66 Å/pix.
x 362 pix.
= 238.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.66 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.379
最小 - 最大0.0 - 4.1406436
平均 (標準偏差)0.06582865 (±0.1011997)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-1-1-1
サイズ362362362
Spacing362362362
セルA=B=C: 238.92001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM Structure of CXCL1-KSHV ORF74-Gi-scFv16 Complex

全体名称: Cryo-EM Structure of CXCL1-KSHV ORF74-Gi-scFv16 Complex
要素
  • 複合体: Cryo-EM Structure of CXCL1-KSHV ORF74-Gi-scFv16 Complex
    • 複合体: Gi protein
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • 複合体: KSHV ORF74
      • タンパク質・ペプチド: viral G-protein coupled receptor
    • 複合体: CXCL1
      • タンパク質・ペプチド: Growth-regulated alpha protein
    • 複合体: scFv16
      • タンパク質・ペプチド: scFv Recombinant Mouse Monoclonal Antibody (scFv16)

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超分子 #1: Cryo-EM Structure of CXCL1-KSHV ORF74-Gi-scFv16 Complex

超分子名称: Cryo-EM Structure of CXCL1-KSHV ORF74-Gi-scFv16 Complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 140 KDa

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超分子 #2: Gi protein

超分子名称: Gi protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2, #5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: KSHV ORF74

超分子名称: KSHV ORF74 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)

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超分子 #4: CXCL1

超分子名称: CXCL1 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #5: scFv16

超分子名称: scFv16 / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.660293 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: HHHHHHHHLE VLFQGPPGSS GSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRL LVSASQDGKL IIWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL A GHTGYLSC ...文字列:
HHHHHHHHLE VLFQGPPGSS GSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRL LVSASQDGKL IIWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL A GHTGYLSC CRFLDDNQIV TSSGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQ TFTGHES DINAICFFPN GNAFATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DAL KADRAG VLAGHDNRVS CLGVTDDGMA VATGSWDSFL KIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #3: viral G-protein coupled receptor

分子名称: viral G-protein coupled receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 39.601523 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAAEDFLTIF LDDDESWNET LNMSGYDYSC NFSLEVSVCE MTTVVPYTWN VGILSLIFLI NVLGNGLVTY IFCKHRSRAG AIDILLLGI CLNSLCLSIS LLAEVLMFLF PNIISTGLCR LEIFFYYLYV YLDIFSVVCV SLVRYLLVAY STRSWPKKQS L GWVLTSAA ...文字列:
MAAEDFLTIF LDDDESWNET LNMSGYDYSC NFSLEVSVCE MTTVVPYTWN VGILSLIFLI NVLGNGLVTY IFCKHRSRAG AIDILLLGI CLNSLCLSIS LLAEVLMFLF PNIISTGLCR LEIFFYYLYV YLDIFSVVCV SLVRYLLVAY STRSWPKKQS L GWVLTSAA WLIALVLSGD ACRHRSRVVD PVSKQAMCYE NAGNMTADWR LHVRTVSVTA GFLLPLALLI LFYALTWCVV RR TKLQARR KVRGVIVAVV VLFFVFCFPY HVLNLLDTLL RRRWIRDSCY TRGLINVGLA VTSLLQALYS AVVPLIYSCL GSL FRQRMY GLFQSLRQSF MSGADYKDDD DK

UniProtKB: viral G-protein coupled receptor

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分子 #4: Growth-regulated alpha protein

分子名称: Growth-regulated alpha protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.131754 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
ASVATELRCQ CLQTLQGIHP KCIQSVNVKS PGPHCAQTEV IATLKNGRKA CLNPASPIVK KIIEKMLNSD KSNLEVLFQG PHHHHHHHH HH

UniProtKB: Growth-regulated alpha protein

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分子 #5: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.415031 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKSTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI ...文字列:
MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKSTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI PTQQDVLRTR VKTTGIVETH FTFKDLHFKM FDVGGQRSER KKWIHCFEGV TAIIFCVALS DYDLVLAEDE EM NRMHESM KLFDSICNNK WFTDTSIILF LNKKDLFEEK IKKSPLTICY PEYAGSNTYE EAAAYIQCQF EDLNKRKDTK EIY THFTCA TDTKNVQFVF DAVTDVIIKN NLKDCGLF

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

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分子 #6: scFv Recombinant Mouse Monoclonal Antibody (scFv16)

分子名称: scFv Recombinant Mouse Monoclonal Antibody (scFv16) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 30.895527 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: METDTLLLWV LLLWVPGSTG DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFT ISRDDPKNTL FLQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV M TQATSSVP ...文字列:
METDTLLLWV LLLWVPGSTG DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFT ISRDDPKNTL FLQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV M TQATSSVP VTPGESVSIS CRSSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LE AEDVGVY YCMQHLEYPL TFGAGTKLEL KAAALEVLFQ GPHHHHHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 構成要素 - 濃度: 10.0 mM / 構成要素 - 式: C8H18N2O4S / 構成要素 - 名称: HPEPS
詳細: 10 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.001% (w/v) LMNG, 0.0001% (w/v) CHS, 0.001% (w/v) GDN
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 190755
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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