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万見
- EMDB-44396: Cross-linked Contactin 2 Ig1-Ig6 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44396
タイトルCross-linked Contactin 2 Ig1-Ig6
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Contactin 2 Ig1-Ig6
    • タンパク質・ペプチド: Contactin-2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードcontactins / adhesion molecule / protein structure / conformational changes / homodimer / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of protein localization to juxtaparanode region of axon / presynaptic membrane organization / reduction of food intake in response to dietary excess / L1CAM interactions / clustering of voltage-gated potassium channels / dendrite self-avoidance / cell-cell adhesion mediator activity / protein localization to juxtaparanode region of axon / NrCAM interactions / axon initial segment ...establishment of protein localization to juxtaparanode region of axon / presynaptic membrane organization / reduction of food intake in response to dietary excess / L1CAM interactions / clustering of voltage-gated potassium channels / dendrite self-avoidance / cell-cell adhesion mediator activity / protein localization to juxtaparanode region of axon / NrCAM interactions / axon initial segment / node of Ranvier / juxtaparanode region of axon / NCAM1 interactions / fat cell differentiation / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / side of membrane / axon guidance / synapse organization / myelin sheath / postsynaptic membrane / cell adhesion / axon / synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III ...: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.51 Å
データ登録者Liu JL / Fan SF / Ren GR / Rudenko GR
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH) 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Molecular mechanism of contactin 2 homophilic interaction.
著者: Shanghua Fan / Jianfang Liu / Nicolas Chofflet / Aaron O Bailey / William K Russell / Ziqi Zhang / Hideto Takahashi / Gang Ren / Gabby Rudenko /
要旨: Contactin 2 (CNTN2) is a cell adhesion molecule involved in axon guidance, neuronal migration, and fasciculation. The ectodomains of CNTN1-CNTN6 are composed of six Ig domains (Ig1-Ig6) and four FN ...Contactin 2 (CNTN2) is a cell adhesion molecule involved in axon guidance, neuronal migration, and fasciculation. The ectodomains of CNTN1-CNTN6 are composed of six Ig domains (Ig1-Ig6) and four FN domains. Here, we show that CNTN2 forms transient homophilic interactions (K ∼200 nM). Cryo-EM structures of full-length CNTN2 and CNTN2_Ig1-Ig6 reveal a T-shaped homodimer formed by intertwined, parallel monomers. Unexpectedly, the horseshoe-shaped Ig1-Ig4 headpieces extend their Ig2-Ig3 tips outwards on either side of the homodimer, while Ig4, Ig5, Ig6, and the FN domains form a central stalk. Cross-linking mass spectrometry and cell-based binding assays confirm the 3D assembly of the CNTN2 homodimer. The interface mediating homodimer formation differs between CNTNs, as do the homophilic versus heterophilic interaction mechanisms. The CNTN family thus encodes a versatile molecular platform that supports a very diverse portfolio of protein interactions and that can be leveraged to strategically guide neural circuit development.
履歴
登録2024年4月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月17日-
マップ公開2024年7月17日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44396.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44396.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.006
最小 - 最大-0.047280334 - 1.8716528
平均 (標準偏差)0.00031520185 (±0.009479568)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 336.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_44396_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_44396_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Contactin 2 Ig1-Ig6

全体名称: Contactin 2 Ig1-Ig6
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Contactin 2 Ig1-Ig6
    • タンパク質・ペプチド: Contactin-2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Contactin 2 Ig1-Ig6

超分子名称: Contactin 2 Ig1-Ig6 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Contactin-2

分子名称: Contactin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 65.394629 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: ELGTGLESQT TFGPVFEDQP LSVLFPEEST EEQVLLACRA RASPPATYRW KMNGTEMKLE PGSRHQLVGG NLVIMNPTKA QDAGVYQCL ASNPVGTVVS REAILRFGFL QEFSKEERDP VKAHEGWGVM LPCNPPAHYP GLSYRWLLNE FPNFIPTDGR H FVSQTTGN ...文字列:
ELGTGLESQT TFGPVFEDQP LSVLFPEEST EEQVLLACRA RASPPATYRW KMNGTEMKLE PGSRHQLVGG NLVIMNPTKA QDAGVYQCL ASNPVGTVVS REAILRFGFL QEFSKEERDP VKAHEGWGVM LPCNPPAHYP GLSYRWLLNE FPNFIPTDGR H FVSQTTGN LYIARTNASD LGNYSCLATS HMDFSTKSVF SKFAQLNLAA EDTRLFAPSI KARFPAETYA LVGQQVTLEC FA FGNPVPR IKWRKVDGSL SPQWTTAEPT LQIPSVSFED EGTYECEAEN SKGRDTVQGR IIVQAQPEWL KVISDTEADI GSN LRWGCA AAGKPRPTVR WLRNGEPLAS QNRVEVLAGD LRFSKLSLED SGMYQCVAEN KHGTIYASAE LAVQALAPDF RLNP VRRLI PAARGGEILI PCQPRAAPKA VVLWSKGTEI LVNSSRVTVT PDGTLIIRNI SRSDEGKYTC FAENFMGKAN STGIL SVRD ATKITLAPSS ADINLGDNLT LQCHASHDPT MDLTFTWTLD DFPIDFDKPG GHYRRTNVKE TIGDLTILNA QLRHGG KYT CMAQTVVDSA SKEATVLVRG SASTSHHHHH H

UniProtKB: Contactin-2

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 10 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.025 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES
50.0 mMSodium chlorideNaCl

詳細: 20 mM HEPES pH 8.0, 50 mM NaCl
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4297 / 平均露光時間: 7.39 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
詳細: The initial volume was generated by ab initio reconstruction.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.51 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.0) / 使用した粒子像数: 98082
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9ba5:
Cross-linked Contactin 2 Ig1-Ig6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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