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- EMDB-46483: A widespread heme dechelatase in healthy and pathogenic human mic... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46483
タイトルA widespread heme dechelatase in healthy and pathogenic human microbiomes.
マップデータ
試料
  • 複合体: HmuS in complex with heme
    • タンパク質・ペプチド: HmuS heme dechelatase
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: water
キーワードIron / Microbiome / Heme / METAL TRANSPORT
機能・相同性cobaltochelatase activity / CobN/magnesium chelatase / CobN/Magnesium Chelatase / biosynthetic process / membrane / Cobaltochelatase subunit CobN
機能・相同性情報
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) / Bacteroides (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Gauvin CC / Nath AK / Rodrigues da Silva R / Akpoto E / Dubois JL / Lawrence CM
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1828765 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30GM140963 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2024年8月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月20日-
マップ公開2025年8月20日-
更新2025年8月20日-
現状2025年8月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46483.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46483.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.91 Å/pix.
x 320 pix.
= 289.92 Å		0.91 Å/pix.
x 320 pix.
= 289.92 Å		0.91 Å/pix.
x 320 pix.
= 289.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.906 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.10028691 - 0.2614512
平均 (標準偏差)0.00007762657 (±0.005725037)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 289.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_46483_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_46483_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_46483_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HmuS in complex with heme

全体名称: HmuS in complex with heme
要素
  • 複合体: HmuS in complex with heme
    • タンパク質・ペプチド: HmuS heme dechelatase
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: HmuS in complex with heme

超分子名称: HmuS in complex with heme / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
分子量理論値: 153.058 KDa

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分子 #1: HmuS heme dechelatase

分子名称: HmuS heme dechelatase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cobaltochelatase
由来(天然)生物種: Bacteroides (バクテリア) / 株: VPI-5482
分子量理論値: 162.423281 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKKKSKIILG GCIVVAALIG LSVWNTWFSA TKIAFVNFQT IQQGSISKAN DNSFIKLSEV SLDNLDRLTS YDMVFINGMG LRIVEEQRQ QIQQAADKGI PVYTSMATNP ANNICNLDSI QQNLIRGYLS NGGKTNYRNM LNYIRKAIDG KASAVPEVED P IERPSDML ...文字列:
MKKKSKIILG GCIVVAALIG LSVWNTWFSA TKIAFVNFQT IQQGSISKAN DNSFIKLSEV SLDNLDRLTS YDMVFINGMG LRIVEEQRQ QIQQAADKGI PVYTSMATNP ANNICNLDSI QQNLIRGYLS NGGKTNYRNM LNYIRKAIDG KASAVPEVED P IERPSDML YHAGISNPDD EQEFLTVADY EKFMQENNLY KEGARKIMIT GQMADATDLI KALENAGYNV YPVQSMTRFM SF IEEVQPD AVINMAHGRM GDKMVDYLKA RNILLFAPLT INSLVDEWEN DPMGMSGGFM SQSIVTPEID GAIRPFALFA QYE DKEGLR HSYAVPERLK TFVSTIDNYL NLKTKPNFEK KVAIYYYKGP GQNALTAAGM EVVPSLYNLL LRMKQEGYNI SGLP ANAQE LGKMIQAQGA VFNAYAEGAF NDFMQNGHPE LITKEQYESW VKESLRPEKY QEVVDAFGEF PGNYMVTPDG KLGIA RLQF GNVVLLPQNA AGSGDNSFQV VHGTDMAPPH TYIASYLWMQ HGFKADALIH FGTHGSLEFT PRKQVALCSN DWPDRL VGA VPHYYLYSIG NVGEGMMAKR RSYATLQSYL TPPFLESSVR GIYRELMEKI KIYNNSQKAN KDQESLAVKT LTVKMGI HR DLGLDSMANK PYTEDEIARV ENFAEELATE KITGQLYTMG VPYEPERITS SVYAMATEPI AYSLFALDKQ RGKATESA E KHRSVFTQQY LMPARLLVER LMANPSLATD ELICHTAGIT PQELAKARQI EAERNAPKGM MAMMMAAAAK KDQADNEPS GNGHPASAKM EKGPHGKMPA GMKEAMKKMG ANMDPEKAME MAKSMGASPE ALKKMEASMK ANKDTSTDAS GKPAMAGKTE KPQGMSAMM AAMGKAPKEY SKEEVEFALA VAEVERTIKN VGNYKNALLT SPEEELSSLM NALKGGYTAP TPGGDPIANP N TLPTGRNM YAINAEATPT ESAWEKGIAL AKQTIDRYKQ RHNDSIPRKV SYTLWSSEFI ETGGATIAQV LYMLGVEPVR DA FGRVSDL KLIPSTELGR PRIDVVVQTS GQLRDLAASR LFLINRAVEM AAAAKDDKYE NQVASSVIEA ERVLTEKGLS PKD AREIST FRVFGGANGM YGTGIQEMVE SGDRWENESE IADTYLNNMG AYYGSEKNWE VFQKFAFEAA LTRTDVVVQP RQSN TWGAL SLDHVYEFMG GMNLAVRNVT GKDPDAYLSD YRNRNHMKMQ ELKEAVGVES RTTILNPTYI KEKMKGGASS ASEFA EVIT NTYGWNVMKP AAIDKELWDN IYNVYVKDEL NLGVKQYFEQ QNPAALEEMT AVMLESARKG LWQASEEQVA ELSKLH TEI VNTYRPSCSG FVCDNAKLRD FIASKADAQT ATQYKENISK IREAKASGSN KGVVMKKEEM NQTAENQTNT LSNVAVG IA VIIVILALIL FVRKRRKSSQ M

UniProtKB: Cobaltochelatase subunit CobN

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分子 #2: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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分子 #3: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2
分子量理論値: 22.99 Da

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分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 95 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.1
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3ClTris-Cl
250.0 mMNaClSodium Chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 100.0 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12602 / 平均露光時間: 3.06 sec. / 平均電子線量: 56.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 55187 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 45000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 18955798 / 詳細: Blob picked, then particles washed to give
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0) / タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 2133842
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-9d26:
A widespread heme dechelatase in healthy and pathogenic human microbiomes.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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