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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-42969 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of AriA (E393Q) sensory subunit | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Bacterial Defense system / Toxin-antitoxin system / AriAB / PARIS / Immune system | |||||||||
機能・相同性 | : 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli B185 (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.62 Å | |||||||||
データ登録者 | Deep A / Corbett KD | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2024 タイトル: Architecture and activation mechanism of the bacterial PARIS defence system. 著者: Amar Deep / Qishan Liang / Eray Enustun / Joe Pogliano / Kevin D Corbett / 要旨: Bacteria and their viruses (bacteriophages or phages) are engaged in an intense evolutionary arms race. While the mechanisms of many bacterial antiphage defence systems are known, how these systems ...Bacteria and their viruses (bacteriophages or phages) are engaged in an intense evolutionary arms race. While the mechanisms of many bacterial antiphage defence systems are known, how these systems avoid toxicity outside infection yet activate quickly after infection is less well understood. Here we show that the bacterial phage anti-restriction-induced system (PARIS) operates as a toxin-antitoxin system, in which the antitoxin AriA sequesters and inactivates the toxin AriB until triggered by the T7 phage counterdefence protein Ocr. Using cryo-electron microscopy, we show that AriA is related to SMC-family ATPases but assembles into a distinctive homohexameric complex through two oligomerization interfaces. In uninfected cells, the AriA hexamer binds to up to three monomers of AriB, maintaining them in an inactive state. After Ocr binding, the AriA hexamer undergoes a structural rearrangement, releasing AriB and allowing it to dimerize and activate. AriB is a toprim/OLD-family nuclease, the activation of which arrests cell growth and inhibits phage propagation by globally inhibiting protein translation through specific cleavage of a lysine tRNA. Collectively, our findings reveal the intricate molecular mechanisms of a bacterial defence system triggered by a phage counterdefence protein, and highlight how an SMC-family ATPase has been adapted as a bacterial infection sensor. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_42969.map.gz | 62.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-42969-v30.xml emd-42969.xml | 18.3 KB 18.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_42969_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_42969.png | 112.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-42969.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_42969_additional_1.map.gz emd_42969_half_map_1.map.gz emd_42969_half_map_2.map.gz | 62.5 MB 116.2 MB 116.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42969 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42969 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_42969_validation.pdf.gz | 918.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_42969_full_validation.pdf.gz | 918.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_42969_validation.xml.gz | 18.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_42969_validation.cif.gz | 23.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42969 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42969 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_42969.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.935 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Additional local refinement map used for initial model building
ファイル | emd_42969_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Additional local refinement map used for initial model building | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_42969_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_42969_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : AriA hexamer
全体 | 名称: AriA hexamer |
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要素 |
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-超分子 #1: AriA hexamer
超分子 | 名称: AriA hexamer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: AriA |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli B185 (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 300 KDa |
-分子 #1: AriA antitoxin
分子 | 名称: AriA antitoxin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli B185 (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 53.287113 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: VAIRTISKIE LSKIHNRYNL TVDFFNDLNV IHGKNGAGKS TLIHVIANIV NGDFIRFAFL IFEEIKATYS DGLKIVIRRD KIDEQSFIS VTLSNGKYIK FAVGEAMATV REIESERHLR ERDVKSMLAM DIDKFVKENE LQKVRASYFP AFRTMLEAWS S SSDVGYER ...文字列: VAIRTISKIE LSKIHNRYNL TVDFFNDLNV IHGKNGAGKS TLIHVIANIV NGDFIRFAFL IFEEIKATYS DGLKIVIRRD KIDEQSFIS VTLSNGKYIK FAVGEAMATV REIESERHLR ERDVKSMLAM DIDKFVKENE LQKVRASYFP AFRTMLEAWS S SSDVGYER RVIRSSFYNR KASAFARELF GQFLPSINYP SPMEIEDRLR EEIRRAQLGI AAYESRTFSE SFVKVFSALF DN SSVEGEI TGELLKEIEG LAIAQDSSIK NGYYAEYSKV YEEIRSLINR NLKGKVENSV SGALVVYRDA LRDRQDYQEK AFS EIDNYM SSVNSFLEDK EMAYDFDLRR KYPKVGLKFP DGSWSPIRVL SSGERQLLTM LYAASKMGDD AIVLIDQPEI SLHI DWQED LLKRMLSQLS GRQIIVCTHS PSIATGYEDF MINISPEFIS SRDNDNHKDS EEMEEDESL UniProtKB: UNIPROTKB: D6IC77 |
-分子 #2: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 12 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5174 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-8v49: |