EMDB-45503: Caulobacter crescentus FljJK flagellar filament (asymmetrical)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-45503

タイトル

Caulobacter crescentus FljJK flagellar filament (asymmetrical)

マップデータ

試料

複合体: FljJK flagellar filament (asymmetrical)
- タンパク質・ペプチド: Flagellin

キーワード

flagellin / flagellar filament / STRUCTURAL PROTEIN

機能・相同性

Flagellin, C-terminal domain / Bacterial flagellin C-terminal helical region / Flagellin / Flagellin, N-terminal domain / Bacterial flagellin N-terminal helical region / bacterial-type flagellum / structural molecule activity / extracellular region / Flagellin

機能・相同性情報

生物種

Caulobacter vibrioides (バクテリア)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.53 Å

データ登録者

Sanchez JC / Montemayor EJ / Ploscariu NT / Parrell D / Baumgardt JK / Yang JE / Sibert B / Cai K / Wright ER

資金援助

米国, 5件

Organization	Grant number	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01 GM104540	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	U24 GM139168	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-SC0018409	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	T32 GM135066	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	F32 GM143854	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Direct evidence for multi-flagellin filament stabilization via atomic-level architecture of Caulobacter crescentus flagellar filaments
著者: Sanchez JC / Montemayor EJ / Ploscariu NT / Parrell D / Baumgardt JK / Yang JE / Sibert B / Cai K / Wright ER

履歴

登録	2024年6月26日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年8月28日	-
マップ公開	2024年8月28日	-
更新	2024年8月28日	-
現状	2024年8月28日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_45503.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_45503.map.gz	484.1 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-45503-v30.xml emd-45503.xml	15.8 KB 15.8 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_45503_fsc.xml	16.9 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_45503.png	90.7 KB
マスクデータ	emd_45503_msk_1.map	512 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-45503.cif.gz	5.4 KB
その他	emd_45503_half_map_1.map.gz emd_45503_half_map_2.map.gz	474.7 MB 474.7 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-45503 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-45503	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_45503_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_45503_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	emd_45503_validation.xml.gz	26.7 KB	表示
CIF形式データ	emd_45503_validation.cif.gz	34.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-45503 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-45503	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9cejMC 42767C 42770C 45500C 45504C 45505C 45506C 8uxkC 8uxnC 9cefC 9cemC 9ceoC 9cepC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_45503.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.83 Å/pix. x 512 pix. = 427.008 Å	0.83 Å/pix. x 512 pix. = 427.008 Å	0.83 Å/pix. x 512 pix. = 427.008 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.834 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.439
最小 - 最大	-1.5608585 - 2.871415
平均 (標準偏差)	0.00471217 (±0.1161792)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_45503_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : FljJK flagellar filament (asymmetrical)

全体	名称: FljJK flagellar filament (asymmetrical)
要素	複合体: FljJK flagellar filament (asymmetrical) タンパク質・ペプチド: Flagellin

-
超分子 #1: FljJK flagellar filament (asymmetrical)

超分子	名称: FljJK flagellar filament (asymmetrical) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)	生物種: Caulobacter vibrioides (バクテリア) / 株: NA1000

-
分子 #1: Flagellin

分子	名称: Flagellin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 36 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Caulobacter vibrioides (バクテリア) / 株: NA1000
分子量	理論値: 28.022365 KDa
配列	文字列: MALNSINTNA GAMIALQNLN GTNSELTTVQ QRINTGKKIA SAKDNGAIWA TAKNQSATAA SMNAVKDSLQ RGQSTIDVAL AAGDTITDL LGKMKEKALA ASDTSLNTAS FNALKSDFDS LRDQIEKAAT NAKFNGVSIA DGSTTKLTFL ANSDGSGFTV N AKTISLAG ...文字列: MALNSINTNA GAMIALQNLN GTNSELTTVQ QRINTGKKIA SAKDNGAIWA TAKNQSATAA SMNAVKDSLQ RGQSTIDVAL AAGDTITDL LGKMKEKALA ASDTSLNTAS FNALKSDFDS LRDQIEKAAT NAKFNGVSIA DGSTTKLTFL ANSDGSGFTV N AKTISLAG IGLTTTSTFT TAAAAKTMIG TIDTALQTAT NKLASLGTSS VGLDTHLTFV GKLQDSLDAG VGNLVDADLA KE SAKLQSL QTKQQLGVQA LSIANQSSSS ILSLFR UniProtKB: Flagellin

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	filament

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試料調製

緩衝液	pH: 7.4
凍結	凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
特殊光学系	エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 55.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Featureless Cylinder
最終再構成	想定した対称性 - 点群: C₁ (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4) / 使用した粒子像数: 191082
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル	PDB ID: 6-f1 Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
得られたモデル	PDB-9cej: Caulobacter crescentus FljJK flagellar filament (asymmetrical)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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