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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-45364 | |||||||||
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タイトル | HIV-1 intasome core bound with DTG | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | HIV-1 / integrase / nucleoprotein complexes / INSTI / intasome / CryoEM / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated activation of host apoptosis / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...symbiont-mediated activation of host apoptosis / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / viral translational frameshifting / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.01 Å | |||||||||
データ登録者 | Li M / Craigie R | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Viruses / 年: 2024 タイトル: HIV-1 Intasomes Assembled with Excess Integrase C-Terminal Domain Protein Facilitate Structural Studies by Cryo-EM and Reveal the Role of the Integrase C-Terminal Tail in HIV-1 Integration. 著者: Min Li / Zhen Li / Xuemin Chen / Yanxiang Cui / Alan N Engelman / Robert Craigie / 要旨: Retroviral integration is mediated by intasome nucleoprotein complexes wherein a pair of viral DNA ends are bridged together by a multimer of integrase (IN). Atomic-resolution structures of HIV-1 ...Retroviral integration is mediated by intasome nucleoprotein complexes wherein a pair of viral DNA ends are bridged together by a multimer of integrase (IN). Atomic-resolution structures of HIV-1 intasomes provide detailed insights into the mechanism of integration and inhibition by clinical IN inhibitors. However, previously described HIV-1 intasomes are highly heterogeneous and have the tendency to form stacks, which is a limiting factor in determining high-resolution cryo-EM maps. We have assembled HIV-1 intasomes in the presence of excess IN C-terminal domain protein, which was readily incorporated into the intasomes. The purified intasomes were largely homogeneous and exhibited minimal stacking tendencies. The cryo-EM map resolution was further improved to 2.01 Å, which will greatly facilitate structural studies of IN inhibitor action and drug resistance mechanisms. The C-terminal 18 residues of HIV-1 IN, which are critical for virus replication and integration in vitro, have not been well resolved in previous intasome structures, and its function remains unclear. We show that the C-terminal tail participates in intasome assembly, resides within the intasome core, and forms a small alpha helix (residues 271-276). Mutations that disrupt alpha helix integrity impede IN activity in vitro and disrupt HIV-1 infection at the step of viral DNA integration. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_45364.map.gz | 139.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-45364-v30.xml emd-45364.xml | 22.3 KB 22.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_45364_fsc.xml | 12.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_45364.png | 85.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-45364.cif.gz | 6.5 KB | ||
その他 | emd_45364_additional_1.map.gz emd_45364_half_map_1.map.gz emd_45364_half_map_2.map.gz | 165.3 MB 139.1 MB 139.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-45364 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-45364 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_45364_validation.pdf.gz | 780 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_45364_full_validation.pdf.gz | 779.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_45364_validation.xml.gz | 19.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_45364_validation.cif.gz | 25.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-45364 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-45364 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9c9mMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_45364.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: sharpened map
ファイル | emd_45364_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | sharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-2
ファイル | emd_45364_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-1
ファイル | emd_45364_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : HIV-1 intasomes Core
全体 | 名称: HIV-1 intasomes Core |
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要素 |
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-超分子 #1: HIV-1 intasomes Core
超分子 | 名称: HIV-1 intasomes Core / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 詳細: HIV-1 intasomes assembled with full length integrase and integrase c-terminal domain |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
-分子 #1: Integrase
分子 | 名称: Integrase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO EC番号: 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 39.864641 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MATVKFKYKG EEKEVDISKI KKVWRVGKMI SFTYDEGGGK TGRGAVSEKD APKELLQMLE KQKKGGGGGG FLDGIDKAQE EHEKYHSNW RAMASDFNLP PVVAKEIVAS CDKCQLKGEA MHGQVDCSPG IWQLDCTHLE GKVILVAVHV ASGYIEAEVI P AETGQETA ...文字列: MATVKFKYKG EEKEVDISKI KKVWRVGKMI SFTYDEGGGK TGRGAVSEKD APKELLQMLE KQKKGGGGGG FLDGIDKAQE EHEKYHSNW RAMASDFNLP PVVAKEIVAS CDKCQLKGEA MHGQVDCSPG IWQLDCTHLE GKVILVAVHV ASGYIEAEVI P AETGQETA YFLLKLAGRW PVKTVHTDNG SNFTSTTVKA ACWWAGIKQE FGIPYNPQSQ GVIESMNKEL KKIIGQVRDQ AE HLKTAVQ MAVFIHNFKR KGGIGGYSAG ERIVDIIATD IQTKELQKQI TKIQNFRVYY RDSRDPVWKG PAKLLWKGEG AVV IQDNSD IKVVPRRKAK IIRDYGKQMA GDDCVASRQD ED UniProtKB: Gag-Pol polyprotein |
-分子 #2: Integrase
分子 | 名称: Integrase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO EC番号: 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 12.101872 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: HMFKRKGGIG GYSAGERIVD IIATDIQTKE LQKQITKIQN FRVYYRDSRD PVWKGPAKLL WKGEGAVVIQ DNSDIKVVPR RKAKIIRDY GKQMAGDDCV ASRQDED UniProtKB: Gag-Pol polyprotein |
-分子 #3: viral DNA
分子 | 名称: viral DNA / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 8.188271 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG) (DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC) (DC)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT) |
-分子 #4: vDNA
分子 | 名称: vDNA / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 7.773023 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DG)(DC)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DC)(DG) (DG)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DC) (DT)(DA)(DG)(DC)(DA) |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #6: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #7: (4R,12aS)-N-(2,4-difluorobenzyl)-7-hydroxy-4-methyl-6,8-dioxo-3,4...
分子 | 名称: (4R,12aS)-N-(2,4-difluorobenzyl)-7-hydroxy-4-methyl-6,8-dioxo-3,4,6,8,12,12a-hexahydro-2H-pyrido[1',2':4,5]pyrazino[2,1-b][1,3]oxazine-9-carboxamide タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: DLU |
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分子量 | 理論値: 419.379 Da |
Chemical component information | ChemComp-DLU: |
-分子 #8: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 81 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6.2 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 54.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |