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- EMDB-47116: Structure of western equine encephalitis virus CBA87 VLP in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47116
タイトルStructure of western equine encephalitis virus CBA87 VLP in complex with human PCDH10 EC1
マップデータ
試料
  • 複合体: western equine encephalitis virus CBA87 VLP in complex with human PCDH10 EC1
    • 複合体: western equine encephalitis virus CBA87 VLP
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
    • 複合体: Protocadherin 10
      • タンパク質・ペプチド: Protocadherin-10
  • タンパク質・ペプチド: Structural polyprotein
  • タンパク質・ペプチド: Structural polyprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードwestern equine encephalitis virus / WEEV / receptor binding / PCDH10 / virus like particles / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性
機能・相同性情報


togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / nervous system development / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / postsynaptic membrane / host cell cytoplasm / cell adhesion / symbiont-mediated suppression of host gene expression / serine-type endopeptidase activity ...togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / nervous system development / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / postsynaptic membrane / host cell cytoplasm / cell adhesion / symbiont-mediated suppression of host gene expression / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / calcium ion binding / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / glutamatergic synapse / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cadherin, cytoplasmic C-terminal domain / Cadherin cytoplasmic C-terminal / Cadherin, N-terminal / Cadherin-like / : / Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein ...Cadherin, cytoplasmic C-terminal domain / Cadherin cytoplasmic C-terminal / Cadherin, N-terminal / Cadherin-like / : / Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein / Structural polyprotein / Structural polyprotein / Protocadherin-10
類似検索 - 構成要素
生物種Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Abraham J / Fan X / Li W
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of western equine encephalitis virus CBA87 VLP in complex with human PCDH10 EC1
著者: Abraham J / Fan X / Li W
履歴
登録2024年9月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月26日-
マップ公開2025年3月26日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47116.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 115.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.003787273 - 1.8786256
平均 (標準偏差)0.010807051 (±0.07015676)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ312312312
Spacing312312312
セルA=B=C: 330.71997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : western equine encephalitis virus CBA87 VLP in complex with human...

全体名称: western equine encephalitis virus CBA87 VLP in complex with human PCDH10 EC1
要素
  • 複合体: western equine encephalitis virus CBA87 VLP in complex with human PCDH10 EC1
    • 複合体: western equine encephalitis virus CBA87 VLP
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
    • 複合体: Protocadherin 10
      • タンパク質・ペプチド: Protocadherin-10
  • タンパク質・ペプチド: Structural polyprotein
  • タンパク質・ペプチド: Structural polyprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: western equine encephalitis virus CBA87 VLP in complex with human...

超分子名称: western equine encephalitis virus CBA87 VLP in complex with human PCDH10 EC1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)

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超分子 #2: western equine encephalitis virus CBA87 VLP

超分子名称: western equine encephalitis virus CBA87 VLP / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)

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超分子 #3: Protocadherin 10

超分子名称: Protocadherin 10 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Structural polyprotein

分子名称: Structural polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)
分子量理論値: 46.703004 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: FEHATTVPNV PGIPYKALVE RAGYAPLNLE ITVVSSELTP STNKEYVTCK FHTVVPSPQV KCCGSLECKA SSKADYTCRV FGGVYPFMW GGAQCFCDSE NTQLSEAYVE FAPDCTIDHA VALKVHTAAL KVGLRIVYGN TTARLDTFVN GVTPGSSRDL K VIAGPISA ...文字列:
FEHATTVPNV PGIPYKALVE RAGYAPLNLE ITVVSSELTP STNKEYVTCK FHTVVPSPQV KCCGSLECKA SSKADYTCRV FGGVYPFMW GGAQCFCDSE NTQLSEAYVE FAPDCTIDHA VALKVHTAAL KVGLRIVYGN TTARLDTFVN GVTPGSSRDL K VIAGPISA AFSPFDHKVV IRKGLVYNYD FPEYGAMNPG AFGDIQASSL DATDIVARTD IRLLKPSVKN IHVPYTQAVS GY EMWKNNS GRPLQETAPF GCKIEVEPLR ATNCAYGHIP ISIDIPDAAF VRSSESPTIL EVSCTVADCI YSADFGGSLT LQY KANREG HCPVHSHSTT AVLKEATTHV TATGSITLHF STSSPQANFI VSLCGKKTTC NAECKPPADH IIGEPHKVDQ EFQA AVSKT SWNWLLALFG GASSLIVVGL IVLVCSSML

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #2: Structural polyprotein

分子名称: Structural polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)
分子量理論値: 45.007211 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SITDDFTLTS PYLGFCPYCR HSAPCFSPIK IENVWDESDD GSIRIQVSAQ FGYNQAGTAD VTKFRYMSYD HDHDIKEDSM EKLAISTSG PCRRLGHKGY FLLAQCPPGD SVTVSITSGA SENSCTVEKK IRRKFVGREE YLFPPVHGKL VKCHVYDHLK E TSAGYITM ...文字列:
SITDDFTLTS PYLGFCPYCR HSAPCFSPIK IENVWDESDD GSIRIQVSAQ FGYNQAGTAD VTKFRYMSYD HDHDIKEDSM EKLAISTSG PCRRLGHKGY FLLAQCPPGD SVTVSITSGA SENSCTVEKK IRRKFVGREE YLFPPVHGKL VKCHVYDHLK E TSAGYITM HRPGPHAYKS YLEEASGEVY IKPPSGKNVT YECKCGDYST GIVSTRTKMN GCTKAKQCIA YKRDQTKWVF NS PDLIRHT DHSVQGKLHI PFRLTPTVCP VPLAHTPTVT KWFKGITLHL TATRPTLLTT RKLGLRADAT AEWITGTTSR NFS VGREGL EYVWGNHEPV RVWAQESAPG DPHGWPHEII IHYYHRHPVY TVIVLCGVAL AILVGTASSA ACIAKARRDC LTPY ALA

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #3: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: togavirin
由来(天然)生物種: Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)
分子量理論値: 17.949436 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
GKRQRMCMKL ESDKTFPIML NGQVNGYACV VGGRLMKPLH VEGKIDNEQL AAVKLKKASM YDLEYGDVPQ NMKSDTLQYT SDKPPGFYN WHHGAVQYEN GRFTVPRGVG GKGDSGRPIL DNRGRVVAIV LGGANEGTRT ALSVVTWNQK GVTIKDTPEG S EPW

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #4: Protocadherin-10

分子名称: Protocadherin-10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.719038 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QLHYTVQEEQ EHGTFVGNIA EDLGLDITKL SARGFQTVPN SRTPYLDLNL ETGVLYVNEK IDREQICKQS PSCVLHLEVF LENPLELFQ VEIEVLDIND NPPS

UniProtKB: Protocadherin-10

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 16 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.05 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

5210

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 13141
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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