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- EMDB-43197: Cryo-EM structure of FoxA1 and GATA4 in complex with ALBN1 nucleosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43197
タイトルCryo-EM structure of FoxA1 and GATA4 in complex with ALBN1 nucleosome
マップデータmain map
試料
  • 複合体: FoxA1 and GATA4 in complx with 186bp ALBN1 nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-B/E
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-J
    • DNA: DNA (171-MER)
    • DNA: DNA (171-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Hepatocyte nuclear factor 3-alpha
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Transcription factor GATA-4
  • リガンド: ZINC ION
キーワードnucleosome / pioneer transcription factors / DNA binding proteins / transcription / chromatin / NUCLEAR PROTEIN / NUCLEAR PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


atrial septum secundum morphogenesis / embryonic heart tube anterior/posterior pattern specification / atrioventricular valve formation / transdifferentiation / endocardial cushion development / embryonic foregut morphogenesis / Formation of lateral plate mesoderm / atrial septum morphogenesis / intestinal epithelial cell differentiation / cardiac right ventricle morphogenesis ...atrial septum secundum morphogenesis / embryonic heart tube anterior/posterior pattern specification / atrioventricular valve formation / transdifferentiation / endocardial cushion development / embryonic foregut morphogenesis / Formation of lateral plate mesoderm / atrial septum morphogenesis / intestinal epithelial cell differentiation / cardiac right ventricle morphogenesis / endoderm development / cell growth involved in cardiac muscle cell development / co-SMAD binding / atrioventricular node development / cardiac ventricle morphogenesis / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / cardiac muscle tissue regeneration / Transcriptional regulation of testis differentiation / atrial septum primum morphogenesis / Physiological factors / Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / Developmental Lineage of Multipotent Pancreatic Progenitor Cells / atrioventricular canal development / dopaminergic neuron differentiation / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / Formation of definitive endoderm / positive regulation of BMP signaling pathway / Formation of axial mesoderm / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / ventricular septum development / response to vitamin A / regulation of cardiac muscle cell contraction / aortic valve morphogenesis / Cardiogenesis / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / heart looping / NFAT protein binding / DNA-binding transcription activator activity / detection of maltose stimulus / CENP-A containing nucleosome / microvillus / negative regulation of apoptotic signaling pathway / carbohydrate transport / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / cell fate commitment / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / response to mechanical stimulus / anatomical structure morphogenesis / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / negative regulation of megakaryocyte differentiation / positive regulation of mitotic cell cycle / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / Packaging Of Telomere Ends / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / telomere organization / male gonad development / Interleukin-7 signaling / negative regulation of autophagy / epigenetic regulation of gene expression / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / RNA Polymerase I Promoter Opening / Inhibition of DNA recombination at telomere / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Meiotic synapsis / SUMOylation of chromatin organization proteins / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Developmental Lineage of Pancreatic Ductal Cells / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / wound healing / HCMV Late Events / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / cell chemotaxis / Defective pyroptosis / cellular response to glucose stimulus / HDACs deacetylate histones / Transcriptional regulation by small RNAs / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / RNA Polymerase I Promoter Escape / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / lipopolysaccharide binding / nucleosomal DNA binding
類似検索 - 分子機能
GATA-type transcription activator, N-terminal / Transcription factor GATA-4/5/6 / GATA-type transcription activator, N-terminal / Forkhead box protein, C-terminal / HNF3 C-terminal domain / Fork-head N-terminal / Forkhead N-terminal region / : / Transcription factor GATA / GATA-type zinc finger domain. ...GATA-type transcription activator, N-terminal / Transcription factor GATA-4/5/6 / GATA-type transcription activator, N-terminal / Forkhead box protein, C-terminal / HNF3 C-terminal domain / Fork-head N-terminal / Forkhead N-terminal region / : / Transcription factor GATA / GATA-type zinc finger domain. / GATA-type zinc finger domain profile. / Fork head domain conserved site1 / Fork head domain signature 1. / zinc finger binding to DNA consensus sequence [AT]GATA[AG] / GATA zinc finger / Zinc finger, GATA-type / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / : / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Zinc finger, NHR/GATA-type / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Histone-fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2A type 1-B/E / Histone H2B type 1-J / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Transcription factor GATA-4 / Hepatocyte nuclear factor 3-alpha / Histone H4 / Histone H3.1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Zhou BR / Bai Y
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)Intramural Research Program 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the cooperative nucleosome recognition and chromatin opening by FOXA1 and GATA4.
著者: Bing-Rui Zhou / Hanqiao Feng / Furong Huang / Iris Zhu / Stephanie Portillo-Ledesma / Dan Shi / Kenneth S Zaret / Tamar Schlick / David Landsman / Qianben Wang / Yawen Bai /
要旨: Mouse FOXA1 and GATA4 are prototypes of pioneer factors, initiating liver cell development by binding to the N1 nucleosome in the enhancer of the ALB1 gene. Using cryoelectron microscopy (cryo-EM), ...Mouse FOXA1 and GATA4 are prototypes of pioneer factors, initiating liver cell development by binding to the N1 nucleosome in the enhancer of the ALB1 gene. Using cryoelectron microscopy (cryo-EM), we determined the structures of the free N1 nucleosome and its complexes with FOXA1 and GATA4, both individually and in combination. We found that the DNA-binding domains of FOXA1 and GATA4 mainly recognize the linker DNA and an internal site in the nucleosome, respectively, whereas their intrinsically disordered regions interact with the acidic patch on histone H2A-H2B. FOXA1 efficiently enhances GATA4 binding by repositioning the N1 nucleosome. In vivo DNA editing and bioinformatics analyses suggest that the co-binding mode of FOXA1 and GATA4 plays important roles in regulating genes involved in liver cell functions. Our results reveal the mechanism whereby FOXA1 and GATA4 cooperatively bind to the nucleosome through nucleosome repositioning, opening chromatin by bending linker DNA and obstructing nucleosome packing.
履歴
登録2023年12月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月7日-
マップ公開2024年8月7日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43197.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43197.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 300 pix.
= 316.8 Å		1.06 Å/pix.
x 300 pix.
= 316.8 Å		1.06 Å/pix.
x 300 pix.
= 316.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.056 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.004
最小 - 最大-0.021857578 - 0.062828355
平均 (標準偏差)0.000058804613 (±0.0011835682)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 316.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half B

ファイルemd_43197_half_map_1.map
注釈half B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half A

ファイルemd_43197_half_map_2.map
注釈half A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : FoxA1 and GATA4 in complx with 186bp ALBN1 nucleosome

全体名称: FoxA1 and GATA4 in complx with 186bp ALBN1 nucleosome
要素
  • 複合体: FoxA1 and GATA4 in complx with 186bp ALBN1 nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-B/E
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-J
    • DNA: DNA (171-MER)
    • DNA: DNA (171-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Hepatocyte nuclear factor 3-alpha
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Transcription factor GATA-4
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: FoxA1 and GATA4 in complx with 186bp ALBN1 nucleosome

超分子名称: FoxA1 and GATA4 in complx with 186bp ALBN1 nucleosome
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Histone H3.1

分子名称: Histone H3.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.437167 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA VMALQEACEA YLVGLFEDTN LCAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA

UniProtKB: Histone H3.1

+
分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.394426 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

UniProtKB: Histone H4

+
分子 #3: Histone H2A type 1-B/E

分子名称: Histone H2A type 1-B/E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.165551 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKQGGK ARAKAKTRSS RAGLQFPVGR VHRLLRKGNY SERVGAGAPV YLAAVLEYLT AEILELAGNA ARDNKKTRII PRHLQLAIR NDEELNKLLG RVTIAQGGVL PNIQAVLLPK KTESHHKAKG K

UniProtKB: Histone H2A type 1-B/E

+
分子 #4: Histone H2B type 1-J

分子名称: Histone H2B type 1-J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.935239 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MPEPAKSAPA PKKGSKKAVT KAQKKDGKKR KRSRKESYSI YVYKVLKQVH PDTGISSKAM GIMNSFVNDI FERIAGEASR LAHYNKRST ITSREIQTAV RLLLPGELAK HAVSEGTKAV TKYTSAK

UniProtKB: Histone H2B type 1-J

+
分子 #7: Hepatocyte nuclear factor 3-alpha

分子名称: Hepatocyte nuclear factor 3-alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.022562 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MLGTVKMEGH ETSDWNSYYA DTQEAYSSVP VSNMNSGLGS MNSMNTYMTM NTMTTSGNMT PASFNMSYAN PGLGAGLSPG AVAGMPGGS AGAMNSMTAA GVTAMGTALS PSGMGAMGAQ QAASMNGLGP YAAAMNPCMS PMAYAPSNLG RSRAGGGGDA K TFKRSYPH ...文字列:
MLGTVKMEGH ETSDWNSYYA DTQEAYSSVP VSNMNSGLGS MNSMNTYMTM NTMTTSGNMT PASFNMSYAN PGLGAGLSPG AVAGMPGGS AGAMNSMTAA GVTAMGTALS PSGMGAMGAQ QAASMNGLGP YAAAMNPCMS PMAYAPSNLG RSRAGGGGDA K TFKRSYPH AKPPYSYISL ITMAIQQAPS KMLTLSEIYQ WIMDLFPYYR QNQQRWQNSI RHSLSFNDCF VKVARSPDKP GK GSYWTLH PDSGNMFENG CYLRRQKRFK CEKQPGAGGG GGSGSGGSGA KGGPESRKDP SGASNPSADS PLHRGVHGKT GQL EGAPAP GPAASPQTLD HSGATATGGA SELKTPASST APPISSGPGA LASVPASHPA HGLAPHESQL HLKGDPHYSF NHPF SINNL MSSSEQQHKL DFKAYEQALQ YSPYGSTLPA SLPLGSASVT TRSPIEPSAL EPAYYQGVYS RPVLNTSHHH HHH

UniProtKB: Hepatocyte nuclear factor 3-alpha

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分子 #8: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Transcription fa...

分子名称: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Transcription factor GATA-4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 87.880258 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH GSSMKIEEGK LVIWINGDKG YNGLAEVGKK FEKDTGIKVT VEHPDKLEEK FPQVAATGDG PDIIFWAHDR FGGYAQSGL LAEITPDKAF QDKLYPFTWD AVRYNGKLIA YPIAVEALSL IYNKDLLPNP PKTWEEIPAL DKELKAKGKS A LMFNLQEP ...文字列:
MGSSHHHHHH GSSMKIEEGK LVIWINGDKG YNGLAEVGKK FEKDTGIKVT VEHPDKLEEK FPQVAATGDG PDIIFWAHDR FGGYAQSGL LAEITPDKAF QDKLYPFTWD AVRYNGKLIA YPIAVEALSL IYNKDLLPNP PKTWEEIPAL DKELKAKGKS A LMFNLQEP YFTWPLIAAD GGYAFKYENG KYDIKDVGVD NAGAKAGLTF LVDLIKNKHM NADTDYSIAE AAFNKGETAM TI NGPWAWS NIDTSKVNYG VTVLPTFKGQ PSKPFVGVLS AGINAASPNK ELAKEFLENY LLTDEGLEAV NKDKPLGAVA LKS YEEELA KDPRIAATME NAQKGEIMPN IPQMSAFWYA VRTAVINAAS GRQTVDEALK DAQTNGIEEN LYFQSNAMYQ SLAM AANHG PPPGAYEAGG PGAFMHGAGA ASSPVYVPTP RVPSSVLGLS YLQGGGAGSA SGGASGGSSG GAASGAGPGT QQGSP GWSQ AGADGAAYTP PPVSPRFSFP GTTGSLAAAA AAAAAREAAA YSSGGGAAGA GLAGREQYGR AGFAGSYSSP YPAYMA DVG ASWAAAAAAS AGPFDSPVLH SLPGRANPAA RHPNLDMFDD FSEGRECVNC GAMSTPLWRR DGTGHYLCNA CGLYHKM NG INRPLIKPQR RLSASRRVGL SCANCQTTTT TLWRRNAEGE PVCNACGLYM KLHGVPRPLA MRKEGIQTRK RKPKNLNK S KTPAAPSGSE SLPPASGASS NSSNATTSSS EEMRPIKTEP GLSSHYGHSS SVSQTFSVSA MSGHGPSIHP VLSALKLSP QGYASPVSQS PQTSSKQDSW NSLVLADSHG DIITA

UniProtKB: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein, Transcription factor GATA-4

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分子 #5: DNA (171-MER)

分子名称: DNA (171-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 57.399637 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DT)(DG) (DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT) (DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG) (DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DT) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DT)(DG) (DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT) (DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG) (DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DT)(DG)(DT)(DA) (DC)(DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DA) (DC)(DC) (DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DT) (DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DT)(DT) (DA)(DA)(DA) (DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DT) (DC)(DA)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DG)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DT) (DT)(DT)(DG)(DC)(DC) (DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DT)(DT) (DT)(DT)(DC)(DC)(DA) (DT)(DG)(DT)(DA) (DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA) (DG)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT) (DT)(DG)(DG) (DA)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT) (DA)(DC)(DA)(DG)(DT)(DC)(DC) (DT)(DC) (DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DG)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DG)(DG) (DA) (DA)(DA)(DG)(DA)(DT)

+
分子 #6: DNA (171-MER)

分子名称: DNA (171-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 57.42777 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA) (DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA) (DC)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT) (DC) (DA)(DG)(DT)(DC)(DC) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA) (DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA) (DC)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT) (DC) (DA)(DG)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA) (DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG) (DC)(DA) (DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT) (DG)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DG) (DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DA) (DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DC)(DC)(DG)(DG) (DA)(DA)(DT)(DG) (DA)(DT)(DG)(DG)(DT) (DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DA)(DA)(DC) (DA)(DA)(DA)(DC)(DA) (DT)(DT)(DC)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DG) (DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA) (DC)(DA)(DG) (DT)(DG)(DC)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC) (DA)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA) (DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC) (DT) (DC)(DG)(DG)(DA)(DT)

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分子 #9: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1) / 使用した粒子像数: 403489
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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