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万見
- EMDB-45301: mouse Seipin/Adig complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45301
タイトルmouse Seipin/Adig complex
マップデータSeipin/Adig complex
試料
  • 複合体: Seipin/Adig complex
    • タンパク質・ペプチド: Seipin
    • タンパク質・ペプチド: Adipogenin
キーワードseipin / adipogenin / lipid droplets / adipose / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid droplet formation / white fat cell differentiation / positive regulation of fat cell differentiation / brown fat cell differentiation / lipid droplet / phospholipid binding / lipid metabolic process / spermatogenesis / endoplasmic reticulum membrane / nucleus ...lipid droplet formation / white fat cell differentiation / positive regulation of fat cell differentiation / brown fat cell differentiation / lipid droplet / phospholipid binding / lipid metabolic process / spermatogenesis / endoplasmic reticulum membrane / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adipogenin / Adipogenin / Seipin family / Putative adipose-regulatory protein (Seipin)
類似検索 - ドメイン・相同性
Seipin / Adipogenin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Li C / Han Y / Wynn RM / Chen Z / Scherer PE
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)RC2-DK118620 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01- DK55758 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01-DK099110 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01-DK127274 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01-DK131537 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Adipogenin Dictates Adipose Tissue Expansion by Facilitating the Assembly of a Dodecameric Seipin Complex
著者: Li C / Sun X
履歴
登録2024年6月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月27日-
マップ公開2025年8月27日-
更新2025年8月27日-
現状2025年8月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45301.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Seipin/Adig complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8344 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.0018189892 - 1.9801874
平均 (標準偏差)0.001477541 (±0.026838925)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 320.4096 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Seipin/Adig complex

全体名称: Seipin/Adig complex
要素
  • 複合体: Seipin/Adig complex
    • タンパク質・ペプチド: Seipin
    • タンパク質・ペプチド: Adipogenin

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超分子 #1: Seipin/Adig complex

超分子名称: Seipin/Adig complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 700 KDa

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分子 #1: Seipin

分子名称: Seipin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 50.993406 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSGRWSHPQF EKIHQRREAG ARETCRDQIK GSDKDEEPSA ALSHGQGYRP CGRPARNSKP EAGARPPAVP IMVNDPPVPA LLWAQEVGH VLAGRARRLM LQFGVLFCTI LLLLWVSVFL YGSFYYSYMP TVSHLSPVHF HYRTDCDSST ASLCSFPVAN V SLAKSGRD ...文字列:
MSGRWSHPQF EKIHQRREAG ARETCRDQIK GSDKDEEPSA ALSHGQGYRP CGRPARNSKP EAGARPPAVP IMVNDPPVPA LLWAQEVGH VLAGRARRLM LQFGVLFCTI LLLLWVSVFL YGSFYYSYMP TVSHLSPVHF HYRTDCDSST ASLCSFPVAN V SLAKSGRD RVLMYGQPYR VTLELELPES PVNQDLGMFL VTVSCYTRGG RIISTSSRSV MLHYRSQLLQ VLDTLLFSSL LL FGFAEQK QLLEVELYSD YRENSYVPTT GAIIEIHSKR IQMYGAYLRI HAHFTGLRYL LYNFPMTCAF VGVASNFTFL SVI VLFSYM QWVWGAVWPR HRFSLQVNIR QRDNSHHGAP RRISRHQPGQ ESTQQSDVTE DGESPEDPSG TEGQLSEEEK PEKR PLNGE EEQEPEASDG SWEDAALLTE ANPPTSASAS ALAPETLGSL RQRPTCSSS

UniProtKB: Seipin

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分子 #2: Adipogenin

分子名称: Adipogenin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 10.767105 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MKYPLVPLVS DLTLSFLVFW LCLPVALLLF LTIVWLHFLL SQESKEDDSD LCFNWEPWSK RPSECGCEET FPGEEDGLHW GGSGSGDYK DDDDK

UniProtKB: Adipogenin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C12 (12回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 32123
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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