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万見- EMDB-43194: Cryo-EM structure of FoxA1 in complex with ALBN1 nucleosome (class 1) -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-43194 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of FoxA1 in complex with ALBN1 nucleosome (class 1) | |||||||||
マップデータ | Main map | |||||||||
試料 |
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キーワード | nucleosome / pioneer transcription factors / DNA binding proteins / transcription / chromatin / NUCLEAR PROTEIN / NUCLEAR PROTEIN-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alveolar secondary septum development / respiratory basal cell differentiation / prostate gland stromal morphogenesis / positive regulation of dopaminergic neuron differentiation / mesenchymal-epithelial cell signaling involved in prostate gland development / anatomical structure formation involved in morphogenesis / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / epithelial cell maturation involved in prostate gland development / neuron fate specification / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development ...alveolar secondary septum development / respiratory basal cell differentiation / prostate gland stromal morphogenesis / positive regulation of dopaminergic neuron differentiation / mesenchymal-epithelial cell signaling involved in prostate gland development / anatomical structure formation involved in morphogenesis / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / epithelial cell maturation involved in prostate gland development / neuron fate specification / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / lung epithelial cell differentiation / dorsal/ventral neural tube patterning / prostate gland epithelium morphogenesis / Formation of axial mesoderm / dopaminergic neuron differentiation / positive regulation of smoothened signaling pathway / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / hormone metabolic process / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / smoothened signaling pathway / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / protein localization to CENP-A containing chromatin / microvillus / CENP-A containing nucleosome / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / anatomical structure morphogenesis / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / arachidonate 15-lipoxygenase / arachidonate 15-lipoxygenase activity / Packaging Of Telomere Ends / lipoxygenase pathway / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / telomere organization / arachidonate metabolic process / Chromatin modifying enzymes / lipid oxidation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / hepoxilin biosynthetic process / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / linoleic acid metabolic process / Meiotic synapsis / Inhibition of DNA recombination at telomere / nucleosomal DNA binding / Notch signaling pathway / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Interleukin-7 signaling / epigenetic regulation of gene expression / DNA methylation / positive regulation of mitotic cell cycle / Condensation of Prophase Chromosomes / HCMV Late Events / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / positive regulation of miRNA transcription / Defective pyroptosis / Meiotic recombination / innate immune response in mucosa / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / HDACs deacetylate histones / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / lipopolysaccharide binding / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HDMs demethylate histones / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / HCMV Early Events / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / G2/M DNA damage checkpoint / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / PKMTs methylate histone lysines / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / heterochromatin formation / RMTs methylate histone arginines / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Metalloprotease DUBs / fibrillar center / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / structural constituent of chromatin / UCH proteinases / nucleosome / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / sequence-specific double-stranded DNA binding / glucose homeostasis / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Processing of DNA double-strand break ends / nucleosome assembly / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / chromatin organization / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / response to estradiol / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhou BR / Bai Y | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM structure of FoxA1 in complex with ALBN1 nucleosome (class 1) 著者: Zhou BR / Bai Y | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_43194.map.gz | 58.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-43194-v30.xml emd-43194.xml | 20.6 KB 20.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_43194.png | 116 KB | ||
Filedesc metadata | emd-43194.cif.gz | 6.6 KB | ||
その他 | emd_43194_half_map_1.map.gz emd_43194_half_map_2.map.gz | 2 MB 2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43194 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43194 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_43194_validation.pdf.gz | 463.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_43194_full_validation.pdf.gz | 462.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_43194_validation.xml.gz | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_43194_validation.cif.gz | 14.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43194 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43194 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8vfyMC 8vfzC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_43194.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Main map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_43194_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_43194_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : FoxA1 in complx with 186bp ALBN1 nucleosome
全体 | 名称: FoxA1 in complx with 186bp ALBN1 nucleosome |
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要素 |
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-超分子 #1: FoxA1 in complx with 186bp ALBN1 nucleosome
超分子 | 名称: FoxA1 in complx with 186bp ALBN1 nucleosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Histone H3.1
分子 | 名称: Histone H3.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 15.437167 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA VMALQEACEA YLVGLFEDTN LCAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA UniProtKB: Histone H3.1 |
-分子 #2: Histone H4
分子 | 名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.394426 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG UniProtKB: Arachidonate 15-lipoxygenase |
-分子 #3: Histone H2A type 1-B/E
分子 | 名称: Histone H2A type 1-B/E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 14.165551 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSGRGKQGGK ARAKAKTRSS RAGLQFPVGR VHRLLRKGNY SERVGAGAPV YLAAVLEYLT AEILELAGNA ARDNKKTRII PRHLQLAIR NDEELNKLLG RVTIAQGGVL PNIQAVLLPK KTESHHKAKG K UniProtKB: Histone H2A type 1-B/E |
-分子 #4: Histone H2B type 1-J
分子 | 名称: Histone H2B type 1-J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.935239 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MPEPAKSAPA PKKGSKKAVT KAQKKDGKKR KRSRKESYSI YVYKVLKQVH PDTGISSKAM GIMNSFVNDI FERIAGEASR LAHYNKRST ITSREIQTAV RLLLPGELAK HAVSEGTKAV TKYTSAK UniProtKB: Histone H2B type 1-J |
-分子 #7: Hepatocyte nuclear factor 3-alpha
分子 | 名称: Hepatocyte nuclear factor 3-alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 50.022562 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MLGTVKMEGH ETSDWNSYYA DTQEAYSSVP VSNMNSGLGS MNSMNTYMTM NTMTTSGNMT PASFNMSYAN PGLGAGLSPG AVAGMPGGS AGAMNSMTAA GVTAMGTALS PSGMGAMGAQ QAASMNGLGP YAAAMNPCMS PMAYAPSNLG RSRAGGGGDA K TFKRSYPH ...文字列: MLGTVKMEGH ETSDWNSYYA DTQEAYSSVP VSNMNSGLGS MNSMNTYMTM NTMTTSGNMT PASFNMSYAN PGLGAGLSPG AVAGMPGGS AGAMNSMTAA GVTAMGTALS PSGMGAMGAQ QAASMNGLGP YAAAMNPCMS PMAYAPSNLG RSRAGGGGDA K TFKRSYPH AKPPYSYISL ITMAIQQAPS KMLTLSEIYQ WIMDLFPYYR QNQQRWQNSI RHSLSFNDCF VKVARSPDKP GK GSYWTLH PDSGNMFENG CYLRRQKRFK CEKQPGAGGG GGSGSGGSGA KGGPESRKDP SGASNPSADS PLHRGVHGKT GQL EGAPAP GPAASPQTLD HSGATATGGA SELKTPASST APPISSGPGA LASVPASHPA HGLAPHESQL HLKGDPHYSF NHPF SINNL MSSSEQQHKL DFKAYEQALQ YSPYGSTLPA SLPLGSASVT TRSPIEPSAL EPAYYQGVYS RPVLNTSHHH HHH UniProtKB: Hepatocyte nuclear factor 3-alpha |
-分子 #5: DNA (171-MER)
分子 | 名称: DNA (171-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 57.399637 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DT)(DG) (DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT) (DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG) (DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DT) ...文字列: (DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DT)(DG) (DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT) (DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG) (DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DT)(DG)(DT)(DA) (DC)(DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DA) (DC)(DC) (DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DT) (DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DT)(DT) (DA)(DA)(DA) (DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DT) (DC)(DA)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DG)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DT) (DT)(DT)(DG)(DC)(DC) (DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DT)(DT) (DT)(DT)(DC)(DC)(DA) (DT)(DG)(DT)(DA) (DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA) (DG)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT) (DT)(DG)(DG) (DA)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT) (DA)(DC)(DA)(DG)(DT)(DC)(DC) (DT)(DC) (DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DG)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DG)(DG) (DA) (DA)(DA)(DG)(DA)(DT) |
-分子 #6: DNA (171-MER)
分子 | 名称: DNA (171-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 57.42777 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA) (DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA) (DC)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT) (DC) (DA)(DG)(DT)(DC)(DC) ...文字列: (DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA) (DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA) (DC)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT) (DC) (DA)(DG)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA) (DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG) (DC)(DA) (DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT) (DG)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DG) (DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DA) (DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DC)(DC)(DG)(DG) (DA)(DA)(DT)(DG) (DA)(DT)(DG)(DG)(DT) (DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DA)(DA)(DC) (DA)(DA)(DA)(DC)(DA) (DT)(DT)(DC)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DG) (DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA) (DC)(DA)(DG) (DT)(DG)(DC)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC) (DA)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA) (DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC) (DT) (DC)(DG)(DG)(DA)(DT) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1) / 使用した粒子像数: 231331 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |