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- EMDB-45122: Rhesus rotavirus (empty structure at 2.68 Angstrom resolution) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45122
タイトルRhesus rotavirus (empty structure at 2.68 Angstrom resolution)
マップデータ
試料
  • ウイルス: Simian rotavirus A strain RRV (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Outer capsid glycoprotein VP7
    • タンパク質・ペプチド: Inner capsid protein VP2
    • タンパク質・ペプチド: Intermediate capsid protein VP6
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CHLORIDE ION
キーワードRotavirus / non-enveloped virus / viral particle / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral intermediate capsid / host cell endoplasmic reticulum lumen / T=2 icosahedral viral capsid / T=13 icosahedral viral capsid / viral inner capsid / viral outer capsid / viral nucleocapsid / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...viral intermediate capsid / host cell endoplasmic reticulum lumen / T=2 icosahedral viral capsid / T=13 icosahedral viral capsid / viral inner capsid / viral outer capsid / viral nucleocapsid / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / structural molecule activity / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rotavirus VP2 / Rotavirus VP2 protein / Rotavirus A/C, major capsid protein VP6 / Rotavirus major capsid protein VP6 / Glycoprotein VP7 / Glycoprotein VP7, domain 1 / Glycoprotein VP7, domain 2 / Glycoprotein VP7 / Virus capsid protein, alpha-helical / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Intermediate capsid protein VP6 / Inner capsid protein VP2 / Outer capsid glycoprotein VP7
類似検索 - 構成要素
生物種Simian rotavirus A strain RRV (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Jenni S / Herrmann T / De Sautu M / Harrison SC
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA13202 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Rotavirus structure
著者: Jenni S / Herrmann T / De Sautu M / Harrison SC
履歴
登録2024年5月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月30日-
マップ公開2025年4月30日-
更新2025年4月30日-
現状2025年4月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45122.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45122.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 13.5 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 1536 pix.
= 1267.2 Å		0.83 Å/pix.
x 1536 pix.
= 1267.2 Å		0.83 Å/pix.
x 1536 pix.
= 1267.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.054300852 - 0.094186
平均 (標準偏差)0.00037068356 (±0.0040094536)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ153615361536
Spacing153615361536
セルA=B=C: 1267.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_45122_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイルemd_45122_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_45122_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45122_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Simian rotavirus A strain RRV

全体名称: Simian rotavirus A strain RRV (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Simian rotavirus A strain RRV (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Outer capsid glycoprotein VP7
    • タンパク質・ペプチド: Inner capsid protein VP2
    • タンパク質・ペプチド: Intermediate capsid protein VP6
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CHLORIDE ION

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超分子 #1: Simian rotavirus A strain RRV

超分子名称: Simian rotavirus A strain RRV / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 / NCBI-ID: 444185 / 生物種: Simian rotavirus A strain RRV / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Outer capsid glycoprotein VP7

分子名称: Outer capsid glycoprotein VP7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 19 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Simian rotavirus A strain RRV (ウイルス)
分子量理論値: 37.136531 KDa
組換発現生物種: Simian rotavirus A strain RRV (ウイルス)
配列文字列: MYGIEYTTVL TFLISLILLN YILKSLTRMM DFIIYRFLFI VVILSPLLKA QNYGINLPIT GSMDTAYANS TQEETFLTST LCLYYPTEA ATEINDNSWK DTLSQLFLTK GWPTGSVYFK EYTDIASFSV DPQLYCDYNV VLMKYDATLQ LDMSELADLI L NEWLCNPM ...文字列:
MYGIEYTTVL TFLISLILLN YILKSLTRMM DFIIYRFLFI VVILSPLLKA QNYGINLPIT GSMDTAYANS TQEETFLTST LCLYYPTEA ATEINDNSWK DTLSQLFLTK GWPTGSVYFK EYTDIASFSV DPQLYCDYNV VLMKYDATLQ LDMSELADLI L NEWLCNPM DITLYYYQQT DEANKWISMG SSCTIKVCPL NTQTLGIGCL TTDTATFEEV ATAEKLVITD VVDGVNHKLD VT TATCTIR NCKKLGPREN VAVIQVGGSD VLDITADPTT APQTERMMRI NWKKWWQVFY TVVDYVNQII QAMSKRSRSL NSA AFYYRI

UniProtKB: Outer capsid glycoprotein VP7

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分子 #2: Inner capsid protein VP2

分子名称: Inner capsid protein VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Simian rotavirus A strain RRV (ウイルス)
分子量理論値: 103.425992 KDa
組換発現生物種: Simian rotavirus A strain RRV (ウイルス)
配列文字列: MAYRKRGARR ETNLKQDDRM QEKEENKNVN TNSENKNATK PQLSEKVLSQ KEEVITDNQE EIKIADEVKK SNKEESKQLL EVLKTKEEH QKEVQYEILQ KTIPTFEPKE SILKKLEDIK PEQVKKQTKL FRIFEPRQLP VYRANGEKEL RNRWYWKLKR D TLPDGDYD ...文字列:
MAYRKRGARR ETNLKQDDRM QEKEENKNVN TNSENKNATK PQLSEKVLSQ KEEVITDNQE EIKIADEVKK SNKEESKQLL EVLKTKEEH QKEVQYEILQ KTIPTFEPKE SILKKLEDIK PEQVKKQTKL FRIFEPRQLP VYRANGEKEL RNRWYWKLKR D TLPDGDYD VREYFLNLYD QVLTEMPDYL LLKDMAVENK NSRDAGKVVD SETAAICDAI FQDEETEGVV RRFIAEMRQR VQ ADRNVVN YPSILHPIDH AFNEYFLQHQ LVEPLNNDII FNYIPERIRN DVNYILNMDR NLPSTARYIR PNLLQDRLNL HDN FESLWD TITTSNYILA RSVVPDLKEL VSTEAQIQKM SQDLQLEALT IQSETQFLTG INSQAANDCF KTLIAAMLSQ RTMS LDFVT TNYMSLISGM WLLTVVPNDM FIRESLVACQ LAIINTIIYP AFGMQRMHYR NGDPQTPFQI AEQQIQNFQV ANWLH FVNN NQFRQVVIDG VLNQVLNDNI RNGHVVNQLM EALMQLSRQQ FPTMPVDYKR SIQRGILLLS NRLGQLVDLT RLLAYN YET LMACITMNMQ HVQTLTTEKL QLTSVTSLCM LIGNATVIPS PQTLFHYYNV NVNFHSNYNE RINDAVAIIT AANRLNL YQ KKMKSIVEDF LKRLQIFDIS RVPDDQMYRL RDRLRLLPVE IRRLDIFNLI LMNMEQIERA SDKIAQGVII AYRDMQLE R DEMYGYVNIA RNLDGFQQIN LEELMRTGDY AQITNMLLNN QPVALVGALP FITDSSVISL VAKLDATVFA QIVKLRKVD TLKPILYKIN SDSNDFYLVA NYDWVPTSTT KVYKQIPQQF DFRASMHMLT SNLTFTVYSD LLAFVSADTV EPINAVAFDN MRIMNEL

UniProtKB: Inner capsid protein VP2

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分子 #3: Intermediate capsid protein VP6

分子名称: Intermediate capsid protein VP6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 19 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Simian rotavirus A strain RRV (ウイルス)
分子量理論値: 44.962773 KDa
組換発現生物種: Simian rotavirus A strain RRV (ウイルス)
配列文字列: (FME)DVLYSLSKT LKDARDKIVE GTLYSNVSDL IQQFNQMIIT MNGNEFQTGG IGNLPIRNWN FDFGLLGTTL LNLDAN YVE TARNTIDYFV DFVDNVCMDE MVRESQRNGI APQSDSLRKL SGIKFKRINF DNSSEYIENW NLQNRRQRTG FTFHKPN IF ...文字列:
(FME)DVLYSLSKT LKDARDKIVE GTLYSNVSDL IQQFNQMIIT MNGNEFQTGG IGNLPIRNWN FDFGLLGTTL LNLDAN YVE TARNTIDYFV DFVDNVCMDE MVRESQRNGI APQSDSLRKL SGIKFKRINF DNSSEYIENW NLQNRRQRTG FTFHKPN IF PYSASFTLNR SQPAHDNLMG TMWLNAGSEI QVAGFDYSCA INAPANIQQF EHIVQLRRVL TTATITLLPD AERFSFPR V INSADGATTW YFNPVILRPN NVEVEFLLNG QIINTYQARF GTIIARNFDT IRLSFQLMRP PNMTPAVAAL FPNAQPFEH HATVGLTLRI ESAVCESVLA DASKTMLANV TSVRQEYAIP VGPVFPPGMN WTDLITNYSP SREDNLQRVF TVASIRSMLV K

UniProtKB: Intermediate capsid protein VP6

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 19 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #5: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 76 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 26 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #7: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 7 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1970094
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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