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- EMDB-4460: Cryo-EM structure of Salmonella AcrB solubilised in the SMA copolymer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4460
タイトルCryo-EM structure of Salmonella AcrB solubilised in the SMA copolymer
マップデータLocal resolution filtered map of Salmonella AcrB
試料
  • 複合体: Salmonella AcrB
    • タンパク質・ペプチド: Salmonella multidrug efflux transporter AcrB in a SMALP platform
機能・相同性
機能・相同性情報


xenobiotic transport / efflux transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Acriflavin resistance protein / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / AcrB/AcrD/AcrF family
類似検索 - ドメイン・相同性
Efflux pump membrane transporter / Efflux pump membrane transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella (サルモネラ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Johnson RM / Bavro VN / Postis V / Muench SP
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust108372/A/15/Z 英国
引用ジャーナル: Microorganisms / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM Structure and Molecular Dynamics Analysis of the Fluoroquinolone Resistant Mutant of the AcrB Transporter from .
著者: Rachel M Johnson / Chiara Fais / Mayuriben Parmar / Harish Cheruvara / Robert L Marshall / Sophie J Hesketh / Matthew C Feasey / Paolo Ruggerone / Attilio V Vargiu / Vincent L G Postis / ...著者: Rachel M Johnson / Chiara Fais / Mayuriben Parmar / Harish Cheruvara / Robert L Marshall / Sophie J Hesketh / Matthew C Feasey / Paolo Ruggerone / Attilio V Vargiu / Vincent L G Postis / Stephen P Muench / Vassiliy N Bavro /
要旨: is an important genus of Gram-negative pathogens, treatment of which has become problematic due to increases in antimicrobial resistance. This is partly attributable to the overexpression of ... is an important genus of Gram-negative pathogens, treatment of which has become problematic due to increases in antimicrobial resistance. This is partly attributable to the overexpression of tripartite efflux pumps, particularly the constitutively expressed AcrAB-TolC. Despite its clinical importance, the structure of the AcrB transporter remained unknown to-date, with much of our structural understanding coming from the orthologue. Here, by taking advantage of the styrene maleic acid (SMA) technology to isolate membrane proteins with closely associated lipids, we report the very first experimental structure of AcrB transporter. Furthermore, this novel structure provides additional insight into mechanisms of drug efflux as it bears the mutation (G288D), originating from a clinical isolate of Typhimurium presenting an increased resistance to fluoroquinolones. Experimental data are complemented by state-of-the-art molecular dynamics (MD) simulations on both the wild type and G288D variant of AcrB. Together, these reveal several important differences with respect to the protein, providing insights into the role of the G288D mutation in increasing drug efflux and extending our understanding of the mechanisms underlying antibiotic resistance.
履歴
登録2018年12月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年4月1日-
マップ公開2020年4月1日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6z12
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4460.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4460.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local resolution filtered map of Salmonella AcrB
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0196 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.096414484 - 0.15165184
平均 (標準偏差)0.002389971 (±0.009582522)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 214.00002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z214.000214.000214.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0960.1520.002

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添付データ

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追加マップ: Post-processed (sharpened) cryo-EM map of Salmonella AcrB

ファイルemd_4460_additional_1.map
注釈Post-processed (sharpened) cryo-EM map of Salmonella AcrB
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened cryo-EM map of Salmonella AcrB

ファイルemd_4460_additional_2.map
注釈Unsharpened cryo-EM map of Salmonella AcrB
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 for Salmonella AcrB

ファイルemd_4460_half_map_1.map
注釈Half map 1 for Salmonella AcrB
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 for Salmonella AcrB

ファイルemd_4460_half_map_2.map
注釈Half map 2 for Salmonella AcrB
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Salmonella AcrB

全体名称: Salmonella AcrB
要素
  • 複合体: Salmonella AcrB
    • タンパク質・ペプチド: Salmonella multidrug efflux transporter AcrB in a SMALP platform

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超分子 #1: Salmonella AcrB

超分子名称: Salmonella AcrB / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Cryo-EM structure of Salmonella multidrug bacterial efflux pump AcrB solubilised in SMA co-polymer
由来(天然)生物種: Salmonella (サルモネラ菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 340 KDa

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分子 #1: Salmonella multidrug efflux transporter AcrB in a SMALP platform

分子名称: Salmonella multidrug efflux transporter AcrB in a SMALP platform
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella (サルモネラ菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPNFFIDRPI FAWVIAIIIM LAGGLAILKL PVAQYPTIAP PAVTISATYP GADAKTVQDT VTQVIEQNM NGIDNLMYMS SNSDSTGTVQ ITLTFESGTD ADIAQVQVQN KLQLAMPLLP Q EVQQQGVS VEKSSSSFLM VVGVINTDGT MTQEDISDYV AANMKDPISR ...文字列:
MPNFFIDRPI FAWVIAIIIM LAGGLAILKL PVAQYPTIAP PAVTISATYP GADAKTVQDT VTQVIEQNM NGIDNLMYMS SNSDSTGTVQ ITLTFESGTD ADIAQVQVQN KLQLAMPLLP Q EVQQQGVS VEKSSSSFLM VVGVINTDGT MTQEDISDYV AANMKDPISR TSGVGDVQLF GS QYAMRIW MNPTELTKYQ LTPVDVINAI KAQNAQVAAG QLGGTPPVKG QQLNASIIAQ TRL TSTDEF GKILLKVNQD GSQVRLRDVA KIELGGENYD VIAKFNGQPA SGLGIKLATG ANAL DTATA IRAELKKMEP FFPPGMKIVY PYDTTPFVKI SIHEVVKTLV EAIILVFLVM YLFLQ NFRA TLIPTIAVPV VLLGTFAVLA AFGFSINTLT MFGMVLAIGL LVDDAIVVVE NVERVM TEE GLPPKEATRK SMGQIQGALV GIAMVLSAVF IPMAFFGGST GAIYRQFSIT IVSAMAL SV LVALILTPAL CATMLKPVAK GDHGEGKKGF FGWFNRLFDK STHHYTDSVG NILRSTGR Y LLLYLIIVVG MAYLFVRLPS SFLPDEDQGV FLTMVQLPAG ATQERTQKVL DEVTDYYLN KEKANVESVF AVNGFGFAGR GQNTGIAFVS LKDWADRPGE KNKVEAITQR ATAAFSQIKD AMVFAFNLP AIVELGTATG FDFELIDQAG LGHEKLTQAR NQLFGEVAKY PDLLVGVRPN G LEDTPQFK IDIDQEKAQA LGVSISDINT TLGAAWGGSY VNDFIDRGRV KKVYVMSEAK YR MLPDDIN DWYVRGSDGQ MVPFSAFSSS RWEYGSPRLE RYNGLPSMEI LGQAAPGKST GEA MAMMEE LASKLPSGIG YDWTGMSYQE RLSGNQAPAL YAISLIVVFL CLAALYESWS IPFS VMLVV PLGVIGALLA ATFRGLTNDV YFQVGLLTTI GLSAKNAILI VEFAKDLMDK EGKGL VEAT LEAVRMRLRP ILMTSLAFML GVMPLVISSG AGSGAQNAVG TGVLGGMVTA TVLAIF FVP VFFVVVRRRF SRKSEDIEHS HSTEHR

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClSodium Chloride
50.0 mMC4H11NO3Tris

詳細: Salmonella AcrB was prepared in buffer containing 50mM Tris (pH8) with 500 mM Nacl and 10% glycerol. For EM grids, the sample was diluted into buffer containing 50 mM Tris and 150 mM NaCl.
グリッドモデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Grids were prepared using a Vitrobot Mark IV and blotted with Ash-free Whatman filter paper (No. 50) for 6 seconds using a blot force of 6..
詳細Salmonella AcrB was prepared in buffer containing 50mM Tris (pH8) with 500 mM Nacl and 10% glycerol. For EM grids, the sample was diluted into buffer containing 50 mM Tris and 150 mM NaCl.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3210 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 61.7 e/Å2 / 詳細: 3,210 images were collected in a 72 hour period.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0045 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0015 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 965863
詳細: 1,410 particles were initially manually picked to generate 2D references which facilitated auto-picking.
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3887


詳細: The map was backfiltered to 60 A before being used in refinement/classification steps.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 105901
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 3次元分類クラス数: 150 / 平均メンバー数/クラス: 6500 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4zlj

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 305
得られたモデル

PDB-6z12:
Salmonella AcrB solubilised in the SMA copolymer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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