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万見
- EMDB-47303: iSAT-PNA-RA20, RA20-B-c class -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47303
タイトルiSAT-PNA-RA20, RA20-B-c class
マップデータiSAT-PNA-RA20, RA20-B-c class, reconstructed by 3D Flex in cryoSPARC
試料
  • 複合体: iSAT-PNA-RA20 50S ribosomal subunit assembly intermediate
    • RNA: x 1種
    • タンパク質・ペプチド: x 13種
キーワード50S subunit / assembly intermediate / RNA-protein complex / ribosome
機能・相同性
機能・相同性情報


transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / negative regulation of cytoplasmic translation / translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / ribosome assembly / cytosolic ribosome assembly / DNA-templated transcription termination / mRNA 5'-UTR binding ...transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / negative regulation of cytoplasmic translation / translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / ribosome assembly / cytosolic ribosome assembly / DNA-templated transcription termination / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / : / Ribosomal protein L17 signature. / : / : / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type ...Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / : / Ribosomal protein L17 signature. / : / : / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / : / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L23/L25, conserved site / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L29, conserved site / Ribosomal protein L29 signature. / Ribosomal protein L13 signature. / Ribosomal protein L13, conserved site / Ribosomal protein L22/L17, conserved site / Ribosomal protein L22 signature. / Ribosomal protein L14P, conserved site / Ribosomal protein L14 signature. / Ribosomal L29 protein / Ribosomal protein L29/L35 / Ribosomal protein L29/L35 superfamily / Ribosomal protein L24 signature. / Ribosomal protein L24/L26, conserved site / KOW (Kyprides, Ouzounis, Woese) motif. / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L13 superfamily / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L25/L23 / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L14P / Ribosomal protein L14 superfamily / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal protein L22p/L17e / Ribosomal protein L22/L17 superfamily / Ribosomal protein L26/L24, KOW domain / Ribosomal protein L3, conserved site / Ribosomal protein L3 signature. / Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L4/L1e / Ribosomal protein L4 domain superfamily / Ribosomal protein L4/L1 family / Translation protein SH3-like domain superfamily / Ribosomal protein L23/L15e core domain superfamily / KOW motif / KOW / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Ribosomal protein L2, domain 2 / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL17 ...Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.27 Å
データ登録者Sheng K / Dong X / Lee J
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM136412 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM053757 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Domain consolidation in bacterial 50S assembly revealed by anti-sense oligonucleotide probing
著者: Sheng K / Dong X / Aiyer S / Lee J / Djordjevic-Marquardt S / Lyumkis D / Williamson JR
履歴
登録2024年10月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月13日-
マップ公開2024年11月13日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47303.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47303.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈iSAT-PNA-RA20, RA20-B-c class, reconstructed by 3D Flex in cryoSPARC
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 420. Å		1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 420. Å		1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 420. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00642
最小 - 最大-0.009091184 - 0.030919734
平均 (標準偏差)0.00015070429 (±0.0012981895)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 419.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_47303_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_47303_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : iSAT-PNA-RA20 50S ribosomal subunit assembly intermediate

全体名称: iSAT-PNA-RA20 50S ribosomal subunit assembly intermediate
要素
  • 複合体: iSAT-PNA-RA20 50S ribosomal subunit assembly intermediate
    • RNA: 23S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL34
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL3
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL4
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL13
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL14
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL17
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL19
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL20
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL21
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL22
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL23
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL24
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL29

+
超分子 #1: iSAT-PNA-RA20 50S ribosomal subunit assembly intermediate

超分子名称: iSAT-PNA-RA20 50S ribosomal subunit assembly intermediate
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600

+
分子 #1: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 565.405812 KDa
配列文字列: UAAGCGACUA AGCGUACACG GUGGAUGCCC UGGCAGUCAG AGGCGAUGAA GGACGUGCUA AUCUGCGAUA AGCGUCGGUA AGGUGAUAU GAACCGUUAU AACCGGCGAU UUCCGAAUGG GGAAACCCAG UGUGUUUCGA CACACUAUCA UUAACUGAAU C CAUAGGUU ...文字列:
UAAGCGACUA AGCGUACACG GUGGAUGCCC UGGCAGUCAG AGGCGAUGAA GGACGUGCUA AUCUGCGAUA AGCGUCGGUA AGGUGAUAU GAACCGUUAU AACCGGCGAU UUCCGAAUGG GGAAACCCAG UGUGUUUCGA CACACUAUCA UUAACUGAAU C CAUAGGUU AAUGAGGCGA ACCGGGGGAA CUGAAACAUC UAAGUACCCC GAGGAAAAGA AAUCAACCGA GAUUCCCCCA GU AGCGGCG AGCGAACGGG GAGCAGCCCA GAGCCUGAAU CAGUGUGUGU GUUAGUGGAA GCGUCUGGAA AGGCGCGCGA UAC AGGGUG ACAGCCCCGU ACACAAAAAU GCACAUGCUG UGAGCUCGAU GAGUAGGGCG GGAGGUAUCC UGUCUGAAUA UGGG GGGAC CAUCCUCCAA GGCUAAAUAC UCCUGACUGA CCGAUAGUGA ACCAGUACCG UGAGGGAAAG GCGAAAAGAA CCCCG GCGA GGGGAGUGAA AAAGAACCUG AAACCGUGUA CGUACAAGCA GUGGGAGCAC GCUUAGGCGU GUGACUGCGU UAAUGG GUC AGCGACUUAU AUUCUGUAGC AAGGUUAACC GAAUAGGGGA GCCGAAGGGA AACCGAGUCU UAACUGGGCG UUAAGUU GC AGGGUAUAGA CCCGAAACCC GGUGAUCUAG CCUCAAACCG GGAGAUAGCU GGUUCUCCCC GAAAGCUAUU UAGGUAGC G CCUCGUGAAU UCAUCGAAUG UUAUCACGGG AGACACACGG CGGG(PSU)GCUAA CGUCCGUCGU GAAGAGGGAA ACAAC CCAG ACCGCCAGCU AAGGUCCCAA AGUCAUGGUU AAGUGGGAAA CGGGGCUAAA CCAUGCACCG AAGCUGCGGC AGCGAC GCU UAUGCGUUGU UGGGUAGGGG AGCGUUCUGU AAGCCUGCGA AGGUGUGCUG UGAGGCAUGC UGGAGGUAUC AGAAGUG CG AAUGCUGACA UAAGUAACGA UAAAGCGGGU GAAAAGCCCG CUCGCCGGAA GACCAAGGGU UCCUGUCCAA CGUUAAUC G GGGCAGGGUG AGUCGACCCC UAAGGCGAGG CCGAAAGGCG UAGUCGAUGG GAAACAGGUU AAUAUUCCUG UACUUGGUG UUACUGCGAA GGGGGGACGG AGAAGGCUAU GUUGGCCGGG CGACGGUUGU CCCGGUUUAA GCGUGUAGGC UGGUUUUCCA GGCAAAUCC GGAAAAUCAA GGCUGAGGCG UGAUGACGAG GCACUACGGU GCUGAAGCAA CAAAUGCCCU GCUUCCAGGA A AAGCCUCU AAGCAUCAGG UAACAUCAAA UCGUACCCCA AACCGACAC(6MZ) GGUGGUCAGG UAGAGAAUAC CAAGGCGC U UGAGAGAACU CGGGUGAAGG AACUAGGCAA AAUGGUGCCG UGCACGCUGA UAUGUAGGUG AGGUCCCUCG CGGAUGGAG CUGAAAUCAG UCGAAGAUAC CAGCUGGCUG AUGGCCAGGC UGUCUCCACC CGAGACUCAG UGCUGGAGAA CUGAGGGGGG CUGCUCCUA GUACGAGAGG ACCGGAGUGG ACGCAUCACU GGUGUUCGGG UUGUCAUGCC AAUGGCACUG CCCGGUAGCU A AAUGCGGA AGAGAUAAGG AAACUUGCCC CGAGAUGAGU UCUCCCUGAC CCUUUAAGGG UCCUGAAGGA ACGUUGAAGA CG ACGACGU UGAUAGGCCG GGUGUGUAAG CGCAGCGAUG CGUUGAGCUA ACCGGUACUA AUGAACCGUG AGG

+
分子 #2: Large ribosomal subunit protein bL34

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 4.290116 KDa
配列文字列:
VLKRNRSHGF RARMATKNGR QVLARRRAKG RARLTVS

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #3: Large ribosomal subunit protein uL3

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 21.76384 KDa
配列文字列: GKKVGMTRIF TEDGVSIPVT VIEVEANRVT QVKDLANDGY RAIQVTTGAK KANRVTKPEA GHFAKAGVEA GRGLWEFRLA EGEEFTVGQ SISVELFADV KKVDVTGTSK GKGFAGTVKR WNFRTQDATH GNSLSHRVPG SIGQNQTPGK VFKGKKMAGQ M GNERVTVQ ...文字列:
GKKVGMTRIF TEDGVSIPVT VIEVEANRVT QVKDLANDGY RAIQVTTGAK KANRVTKPEA GHFAKAGVEA GRGLWEFRLA EGEEFTVGQ SISVELFADV KKVDVTGTSK GKGFAGTVKR WNFRTQDATH GNSLSHRVPG SIGQNQTPGK VFKGKKMAGQ M GNERVTVQ SLDVVRVDAE RNLLLVKGAV PGATGSDLIV KPAVKA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #4: Large ribosomal subunit protein uL4

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 22.121566 KDa
配列文字列: MELVLKDAQS ALTVSETTFG RDFNEALVHQ VVVAYAAGAR QGTRAQKTRA EVTGSGKKPW RQKGTGRARS GSIKSPIWRS GGVTFAARP QDHSQKVNKK MYRGALKSIL SELVRQDRLI VVEKFSVEAP KTKLLAQKLK DMALEDVLII TGELDENLFL A ARNLHKVD ...文字列:
MELVLKDAQS ALTVSETTFG RDFNEALVHQ VVVAYAAGAR QGTRAQKTRA EVTGSGKKPW RQKGTGRARS GSIKSPIWRS GGVTFAARP QDHSQKVNKK MYRGALKSIL SELVRQDRLI VVEKFSVEAP KTKLLAQKLK DMALEDVLII TGELDENLFL A ARNLHKVD VRDATGIDPV SLIAFDKVVM TADAVKQVEE MLA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #5: Large ribosomal subunit protein uL13

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 16.050606 KDa
配列文字列:
MKTFTAKPET VKRDWYVVDA TGKTLGRLAT ELARRLRGKH KAEYTPHVDT GDYIIVLNAD KVAVTGNKRT DKVYYHHTGH IGGIKQATF EEMIARRPER VIEIAVKGML PKGPLGRAMF RKLKVYAGNE HNHAAQQPQV LDI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #6: Large ribosomal subunit protein uL14

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 12.080289 KDa
配列文字列:
NVADNSGARR VMCIKVLGGS HRRYAGVGDI IKITIKEAIP RGKVKKGDVL KAVVVRTKKG VRRPDGSVIR FDGNACVLLN NNSEQPIGT RIFGPVTREL RSEKFMKIIS L

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #7: Large ribosomal subunit protein bL17

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 13.721938 KDa
配列文字列:
MRHRKSGRQL NRNSSHRQAM FRNMAGSLVR HEIIKTTLPK AKELRRVVEP LITLAKTDSV ANRRLAFART RDNEIVAKLF NELGPRFAS RAGGYTRILK CGFRAGDNAP MAYIELVDRS E

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #8: Large ribosomal subunit protein bL19

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 12.941005 KDa
配列文字列:
NIIKQLEQEQ MKQDVPSFRP GDTVEVKVWV VEGSKKRLQA FEGVVIAIRN RGLHSAFTVR KISNGEGVER VFQTHSPVVD SISVKRRGA VRKAKLYYLR ERTGKAARIK ERLN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #9: Large ribosomal subunit protein bL20

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 13.396828 KDa
配列文字列:
ARVKRGVIAR ARHKKILKQA KGYYGARSRV YRVAFQAVIK AGQYAYRDRR QRKRQFRQLW IARINAAARQ NGISYSKFIN GLKKASVEI DRKILADIAV FDKVAFTALV EKAKAALA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #10: Large ribosomal subunit protein bL21

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 11.586374 KDa
配列文字列:
MYAVFQSGGK QHRVSEGQTV RLEKLDIATG ETVEFAEVLM IANGEEVKIG VPFVDGGVIK AEVVAHGRGE KVKIVKFRRR KHYRKQQGH RQWFTDVKIT GISA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #11: Large ribosomal subunit protein uL22

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 12.253359 KDa
配列文字列:
METIAKHRHA RSSAQKVRLV ADLIRGKKVS QALDILTYTN KKAAVLVKKV LESAIANAEH NDGADIDDLK VTKIFVDEGP SMKRIMPRA KGRADRILKR TSHITVVVSD R

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #12: Large ribosomal subunit protein uL23

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 10.546472 KDa
配列文字列:
MIREERLLKV LRAPHVSEKA STAMEKSNTI VLKVAKDATK AEIKAAVQKL FEVEVEVVNT LVVKGKVKRH GQRIGRRSDW KKAYVTLKE GQNL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #13: Large ribosomal subunit protein uL24

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 11.078874 KDa
配列文字列:
AAKIRRDDEV IVLTGKDKGK RGKVKNVLSS GKVIVEGINL VKKHQKPVPA LNQPGGIVEK EAAIQVSNVA IFNAATGKAD RVGFRFEDG KKVRFFKSNS ETI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #14: Large ribosomal subunit protein uL29

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量理論値: 7.286464 KDa
配列文字列:
MKAKELREKS VEELNTELLN LLREQFNLRM QAASGQLQQS HLLKQVRRDV ARVKTLLNEK AGA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC4H11NO3Tris Hydrochloride
100.0 mMNH4ClAmmonium Chloride
10.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
0.5 mMC10H16N2O8Ethylenediaminetetraacetic Acid
6.0 mMC2H6OSBeta-mercaptoethanol

詳細: Most of the sucrose was removed by spin concentration.
グリッドモデル: Au-flat 1.2/1.3 / 材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3 microliter of the sample was added..

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 25.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Homogeneous refinement in CryoSPARC
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 9000
初期 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: Homogeneous refinement in CryoSPARC
最終 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: 3D Flex model in cryoSAPRC

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

4ybb

chain_id: CA, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8rpy

chain_id: D, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8rpy

chain_id: E, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8rpy

chain_id: J, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8rpy

chain_id: K, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8rpy

chain_id: N, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8rpy

chain_id: P, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8rpy

chain_id: Q, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8rpy

chain_id: R, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8rpy

chain_id: S, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8rpy

chain_id: T, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8rpy

chain_id: U, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8rpy

chain_id: Y, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8rpy

chain_id: 2, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
詳細The atomic model was fitted into a low resolution (5 Angstrom) EM map; therefore the coordinates should only serve as a general visual representation and should not be looked into detail. Initial docking of the atomic model was done in ChimeraX. Coot and Phenix were used for real-space refinements. Geometry minimization in Phenix was used to improve the RNA atomic model.
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 120.42
当てはまり具合の基準: Comprehensive validation (cryo-EM)
得られたモデル

PDB-9dyg:
iSAT-PNA-RA20, RA20-B-c class

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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