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- EMDB-46504: Cryo-EM structure of mycocerosic acid synthase with double KS-ACP... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46504
タイトルCryo-EM structure of mycocerosic acid synthase with double KS-ACP crosslinking using C16 alpha-bromoamide. Complex A
マップデータmain map
試料
  • 複合体: Homodimeric MAS doubly crosslinked between ACP and KS domains
    • タンパク質・ペプチド: Multifunctional mycocerosic acid synthase membrane-associated MAS
  • リガンド: C16 alpha-bromoamide
キーワードFAS / polyketide / crosslinked / ketosynthase / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mycocerosate synthase / mycocerosate synthase activity / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Zinc-binding dehydrogenase / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. ...: / Zinc-binding dehydrogenase / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / : / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Multifunctional mycocerosic acid synthase membrane-associated MAS
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.87 Å
データ登録者Heberlig GW / Jiang Z / Burkart MD
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM095970 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)K12HL141956 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-2011924 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Visualizing acyl carrier protein interactions within a crosslinked type I polyketide synthase.
著者: Ziran Jiang / Graham W Heberlig / Jeffrey A Chen / Jennifer Huynh / James J La Clair / Michael D Burkart /
要旨: Using a combination of dual covalent crosslinking and cryo-EM analyses, we elucidate the structure of mycocerosic acid synthase from Mycobacterium tuberculosis trapped in two distinct catalytic ...Using a combination of dual covalent crosslinking and cryo-EM analyses, we elucidate the structure of mycocerosic acid synthase from Mycobacterium tuberculosis trapped in two distinct catalytic states during its iterative cycle. These structures reveal domain architecture of the acyl carrier protein mediating condensation and dehydration through dual site-selective crosslinking of the acyl carrier protein with the ketosynthase and dehydratase domains. Map density was sufficient to visualize full domain architecture with active site-bound probes and elucidate key interactions of four distinct crosslinked species. Here, iterative vectorial polyketide biosynthesis arises through an overall twisting and tilting architecture, enabling positioning and entry of the cognate substrate at each enzymatic domain. These structures present valuable details for future therapeutic design against mycocerosic acid biosynthesis in M. tuberculosis.
履歴
登録2024年8月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月13日-
マップ公開2025年8月13日-
更新2025年9月3日-
現状2025年9月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46504.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46504.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.89 Å/pix.
x 380 pix.
= 337.82 Å		0.89 Å/pix.
x 380 pix.
= 337.82 Å		0.89 Å/pix.
x 380 pix.
= 337.82 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.889 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.061
最小 - 最大-0.20727922 - 0.44333908
平均 (標準偏差)0.0013934717 (±0.014924783)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 337.82 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half A

ファイルemd_46504_half_map_1.map
注釈half A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half B

ファイルemd_46504_half_map_2.map
注釈half B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Homodimeric MAS doubly crosslinked between ACP and KS domains

全体名称: Homodimeric MAS doubly crosslinked between ACP and KS domains
要素
  • 複合体: Homodimeric MAS doubly crosslinked between ACP and KS domains
    • タンパク質・ペプチド: Multifunctional mycocerosic acid synthase membrane-associated MAS
  • リガンド: C16 alpha-bromoamide

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超分子 #1: Homodimeric MAS doubly crosslinked between ACP and KS domains

超分子名称: Homodimeric MAS doubly crosslinked between ACP and KS domains
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

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分子 #1: Multifunctional mycocerosic acid synthase membrane-associated MAS

分子名称: Multifunctional mycocerosic acid synthase membrane-associated MAS
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: mycocerosate synthase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 226.131672 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MESRVTPVAV IGMGCRLPGG INSPDKLWES LLRGDDLVTE IPPDRWDADD YYDPEPGVPG RSVSRWGGFL DDVAGFDAEF FGISEREAT SIDPQQRLLL ETSWEAIEHA GLDPASLAGS STAVFTGLTH EDYLVLTTTA GGLASPYVVT GLNNSVASGR I AHTLGLHG ...文字列:
MESRVTPVAV IGMGCRLPGG INSPDKLWES LLRGDDLVTE IPPDRWDADD YYDPEPGVPG RSVSRWGGFL DDVAGFDAEF FGISEREAT SIDPQQRLLL ETSWEAIEHA GLDPASLAGS STAVFTGLTH EDYLVLTTTA GGLASPYVVT GLNNSVASGR I AHTLGLHG PAMTFDTACS SGLMAVHLAC RSLHDGEADL ALAGGCAVLL EPHASVAASA QGMLSSTGRC HSFDADADGF VR SEGCAMV LLKRLPDALR DGNRIFAVVR GTATNQDGRT ETLTMPSEDA QVAVYRAALA AAGVQPETVG VVEAHGTGTP IGD PIEYRS LARVYGAGTP CALGSAKSNM GHSTASAGTV GLIKAILSLR HGVVPPLLHF NRLPDELSDV ETGLFVPQAV TPWP NGNDH TPKRVAVSSF GMSGTNVHAI VEEAPAEASA PESSPGDAEV GPRLFMLSST SSDALRQTAR QLATWVEEHQ DCVAA SDLA YTLARGRAHR PVRTAVVAAN LPELVEGLRE VADGDALYDA AVGHGDRGPV WVFSGQGSQW AAMGTQLLAS EPVFAA TIA KLEPVIAAES GFSVTEAITA QQTVTGIDKV QPAVFAVQVA LAATMEQTYG VRPGAVVGHS MGESAAAVVA GALSLED AA RVICRRSKLM TRIAGAGAMG SVELPAKQVN SELMARGIDD VVVSVVASPQ STVIGGTSDT VRDLIARWEQ RDVMAREV A VDVASHSPQV DPILDDLAAA LADIAPMTPK VPYYSATLFD PREQPVCDGA YWVDNLRNTV QFAAAVQAAM EDGYRVFAE LSPHPLLTHA VEQTGRSLDM SVAALAGMRR EQPLPHGLRG LLTELHRAGA ALDYSALYPA GRLVDAPLPA WTHARLFIDD DGQEQRAQG ACTITVHPLL GSHVRLTEEP ERHVWQGDVG TSVLSWLSDH QVHNVAALPG AAYCEMALAA AAEVFGEAAE V RDITFEQM LLLDEQTPID AVASIDAPGV VNFTVETNRD GETTRHATAA LRAAEDDCPP PGYDITALLQ AHPHAVNGTA MR ESFAERG VTLGAAFGGL TTAHTAEAGA ATVLAEVALP ASIRFQQGAY RIHPALLDAC FQSVGAGVQA GTATGGLLLP LGV RSLRAY GPTRNARYCY TRLTKAFNDG TRGGEADLDV LDQHGTVLLA VRGLRMGTGT SERDERDRLV SERLLTLGWQ QRAL PEVGD GEAGSWLLID TSNAVDTPDM LASTLTDALK SHGPQGTECA SLSWSVQDTP PNDQAGLEKL GSQLRGRDGV VIVYG PRVG DPDEHSLLAG REQVRHLVRI TRELAEFEGE LPRLFVVTRQ AQIVKPHDSG ERANLEQAGL RGLLRVISSE HPMLRT TLI DVDEHTDVER VAQQLLSGSE EDETAWRNGD WYVARLTPSP LGHEERRTAV LDPDHDGMRV QVRRPGDLQT LEFVASD RV PPGPGQIEVA VSMSSINFAD VLIAFGRFPI IDDREPQLGM DFVGVVTAVG EGVTGHQVGD RVGGFSEGGC WRTFLTCD A NLAVTLPPGL TDEQAITAAT AHATAWYGLN DLAQIKAGDK VLIHSATGGV GQAAISIARA KGAEIFATAG NPAKRAMLR DMGVEHVYDS RSVEFAEQIR RDTDGYGVDI VLNSLTGAAQ RAGLELLAFG GRFVEIGKAD VYGNTRLGLF PFRRGLTFYY LDLALMSVT QPDRVRELLA TVFKLTADGV LTAPQCTHYP LAEAADAIRA MSNAEHTGKL VLDVPRSGRR SVAVTPEQAP L YRRDGSYI ITGGLGGLGL FFASKLAAAG CGRIVLTARS QPNPKARQTI EGLRAAGADI VVECGNIAEP DTADRLVSAA TA TGLPLRG VLHSAAVVED ATLTNITDEL IDRDWSPKVF GSWNLHRATL GQPLDWFCLF SSGAALLGSP GQGAYAAANS WVD VFAHWR RAQGLPVSAI AWGAWGEVGR ATFLAEGGEI MITPEEGAYA FETLVRHDRA YSGYIPILGA PWLADLVRRS PWGE MFAST GQRSRGPSKF RMELLSLPQD EWAGRLRRLL VEQASVILRR TIDADRSFIE YGLDSLGMLE MRTHVETETG IRLTP KVIA TNNTARALAQ YLADTLAEEQ AAAPAASKLA AALEHHHHHH

UniProtKB: Multifunctional mycocerosic acid synthase membrane-associated MAS

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分子 #2: C16 alpha-bromoamide

分子名称: C16 alpha-bromoamide / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: A1BY8
分子量理論値: 658.603 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称
50.0 mMTris HCl
150.0 mMSodium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3135 / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1055614
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: C2 symmetry with pose marginalization / 使用した粒子像数: 35170
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1-f1


Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
得られたモデル

PDB-9d2y:
Cryo-EM structure of mycocerosic acid synthase with double KS-ACP crosslinking using C16 alpha-bromoamide. Complex A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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