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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-44438 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Thermococcus kodakarensis FttA-dependent transcription pre-termination complex containing 44 nt RNA | |||||||||
マップデータ | composite map | |||||||||
試料 |
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キーワード | RNA polymerase / pre-termination complex / FttA / archaea / TRANSCRIPTION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exonuclease activity / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / translation elongation factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / RNA endonuclease activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA-templated transcription initiation / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity ...exonuclease activity / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / translation elongation factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / RNA endonuclease activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA-templated transcription initiation / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / chromosome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermococcus kodakarensis (古細菌) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | You L / Ebright RH | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2024 タイトル: Structural basis of archaeal FttA-dependent transcription termination. 著者: Linlin You / Chengyuan Wang / Vadim Molodtsov / Konstantin Kuznedelov / Xinyi Miao / Breanna R Wenck / Paul Ulisse / Travis J Sanders / Craig J Marshall / Emre Firlar / Jason T Kaelber / ...著者: Linlin You / Chengyuan Wang / Vadim Molodtsov / Konstantin Kuznedelov / Xinyi Miao / Breanna R Wenck / Paul Ulisse / Travis J Sanders / Craig J Marshall / Emre Firlar / Jason T Kaelber / Thomas J Santangelo / Richard H Ebright / 要旨: The ribonuclease FttA (also known as aCPSF and aCPSF1) mediates factor-dependent transcription termination in archaea. Here we report the structure of a Thermococcus kodakarensis transcription pre- ...The ribonuclease FttA (also known as aCPSF and aCPSF1) mediates factor-dependent transcription termination in archaea. Here we report the structure of a Thermococcus kodakarensis transcription pre-termination complex comprising FttA, Spt4, Spt5 and a transcription elongation complex (TEC). The structure shows that FttA interacts with the TEC in a manner that enables RNA to proceed directly from the TEC RNA-exit channel to the FttA catalytic centre and that enables endonucleolytic cleavage of RNA by FttA, followed by 5'→3' exonucleolytic cleavage of RNA by FttA and concomitant 5'→3' translocation of FttA on RNA, to apply mechanical force to the TEC and trigger termination. The structure further reveals that Spt5 bridges FttA and the TEC, explaining how Spt5 stimulates FttA-dependent termination. The results reveal functional analogy between bacterial and archaeal factor-dependent termination, functional homology between archaeal and eukaryotic factor-dependent termination, and fundamental mechanistic similarities in factor-dependent termination in bacteria, archaea, and eukaryotes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_44438.map.gz | 116.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-44438-v30.xml emd-44438.xml | 31.1 KB 31.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_44438_fsc.xml | 13.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_44438.png | 152 KB | ||
Filedesc metadata | emd-44438.cif.gz | 9.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-44438 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-44438 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_44438_validation.pdf.gz | 555.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_44438_full_validation.pdf.gz | 554.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_44438_validation.xml.gz | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_44438_validation.cif.gz | 18 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-44438 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-44438 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9bctMC 9bcuC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_44438.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | composite map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.825 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : FttA-dependent transcription termination complex
+超分子 #1: FttA-dependent transcription termination complex
+分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit A'
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit B
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit A"
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit D
+分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit E
+分子 #6: DNA-directed RNA polymerase subunit F
+分子 #7: DNA-directed RNA polymerase subunit H
+分子 #8: DNA-directed RNA polymerase subunit K
+分子 #9: DNA-directed RNA polymerase subunit L
+分子 #10: DNA-directed RNA polymerase subunit N
+分子 #11: DNA-directed RNA polymerase subunit P
+分子 #12: Transcription elongation factor Spt5
+分子 #13: Transcription elongation factor Spt4
+分子 #14: Transcription termination factor FttA
+分子 #15: non-template strand DNA
+分子 #16: template strand DNA
+分子 #17: RNA
+分子 #18: MAGNESIUM ION
+分子 #19: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 300 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-9bct: |