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- EMDB-45782: Cryo-EM structure of the Nipah virus (Malaysia Strain) L:P complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45782
タイトルCryo-EM structure of the Nipah virus (Malaysia Strain) L:P complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of Nipah virus RNA polymerase L protein with its cofactor P protein
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoprotein
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
キーワードRNA dependent RNA polymerase / Nipah virus / LP complex / VIRAL PROTEIN / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative stranded viral RNA transcription / NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / negative stranded viral RNA replication / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / virion component / molecular adaptor activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response ...negative stranded viral RNA transcription / NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / negative stranded viral RNA replication / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / virion component / molecular adaptor activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / GTPase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Phosphoprotein P region PNT disordered / Phosphoprotein P region PNT disordered / Paramyxovirus structural protein P/V, N-terminal domain / Paramyxovirus structural protein V/P N-terminus / Phosphoprotein P soyouz module / N-terminal region of Paramyxovirinae phosphoprotein (P) / RNA-directed RNA polymerase, paramyxovirus / P/V phosphoprotein, paramyxoviral / Paramyxovirus P/V phosphoprotein C-terminal / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain ...Phosphoprotein P region PNT disordered / Phosphoprotein P region PNT disordered / Paramyxovirus structural protein P/V, N-terminal domain / Paramyxovirus structural protein V/P N-terminus / Phosphoprotein P soyouz module / N-terminal region of Paramyxovirinae phosphoprotein (P) / RNA-directed RNA polymerase, paramyxovirus / P/V phosphoprotein, paramyxoviral / Paramyxovirus P/V phosphoprotein C-terminal / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V / RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile. / Mononegavirus L protein 2'-O-ribose methyltransferase domain profile. / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L / Phosphoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Henipavirus nipahense (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Chen ZH / Liang B
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI171413 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structures of Nipah virus polymerase complexes
著者: Chen ZH / Liang B
履歴
登録2024年7月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月23日-
マップ公開2025年7月23日-
更新2025年7月23日-
現状2025年7月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45782.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45782.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.81 Å/pix.
x 480 pix.
= 388.32 Å		0.81 Å/pix.
x 480 pix.
= 388.32 Å		0.81 Å/pix.
x 480 pix.
= 388.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.809 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.405
最小 - 最大-2.1991196 - 3.5464017
平均 (標準偏差)0.00067368685 (±0.06749339)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 388.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45782_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_45782_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Nipah virus RNA polymerase L protein with its cofactor...

全体名称: Complex of Nipah virus RNA polymerase L protein with its cofactor P protein
要素
  • 複合体: Complex of Nipah virus RNA polymerase L protein with its cofactor P protein
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoprotein
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L

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超分子 #1: Complex of Nipah virus RNA polymerase L protein with its cofactor...

超分子名称: Complex of Nipah virus RNA polymerase L protein with its cofactor P protein
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Full length of L and P protein of Nipah virus expressed from insect cell Spodoptera frugiperda.
由来(天然)生物種: Henipavirus nipahense (ウイルス) / 株: Malaysia
分子量理論値: 570 KDa

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分子 #1: Phosphoprotein

分子名称: Phosphoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Henipavirus nipahense (ウイルス)
分子量理論値: 84.026422 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKSSWSHPQF EKGAMTGWSH PQFEKGSSAS WSHPQFEKGA ENLYFQSNGS MDKLELVNDG LNIIDFIQKN QKEIQKTYGR SSIQQPSIK DQTKAWEDFL QCTSGESEQV EGGMSKDDGD VERRNLEDLS STSPTDGTIG KRVSNTRDWA EGSDDIQLDP V VTDVVYHD ...文字列:
MKSSWSHPQF EKGAMTGWSH PQFEKGSSAS WSHPQFEKGA ENLYFQSNGS MDKLELVNDG LNIIDFIQKN QKEIQKTYGR SSIQQPSIK DQTKAWEDFL QCTSGESEQV EGGMSKDDGD VERRNLEDLS STSPTDGTIG KRVSNTRDWA EGSDDIQLDP V VTDVVYHD HGGECTGYGF TSSPERGWSD YTSGANNGNV CLVSDAKMLS YAPEIAVSKE DRETDLVHLE NKLSTTGLNP TA VPFTLRN LSDPAKDSPV IAEHYYGLGV KEQNVGPQTS RNVNLDSIKL YTSDDEEADQ LEFEDEFAGS SSEVIVGISP EDE EPSSVG GKPNESIGRT IEGQSIRDNL QAKDNKSTDV PGAGPKDSAV KEEPPQKRLP MLAEEFECSG SEDPIIRELL KENS LINCQ QGKDAQPPYH WSIERSISPD KTEIVNGAVQ TADRQRPGTP MPKSRGIPIK KGTDAKYPSA GTENVPGSKS GATRH VRGS PPYQEGKSVN AENVQLNAST AVKETDKSEV NPVDDNDSLD DKYIMPSDDF SNTFFPHDTD RLNYHADHLG DYDLET LCE ESVLMGVINS IKLINLDMRL NHIEEQVKEI PKIINKLESI DRVLAKTNTA LSTIEGHLVS MMIMIPGKGK GERKGKN NP ELKPVIGRDI LEQQSLFSFD NVKNFRDGSL TNEPYGAAVQ LREDLILPEL NFEETNASQF VPMADDSSRD VIKTLIRT H IKDRELRSEL IGYLNKAEND EEIQEIANTV NDIIDGNI

UniProtKB: Phosphoprotein

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分子 #2: RNA-directed RNA polymerase L

分子名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Henipavirus nipahense (ウイルス)
分子量理論値: 260.638609 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKSSHHHHHH HHHHGSSENL YFQSGSMADE LSISDIIYPE CHLDSPIVSG KLISAIEYAQ LRHNQPSDDK RLSENIRLNL HGKRKSLYI LRQSKQGDYI RNNIKNLKEF MHIAYPECNN ILFSITSQGM TSKLDNIMKK SFKAYNIISK KVIGMLQNIT R NLITQDRR ...文字列:
MKSSHHHHHH HHHHGSSENL YFQSGSMADE LSISDIIYPE CHLDSPIVSG KLISAIEYAQ LRHNQPSDDK RLSENIRLNL HGKRKSLYI LRQSKQGDYI RNNIKNLKEF MHIAYPECNN ILFSITSQGM TSKLDNIMKK SFKAYNIISK KVIGMLQNIT R NLITQDRR DEIINIHECR RLGDLGKNMS QSKWYECFLF WFTIKTEMRA VIKNSQKPKF RSDSCIIHMR DKSTEIILNP NL ICIFKSD KTGKKCYYLT PEMVLMYCDV LEGRMMMETT VKSDIKYQPL ISRSNALWGL IDPLFPVMGN RIYNIVSMIE PLV LALLQL KDEARILRGA FLHHCIKEMH QELSECGFTD QKIRSMFIDD LLSILNIDNI HLLAEFFSFF RTFGHPILEA KVAA EKVRE HMLADKVLEY APIMKAHAIF CGTIINGYRD RHGGAWPPLY LPAHASKHII RLKNSGESLT IDDCVKNWES FCGIQ FDCF MELKLDSDLS MYMKDKALSP IKDEWDSVYP REVLSYTPPK STEPRRLVDV FVNDENFDPY NMLEYVLSGA YLEDEQ FNV SYSLKEKETK QAGRLFAKMT YKMRACQVIA EALIASGVGK YFKENGMVKD EHELLKTLFQ LSISSVPRGN SQGNDPQ SI NNIERDFQYF KGVTTNVKDK KNNSFNKVKS ALNNPCQADG VHHNMSPNTR NRYKCSNTSK SFLDYHTEFN PHNHYKSD N TEAAVLSRYE DNTGTKFDTV SAFLTTDLKK FCLNWRYESM AIFAERLDEI YGLPGFFNWM HKRLERSVIY VADPNCPPN IDKHMELEKT PEDDIFIHYP KGGIEGYSQK TWTIATIPFL FLSAYETNTR IAAIVQGDNE SIAITQKVHP NLPYKVKKEI CAKQAQLYF ERLRMNLRAL GHNLKATETI ISTHLFIYSK KIHYDGAVLS QALKSMSRCC FWSETLVDET RSACSNISTT I AKAIENGL SRNVGYCINI LKVIQQLLIS TEFSINETLT LDVTSPISNN LDWLITAALI PAPIGGFNYL NLSRIFVRNI GD PVTASLA DLKRMIDHSI MTESVLQKVM NQEPGDASFL DWASDPYSGN LPDSQSITKT IKNITARTIL RNSPNPMLKG LFH DKSFDE DLELASFLMD RRVILPRAAH EILDNSLTGA REEIAGLLDT TKGLIRSGLR KSGLQPKLVS RLSHHDYNQF LILN KLLSN RRQNDLISSN TCSVDLARAL RSHMWRELAL GRVIYGLEVP DALEAMVGRY ITGSLECQIC EQGNTMYGWF FVPRD SQLD QVDREHSSIR VPYVGSSTDE RSDIKLGNVK RPTKALRSAI RIATVYTWAY GDNEECWYEA WYLASQRVNI DLDVLK AIT PVSTSNNLSH RLRDKSTQFK FAGSVLNRVS RYVNISNDNL DFRIEGEKVD TNLIYQQAML LGLSVLEGKF RLRLETD DY NGIYHLHVKD NCCVKEVADV GQVDAELPIP EYTEVDNNHL IYDPDPVSEI DCSRLSNQES KSRELDFPLW STEELHDV L AKTVAQTVLE IITKADKDVL KQHLAIDSDD NINSLITEFL IVDPELFALY LGQSISIKWA FEIHHRRPRG RHTMVDLLS DLVSNTSKHT YKVLSNALSH PRVFKRFVNC GLLLPTQGPY LHQQDFEKLS QNLLVTSYMI YLMNWCDFKK SPFLIAEQDE TVISLREDI ITSKHLCVII DLYANHHKPP WIIDLNPQEK ICVLRDFISK SRHVDTSSRS WNTSDLDFVI FYASLTYLRR G IIKQLRIR QVTEVIDTTT MLRDNIIVEN PPIKTGVLDI RGCIIYNLEE ILSMNTKSAS KKIFNLNSRP SVENHKYRRI GL NSSSCYK ALNLSPLIQR YLPSGAQRLF IGEGSGSMML LYQSTLGQSI SFYNSGIDGD YIPGQRELKL FPSEYSIAEE DPS LTGKLK GLVVPLFNGR PETTWIGNLD SYEYIINRTA GRSIGLVHSD MESGIDKNVE EILVEHSHLI SIAINVMMED GLLV SKIAY TPGFPISRLF NMYRSYFGLV LVCFPVYSNP DSTEVYLLCL QKTVKTIVPP QKVLEHSNLH DEVNDQGITS VIFKI KNSQ SKQFHDDLKK YYQIDQPFFV PTKITSDEQV LLQAGLKLNG PEILKSEISY DIGSDINTLR DTIIIMLNEA MNYFDD NRS PSHHLEPYPV LERTRIKTIM NCVTKKVIVY SLIKFKDTKS SELYHIKNNI RRKVLILDFR SKLMTKTLPK GMQERRE KN GFKEVWIVDL SNREVKIWWK IIGYISII

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度名称式
30.0 mMtris(hydroxymethyl)aminomethane-HCl
300.0 mMsodium chlorideNaCl
1.0 mMtris(2-carboxyethyl)phosphine
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 50 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.026000000000000002 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6v85

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 258905
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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