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- EMDB-44555: Septin Tetrameric Complex SEPT7/SEPT9 of Ciona intestinalis by Cryo-EM -
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データを開く
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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | Septin Tetrameric Complex SEPT7/SEPT9 of Ciona intestinalis by Cryo-EM | ||||||||||||
![]() | Raw map | ||||||||||||
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![]() | Complex / SPA / Cytoskeleton / CELL CYCLE | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() septin complex / cytoskeleton-dependent cytokinesis / septin ring / cell division site / cleavage furrow / cilium assembly / kinetochore / cilium / microtubule cytoskeleton / molecular adaptor activity ...septin complex / cytoskeleton-dependent cytokinesis / septin ring / cell division site / cleavage furrow / cilium assembly / kinetochore / cilium / microtubule cytoskeleton / molecular adaptor activity / GTPase activity / GTP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.72 Å | ||||||||||||
![]() | Mendonca DC / Pereira HM / Garratt RC | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Insights into Ciona intestinalis Septins: complexes suggest a mechanism for nucleotide-dependent interfacial cross-talk 著者: Mendonca DC / Morais ST / Ciol H / Pinto AP / Leonardo DA / Valadares NF / Portugal RV / Klaholz BP / Garratt RC / Araujo AP | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | |||
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ヘッダ (付随情報) | ![]() | |||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9bhwMC ![]() 44552 ![]() 9bhtC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Raw map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.729 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Ciona intestinalis Septin Tetrameric Complex SEPT7/SEPT9
全体 | 名称: Ciona intestinalis Septin Tetrameric Complex SEPT7/SEPT9 |
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要素 |
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-超分子 #1: Ciona intestinalis Septin Tetrameric Complex SEPT7/SEPT9
超分子 | 名称: Ciona intestinalis Septin Tetrameric Complex SEPT7/SEPT9 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: CiSeptin-7
分子 | 名称: CiSeptin-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 48.769039 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MVLLNQDMAQ QPKALDSYVG FANLPNQLYR KSVKQGFEFT LMVVGESGLG KSTLINSLFL SDLYSNEYPG PSLRIKKTVK VETTKVLIK ENGVTLRLTI DDTPGFGDAV DNSNCWQAVI NHIEKKFEDY LNAESMVTRS KLADNRVHCC LYFIAPTGHG L KPLDVEFM ...文字列: MVLLNQDMAQ QPKALDSYVG FANLPNQLYR KSVKQGFEFT LMVVGESGLG KSTLINSLFL SDLYSNEYPG PSLRIKKTVK VETTKVLIK ENGVTLRLTI DDTPGFGDAV DNSNCWQAVI NHIEKKFEDY LNAESMVTRS KLADNRVHCC LYFIAPTGHG L KPLDVEFM KNLHDKVNII PLIAKADTMT PEECLRFKKQ IMKEIHEHKI QLYEFPECED EEENRLNRKL KSRVPFAVVG SN TVLEIGG RRVRGRQYPW GVAEVENIDH CDFTVLRNML VRTHMQDLKD VTNNVHYENY RSKKLSSVTT TTMDGRSKAQ TKS PLAQME EEKSEHMQKM KKMEMEEVFR MKVHEKKQKL QESEADLSRR HEAMKKKLEA EYAALDEKQR QYEKDKQDFE ALQL KLMED RKSDNRTLGR KKKW UniProtKB: Septin |
-分子 #2: Neuronal-specific septin-3
分子 | 名称: Neuronal-specific septin-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 41.559363 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MTTPLEGYVG IDTLTEQIRK KALRQGFEFN VMVVGSAGLG KSTLVNTIFK SKVSRRQPEE DYHTPSTVEI KTISHVIEEK GILLKLSVT DTPGFGDQVD NTNCWQPIMR HVNEQYEKYL NEEISIKRRK RIPDTRVHCC IYFIPPSGHS LRLVDIEVMK R LVEIVNVI ...文字列: MTTPLEGYVG IDTLTEQIRK KALRQGFEFN VMVVGSAGLG KSTLVNTIFK SKVSRRQPEE DYHTPSTVEI KTISHVIEEK GILLKLSVT DTPGFGDQVD NTNCWQPIMR HVNEQYEKYL NEEISIKRRK RIPDTRVHCC IYFIPPSGHS LRLVDIEVMK R LVEIVNVI PVIAKSDSLT LEERERFKAT IQQQLIEHNI RVYPDLENLD VDDETERQRN LKLKERLPFA IVGSSTTHQV GS KAVLGRK AGWGVIEVEN DAHCEFNHLR NMIIRTNLQD LKEVTAQVHY ELYRHRRLET LKKVPLDSVG STPSSPSYDI TNS EPNHKK VANTPKLGET GKAIAASQKE VVEALSESKI WSHPQFEK UniProtKB: Neuronal-specific septin-3 |
-分子 #3: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: GDP |
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分子量 | 理論値: 443.201 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-GDP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 41.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 529597 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model |
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得られたモデル | ![]() PDB-9bhw: |