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万見
- EMDB-47105: Cryo-EM structure of SerRS dimer in complex with two SIRT2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47105
タイトルCryo-EM structure of SerRS dimer in complex with two SIRT2
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of SerRS dimer with SIRT2
    • タンパク質・ペプチド: Serine--tRNA ligase, cytoplasmic
    • タンパク質・ペプチド: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
  • リガンド: [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE
キーワードenzymes / protein complexes / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


selenocysteine-tRNA ligase activity / negative regulation of vascular endothelial growth factor production / selenocysteine incorporation / serine-tRNA ligase / serine-tRNA ligase activity / seryl-tRNA aminoacylation / cellular response to caloric restriction / negative regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / histone methacryllysine demethacrylase activity / histone benzoyllysine debenzoylase activity ...selenocysteine-tRNA ligase activity / negative regulation of vascular endothelial growth factor production / selenocysteine incorporation / serine-tRNA ligase / serine-tRNA ligase activity / seryl-tRNA aminoacylation / cellular response to caloric restriction / negative regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / histone methacryllysine demethacrylase activity / histone benzoyllysine debenzoylase activity / negative regulation of striated muscle tissue development / negative regulation of satellite cell differentiation / histone H4K16 deacetylase activity, NAD-dependent / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / peptidyl-lysine deacetylation / positive regulation of meiotic nuclear division / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / paranodal junction / tubulin deacetylation / lateral loop / Cytosolic tRNA aminoacylation / regulation of phosphorylation / mitotic nuclear membrane reassembly / tubulin deacetylase activity / NLRP3 inflammasome complex assembly / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / paranode region of axon / tRNA modification / regulation of exit from mitosis / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / Schmidt-Lanterman incisure / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / protein acetyllysine N-acetyltransferase / protein deacetylation / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / histone deacetylase activity, NAD-dependent / myelination in peripheral nervous system / rDNA heterochromatin formation / positive regulation of oocyte maturation / juxtaparanode region of axon / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / chromatin silencing complex / meiotic spindle / histone deacetylase activity / protein lysine deacetylase activity / response to redox state / positive regulation of DNA binding / regulation of myelination / negative regulation of fat cell differentiation / histone acetyltransferase binding / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of cell division / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ binding / Selenocysteine synthesis / positive regulation of execution phase of apoptosis / glial cell projection / subtelomeric heterochromatin formation / lipid catabolic process / heterochromatin / cellular response to epinephrine stimulus / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / epigenetic regulation of gene expression / substantia nigra development / negative regulation of angiogenesis / negative regulation of autophagy / meiotic cell cycle / ubiquitin binding / centriole / negative regulation of protein catabolic process / spindle / autophagy / histone deacetylase binding / mitotic spindle / myelin sheath / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / heterochromatin formation / chromosome / growth cone / cellular response to oxidative stress / midbody / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor binding / molecular adaptor activity / microtubule / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / perikaryon / cytoplasmic translation / tRNA binding / chromosome, telomeric region / regulation of cell cycle / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / translation / innate immune response / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / centrosome / nucleolus
類似検索 - 分子機能
Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal / Seryl-tRNA synthetase N-terminal domain / Serine-tRNA ligase, type1 / Serine-tRNA ligase catalytic core domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal domain superfamily / Sirtuin, class I / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : ...Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal / Seryl-tRNA synthetase N-terminal domain / Serine-tRNA ligase, type1 / Serine-tRNA ligase catalytic core domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal domain superfamily / Sirtuin, class I / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL)
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine--tRNA ligase, cytoplasmic / NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Yang J / Zhang Q / Zhang H / Lander G / Yang X
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of SerRS dimer in complex with two SIRT2
著者: Yang J / Zhang Q / Yang X / Lander G
履歴
登録2024年9月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月18日-
マップ公開2026年3月18日-
更新2026年3月18日-
現状2026年3月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47105.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47105.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 256 pix.
= 294.4 Å		1.15 Å/pix.
x 256 pix.
= 294.4 Å		1.15 Å/pix.
x 256 pix.
= 294.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.962
最小 - 最大-7.745096 - 10.037254000000001
平均 (標準偏差)0.000518899 (±0.13447542)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 294.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_47105_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_47105_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of SerRS dimer with SIRT2

全体名称: Ternary complex of SerRS dimer with SIRT2
要素
  • 複合体: Ternary complex of SerRS dimer with SIRT2
    • タンパク質・ペプチド: Serine--tRNA ligase, cytoplasmic
    • タンパク質・ペプチド: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
  • リガンド: [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE

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超分子 #1: Ternary complex of SerRS dimer with SIRT2

超分子名称: Ternary complex of SerRS dimer with SIRT2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Serine--tRNA ligase, cytoplasmic

分子名称: Serine--tRNA ligase, cytoplasmic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: serine-tRNA ligase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 58.863211 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MVLDLDLFRV DKGGDPALIR ETQEKRFKDP GLVDQLVKAD SEWRRCRFRA DNLNKLKNLC SKTIGEKMKK KEPVGDDESV PENVLSFDD LTADALANLK VSQIKKVRLL IDEAILKCDA ERIKLEAERF ENLREIGNLL HPSVPISNDE DVDNKVERIW G DCTVRKKY ...文字列:
MVLDLDLFRV DKGGDPALIR ETQEKRFKDP GLVDQLVKAD SEWRRCRFRA DNLNKLKNLC SKTIGEKMKK KEPVGDDESV PENVLSFDD LTADALANLK VSQIKKVRLL IDEAILKCDA ERIKLEAERF ENLREIGNLL HPSVPISNDE DVDNKVERIW G DCTVRKKY SHVDLVVMVD GFEGEKGAVV AGSRGYFLKG VLVFLEQALI QYALRTLGSR GYIPIYTPFF MRKEVMQEVA QL SQFDEEL YKVIGKGSEK SDDNSYDEKY LIATSEQPIA ALHRDEWLRP EDLPIKYAGL STCFRQEVGS HGRDTRGIFR VHQ FEKIEQ FVYSSPHDNK SWEMFEEMIT TAEEFYQSLG IPYHIVNIVS GSLNHAASKK LDLEAWFPGS GAFRELVSCS NCTD YQARR LRIRYGQTKK MMDKVEFVHM LNATMCATTR TICAILENYQ TEKGITVPEK LKEFMPPGLQ ELIPFVKPAP IEQEP SKKQ KKQHEGSKKK AAARDVTLEN RLQNMEVTDA

UniProtKB: Serine--tRNA ligase, cytoplasmic

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分子 #2: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2

分子名称: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: protein acetyllysine N-acetyltransferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 43.233105 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAEPDPSHPL ETQAGKVQEA QDSDSDSEGG AAGGEADMDF LRNLFSQTLS LGSQKERLLD ELTLEGVARY MQSERCRRVI CLVGAGIST SAGIPDFRSP STGLYDNLEK YHLPYPEAIF EISYFKKHPE PFFALAKELY PGQFKPTICH YFMRLLKDKG L LLRCYTQN ...文字列:
MAEPDPSHPL ETQAGKVQEA QDSDSDSEGG AAGGEADMDF LRNLFSQTLS LGSQKERLLD ELTLEGVARY MQSERCRRVI CLVGAGIST SAGIPDFRSP STGLYDNLEK YHLPYPEAIF EISYFKKHPE PFFALAKELY PGQFKPTICH YFMRLLKDKG L LLRCYTQN IDTLERIAGL EQEDLVEAHG TFYTSHCVSA SCRHEYPLSW MKEKIFSEVT PKCEDCQSLV KPDIVFFGES LP ARFFSCM QSDFLKVDLL LVMGTSLQVQ PFASLISKAP LSTPRLLINK EKAGQSDPFL GMIMGLGGGM DFDSKKAYRD VAW LGECDQ GCLALAELLG WKKELEDLVR REHASIDAQS GAGVPNPSTS ASPKKSPPPA KDEARTTERE KPQ

UniProtKB: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2

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分子 #3: [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]ME...

分子名称: [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: AR6
分子量理論値: 559.316 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: in 25mM HEPES-Na pH7.5, 150mM NaCl
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 36000
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: generated ab-inito from Cryosparc
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 523089
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9dpi:
Cryo-EM structure of SerRS dimer in complex with two SIRT2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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