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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-43672 | |||||||||
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タイトル | Soluble ectodomain of human cytomegalovirus (HCMV) glycoprotein B (gB) stabilized in a prefusion-like conformation in complex with 1G2 and 7H3, composite map (global and local) and model | |||||||||
マップデータ | Composite Map | |||||||||
試料 |
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キーワード | orthoherpesvirus / betaherpesvirus / cytomegalovirus / human betaherpesvirus 5 / human cytomegalovirus / HCMV / glycoprotein B / gB / HCMV gB / prefusion / prefusion-stabilized / disulfide / VIRAL PROTEIN / 7H2 / 1G2 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell Golgi membrane / host cell endosome membrane / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Sponholtz MR / Byrne PO / McLellan JS | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024 タイトル: Structure-based design of a soluble human cytomegalovirus glycoprotein B antigen stabilized in a prefusion-like conformation. 著者: Madeline R Sponholtz / Patrick O Byrne / Alison G Lee / Ajit R Ramamohan / Jory A Goldsmith / Ryan S McCool / Ling Zhou / Nicole V Johnson / Ching-Lin Hsieh / Megan Connors / Krithika P ...著者: Madeline R Sponholtz / Patrick O Byrne / Alison G Lee / Ajit R Ramamohan / Jory A Goldsmith / Ryan S McCool / Ling Zhou / Nicole V Johnson / Ching-Lin Hsieh / Megan Connors / Krithika P Karthigeyan / Chelsea M Crooks / Adelaide S Fuller / John D Campbell / Sallie R Permar / Jennifer A Maynard / Dong Yu / Matthew J Bottomley / Jason S McLellan / 要旨: Human cytomegalovirus (HCMV) glycoprotein B (gB) is a class III membrane fusion protein required for viral entry. HCMV vaccine candidates containing gB have demonstrated moderate clinical efficacy, ...Human cytomegalovirus (HCMV) glycoprotein B (gB) is a class III membrane fusion protein required for viral entry. HCMV vaccine candidates containing gB have demonstrated moderate clinical efficacy, but no HCMV vaccine has been approved. Here, we used structure-based design to identify and characterize amino acid substitutions that stabilize gB in its metastable prefusion conformation. One variant containing two engineered interprotomer disulfide bonds and two cavity-filling substitutions (gB-C7), displayed increased expression and thermostability. A 2.8 Å resolution cryoelectron microscopy structure shows that gB-C7 adopts a prefusion-like conformation, revealing additional structural elements at the membrane-distal apex. Unlike previous observations for several class I viral fusion proteins, mice immunized with postfusion or prefusion-stabilized forms of soluble gB protein displayed similar neutralizing antibody titers, here specifically against an HCMV laboratory strain on fibroblasts. Collectively, these results identify initial strategies to stabilize class III viral fusion proteins and provide tools to probe gB-directed antibody responses. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_43672.map.gz | 384.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-43672-v30.xml emd-43672.xml | 19.9 KB 19.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_43672.png | 63.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-43672.cif.gz | 7.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43672 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43672 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_43672_validation.pdf.gz | 488.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_43672_full_validation.pdf.gz | 488.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_43672_validation.xml.gz | 7.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_43672_validation.cif.gz | 9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43672 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43672 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_43672.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Composite Map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8332 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Soluble ectodomain of human cytomegalovirus (HCMV) glycoprotein B...
全体 | 名称: Soluble ectodomain of human cytomegalovirus (HCMV) glycoprotein B (gB) stabilized in a prefusion-like conformation in complex with 1G2 and 7H3 |
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要素 |
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-超分子 #1: Soluble ectodomain of human cytomegalovirus (HCMV) glycoprotein B...
超分子 | 名称: Soluble ectodomain of human cytomegalovirus (HCMV) glycoprotein B (gB) stabilized in a prefusion-like conformation in complex with 1G2 and 7H3 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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-分子 #1: Envelope glycoprotein B
分子 | 名称: Envelope glycoprotein B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス) |
分子量 | 理論値: 88.918586 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MESRIWCLVV CVNLCIVCLG AAVSSSSTRG TSATHSHHSS HTTSAAHSRS GSVSQRVTSS QTVSHGVNET IYNTTLKYGD VVGVNTTKY PYRVCSMAQG LDLIRFERNI VCTSMKPINE DLDEGIMVVY KRNICAHTFK VRVYQKVLTF RRSYAYIHTT Y LLGSNTEY ...文字列: MESRIWCLVV CVNLCIVCLG AAVSSSSTRG TSATHSHHSS HTTSAAHSRS GSVSQRVTSS QTVSHGVNET IYNTTLKYGD VVGVNTTKY PYRVCSMAQG LDLIRFERNI VCTSMKPINE DLDEGIMVVY KRNICAHTFK VRVYQKVLTF RRSYAYIHTT Y LLGSNTEY VAPPMWEIHH INSHSQCYSS YSRVIAGTVF VAYHRDSYEN KTMQLMPDDY SNTCSTRYVT VKDQWHSRGS TW LYRETSN LNCMVTITTA RSKYPYHFFI TSTGDVVDIS PFYNGTNRNA SYFGENADKF FIFPNYTIVS DFGRPNSALE THR LVAFLE RADSVISWDI QDEKNVTCQL TFWEASERTI RSEAEDSYHF SSAKMTATFL SKKQEVNMSD SALDCVRDEA INKL QQIFN TSYNQTYEKY GNVSVFETTG GLVVFWQGIK QKSLVELERL ANRSSLNLTH NSTKSSTDGN NATHLSNMES VHNLV YAQL QFTYDTLRGY INRALAQIAE AWCVDQRRTL EVFKELSKIN PSAILSAIYN KPIAARFMGD VLGLASCVTI NQTSVK VLR DMNVKESPGR CYSRPVVIFN FANSSYVQYG QLGEDNEILL GNHRTEECQL PSLKIFIAGN SAYEYVDYLF KRMIDLS SI STVDSMIALD CDPLCNTDFR VLELYSQKEL RSSNVFDLEE IMREFNSYKQ RVKYVEDKVV DPGSGYIPEA PRDGQAYV R KDGEWVLLST FLGAAASLEV LFQGPGHHHH HHHHSAWSHP QFEKGGASGG GGSGGSAWSH PQFEK UniProtKB: Envelope glycoprotein B |
-分子 #2: 7H3 Fab Heavy Chain
分子 | 名称: 7H3 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 25.152064 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLVQSGAE VKNPGASVKV SCKASGYTFT DYYIHWVRQA PGQGLEWMGW FNPNSGGTNF VQNFQGRVTM TRDTSISTAY MELSRLRSD DTAMYYCAKD SAKTASAYYG LNFFYYGMDV WGQGTTVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV K DYFPEPVT ...文字列: QVQLVQSGAE VKNPGASVKV SCKASGYTFT DYYIHWVRQA PGQGLEWMGW FNPNSGGTNF VQNFQGRVTM TRDTSISTAY MELSRLRSD DTAMYYCAKD SAKTASAYYG LNFFYYGMDV WGQGTTVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV K DYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSCD |
-分子 #3: 7H3 Fab Light Chain
分子 | 名称: 7H3 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 22.879361 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QSVLSQPPSA SGTPGQRVTI SCSGSSSNIG KNYVYWYQQV PGTAPKLLMF KNNQRPSGVP DRFSGSKSGT SASLAISGLR SEDEADYYC SAWDGSLSRP LFGGGTKVTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP ...文字列: QSVLSQPPSA SGTPGQRVTI SCSGSSSNIG KNYVYWYQQV PGTAPKLLMF KNNQRPSGVP DRFSGSKSGT SASLAISGLR SEDEADYYC SAWDGSLSRP LFGGGTKVTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP SKQSNNKYAA SSYLSLTPEQ WKSHRSYSCQ VTHEGSTVEK TVAPTECS |
-分子 #4: 1G2 Fab Heavy Chain
分子 | 名称: 1G2 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.206172 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QLQLQESGPG LVKPSETLSL TCTVSGASID RSTYYWGWIR QPPGKGLEWI ANIYYNGRAV YSPSLKSRVT ISVDTSKNQF SLKVRSLTA ADTAVYYCAT RWNYFFDFDY WGRGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列: QLQLQESGPG LVKPSETLSL TCTVSGASID RSTYYWGWIR QPPGKGLEWI ANIYYNGRAV YSPSLKSRVT ISVDTSKNQF SLKVRSLTA ADTAVYYCAT RWNYFFDFDY WGRGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSCD |
-分子 #5: 1G2 Fab Light Chain
分子 | 名称: 1G2 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 22.853125 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QSVLTQPPSA SGTPGQRVTI SCSGSSSNIE TNYVSWYQQF PGTAPKLLIY RNNQRPSGVP DRFSGSKSGT SASLAISGLR SEDEAEYYC GTWDDNSWVF GGGTKLTVLG QPKAAPSVTL FPPSSEELQA NKATLVCLIS DFYPGAVTVA WKADSSPVKA G VETTTPSK ...文字列: QSVLTQPPSA SGTPGQRVTI SCSGSSSNIE TNYVSWYQQF PGTAPKLLIY RNNQRPSGVP DRFSGSKSGT SASLAISGLR SEDEAEYYC GTWDDNSWVF GGGTKLTVLG QPKAAPSVTL FPPSSEELQA NKATLVCLIS DFYPGAVTVA WKADSSPVKA G VETTTPSK QSNNKYAASS YLSLTPEQWK SHRSYSCQVT HEGSTVEKTV APTECS |
-分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 12 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4 mg/mL | |||||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: 2 mM Tris pH 8, 200 mM NaCl, 0.02% w/v sodium azide, 3% (v/v) glycerol, 0.12% (w/v) CHAPS, 0.01% (w/v) amphipol A8-35 | |||||||||||||||||||||
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12524 / 平均電子線量: 80.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.0) 詳細: A mask was created around gB structural domain I (DI) and 1G2 using ChimeraX and imported to cryoSPARC for local refinement. The resulting local map was combined with the global map using ...詳細: A mask was created around gB structural domain I (DI) and 1G2 using ChimeraX and imported to cryoSPARC for local refinement. The resulting local map was combined with the global map using PHENIX combine_focused_maps 使用した粒子像数: 165982 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |