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- EMDB-45527: Parasitella parasitica Fanzor (PpFz) State 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45527
タイトルParasitella parasitica Fanzor (PpFz) State 3
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of PpFz1-omegaRNA-DNA
    • タンパク質・ペプチド: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
    • DNA: DNA non-target strand
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Parasitella parasitica Fanzor 1
    • DNA: DNA target strand
    • RNA: Parasitella parasitica Fanzor 1 omegaRNA
    • DNA: DNA substrate model
    • DNA: DNA substrate model
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードFanzor / Eukaryotic / RNA-guided / nuclease / Gene editing / RNA BINDING PROTEIN-ISOMERASE-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Set3 complex / negative regulation of meiotic nuclear division / ascospore formation / positive regulation of meiotic nuclear division / cyclosporin A binding / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding ...Set3 complex / negative regulation of meiotic nuclear division / ascospore formation / positive regulation of meiotic nuclear division / cyclosporin A binding / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cellular response to starvation / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / cell chemotaxis / peptidylprolyl isomerase / mitochondrial intermembrane space / protein transport / protein folding / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / mRNA binding / DNA damage response / mitochondrion / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. ...Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Parasitella parasitica (菌類) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Xu P / Saito M / Zhang F
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the diversity and DNA cleavage mechanism of Fanzor.
著者: Peiyu Xu / Makoto Saito / Guilhem Faure / Samantha Maguire / Samuel Chau-Duy-Tam Vo / Max E Wilkinson / Huihui Kuang / Bing Wang / William J Rice / Rhiannon K Macrae / Feng Zhang /
要旨: Fanzor (Fz) is an ωRNA-guided endonuclease extensively found throughout the eukaryotic domain with unique gene editing potential. Here, we describe the structures of Fzs from three different ...Fanzor (Fz) is an ωRNA-guided endonuclease extensively found throughout the eukaryotic domain with unique gene editing potential. Here, we describe the structures of Fzs from three different organisms. We find that Fzs share a common ωRNA interaction interface, regardless of the length of the ωRNA, which varies considerably across species. The analysis also reveals Fz's mode of DNA recognition and unwinding capabilities as well as the presence of a non-canonical catalytic site. The structures demonstrate how protein conformations of Fz shift to allow the binding of double-stranded DNA to the active site within the R-loop. Mechanistically, examination of structures in different states shows that the conformation of the lid loop on the RuvC domain is controlled by the formation of the guide/DNA heteroduplex, regulating the activation of nuclease and DNA double-stranded displacement at the single cleavage site. Our findings clarify the mechanism of Fz, establishing a foundation for engineering efforts.
履歴
登録2024年6月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月11日-
マップ公開2024年9月11日-
更新2024年10月2日-
現状2024年10月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45527.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45527.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 247.5 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 247.5 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 247.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.018832138 - 2.128856
平均 (標準偏差)0.0016839744 (±0.030087018)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 247.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of PpFz1-omegaRNA-DNA

全体名称: Ternary complex of PpFz1-omegaRNA-DNA
要素
  • 複合体: Ternary complex of PpFz1-omegaRNA-DNA
    • タンパク質・ペプチド: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
    • DNA: DNA non-target strand
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Parasitella parasitica Fanzor 1
    • DNA: DNA target strand
    • RNA: Parasitella parasitica Fanzor 1 omegaRNA
    • DNA: DNA substrate model
    • DNA: DNA substrate model
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Ternary complex of PpFz1-omegaRNA-DNA

超分子名称: Ternary complex of PpFz1-omegaRNA-DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Parasitella parasitica (菌類)

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分子 #1: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

分子名称: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: peptidylprolyl isomerase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 17.41167 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MSQVYFDVEA DGQPIGRVVF KLYNDIVPKT AENFRALCTG EKGFGYAGSP FHRVIPDFML QGGDFTAGNG TGGKSIYGGK FPDENFKKH HDRPGLLSMA NAGPNTNGSQ FFITTVPCPW LDGKHVVFGE VVDGYDIVKK VESLGSPSGA TKARIVVAKS G EL

UniProtKB: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

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分子 #3: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Parasitella para...

分子名称: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Parasitella parasitica Fanzor 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Parasitella parasitica (菌類)
分子量理論値: 144.413969 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MKSSHHHHHH HHHHGSSMKI EEGKLVIWIN GDKGYNGLAE VGKKFEKDTG IKVTVEHPDK LEEKFPQVAA TGDGPDIIFW AHDRFGGYA QSGLLAEITP DKAFQDKLYP FTWDAVRYNG KLIAYPIAVE ALSLIYNKDL LPNPPKTWEE IPALDKELKA K GKSALMFN ...文字列:
MKSSHHHHHH HHHHGSSMKI EEGKLVIWIN GDKGYNGLAE VGKKFEKDTG IKVTVEHPDK LEEKFPQVAA TGDGPDIIFW AHDRFGGYA QSGLLAEITP DKAFQDKLYP FTWDAVRYNG KLIAYPIAVE ALSLIYNKDL LPNPPKTWEE IPALDKELKA K GKSALMFN LQEPYFTWPL IAADGGYAFK YENGKYDIKD VGVDNAGAKA GLTFLVDLIK NKHMNADTDY SIAEAAFNKG ET AMTINGP WAWSNIDTSK VNYGVTVLPT FKGQPSKPFV GVLSAGINAA SPNKELAKEF LENYLLTDEG LEAVNKDKPL GAV ALKSYE EELAKDPRIA ATMENAQKGE IMPNIPQMSA FWYAVRTAVI NAASGRQTVD EALKDAQTNS SSNNNNNNNN NNLG IEENL YFQSNAEAES DDDFQPPIIR RKRSSRENTQ QSGSQKRLKG KDKEIVADDN PILNTTTLDD YDYDDFQPPV VKRPD IGES SSSVNPTFFA AESSTRASHT SNNTPNTPSK RVITIKTTIK GIWKYDYRQP LYDLVHTTNL LVTHTYAFTK YIFLKE LAT DENFAFNELI TKDFFVEVFL SLVSAKAGNS ERLKDTTKRY RSLIGKHKDA YFEDAKYTPI SLAYAQQIAL YECAKVQ TA YFNNMKAHFG NRLRALINKL FKKKEKVESL TKEMEANNFS IKEIKQAIRK NVYQPCNQVK LAITKKNMPE SGLLDDKS V TQLNEFFSMY AVDYTFQKES IFYDVVANPE KHFKAFYKLA QLSEAYEVKP FACFPLRRTF IPCYMTVDSK ILNYHILKN KKVLKMDEKF NAWGRVVNLE RKAFKSQGCK KTLHFQGTLE TDGVGVSILK QNTDTNRKSV MPKKPLEDID DETKYIEKLE DAELKQTLG KCVLMDPGRR DLLYCMKETS RADKKEIMIF TKNDRSKCSR HFRRLRKLLQ PSQIREAETY LSGFATKSVN M EKFVEYIQ ARASVKDILY EYYGNETAKS ITEFYPESQF DFKVDQKCNL YYENLFVAKI RGFYPQPEHE PNDITLKSHM YH TYLQIML NQKHISERLN SEKRRKIEDL AKAILEQPHE SGHKTTISSL LGKLRLLPFR KMKFSTKLFS DNNDRKLVKN IKK KFGADA VLVLGNWSAP NTKYQDPTRN KGLRRMLKKN GFPLYLIDEF RTSSFCPKCE SDLEKFKVIP NPRPHNQEKQ PKVL CHGLL RCKNMSCLEQ QTSEGNQRLW NRDQAAVLNF RKILNCLRET KQRPPLFSRE PSKN

UniProtKB: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein, Uncharacterized protein

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分子 #2: DNA non-target strand

分子名称: DNA non-target strand / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 17.449246 KDa
配列文字列: (DT)(DA)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DG) (DC)(DT)(DC)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA) (DA) (DA)(DC)(DT)(DA)(DA) ...文字列:
(DT)(DA)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DG) (DC)(DT)(DC)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA) (DA) (DA)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT) (DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DC)

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分子 #4: DNA target strand

分子名称: DNA target strand / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 17.675332 KDa
配列文字列: (DG)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DA) (DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC) (DT)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DC)(DT) (DG) (DG)(DA)(DT)(DG)(DT) ...文字列:
(DG)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DA) (DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC) (DT)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DC)(DT) (DG) (DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA) (DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)

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分子 #6: DNA substrate model

分子名称: DNA substrate model / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 3.400317 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)

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分子 #7: DNA substrate model

分子名称: DNA substrate model / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 3.605356 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)

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分子 #5: Parasitella parasitica Fanzor 1 omegaRNA

分子名称: Parasitella parasitica Fanzor 1 omegaRNA / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Parasitella parasitica (菌類)
分子量理論値: 19.514656 KDa
配列文字列:
UUAUCCACCA AAGUUAUCGC UUUGGUCAAU UAAUGCAGGU AAGCAACAUC CAGCAAACAG A

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分子 #8: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #9: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 48.47 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 18003
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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