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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-44351 | |||||||||
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タイトル | Synaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 3, V1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Mmebrane / Synaptic / Complex / PROTON TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Ion channel transport / Transferrin endocytosis and recycling / Amino acids regulate mTORC1 / Insulin receptor recycling / cellular response to increased oxygen levels / proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / synaptic vesicle lumen acidification / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / P-type proton-exporting transporter activity / clathrin-coated vesicle membrane ...Ion channel transport / Transferrin endocytosis and recycling / Amino acids regulate mTORC1 / Insulin receptor recycling / cellular response to increased oxygen levels / proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / synaptic vesicle lumen acidification / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / P-type proton-exporting transporter activity / clathrin-coated vesicle membrane / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / protein localization to cilium / vacuolar acidification / regulation of cellular pH / ROS and RNS production in phagocytes / Neutrophil degranulation / ATPase complex / microvillus / cilium assembly / transmembrane transporter complex / H+-transporting two-sector ATPase / ATP metabolic process / ruffle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / proton transmembrane transport / secretory granule / cilium / synaptic vesicle membrane / melanosome / ATPase binding / intracellular iron ion homeostasis / endosome / apical plasma membrane / centrosome / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Coupland EM / Rubinstein JL | |||||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2024 タイトル: High-resolution electron cryomicroscopy of V-ATPase in native synaptic vesicles. 著者: Claire E Coupland / Ryan Karimi / Stephanie A Bueler / Yingke Liang / Gautier M Courbon / Justin M Di Trani / Cassandra J Wong / Rayan Saghian / Ji-Young Youn / Lu-Yang Wang / John L Rubinstein / 要旨: Intercellular communication in the nervous system occurs through the release of neurotransmitters into the synaptic cleft between neurons. In the presynaptic neuron, the proton pumping vesicular- or ...Intercellular communication in the nervous system occurs through the release of neurotransmitters into the synaptic cleft between neurons. In the presynaptic neuron, the proton pumping vesicular- or vacuolar-type ATPase (V-ATPase) powers neurotransmitter loading into synaptic vesicles (SVs), with the V complex dissociating from the membrane region of the enzyme before exocytosis. We isolated SVs from rat brain using SidK, a V-ATPase-binding bacterial effector protein. Single-particle electron cryomicroscopy allowed high-resolution structure determination of V-ATPase within the native SV membrane. In the structure, regularly spaced cholesterol molecules decorate the enzyme's rotor and the abundant SV protein synaptophysin binds the complex stoichiometrically. ATP hydrolysis during vesicle loading results in a loss of the V region of V-ATPase from the SV membrane, suggesting that loading is sufficient to induce dissociation of the enzyme. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_44351.map.gz | 97.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-44351-v30.xml emd-44351.xml | 22.3 KB 22.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_44351_fsc.xml | 9.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_44351.png | 39.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-44351.cif.gz | 7.4 KB | ||
その他 | emd_44351_half_map_1.map.gz emd_44351_half_map_2.map.gz | 95.5 MB 95.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-44351 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-44351 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_44351_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_44351_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_44351_validation.xml.gz | 18.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_44351_validation.cif.gz | 23.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-44351 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-44351 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_44351.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_44351_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_44351_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Synaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 3, V1
全体 | 名称: Synaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 3, V1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Synaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 3, V1
超分子 | 名称: Synaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 3, V1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7 |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
-分子 #1: H(+)-transporting two-sector ATPase
分子 | 名称: H(+)-transporting two-sector ATPase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: H+-transporting two-sector ATPase |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 71.483438 KDa |
配列 | 文字列: MCFKFKSDRA SGSGLGTDSA LRARAGKFST MDFSKLPKIR DEDKESTFGY VHGVSGPVVT ACDMAGAAMY ELVRVGHSEL VGEIIRLEG DMATIQVYEE TSGVSVGDPV LRTGKPLSVE LGPGIMGAIF DGIQRPLSDI SSQTQSIYIP RGVNVSALSR D IKWEFIPS ...文字列: MCFKFKSDRA SGSGLGTDSA LRARAGKFST MDFSKLPKIR DEDKESTFGY VHGVSGPVVT ACDMAGAAMY ELVRVGHSEL VGEIIRLEG DMATIQVYEE TSGVSVGDPV LRTGKPLSVE LGPGIMGAIF DGIQRPLSDI SSQTQSIYIP RGVNVSALSR D IKWEFIPS KNLRVGSHIT GGDIYGIVNE NSLIKHKIML PPRSRGSVTY IAPPGNYDAS DVVLELEFEG VKEKLSMVQV WP VRQVRPV TEKLPANHPL LTGQRVLDAL FPCVQGGTTA IPGAFGCGKT VISQSLSKYS NSDVIIYVGC GERGNEMSEV LRD FPELTM EVDGKVESIM KRTALVANTS NMPVAAREAS IYTGITLSEY FRDMGYHVSM MADSTSRWAE ALREISGRLA EMPA DSGYP AYLGARLASF YERAGRVKCL GNPEREGSVS IVGAVSPPGG DFSDPVTSAT LGIVQVFWGL DKKLAQRKHF PSVNW LISY SKYMRALDEY YDKHFTEFVP LRTKAKEILQ EEEDLAEIVQ LVGKASLAET DKITLEVAKL IKDDFLQQNG YTPYDR FCP FYKTVGMLSN MISFYDMARR AVETTAQSDN KITWSIIREH MGEILYKLSS MKFKDPVKDG EAKIKADYAQ LLEDMQN AF RSLED UniProtKB: H(+)-transporting two-sector ATPase |
-分子 #2: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform
分子 | 名称: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 56.61157 KDa |
配列 | 文字列: MALRAMRGIV NGAAPELPVP TGGPMAGARE QALAVSRNYL SQPRLTYKTV SGVNGPLVIL DHVKFPRYAE IVHLTLPDGT KRSGQVLEV SGSKAVVQVF EGTSGIDAKK TSCEFTGDIL RTPVSEDMLG RVFNGSGKPI DRGPVVLAED FLDIMGQPIN P QCRIYPEE ...文字列: MALRAMRGIV NGAAPELPVP TGGPMAGARE QALAVSRNYL SQPRLTYKTV SGVNGPLVIL DHVKFPRYAE IVHLTLPDGT KRSGQVLEV SGSKAVVQVF EGTSGIDAKK TSCEFTGDIL RTPVSEDMLG RVFNGSGKPI DRGPVVLAED FLDIMGQPIN P QCRIYPEE MIQTGISAID GMNSIARGQK IPIFSAAGLP HNEIAAQICR QAGLVKKSKD VVDYSEENFA IVFAAMGVNM ET ARFFKSD FEENGSMDNV CLFLNLANDP TIERIITPRL ALTTAEFLAY QCEKHVLVIL TDMSSYAEAL REVSAAREEV PGR RGFPGY MYTDLATIYE RAGRVEGRNG SITQIPILTM PNDDITHPIP DLTGYITEGQ IYVDRQLHNR QIYPPINVLP SLSR LMKSA IGEGMTRKDH ADVSNQLYAC YAIGKDVQAM KAVVGEEALT SDDLLYLEFL QKFEKNFITQ GPYENRTVYE TLDIG WQLL RIFPKEMLKR IPQSTLSEFY PRDSAKH UniProtKB: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform |
-分子 #3: ATPase H+-transporting V1 subunit D
分子 | 名称: ATPase H+-transporting V1 subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 28.35902 KDa |
配列 | 文字列: MSGKDRIEIF PSRMAQTIMK ARLKGAQTGR NLLKKKSDAL TLRFRQILKK IIETKMLMGE VMREAAFSLA EAKFTAGDFS TTVIQNVNK AQVKIRAKKD NVAGVTLPVF EHYHEGTDSY ELTGLARGGE QLAKLKRNYA KAVELLVELA SLQTSFVTLD E AIKITNRR ...文字列: MSGKDRIEIF PSRMAQTIMK ARLKGAQTGR NLLKKKSDAL TLRFRQILKK IIETKMLMGE VMREAAFSLA EAKFTAGDFS TTVIQNVNK AQVKIRAKKD NVAGVTLPVF EHYHEGTDSY ELTGLARGGE QLAKLKRNYA KAVELLVELA SLQTSFVTLD E AIKITNRR VNAIEHVIIP RIERTLAYII TELDEREREE FYRLKKIQEK KKIIKEKSEK DLERRRAAGE VMEPANLLAE EK DEDLLFE UniProtKB: V-type proton ATPase subunit D |
-分子 #4: V-type proton ATPase subunit E 1
分子 | 名称: V-type proton ATPase subunit E 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 26.167453 KDa |
配列 | 文字列: MALSDADVQK QIKHMMAFIE QEANEKAEEI DAKAEEEFNI EKGRLVQTQR LKIMEYYEKK EKQIEQQKKI QMSNLMNQAR LKVLRARDD LITDLLNEAK QRLSKVVKDT TRYQVLLDGL VLQGLYQLLE PRMIVRCRKQ DFPLVKAAVQ KAIPMYKIAT K KDVDVQID ...文字列: MALSDADVQK QIKHMMAFIE QEANEKAEEI DAKAEEEFNI EKGRLVQTQR LKIMEYYEKK EKQIEQQKKI QMSNLMNQAR LKVLRARDD LITDLLNEAK QRLSKVVKDT TRYQVLLDGL VLQGLYQLLE PRMIVRCRKQ DFPLVKAAVQ KAIPMYKIAT K KDVDVQID LEAYLPEDIA GGVEIYNGDR KIKVSNTLES RLDLIAQQMM PEVRGALFGA NANRKFLD UniProtKB: V-type proton ATPase subunit E 1 |
-分子 #5: V-type proton ATPase subunit F
分子 | 名称: V-type proton ATPase subunit F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 13.389262 KDa |
配列 | 文字列: MAGRGKLIAV IGDEDTVTGF LLGGIGELNK NRHPNFLVVE KDTTINEIED TFRQFLNRDD IGIILINQYI AEMVRHALDA HQRSIPAVL EIPSKEHPYD AAKDSILRRA KGMFTAEDLR UniProtKB: V-type proton ATPase subunit F |
-分子 #6: V-type proton ATPase subunit G
分子 | 名称: V-type proton ATPase subunit G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 13.690476 KDa |
配列 | 文字列: MASQSQGIQQ LLQAEKRAAE KVADARKRKA RRLKQAKEEA QMEVEQYRRE REQEFQSKQQ AAMGSQGNLS AEVEQATRRQ VQGMQSSQQ RNRERVLTQL LGMVCDVRPQ VHPNYRITV UniProtKB: V-type proton ATPase subunit G |
-分子 #7: SidK
分子 | 名称: SidK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 65.505297 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSFIKVGIKM GGLTSEQYHS QVVGKIGYIA RCMQTIDPEN NLKKIREDYQ DVLIWAEKNY RFEEILEASK SGKCPNDLDA LSRRSLILQ ELLRLVSSIS PFKMKLDLIE SQYEKMKQHV NLWKSDYHVK LNQLNQLTDY LKNAAPTPKN NFLRAMTSVL Q MQIAQYGI ...文字列: MSFIKVGIKM GGLTSEQYHS QVVGKIGYIA RCMQTIDPEN NLKKIREDYQ DVLIWAEKNY RFEEILEASK SGKCPNDLDA LSRRSLILQ ELLRLVSSIS PFKMKLDLIE SQYEKMKQHV NLWKSDYHVK LNQLNQLTDY LKNAAPTPKN NFLRAMTSVL Q MQIAQYGI TEDNEGINQL FKLGLHLLAM ANEKIDEQYH LFKGYVKDQP EESPFEGILP AEDQKILVKT MIDYAMPKLS SK VLQDKLS ALSSSDVLTK TLLDSIDRIV KENEKLNALS KVKLGKFGLD IREIEVIYSQ ALKISPQDAL QYTAQQCDAQ LLS MAFPDS QNYIIESISN KKVKTIAELI HSKEFIYQII KTEVFKQVDP NEKIRLQAAT ELYQLLGRIM DKQINLFTKM NLEQ INEYI QTKTKAILDK IPERVELLTF MGFEIPTFKG IETLMTDISH SQDNETLAIA QEFYTNIKNA KNQLLGDKLI EDITP QDVE KFFNQCSQYG SEAAEKLADN RPVLTKIADI LTAIARWAIS LIGFNTPPQF LAPTRTCVDQ VSDEITKIKL KLEDTL GSL QKVQEESLSL UniProtKB: Type IV secretion protein Dot |
-分子 #8: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k) 平均電子線量: 37.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 1.9000000000000001 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |