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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-45178 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Danio rerio voltage-sensing phosphatase (VSP) phosphatase domain | |||||||||
マップデータ | Sharpened map | |||||||||
試料 |
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キーワード | phosphatase / voltage-sensing / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase activity / phosphatidylinositol dephosphorylation / dephosphorylation / regulation of endocytosis / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / cell projection / cell motility / monoatomic ion channel activity ...regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase activity / phosphatidylinositol dephosphorylation / dephosphorylation / regulation of endocytosis / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / cell projection / cell motility / monoatomic ion channel activity / negative regulation of cell population proliferation / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang L / Brohawn SG | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Coupling sensor to enzyme in the voltage sensing phosphatase. 著者: Yawei Yu / Lin Zhang / Baobin Li / Zhu Fu / Stephen G Brohawn / Ehud Y Isacoff / 要旨: Voltage-sensing phosphatases (VSPs) dephosphorylate phosphoinositide (PIP) signaling lipids in response to membrane depolarization. VSPs possess an S4-containing voltage sensor domain (VSD), ...Voltage-sensing phosphatases (VSPs) dephosphorylate phosphoinositide (PIP) signaling lipids in response to membrane depolarization. VSPs possess an S4-containing voltage sensor domain (VSD), resembling that of voltage-gated cation channels, and a lipid phosphatase domain (PD). The mechanism by which voltage turns on enzyme activity is unclear. Structural analysis and modeling suggest several sites of VSD-PD interaction that could couple voltage sensing to catalysis. Voltage clamp fluorometry reveals voltage-driven rearrangements in three sites implicated earlier in enzyme activation-the VSD-PD linker, gating loop and R loop-as well as the N-terminal domain, which has not yet been explored. N-terminus mutations perturb both rearrangements in the other segments and enzyme activity. Our results provide a model for a dynamic assembly by which S4 controls the catalytic site. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_45178.map.gz | 56.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-45178-v30.xml emd-45178.xml | 17.9 KB 17.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_45178.png | 49 KB | ||
Filedesc metadata | emd-45178.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_45178_additional_1.map.gz emd_45178_half_map_1.map.gz emd_45178_half_map_2.map.gz | 30 MB 55.4 MB 55.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-45178 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-45178 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_45178_validation.pdf.gz | 726.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_45178_full_validation.pdf.gz | 725.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_45178_validation.xml.gz | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_45178_validation.cif.gz | 14.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-45178 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-45178 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9c49MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_45178.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.115 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_45178_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_45178_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_45178_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Voltage-sensing phosphatase (Phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosp...
全体 | 名称: Voltage-sensing phosphatase (Phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase TPTE2) in lipid nanodisc |
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要素 |
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-超分子 #1: Voltage-sensing phosphatase (Phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosp...
超分子 | 名称: Voltage-sensing phosphatase (Phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase TPTE2) in lipid nanodisc タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
分子量 | 理論値: 119 KDa |
-分子 #1: Phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase TPTE2
分子 | 名称: Phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase TPTE2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: protein-tyrosine-phosphatase |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
分子量 | 理論値: 59.64052 KDa |
組換発現 | 生物種: Komagataella pastoris (菌類) |
配列 | 文字列: MTSVHFNPGL DSKEVNGNSV KEEAEVQIGD GKEETKDPDT MYHQVRKKIT PFVMSFGFRV FGLVLIILDI IMVIVDLSLS EKSRDVGGA LETVSLVISF FFLIDVLLRV YVEGFKVYFS SKLNIVDACI VVITLVVTMI YAFSDFSGAS LIPRVVTFLR S LRILILVR ...文字列: MTSVHFNPGL DSKEVNGNSV KEEAEVQIGD GKEETKDPDT MYHQVRKKIT PFVMSFGFRV FGLVLIILDI IMVIVDLSLS EKSRDVGGA LETVSLVISF FFLIDVLLRV YVEGFKVYFS SKLNIVDACI VVITLVVTMI YAFSDFSGAS LIPRVVTFLR S LRILILVR IFRLASQKRE LEKVTRRMVS ENKRRYQKDG FDLDLTYVTE RVIAMSFPSS GKQALYRNPI REVVRFLDTK HM DHYKVFN LCSEKGYDPK FFHYRVERVM IDDHNVPSLD DMLRYTACVR DWMAADSRNV IAIHSKGGKG RTGTMVCTWL IDS DQFESA QESLDYFGER RTDKSMSSKF QGVETPSQSR YVGYYEIMKN QYNRQLPPRK SLKIKSIRIH SIAGVGKGNG SDLK LKIIV KHELVFQCVC AKQHNCTVFP DTGSNAVVIS LQDGPIVTGD VKVMFESSAG LPKGYEDCPF YFWFNTSFVE NYRLF LSRE ELDNPHKPKT WDIYKEDFGV TLSFTEPSNS LEVLFQ UniProtKB: Phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase TPTE2 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5.6 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3s blot, blot force 1. | ||||||||||||
詳細 | VSP reconstituted in MSP2N2 lipid nanodiscs with 2:1:1:0.2 DOPE:POPS:POPC:Brain PI(3,4)P2 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 208690 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |