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- EMDB-43973: Non-translating S. pombe ribosome large subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43973
タイトルNon-translating S. pombe ribosome large subunit
マップデータ
試料
  • 複合体: Non-translating S. pombe ribosome large subunit
    • タンパク質・ペプチド: x 40種
    • RNA: x 3種
  • リガンド: x 2種
キーワードNon-translating / 60S / Large subunit / S. pombe / Schizosasccharomyces pombe / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


cytosolic large ribosomal subunit assembly / ribonuclease MRP complex / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Formation of a pool of free 40S subunits / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / preribosome / tRNA processing ...cytosolic large ribosomal subunit assembly / ribonuclease MRP complex / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Formation of a pool of free 40S subunits / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / preribosome / tRNA processing / pre-mRNA intronic binding / protein-RNA complex assembly / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / rRNA processing / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / negative regulation of gene expression / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L28e / : / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily ...Ribosomal protein L28e / : / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / : / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / : / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L30e signature 1. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / : / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / : / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L7A/L8 / 60S ribosomal protein L6E / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L18e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e, N-terminal domain / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L35Ae / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L32e, conserved site / Ribosomal protein L32e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L6, conserved site-2 / Ribosomal protein L6 signature 2. / Ribosomal protein L14
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL19B / Large ribosomal subunit protein eL21B / Large ribosomal subunit protein uL13A / Large ribosomal subunit protein uL30C / Large ribosomal subunit protein eL13 / Large ribosomal subunit protein uL18B ...Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL19B / Large ribosomal subunit protein eL21B / Large ribosomal subunit protein uL13A / Large ribosomal subunit protein uL30C / Large ribosomal subunit protein eL13 / Large ribosomal subunit protein uL18B / Large ribosomal subunit protein eL24B / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL6B / Large ribosomal subunit protein eL14 / Large ribosomal subunit protein eL36B / Large ribosomal subunit protein eL37B / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL14B / Large ribosomal subunit protein eL20A / Large ribosomal subunit protein uL2C / Large ribosomal subunit protein uL5A / Large ribosomal subunit protein uL4A / Large ribosomal subunit protein uL3A / Large ribosomal subunit protein eL30A / Large ribosomal subunit protein uL15B / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein eL32A / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein uL16A / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein uL23A / Large ribosomal subunit protein eL18B / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL43A / Large ribosomal subunit protein eL34B / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL15B / Large ribosomal subunit protein eL38A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL42
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母) / Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Gluc M / Gemin O / Purdy M / Mattei S / Jomaa A
資金援助 米国, ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
American Cancer Society 米国
EIPOD fellowship under Marie Sklodowska-Curie Actions COFUND ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Ribosomes hibernate on mitochondria during cellular stress.
著者: Olivier Gemin / Maciej Gluc / Higor Rosa / Michael Purdy / Moritz Niemann / Yelena Peskova / Simone Mattei / Ahmad Jomaa /
要旨: Cell survival under nutrient-deprived conditions relies on cells' ability to adapt their organelles and rewire their metabolic pathways. In yeast, glucose depletion induces a stress response mediated ...Cell survival under nutrient-deprived conditions relies on cells' ability to adapt their organelles and rewire their metabolic pathways. In yeast, glucose depletion induces a stress response mediated by mitochondrial fragmentation and sequestration of cytosolic ribosomes on mitochondria. This cellular adaptation promotes survival under harsh environmental conditions; however, the underlying mechanism of this response remains unknown. Here, we demonstrate that upon glucose depletion protein synthesis is halted. Cryo-electron microscopy structure of the ribosomes show that they are devoid of both tRNA and mRNA, and a subset of the particles depicted a conformational change in rRNA H69 that could prevent tRNA binding. Our in situ structural analyses reveal that the hibernating ribosomes tether to fragmented mitochondria and establish eukaryotic-specific, higher-order storage structures by assembling into oligomeric arrays on the mitochondrial surface. Notably, we show that hibernating ribosomes exclusively bind to the outer mitochondrial membrane via the small ribosomal subunit during cellular stress. We identify the ribosomal protein Cpc2/RACK1 as the molecule mediating ribosomal tethering to mitochondria. This study unveils the molecular mechanism connecting mitochondrial stress with the shutdown of protein synthesis and broadens our understanding of cellular responses to nutrient scarcity and cell quiescence.
履歴
登録2024年3月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月16日-
マップ公開2024年10月16日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43973.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43973.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 424.96 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 424.96 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 424.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.38
最小 - 最大-1.4279369 - 3.5506682
平均 (標準偏差)0.0031022618 (±0.08045975)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 424.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43973_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43973_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Non-translating S. pombe ribosome large subunit

全体名称: Non-translating S. pombe ribosome large subunit
要素
  • 複合体: Non-translating S. pombe ribosome large subunit
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL42
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL43A
    • RNA: 28S ribosomal RNA
    • RNA: 5S ribosomal RNA
    • RNA: 5.8S ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL2C
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL3A
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL4A
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL18B
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL6
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL30C
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL8
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL6B
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL16A
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL5A
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL13
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL14
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL15B
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL13A
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL22A
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL18B
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL19B
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL20A
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL21B
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL22
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL14B
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL24B
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL23A
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL24
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL27A
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL15B
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL29
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL30A
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL31
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL32A
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL33A
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL34B
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL29
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL36B
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL37B
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL38A
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL39
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL28
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: Non-translating S. pombe ribosome large subunit

超分子名称: Non-translating S. pombe ribosome large subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#43
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
分子量理論値: 3.5 MDa

+
分子 #1: Large ribosomal subunit protein eL42

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL42 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 12.239647 KDa
配列文字列:
MVNIPKTRKT YCPGKNCRKH TVHRVTQYKK GPDSKLAQGK RRYDRKQSGF GGQTKPVFHK KAKVTKKVVL RLECVSCKYK NQLVLKRCK HFELGGEKKT KGAAIQF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL42

+
分子 #2: Large ribosomal subunit protein eL43A

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL43A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 10.444286 KDa
配列文字列:
MTKRTKKVGV TGKYGVRYGA SLRRDVRKIE VQQHSRYQCP FCGRNTVKRT AAGIWCCNGK GCKKVLAGGA WTVTTAAATS ARSTIRRLR EMVEV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL43A

+
分子 #6: Large ribosomal subunit protein uL2C

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL2C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 27.151246 KDa
配列文字列: MGRVIRAQRK SGGIFQAHTR LRKGAAQLRT LDFAERHGYI RGVVQKIIHD PGRGAPLAKV AFRNPYHYRT DVETFVATEG MYTGQFVYC GKNAALTVGN VLPVGEMPEG TIISNVEEKA GDRGALGRSS GNYVIIVGHD VDTGKTRVKL PSGAKKVVPS S ARGVVGIV ...文字列:
MGRVIRAQRK SGGIFQAHTR LRKGAAQLRT LDFAERHGYI RGVVQKIIHD PGRGAPLAKV AFRNPYHYRT DVETFVATEG MYTGQFVYC GKNAALTVGN VLPVGEMPEG TIISNVEEKA GDRGALGRSS GNYVIIVGHD VDTGKTRVKL PSGAKKVVPS S ARGVVGIV AGGGRIDKPL LKAGRAFHKY RVKRNCWPRT RGVAMNPVDH PHGGGNHQHV GHSTTVPRQS APGQKVGLIA AR RTGLLRG AAAVEN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2C

+
分子 #7: Large ribosomal subunit protein uL3A

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL3A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 43.889832 KDa
配列文字列: MSHCKFEQPR HGSLGFLPRK RASRQRGKVK AFPKDDASKP VHLTAFLGYK AGMTHIVRDL DRPGSKMHKR EILEAVTVIE TPPMVVVGV VGYVETPRGL RSLTTVWAEH LSEEVKRRFY KNWFKSKKKA FTKYAKKYAE STQSINRELE RIKKYCSVVR V LAHTQIRK ...文字列:
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UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3A

+
分子 #8: Large ribosomal subunit protein uL4A

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL4A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 39.839129 KDa
配列文字列: MAAARPTVSI YSKDGSVSSE TIALPFVFKA PIRPDLVRSV HTAVAKNKRQ PYAVSEKAGH QTSAESWGTG RALARIPRVG GGGTHRSGQ AAFGNMCRSG RMFAPTKTWR KWHVKVNQNE KRYAISSAVA ASGVPSLLLA RGHRIEEIPE VPLVVDDAVQ S FQKTKEAV ...文字列:
MAAARPTVSI YSKDGSVSSE TIALPFVFKA PIRPDLVRSV HTAVAKNKRQ PYAVSEKAGH QTSAESWGTG RALARIPRVG GGGTHRSGQ AAFGNMCRSG RMFAPTKTWR KWHVKVNQNE KRYAISSAVA ASGVPSLLLA RGHRIEEIPE VPLVVDDAVQ S FQKTKEAV ALLKEIKAYR DVVKVANSRK LRAGKGKLRN RRHVQRRGPL VVFNEDAGIV KAFRNIPGVE IVNVRRLNLL QL APGGHLG RFVIWTKSAF GLLDSVFGST TEAAQLKKNY FLPENIISNA DVTRLINSDE IQSIVKAAGP SRVKRAHVQK KNP LKNKAV LARLNPYAKA YKANVKLNTG KTPKAAGEKF LTVLHEN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4A

+
分子 #9: Large ribosomal subunit protein uL18B

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL18B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 33.538898 KDa
配列文字列: MPFIKAVKSS PYFSRYQTKY RRRREGKTDY YARKRLIAQA KNKYNAPKYR LVVRFSNRFV TCQIVSSRVN GDYVLAHAHS SELPRYGIK WGLANWTAAY ATGLLVARRA LAKVGLADKY EGVTEPEGEF ELTEAIEDGP RPFKVFLDVG LKRTSTGSRV F GAMKGASD ...文字列:
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UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18B

+
分子 #10: Large ribosomal subunit protein eL6

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 21.285996 KDa
配列文字列: MSTVKVNGAK NGGERMVLPA GEAAAKYYPA YRENVPKKAR KAVRPTKLRA SLAPGTVCIL LAGRFRGKRV VVLSQLEDTL VVTGPYKVN GVPIRRVNHR YVIATSAPKI DVSGVSVEKF TKAYFAKQKR SGPVKKDEAF FAENAPKNAL PAERIADQKA V DAKLLPAI ...文字列:
MSTVKVNGAK NGGERMVLPA GEAAAKYYPA YRENVPKKAR KAVRPTKLRA SLAPGTVCIL LAGRFRGKRV VVLSQLEDTL VVTGPYKVN GVPIRRVNHR YVIATSAPKI DVSGVSVEKF TKAYFAKQKR SGPVKKDEAF FAENAPKNAL PAERIADQKA V DAKLLPAI KAIPNMKEYL AASFALSNGD RPHLMKF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL6

+
分子 #11: Large ribosomal subunit protein uL30C

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL30C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 28.780457 KDa
配列文字列: MAVASSTVPS KEQIFAPESL LKKKKTQEQS REQRVAAAAE KKAAQQKKRE LIAKRAESYD AEYRKAEREQ IELGRKARAE GNYYVPDET KLVFVIRIRG INNIPPKARK IMQLLRLIQI NNGVFVKFNK ATKEMLQVVE PYVTYGIPNL KTVRELLYKR G FGKVNKQR ...文字列:
MAVASSTVPS KEQIFAPESL LKKKKTQEQS REQRVAAAAE KKAAQQKKRE LIAKRAESYD AEYRKAEREQ IELGRKARAE GNYYVPDET KLVFVIRIRG INNIPPKARK IMQLLRLIQI NNGVFVKFNK ATKEMLQVVE PYVTYGIPNL KTVRELLYKR G FGKVNKQR IALSDNAIIE AALGKYSILS IEDLIHEIYT VGPNFKQAAN FIWPFQLSSP LGGWRDRKFK HFIEGGDAGK RD EHINSLV RKML

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30C

+
分子 #12: Large ribosomal subunit protein eL8

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 28.659777 KDa
配列文字列: MAPKSKKVAP SPFAQPKAAK TTKNPLFVSR PRSFGIGQDI QPKRDLSRFV KWPEYIRLQR RRKILNLRLK VPPAIAQFQK TLDKNTATQ VFKLLNKYRP ETAAEKKQRL VAEAEAVANG KSAQDVSKKP YNVKYGLNHV VALIEAKKAK LVLIASDVDP I ELVVFLPA ...文字列:
MAPKSKKVAP SPFAQPKAAK TTKNPLFVSR PRSFGIGQDI QPKRDLSRFV KWPEYIRLQR RRKILNLRLK VPPAIAQFQK TLDKNTATQ VFKLLNKYRP ETAAEKKQRL VAEAEAVANG KSAQDVSKKP YNVKYGLNHV VALIEAKKAK LVLIASDVDP I ELVVFLPA LCKKMGVPYA IVKNKARLGT VIHQKTAAVL AVTEVREEDK NELASIVSAV DANFSAKYDE SRRKWGGGIM GG KTQALLA KRAKAAAATV RL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL8

+
分子 #13: Large ribosomal subunit protein uL6B

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL6B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 21.413887 KDa
配列文字列: MGRDIYKDET LTIPEGVSVD IKARLVTVKG PRGVLKQNLR RVDIELKKQG NTIKFIVWHG SRKHNACIRT AYSIINNMII GVTQGFRYK MRLVYAHFPI NINLTENGTV VEIRNFLGER ITRVIKCLPG VTVSISSAVK DEIIIEGNSL ENVSQSAANI K QICNVRNK ...文字列:
MGRDIYKDET LTIPEGVSVD IKARLVTVKG PRGVLKQNLR RVDIELKKQG NTIKFIVWHG SRKHNACIRT AYSIINNMII GVTQGFRYK MRLVYAHFPI NINLTENGTV VEIRNFLGER ITRVIKCLPG VTVSISSAVK DEIIIEGNSL ENVSQSAANI K QICNVRNK DIRKFLDGIY VSERGNIEEL E

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6B

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分子 #14: Large ribosomal subunit protein uL16A

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL16A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 25.421596 KDa
配列文字列: MARRPARCYR YCKNKPYPKS RYNRAVPDSK IRIFDLGRKR AGVDEFPLCI HLVSNEYEQI TSEALEAARI CANKYLVKIG GKDSFHLRV RAHPFHVVRI NKMLSCAGAD RLQTGMRHAF GKPNGLVARV NIGQILMSVR TKDSSRATAI EALRRCQYKF P GQQRIIVS ...文字列:
MARRPARCYR YCKNKPYPKS RYNRAVPDSK IRIFDLGRKR AGVDEFPLCI HLVSNEYEQI TSEALEAARI CANKYLVKIG GKDSFHLRV RAHPFHVVRI NKMLSCAGAD RLQTGMRHAF GKPNGLVARV NIGQILMSVR TKDSSRATAI EALRRCQYKF P GQQRIIVS KKWGFSQYAR DEYIEKRSRG EIIPDGCYAK FLNKRGSLQE KLDLFPEASF NLA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16A

+
分子 #15: Large ribosomal subunit protein uL5A

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL5A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 19.928182 KDa
配列文字列:
MAEKAQNPMK ELRISKLVLN ISLGESGDRL TRAAKVLEQL SGQTPVFSKA RYTIRRFGIR RNEKIACHVT VRGPKAEEIL ERGLKVKEY ELKKRNFSAT GNFGFGIQEH IDLGIKYDPS IGIYGMDFYV VMDRPGMRVA RRKAQRGRVG YTHKINAEDT I NWFKQKYD AVVLGK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5A

+
分子 #16: Large ribosomal subunit protein eL13

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 23.578145 KDa
配列文字列: MAIHVKGQLP NAHFHKDWQR YVKTWFNQPG RKLRRRQARQ TKAAKIAPRP VEAIRPAVKP PTIRYNMKVR AGRGFTLEEL KAAGVSRRV ASTIGIPVDH RRRNRSEESL QRNVERIKVY LAHLIVFPRK AGQPKKGDAT DVSGAEQTDV AAVLPITQEA V EEAKPITE ...文字列:
MAIHVKGQLP NAHFHKDWQR YVKTWFNQPG RKLRRRQARQ TKAAKIAPRP VEAIRPAVKP PTIRYNMKVR AGRGFTLEEL KAAGVSRRV ASTIGIPVDH RRRNRSEESL QRNVERIKVY LAHLIVFPRK AGQPKKGDAT DVSGAEQTDV AAVLPITQEA V EEAKPITE EAKNFNAFST LSNERAYARY AGARAAFQKK RAEEAEAKKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL13

+
分子 #17: Large ribosomal subunit protein eL14

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 15.241078 KDa
配列文字列:
MEGFKRYVEV GRVVLVTKGE YTGKLAVIVD IVDHKRALID SPCSEFPRQV IRYGSVVLTH IVMKLPRGAR SGIVAKKWKA QDVCNKWAS SAWAKKLEAK KVRSQLNDFD RFAVMRLKKQ RREQVNVAVA KALKA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL14

+
分子 #18: Large ribosomal subunit protein eL15B

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL15B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 23.878609 KDa
配列文字列: MGAYKYLEEL AKKKQSDVNL FLSRVRAWEY RQMNVIHRAS RPSRPDKARR LGYKAKQGYV IYRIRVRRGG RKRPVPKGQT YGKPVHQGV NHLKYQRSAR CTAEERVGRY CSNLRVLNSY WVNQDATYKF FEVILVDPSH KAIRRDPRIN WIVNPVHKHR E SRGLTSIG ...文字列:
MGAYKYLEEL AKKKQSDVNL FLSRVRAWEY RQMNVIHRAS RPSRPDKARR LGYKAKQGYV IYRIRVRRGG RKRPVPKGQT YGKPVHQGV NHLKYQRSAR CTAEERVGRY CSNLRVLNSY WVNQDATYKF FEVILVDPSH KAIRRDPRIN WIVNPVHKHR E SRGLTSIG KKSRGIGKGH RYNNSPQHAT WLRHNTLSLR RYR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL15B

+
分子 #19: Large ribosomal subunit protein uL13A

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL13A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 22.050088 KDa
配列文字列: MSEFQKVVVI DAKGHLLGRL ASVVAKQLLG GQKVVVVRCE ELNISGHFFR NKLKYLAYLR KACRYNPSRG AFHFRAPSRI FQKAVRGML PHKTARGQAA LEHLQAVEGI PPPFDKQKRV VVPAALRVLR LKPGRKYCTV GRLSSEVGWK YSDIVSKLEE R RKVKSAAF ...文字列:
MSEFQKVVVI DAKGHLLGRL ASVVAKQLLG GQKVVVVRCE ELNISGHFFR NKLKYLAYLR KACRYNPSRG AFHFRAPSRI FQKAVRGML PHKTARGQAA LEHLQAVEGI PPPFDKQKRV VVPAALRVLR LKPGRKYCTV GRLSSEVGWK YSDIVSKLEE R RKVKSAAF YQAKLAKQKK IASAKAASSV NGKLAEFGY

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13A

+
分子 #20: Large ribosomal subunit protein uL22A

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL22A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 20.854113 KDa
配列文字列:
MVRYSASPAL ETKCAKARGA YLRTHFKNSR EVAFTINGMS LKKAFIFLDN VKEHKQAVPF RRFNGGVGRT AQGKEFGVTQ ARWPVKSVK FFYDLLKNAE ANAEAKGLDM DKLIIKHVQV NAAPKQRRRT YRAHGRVTAY LSSPSHIEII VAEEEEAVPK A NDTVSRVS LKQGAKARNL AARKAITAA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22A

+
分子 #21: Large ribosomal subunit protein eL18B

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL18B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 21.234957 KDa
配列文字列:
MGIDIERHHV RKSQRSKPAS ENVYLKLLVK LYRFLARRTD SRFNKAILKR LFQSKTNRPP ISISKIAALT SRKSASLEGK TTVIVGTVT DDERLLTVPK LSVAALRFTK SARARILKAG GEVLTLDQLA LRAPTGSNTV LLRGKKHARE AYRHFGFGPH K HKAPYVRS EGRKFERARG RRKSRAFKV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL18B

+
分子 #22: Large ribosomal subunit protein eL19B

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL19B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 22.813801 KDa
配列文字列: MANLRTQKRL AASVLKCGKR KVWMDPNEIS EISNANSRQN IRKLVKDGLV IRKPNLMHSR FRIRKTHAAK RLGRHTGYGK RKGTAEARM PSTVVWMRRQ RVLRRLLRKY RESGKIDKHL YHTLYLEAKG NTFKHKRALI EHIQRAKAEA NRTKLIQEQQ D ARRARAKA ...文字列:
MANLRTQKRL AASVLKCGKR KVWMDPNEIS EISNANSRQN IRKLVKDGLV IRKPNLMHSR FRIRKTHAAK RLGRHTGYGK RKGTAEARM PSTVVWMRRQ RVLRRLLRKY RESGKIDKHL YHTLYLEAKG NTFKHKRALI EHIQRAKAEA NRTKLIQEQQ D ARRARAKA ARQRRAKAVE EKREQIYTAA EKIEE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL19B

+
分子 #23: Large ribosomal subunit protein eL20A

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL20A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 20.642348 KDa
配列文字列:
MALKEYQVVG RKVPTEHEPV PKLFRMRLFA PNESVAKSRY WYFLKMINKV KKATGEIVAI NEISEPKPLK AKVFGIWIRY DSRSGTHNM YKEFRDTTRV GAVEAMYADM AARHRARFRS IRILKVVEVE KKEDVRRNYV KQLLNPHLKF PLPHRRTGVV G LAGKKVFA PHRPSTFY

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL20A

+
分子 #24: Large ribosomal subunit protein eL21B

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL21B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 18.39017 KDa
配列文字列:
MPHSYGIRAR TRYTFQRGFR EHGQIRLSTY LKTYKVGDIV DIKVNGAVQK GMPHKYYHGK TGVVYNVTQS SVGVLIYKVV GNRYMEKRV NVRIEHVKHS KCRQDFLDRV KANEAKRKEA KAQGKTVQLR RQPAPPATAH FVSTENNEPV TLHPVAYDTT I

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL21B

+
分子 #25: Large ribosomal subunit protein eL22

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 13.344412 KDa
配列文字列:
MVKKNTKVSN KYIIDATAAV NDKIFDVAAF EKYLIDRIKV DGKTGNLGSS VVVSREGSSK IAVIAHIDFS GRYLKYLTKK FLKKHSLRD WLRVVSTKKG VYELRYYNVV VGNDEEEQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL22

+
分子 #26: Large ribosomal subunit protein uL14B

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL14B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 14.905514 KDa
配列文字列:
MSRGRGAASG TKYRMTLGLP VQAIMNCADN SGAKNLYIVS VFGTGARLNR LPAASCGDMV LATVKKGKPD LRKKIMPAIV VRQRKAWRR KDGVYLYFED NAGVIVNPKG EMKGSAITGP VAKECADLWP RIASNAGTVV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14B

+
分子 #27: Large ribosomal subunit protein eL24B

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL24B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 16.957908 KDa
配列文字列:
MKVEVCSFSG SKVYPGAGRL FVRGDNKVFR FVNKKSESLF LQRKNPRRLS WTVLYRRMHK KGISEEHAKK RTRRTVKHQR GIVGANLDV IKEKRNQRPE VRAAARAAAL KQRKDKRAAS ESEKKAIKAK SAASSARGQA IKNAKVAARR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL24B

+
分子 #28: Large ribosomal subunit protein uL23A

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL23A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 15.870718 KDa
配列文字列:
MSVAKAKGAQ KTVQKGIHNK VAKKVRTSTT FRRPKTLQLS RKPKYARKSV AHAPRLDEYK IIVNPINSES AMKKIEDDNT LVFHVHLKA NKFTIKEAVR KLYSVEPVKI NTLIRPNGTK KAFVKLSADA DALDVANRIG FL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23A

+
分子 #29: Large ribosomal subunit protein uL24

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 14.375912 KDa
配列文字列:
MKFSRDVTSS RRKQRKAHFG APSSVRRVLM SAPLSKELRE QYKIRSLPVR RDDQITVIRG SNKGREGKIT SVYRKKFLLL IERVTREKA NGASAPVGID ASKVVITKLH LDKDRKDLIV RKGGKVE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #30: Large ribosomal subunit protein eL27A

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL27A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 15.421304 KDa
配列文字列:
MVKILKPGKV ALITRGRFAG KKVVILQAID QGSKSHPFGH AVVAGVERYP LKVTKSMGAK RIARRSRVKP FIKVVNYNHL MPTRYALEL DNLKGLITAD TFKEPTQRSA ARKTVKKTFE EKYQSGKSAW FFTPLRF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL27A

+
分子 #31: Large ribosomal subunit protein uL15B

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL15B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 16.723518 KDa
配列文字列:
MPTHTSKTRK LRGHVSAGHG RIGKHRKHPG GRGKAGGLQH LRSHFDKYHP GYFGKVGMRR FHLMKNPLWR PTVNLDRLWT LVPNETREK YLGKNTEVAP VINVLQSGYG KVLGKGRLPD TPVIIQTRYV SRRAEEKIKQ AGGVVELIA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15B

+
分子 #32: Large ribosomal subunit protein eL29

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 7.224249 KDa
配列文字列:
MAKSKNHTNH NQNKKAHRNG IKRPQKHRYD SLKYRDAKFR RNQKFANRGT VEAIRQAKAS A

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL29

+
分子 #33: Large ribosomal subunit protein eL30A

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL30A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 11.610639 KDa
配列文字列:
MASVVTKKSK KSGDTINAKL ALTMKSGKYV LGYKSTLKTL RSGKAKLILI AGNCPPLRKS ELEYYAMLSK ANVHHYAGTN IDLGTACGK LFRVGVLAIT DAGDSDILDA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL30A

+
分子 #34: Large ribosomal subunit protein eL31

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 13.290468 KDa
配列文字列:
MANTKKSAIN QVVTRDYTIH MHKRLYGVSF KKRAPRAIKE IVAFAQKHMQ TKEVRVDPSL NKEVWKRGIR NVPHRLRLRL SRKRSDEDD KALYTYVQAV DVANPKMETT VVEE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL31

+
分子 #35: Large ribosomal subunit protein eL32A

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL32A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 14.491099 KDa
配列文字列:
MAAVNIIKKR TKPFKRHQSD RFKRVGESWR KPRGIDSCVR RRFRGTISMP KIGYGNNKKT RYCMPNGLKA FLVRNVSDVE LLLMHNKTY AAEIAGNVSA RKRVEIVEKA RALGVKVTNA GAKVRSQE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL32A

+
分子 #36: Large ribosomal subunit protein eL33A

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL33A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 12.212304 KDa
配列文字列:
MPAQGHRLYV KAKHLSFQRS KHVIHPGTSL VKIEGCDSKE EAQFYLGKRI CFVYKSNKPV RGSKIRVIWG TVSRPHGNSG VVRARFTHN LPPKTFGASL RVMLYPSNV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL33A

+
分子 #37: Large ribosomal subunit protein eL34B

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL34B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 12.828181 KDa
配列文字列:
MAQRVTYRRR LAYNTRSNKT RIIKTPGNNI RYLHIKKLGT IPRCGDTGVP LQGIPALRPR EFARLSHNQK KVQRAYGGCL SANAVKDRI VRAFLIEEQK IVKQKLKQMS QK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL34B

+
分子 #38: Large ribosomal subunit protein uL29

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 14.333901 KDa
配列文字列:
MALKTFELRK QSQENLAEQL QELRQELASL RVQKIAGGSG SKLSKIKTTR KDIARILTVI NESNRLAARE AYKNKKYIPL DLRQKKTRA IRRALTPYEQ SRKTLKQIKK ERYFPLRKYA LKA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #39: Large ribosomal subunit protein eL36B

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL36B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 11.287438 KDa
配列文字列:
MAPGLVVGLN KGKTLTKRQL PERPSRRKGH LSKRTAFVRS IVREVAGFAP YERRVMELIR NSQDKRARKL AKKRLGTLKR AKGKIEELT SVIQSSRLAH

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL36B

+
分子 #40: Large ribosomal subunit protein eL37B

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL37B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 10.112824 KDa
配列文字列:
MTKGTQSFGM RHNKSHTICR RCGKRSFHIQ KSTCACCGYP AAKTRSYNWG AKAKRRRTTG TGRMSYLKKV HRSFKNGFRS GKPAAAVAA SA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL37B

+
分子 #41: Large ribosomal subunit protein eL38A

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL38A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 8.511081 KDa
配列文字列:
MPRQISDIKQ FLEIARRKDA TSARIKKNTN KDVKFKLRCS KYLYTLVVAD AKKAEKLRQS LPPDLTVTEV GKKA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL38A

+
分子 #42: Large ribosomal subunit protein eL39

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由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 6.326514 KDa
配列文字列:
MPSHKSFRTK QKLAKAARQN RPIPQWIRLR TGNTVHYNMK RRHWRRTKLN I

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL39

+
分子 #43: Large ribosomal subunit protein eL28

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 14.781037 KDa
配列文字列:
MSVSNDLIWQ VIRDNNRFLV KRPEFGGIQF NREPVNVSGK NAQRFSGLCN DKAVGVQANS PRGVVLITKT NPKNAQKPAK LFRKDVIAN ASSRKTYKSI AGRIGRTGYR DDLVKVSVAR ASAILSSQRP KKTVA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL28

+
分子 #3: 28S ribosomal RNA

分子名称: 28S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 1.1298282499999999 MDa
配列文字列: AUUUGACCUC AAAUCAGGUA GGACUACGCG CUGAACUUAA GCAUAUCAAU AAGCGCAGGA AAAGAAAAUA ACCAUGAUUC CCUCAGUAA CGGCGAGUGA AGCGGGAAAA GCUCAAAUUU GAAAUCUGGC AACAUUUCUU UUGUUGUCCG AGUUGUAAUU U CAAGAAGC ...文字列:
AUUUGACCUC AAAUCAGGUA GGACUACGCG CUGAACUUAA GCAUAUCAAU AAGCGCAGGA AAAGAAAAUA ACCAUGAUUC CCUCAGUAA CGGCGAGUGA AGCGGGAAAA GCUCAAAUUU GAAAUCUGGC AACAUUUCUU UUGUUGUCCG AGUUGUAAUU U CAAGAAGC UGCUUUGAGU GUAGACGAUC GGUCUAAGUU CCUUGGAACA GGACGUCAGA GAGGGUGAGA ACCCCGUCUU UG GUCGAUU GGAUAUGCCA UAUAAAGCGC UUUCGAAGAG UCGAGUUGUU UGGGAAUGCA GCUCUAAAUG GGUGGUAAAU UUC AUCUAA AGCUAAAUAU UGGCGAGAGA CCGAUAGCGA ACAAGUAGAG UGAUCGAAAG AUGAAAAGAA CUUUGAAAAG AGAG UUAAA UAGUACGUGA AAUUGCUGAA AGGGAAGCAU UGGAAAUCAG UCUUACCUGG GUGAGAUCAG UAGUCUCUUC GCGAG ACUA UGCACUCUGA ACCUGUGGUA GGUCAGCAUC AGUUUUCGGG GGCGGAAAAA GAAUAAGGGA AGGUGGCUUU CCGGGU UCU GCCUGGGGAG UGUUUAUAGC CCUUGUUGUA AUACGUCCAC UGGGGACUGA GGACUGCGGC UUCGUGCCAA GGAUGCU GA CAUAAUGGUU UUCAAUGGCC CGUCUUGAAA CACGGACCAA GGAGUCUAGC AUCUAUGCGA GUGUUUGGGU GAUGAAAA C CCAUCCGCGA AAUGAAAGUG AAUGCAGGUG GGAACGCCCU UGUGGCGUGC ACCAUCGACC GACCCGGAAG UUUGUCAAU GGAAGGGUUU GAGUAAGAGC AUAGCUGUUG GGACCCGAAA GAUGGUGAAC UAUGCCUGAA UAGGGUGAAG CCAGAGGAAA CUCUGGUGG AGGCUCGUAG AGAUUCUGAC GUGCAAAUCG AUCUUCAAAU UUGGGUAUAG GGGCGAAAGA CUAAUCGAAC C AUCUAGUA GCUGGUUCCU GCCGAAGUUU CCCUCAGGAU AGCAGAAACU CAGAUCAGUU UUAUGAGGUA AAGCGAAUGA UU AGAGGUC UUGGGGAAGG AAUUUCCUCA ACCUAUUCUC AAACUUUAAA UAUGUAAGAC GCCCUUGUCG CUUAAUUGGA CGU GGGCCA UCGAAUGAGA GUUUCUAGUG GGCCAUUUUU GGUAAGCAGA ACUGGCGAUG CGGGAUGAAC CGAACGUGAG GUUA AGGUG CCGGAAUGUA CGCUCAUCAG ACACCAGAAA AGGUGUUAGU UCAUCUAGAC AGCAGGACGG UGGCCAUGGA AGUCG GAAU CCGCUAAGGA GUGUGUAACA ACUCACCUGC CGAAUGAACU AGCCCUGAAA AUGGAUGGCG CUUAAGCGUA CUACCC AUA CCUCACCGUC UGGGUUAGCU UUGAGAAGCU CAGACGAGUA GGCAGGCGUG GAGGUUUGUG ACGAAGCCUU GGGCGUG AG CCUGGGUCGA ACAGCCUCUA GUGCAGAUCU UGGUGGAAGU AGCAAAUAUU CAAAUGAGAA CUUUGAAGAC UGAAGUGG G GAAAGGUUCC AUGUGAACAG CAGUUGGACA UGGGUUAGUC GAUCCUAAGA GAUAGGGAAG CUCCGUAUGA AAGUUGCAC GAUUUUUCGU GCCUCCUAUC GAAAGGGAAU CCGGUUAAUA UUCCGGAACC AGAAGGUGGA AUCAACACGG CAACGUAAAU GAAGUUGGA GACGUCGGCG GGAGCCCUGG GAAGAGUUCU CUUUUCUUUU UAACAAACCA UUGAACUACC CUGAAAUCGG U UUAUCCGG AGCUAGGGUA UGGUGUUUGG AAGAGUUCAG CGCCUCAUGC UGAAUCCGGU GCGCUCUCGA CGGCCCUUGA AA AUCCAAC GGAAGAAUGG ACCUUCGGGU CCUUGUUUUC ACAUCUGGUC GUACUCAUAA CCGCAGCAGG UCUCCAAGGU GAA CAGCCU CUAGUUGAUA GAACAAUGUA GAUAAGGGAA GUCGGCAAAA UGGAUCCGUA ACUUCGGGAU AAGGAUUGGC UCUA AGGGU UGGGUACGUU GGGCCUUGGA ACCUGAACGG UUGCUGGACU GAGCGUGGAC CGAUGUCUUU UCUCGCCUUU CGGGG UGAG AAGGGAUGUU GGACCUGCUU GGACCUUGGC GGCCGGGAAG UCCUUGGUCG GGCUUUUCUC CUUCUCGGGG AUUAUG CUC UUACUGGCGU ACGUUUAACA ACCAACUUAG AACUGGUACG GACAAGGGGA AUCUGACUGU CUAAUUAAAA CAUAGCA UU GCGAUGGCCA GAAAGUGGUG UUGACGCAAU GUGAUUUCUG CCCAGUGCUC UGAAUGUCAA AGUGAAGAAA UUCAACCA A GCGCGGGUAA ACGGCGGGAG UAACUAUGAC UCUCUUAAGG UAGCCAAAUG CCUCGUCAUC UAACUAGUGA CGCGCAUGA AUGGAUUAAC GAGAUUCCCA CUGUCCCUAU CUACUAUCUA GCGAAACCAC AGCCUGGGGA ACGGGCCAGG CAAAAUCAGC GGGGAAAGA AGACCCUGUU GAGCUUGACU CUAGUUUGAC AUUGUGAAGA GACAUAGAGG GUGUAGGAUA AGUGGGAGUA U GUUUCGGC AUACGCCGGU GAAAUACCAC UACCUUUAUC GUUUCUUUAC UUAAUCAAUG AAGCGGAAUU GGGAUUUAUU UC CCAUAUU CUAGCGUUAA AGUUUCUUCG CGAACUGAUC CGCGUUGAUG ACAUUGUCAG GUGGGGAGUU UGGCUGGGGC GGC ACAUCU GUUAAAAGAU AACGCAGGUG UCCUAAGGGG GACUCAUCGA GAACAGAAAU CUCGAGUAGA AUAAAAGGGU AAAA GUCCC CUUGAUUUUG AUUUUCAGUG UGAAUACAAA CCAUGAAAGU GUGGCCUAUC GAUCCUUUGU UCCCUCGAAA UUUGA GGAC AGAGGUGCCA GAAAAGUUAC CACAGGGAUA ACUGGCUUGU GGCAGCCAAG CGUUCAUAGC GACGUUGCUU UUUGAU UCU UCGAUGUCGG CUCUUCCUAU CAUACCGAAG CAGAAUUCGG UAAGCGUUGG AUUGUUCACC CACUAAUAGG GAACGUG AG CUGGGUUUAG ACCGUCGUGA GACAGGUUAG UUUUACCCUA CUGAUGAAGU GUCGUCGCAA UGGUAAUUCA ACUUAGUA C GAGAGGAACC GUUGAUUCAG AUCAUUGGUA UUUGCGGCUG CCUGACAAGG CAAUGCCGCG GAGCUAUCAU CUGCCGGAU AACGGCUGAA CGCCUCUAAG CCAGAAUCCG UGCCAGAAAG CGACGAUUUU UUGGUCCGCA UGAUUUAUAU GUAUAAAAAU AGAGGUAGG ACUUGUUCCU ACUCUCCUGU AUCGUAGAAG AUGGGCGAUG GUUGAUGAAA CGGAAGUGUU UUAUUGACUU G UCCAUGAA AUUCCAUUGA AAUCUUGUGC GGAAUCGAAU CCAUUGCAUA CGACUUUAAU GUGGAACGGG GUAUUGUAAG CA GUAGAGU AGCCUUGUUG UUACGAUCUG CUGAGAUUAA GCCUUUGUUC CCAAGAUUUG U

GENBANK: GENBANK: CU329672.1

+
分子 #4: 5S ribosomal RNA

分子名称: 5S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 78.518867 KDa
配列文字列: UUAAACGUCU ACGGCCAUAC CUAGGCGAAA ACACCAGUUC CCGUCCGAUC ACUGCAGUUA AGCGUCUGAG GGCCUCGUUA GUACUAUGG UUGGAGACAA CAUGGGAAUC CGGGGUGCUG UAGGCUUCCU UUUAUUCUUU UUGCUUUUUG UUUGAGCUCA U UUGGGAAU ...文字列:
UUAAACGUCU ACGGCCAUAC CUAGGCGAAA ACACCAGUUC CCGUCCGAUC ACUGCAGUUA AGCGUCUGAG GGCCUCGUUA GUACUAUGG UUGGAGACAA CAUGGGAAUC CGGGGUGCUG UAGGCUUCCU UUUAUUCUUU UUGCUUUUUG UUUGAGCUCA U UUGGGAAU AAUAAUCAUU UACCUUGAUU CGUACUUAUU CAUUUCAAUA CCUUUGCACA UAAUAUUAUU GUGUACUAUG AA UGAUAU

GENBANK: GENBANK: CU329671.1

+
分子 #5: 5.8S ribosomal RNA

分子名称: 5.8S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 52.880188 KDa
配列文字列:
AUUAUUUAAA ACUUUCAGCA ACGGAUCUCU UGGCUCUCGC AUCGAUGAAG AACGCAGCGA AAUGCGAUAC GUAAUGUGAA UUGCAGAAU UCCGUGAAUC AUCGAAUCUU UGAACGCACA UUGCGCCUUU GGGUUCUACC AAAGGCAUGC CUGUUUGAGU G UCAUU

GENBANK: GENBANK: Z19578.1

+
分子 #44: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 44 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #45: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 45 / コピー数: 97 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 0.2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 820453
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9axu:
Non-translating S. pombe ribosome large subunit

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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